答：一般不会。

要查重论文，就需要借助专业的论文查重系统进行检测，查重系统主要是将大家上传的论文与系统中的数据库资源进行比对，检测出是哪些内容有重复，从而计算出论文的整体重复率。

一般情况下，论文中的参考文献是不会查重的，论文上传到查重系统之后，查重系统是会自动识别出论文中的参考文献的，不参与正文检测。不会将其计算进重复率，当然，系统自动识别出参考文献的前提是论文的格式都是正确的，可以使论文检测系统能够自动识别出来;如果格式不正确，系统可能自动识别不出，从而导致最后的查重结果不太准确。

所以有些人在查重检测时，发现自己的论文查重报告中参考文献部分被标记成红色，也就是被检测出为重复内容，这就是因为大家提交的论文存在着参考文献设置不规范、脚注非自动插入、参考文献格式错误等问题，这表示论文存在较多不规范的地方，从而导致检测时这些地方出现重复，所以大家一定要按照规范正确的论文格式进行撰写。

一般情况下论文中参考文献是不会查重的，如果检测时参考文献标红，还有一种情况就是选择的论文查重系统不专业正规，论文本身没有问题，是论文查重系统存在着问题，所以要挑选正规的论文查重网站。