GWAS数据下载详解(2) |
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1、FinnGen数据库:Risteys FinnGen R11 + FinRegistry 以检索"glaucoma"(青光眼)为例:https://risteys.finregistry.fi/ 下载数据: 链接:https://storage.googleapis.com/finngen-public-data-r9/summary_stats/finngen_R11_H7_GLAUCOMA.gz 特点:R11代表数据库,H7_GLAUCOMA是endpoint name,其他数据可以替换后下载。 使用R语言整理数据: 字段含义:Data description - FinnGen DocumentationFile naming pattern and file structure "#chrom" :染色体;"pos"位置;"ref"对照等位基因;"alt":效应等位基因;"rsids":变量标识符;"nearest_genes":最近基因; "pval" p值;"mlogp" -log10P;"beta":效应大小;sebeta效应大小标准差;"af_alt":效应等位基因频率;"af_alt_cases":病例中的效应等位基因频率;"af_alt_controls":对照组中效应等位基因频率。 用TwoSampleMR整理出暴露数据和结局数据。 #读取下载内容 setwd("D:\\")#查看R语言当前工作路径,将txt文件放置给文件夹 library('data.table') a |
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