中山医院的特色科室主要有：心血管病科、肿瘤科、康复医疗科、普外科和肝胆外科。中山医院的心脏外科、心脏介入以及在心衰诊疗方面的技术，已经达到了国内顶尖水平。肿瘤科是上海中山医院的又一个王牌科室，外科手术、放疗、化疗，以及涉及到胃肠肿瘤、乳腺肿瘤、肺癌等多个人体部位的多种靶向治疗手段，在治疗肿瘤方面确实要比别的医院高出一大截。中山医院的肝胆外科同样极其出色，尤其他们的肝脏移植技术绝对是国内领先，在国际上也是大名鼎鼎，同时医院在肝癌微创治疗方面也具有极高的技术水平。普外科一直不怎么受人重视，其实普外科涉及到的领域非常广，想要做好可不是一件容易的事情，中山医院的普外科在上海能和其竞争的，只有瑞金医院了，他们两家的普外科，在全国至少能排进前五。