一般情况下，单个模型喜欢使用.pdb 文件导入

        对于轨迹文件，利用lammps运行得到的dump.xxx 先改成dump.lammpstrj，然后VMD就会自动识别成为 LAMMPS Trajectory 文件格式。

（导入到VMD中的模型会自动生成键，若要去除，则在命令行窗口输入 topo clearbonds, 然后回车，自动生成的键则会被删除）

        VMD main --> Extensions --> Analysis -->  Radial Pair Distribution Function g(r)，打开是这个样子：

        1) Use Molecule  后面的（none）框，点击选择导入的模型文件或者轨迹文件

        2） Frames 则是选择相应的轨迹帧数，默认为第一帧

        3）Histogram Parameters: delta r为横坐标精度，越小则输出的点的数据越多；max r则是横坐标长度范围。

        Selection 输入的参数和 VMD main --> Graphics --> Graphic Representations --> Selection 中的一致。（红框中）

        若计算两类原子之间的RDF和coordination number 则在Selection 1、Selection 2中相应的输入相应的原子类型，如下图所示：

        点击Compute g(r) ，则对应两个Selection 原子之间的RDF如下图所示：

        若勾选Display Int(g(r) 则相对应的Coordination number即可获得：

        若想要在其他软件作图，勾选save to File,保存至相应的路径即可。

        文件有三列，对应 r, g(r), and the number integral over g(r).

g(r) GUI Plugin, Version 1.3 (uiuc.edu)

径向分布函数求解配位数？ - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 (keinsci.com)