KDD MIMIC

2024-01-05 08:13| 来源: 网络整理| 查看: 265

MIMIC-IV

Pytorch数据处理和训练模板

MIMIC-IV将MIMIC-III的数据表模块化划分，反应各个模块的数据的独立性和不同本质。包含2008年至2018年（MIMIC-III：2001年至2012年）之间进入重症监护病房的数据，增加了急救中心和胸部x光片数据。

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模块化 core - admissions/patients/transfers 医院级别的病人轨迹数据 hosp - diagnoses_icd / drgcodes / emar / emar_detail / hcpcsevents / labevents / microbiologyevents / procedures_icd 医院级别的数据：化验，微型，电子医药管理 icu - icustays / d_items / chartevents / datetimeevents / inputevents / outputevents / procedureevents ICU级别数据：一些events数据表 ed - main / medrecon / pyxis / triage / vitalsign / (TBD): vitalsign_hl7 急救中心数据（新增） cxr - 胸部x光片数据（新增）表的变化 core data patient

增加入院年份和年龄信息

Name Postgres data type 说明 subject_id INTEGER 病人编号 gender VARCHAR(1) 性别 anchor_age INTEGER 入院时年龄 anchor_year INTEGER 入院年份 anchor_year_group VARCHAR(255) 入院年份范围 dod TIMESTAMP(0) 死亡时间 TIMESTAMP or NULL ED data

新增急救中心数据，MIMIC-ED，包括200,000个患者以上的数据，约有百分65的患者在进入ICU前有急救中心数据记录。

main

主表是急诊科就诊的主要跟踪表。它提供了病人进入急诊室和离开急诊室的时间。它还提供一组为患者指定的诊断。

MEDRECON

急诊科入院时，工作人员会询问患者目前正在服用哪些药物。这个过程被称为药物调节，MEDRECON表存储护理提供者的发现。

PYXIS表

提供通过PYXIS系统进行的药物管理的信息。

Chest x-ray data

新增胸部x光片数据，MIMIC-CXR

Name Postgres data type 说明 subject_id INTEGER NOT NULL 患者编号 study_id INTEGER NOT NULL 针对片子所写的报告编号 dicom_id TEXT NOT NULL 片子编号 TRIAGE

“分诊表”包含患者首次在急诊科接受分诊时的相关信息。患者在分诊时由一个护理提供者进行评估，并询问一系列问题以评估其当前的健康状况。他们的生命体征被测量，并被指定一个级别的敏锐度。根据严重程度，患者要么在候诊室等待稍后的治疗，要么优先考虑立即治疗。

VITALSIGN

急诊科入院的患者每1-4小时都要进行常规生命体征检查。这些生命体征存储在VITALSIGN表中。

VITALSIGN_HL7

遥测数据

Hospital data

增加表，参考值范围，样本编号，优先级

MICROBIOLOGYEVENTS

增加测试内容的名称

EMAR

电子医药管理记录系统，electronic Medicine Administration Record (eMAR) system, 记录药品条形码

Name Postgres data type 说明 subject_id INTEGER NOT NULL 患者编号 hadm_id INTEGER NOT NULL 病案号 emar_id VARCHAR(100) NOT NULL 电子医药管理记录编号 emar_id = ‘subject_id-emar_seq’. emar_seq INTEGER NOT NULL 按时间递增的连续整数 poe_id VARCHAR(25) NOT NULL Provider order entry (POE) 编号 pharmacy_id VARCHAR(25) NOT NULL 药房信息 charttime TIMESTAMP NOT NULL 操作时间 medication TEXT 药品名称 event_txt TEXT 操作状态 ‘Administered’, ‘Applied’, ‘Confirmed’, ‘Delayed’, ‘Not Given’.. scheduletime TIMESTAMP 计划时间 storetime TIMESTAMP NOT NULL 存储时间 EMAR_DETAIL Name Postgres data type 说明 subject_id INTEGER NOT NULL - emar_id VARCHAR(25) NOT NULL - emar_seq INTEGER NOT NULL - parent_field_ordinal NUMERIC(5, 3) 同一eMar事件的多次给药。例如，全剂量的多个处方剂量。由于eMAR要求给药提供者扫描提供给患者的每个处方集的条形码，因此通常情况下，eMAR_detail中的多行对应于eMAR中的一行。如果有N个处方剂量，则该字段序数将取值“1.1”、“1.2”、…、“1.N” administration_types VARCHAR(50) 操作类型 ‘IV Bolus’, ‘IV Infusion’, ‘Medication Infusion’, ‘Transdermal Patch’ pharmacy_id INTEGER pharmacy 表中的编号 barcode_type VARCHAR(4) 条形码类型 Reason_for_No_Barcode TEXT - Complete_Dose_Not_Given VARCHAR(5) - Dose_Due VARCHAR(50) - Dose_Due_Unit VARCHAR(50) - Dose_Given VARCHAR(255) - Dose_Given_Unit VARCHAR(50) - will_remainder_of_dose_be_given VARCHAR(5) - Product_Amount_Given VARCHAR(30) - Product_Unit VARCHAR(30) - Product_Code VARCHAR(30) - Product_Description VARCHAR(255) - Product_Description_Other VARCHAR(255) - Prior_Infusion_Rate VARCHAR(20) - Infusion_Rate VARCHAR(20) - Infusion_Rate_Adjustment VARCHAR(50) - Infusion_Rate_Adjustment_Amount VARCHAR(30) - Infusion_Rate_Units VARCHAR(30) - Route VARCHAR(5) - Infusion_Complete VARCHAR(255) - Completion_Interval VARCHAR(30) - New_IV_Bag_Hung VARCHAR(1) - Continued_infusion_in_other_location VARCHAR(1) - Restart_Interval VARCHAR(30) - Side VARCHAR(10) - Site VARCHAR(255) - non_formulary_visual_verification VARCHAR(1) - POE

提供者医嘱输入（POE）是医院护理提供者下单的通用接口。大多数治疗和程序必须通过POE下单。

INPUTEVENTS

只有MetaVision数据，并将成分存储在数据表中，“水”是大多数输入的一个组成部分，将患者接受的水量制成表格，可以准确估计患者的液体摄入量。

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