流式细胞术可以快速、准确地检测出你的细胞表达哪些标记，标记的表达水平是多少。然而，和所有的检测系统一样，我们在检测的时候，除了需要的特异性信号，还是会存在很多的非特异性信号和背景噪音。其中有些噪音就是由于小颗粒和碎片造成的，所以，通过阈值排除掉这些碎片对于我们收集到正确的信号很重要，更重要的是，排除掉这些碎片，可以大大减少最终生成的FCS文件的大小。

阈值可以用什么参数？

最常见的当然是散射光这种物理学参数了。

通常，我们会在获取的时候，把阈值（threshold或trigger）设置在FSC上，大多数流式细胞仪上的默认值是FSC可获取范围的5％，不过我们可以根据我们检测的细胞特征，修改这个数字。那么如何修改呢？

正确设置的阈值，应该是既能够去除碎片，又能够保留我们所需要的细胞或信号。所以在调节的时候，应该以低速获取并且盯着FSC/SSC或其它必要的图形，千万不要过高导致真正的信号丢失。

只能使用FSC或SSC设置阈值吗？

当然不是。

例如在DNA分析时，我们可以用DNA染料的荧光强度排除掉那些不需要的信号，如下图，左侧小图显示的是用FSC作为阈值排除掉碎片的DNA含量图，但我们仍可以看到一些碎片峰（紧贴y轴），但如果用DNA阈值，就可以使DNA含量图变得非常清爽。 在很多流式细胞仪上，你可以同时结合FSC和DNA信号，达到更高级的阈值设置。

在免疫分型中也是如此，除了FSC这个基本阈值设置外，我们可以根据方案组合或需要，增加其它阈值，以尽量排除掉红细胞和碎片影响。

信源：https://bitesizebio.com/25645/thresholding-in-flow-cytometry-why-it-is-important/

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