分子生物学方法学介绍

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分子生物学方法学介绍

2024-07-10 09:03| 来源: 网络整理| 查看: 265

上期主要介绍了WB和SDS-PAGE实验的原理和流程,本期将详细介绍SDS-PAGE实验的操作及注意事项。

 

图1 SDS-PAGE实验流程示意图

 

实验步骤

一、实验所需溶液

1、30%丙烯酰胺:丙烯酰胺29.2g,亚甲基双丙稀酰胺0.8g,加入双蒸水定容至100mL, pH值不能超过7.0,容器外包锡纸,4℃冰箱保存。

2、分离胶缓冲液:1.5mol/L Tris-HCI,pH8.8:9.09g Tirs碱,溶于30mL双蒸水中,加入浓盐酸调节pH值至8.8,定容至50mL。

3、浓缩胶缓冲液:1.0mol/L Tris-HCI,pH6.8:6.05g Tirs碱,溶于30mL双蒸水中,加入浓盐酸调节pH值至6.8,定容至50mL。

4、10%SDS:2g SDS溶于双蒸水中,定容至20mL,加热至68℃助溶。

5、10%过硫酸铵:0.5g过硫酸铵,溶于5mL双蒸水中;现配现用或分装至0.5mL离心管中冷冻备用。

6、TEMED(四甲基乙二胺):原液,低温保存。

7、电极缓冲液(pH8.3):SDS 1g,Tris 3g,Gly 14.4g,加双蒸水溶解并定容到1000mL。4℃冰箱保存。

8、上样缓冲液:5mol/L Tris-HCl pH6.8 1.25mL,甘油2mL,10%SDS 2mL,B-巯基乙醇1mL,0.1%溴酚蓝0.5mL,加双蒸水定溶至10mL。

9、考马斯亮蓝R-250染色液:1g考马斯亮蓝R-250、250mL异丙醇、100mL冰醋酸加双蒸水搅拌均匀并定容至1000mL,用滤纸除去颗粒物质,室温保存。

10、脱色液:100mL冰醋酸、50mL乙醇,加双蒸水搅拌均匀并定容至1000mL。

 

注意事项

1、30%丙烯酰胺配制好后建议一个月内用完。

2、过硫酸铵建议现配现用。

3、丙烯酰胺具有很强的神经毒性且可以通过皮肤吸收,配制30%丙烯酰胺时应戴好手套和口罩。

 

二、玻璃板的组装

1、清洗玻璃板,洗净后晾干。

2、玻璃板对齐后放入夹中卡进,然后垂直卡在架子上。

 

注意事项

1、SDS-PAGE凝胶的厚度通常为1.0mm和1.5mm,WB实验使用1.0mm厚度的凝胶转印效果较好。

2、实验前可通过向组装好的玻璃板中加入双蒸水检查是否漏水,如组装无误但发生了漏水现象,可能是玻璃板或胶条密封性出现了问题,也有可能是架子松动无法卡紧,需及时更换器材,以免实验中出现漏胶现象。

 

三、分离胶和浓缩胶的配制

1、选择合适的离心管作为容器,以10%分离胶和5%的浓缩胶为例,按表1提供的参数配制,配制好后轻轻摇晃离心管使试剂混匀。

1、灌胶及上样

(1)使用移液枪吸取适量分离胶溶液缓慢放出,使其沿玻璃板留下避免产生气泡,待胶面升至玻璃板约2/3的位置即可,加入适量乙醇进行液封,待分离胶凝固后倒去乙醇并使用吸水纸将乙醇吸干。

(2)灌注浓缩胶方法与灌注分离胶相同,注意避免产生气泡。将玻璃板剩余空间灌满浓缩胶后垂直插入梳子。待浓缩胶凝固后,将梳子垂直拔出。

(3)检测蛋白浓度,计算上样量。加入足够电泳液后(至少漫过内侧的小玻璃板)将上样样品与上样缓冲液按体积比4:1混合煮沸5min,缓慢加入加样孔,避免样品溢出加样孔。

 

注意事项

1、分离胶处于下层,需要先配制分离胶,待其凝固后配制浓缩胶,凝固时间一般在20-30min。溶液配制好后轻轻摇晃,勿用枪吹打,否则会造成条带模糊。

2、加样前,可用吸水纸洗去加样孔中的气泡。Marker和样品尽量不要加在最边上的加样孔中,加在边上时,跑出的条带可能是斜的。

 

四、电泳

加样完毕,盖好上盖,连接电泳仪,打开电泳仪开关后,样品进胶前电压控制在100~200V,大约15~20min;样品中的溴酚蓝指示剂到达分离胶之后,电压升到200V,电泳过程保持电压稳定。当溴酚蓝指示剂迁移到距前沿1~2cm处即停止电泳,约0.5-1h。如室温高,打开电泳槽循环水,降低电泳温度。

 

注意事项

1、跑电泳时可留意下电流大小,若电压很高,电流很低(5mA以下),说明电泳槽没有正确装配,电流未形成通路,需重新装配电泳槽。

 

五、染色及脱色

电泳结束后,关掉电源,取出玻璃板,在长短两块玻璃板下角空隙内,用刀轻轻撬动,即将胶面与一块玻璃板分开,然后轻轻将胶片托起,指示剂区带中心插入铜丝作为标志,放入大培养皿中染色,使用0.2%的考马斯亮蓝染液,染色2~4h,必要时可过夜。

弃去染色液,用双蒸水将胶面漂洗几次,然后加入脱色液进行扩散脱色,至蛋白质带清晰。

 

注意事项

1、若需要长时间脱色,需要更换脱色液且量要足够,否则甲醇会发很快,胶容易干卷。建议不要脱太久,否则弱带就看不见了,胶也会变得失真。

 

条带的异常现象及解决方法

Q1:出现“微笑条带”(两边翘起中间凹下)。

A1:多出现于较厚的凝胶中,主要是因为凝胶的中间部分凝固不均匀。待凝胶充分凝固后再做后续实验可避免该现象。

 

Q2:出现“皱眉条带”(两边向下中间鼓起)。

A2:主要出现在蛋白质垂直电泳槽中,一般是两板之间的底部间隙气泡未清除干净。可在两板间加入适量缓冲液,以清除气泡。

 

Q3:出现拖尾现象。

A3:主要是样品溶解效果不佳或分离胶浓度过大引起的。可在上样前瞬离混匀或降低分离胶浓度。

 

Q4:溴酚蓝已跑出板底,但蛋白质还未跑下来。

A4:可能是上样缓冲液配制不正确或者分离胶浓度过高。配制缓冲液时注意pH值或降低分离胶浓度。

 

Q5:条带很粗。

A5:可能是样品未浓缩好。需适当增加浓缩胶的长度或者适当降低电压。

 

本期主要介绍了SDS-PAGE实验的操作步骤、每步操作需要注意的重点以及电泳条带的常见问题。下期将详细介绍WB的相关内容,感兴趣的小伙伴可以留意一下哦~

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