VASP学习1入门知识

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VASP学习1入门知识

2024-03-30 06:06| 来源: 网络整理| 查看: 265

大师兄科研实例使用方法: 1从最基本的计算开始,通过示例讲解,结合一些脚本的使用,引导大家思考解决自己的问题。因此,在这本书的学习过程里,每一章节会对应一个例子,大家务必手动搭建模型,输入文件(切忌复制粘贴),然后进行计算,得到和大师兄一致的结果。为了引导大家主动浏览官网解决问题,很多都会采用VASP官网的例子。 2如何学习本书,大师兄在学习程序时,受learn_python_the_hard_way这本书的启发:务实是这本书的一大特色,开始学习语言,乱七八糟的先统统闭嘴,照着代码练习一番,然后再自己思考琢磨,出现问题拿自己的代码和作者代码比较找出原因。 通过系统地学习,随着水平的提高,再逐步解释前面未讲解的内容。这一种学习方法非常适合零基础的菜鸟,因为一开始太多的概念根本不可能一股脑儿全部接受。从简单入手,指导着循序渐进,最后达到精通。打算学Python的(推荐python3) 一个网址: VASP官网 学习VASP,最权威和丰富的资料参考就是官网啦。对于很多新手,手上的教程有一堆,从网上找的,师兄师姐传下来的。但那些都不如官网的例子和说明准确和直接。在这里插入图片描述 1 VASP在线手册: http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/vasp.html 2 VASP Pdf 手册: http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp.pdf 3 VASP wiki 入口: http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/The_VASP_Manual 4 VASP官网中实用的教程和参考文档。 老板亲自指导我学习VASP的时候,教程就是官网中的Handonsession 系列。(图中蓝色圈出来的部分)。每天让我重复教程里面的练习,提醒里面的易错部分,算什么性质需要注意什么参数,以及让我主动思考里面各个计算的含义。这一些东西在Learn-VASP-The-Hard-Way本书中都会讲到。在建议大家下载里面的内容,认真练习,学习。 注意: 新手也好,老司机也罢,不再建议去学习handonsession的例子,因为那是老掉牙的ppt了,最新的VASP官方workshop的ppt见下面链接: http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/NERSC_Berkeley_2016 http://www.nersc.gov/users/training/events/3-day-vasp-workshop/ (另一个参考网址,里面附带了Youtube的workshop视频) 除了VASP官网的这些参考资料外,使用说明书是我们需要经常翻阅的。遇到不会的,不懂的,有疑问的参数,请尽情的翻阅VASP官网吧。这里推荐VASP的Wiki网址。(请务必收藏本网址) https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/The_VASP_Manual 如图 老板亲自指导我学习VASP的时候,教程就是官网中的Handonsession 系列。(图中蓝色圈出来的部分)。每天让我重复教程里面的练习,提醒里面的易错部分,算什么性质需要注意什么参数,以及让我主动思考里面各个计算的含义。这一些东西在Learn-VASP-The-Hard-Way本书中都会讲到。在建议大家下载里面的内容,认真练习,学习。 注意: 新手也好,老司机也罢,不再建议去学习handonsession的例子,因为那是老掉牙的ppt了,最新的VASP官方workshop的ppt见下面链接: http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/NERSC_Berkeley_2016 http://www.nersc.gov/users/training/events/3-day-vasp-workshop/ (另一个参考网址,里面附带了Youtube的workshop视频) 除了VASP官网的这些参考资料外,使用说明书是我们需要经常翻阅的。遇到不会的,不懂的,有疑问的参数,请尽情的翻阅VASP官网吧。这里推荐VASP的Wiki网址。(请务必收藏本网址)老板亲自指导我学习VASP的时候,教程就是官网中的Handonsession 系列。(图中蓝色圈出来的部分)。每天让我重复教程里面的练习,提醒里面的易错部分,算什么性质需要注意什么参数,以及让我主动思考里面各个计算的含义。这一些东西在Learn-VASP-The-Hard-Way本书中都会讲到。在建议大家下载里面的内容,认真练习,学习。 注意: 新手也好,老司机也罢,不再建议去学习handonsession的例子,因为那是老掉牙的ppt了,最新的VASP官方workshop的ppt见下面链接: http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/NERSC_Berkeley_2016 http://www.nersc.gov/users/training/events/3-day-vasp-workshop/ (另一个参考网址,里面附带了Youtube的workshop视频) 除了VASP官网的这些参考资料外,使用说明书是我们需要经常翻阅的。遇到不会的,不懂的,有疑问的参数,请尽情的翻阅VASP官网吧。这里推荐VASP的Wiki网址。(请务必收藏本网址) https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/The_VASP_Manual 如图 https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/The_VASP_Manual 在这里插入图片描述 、:查询参数含义,设置的时候,进行搜索; 2:新手们从这里点击开始; 3:VASP的计算实例,大家可以参考里面的说明计算自己的体系性质; 4:INCAR的参数列表,大家没事多多点击里面的各个参数;查看含义; 5:再下面就是一些理论背景知识了,建议系统学习DFT的相关书籍,Wiki中的内容有限,只能作为参考。 第二个网址VASP的官方论坛。http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/forum.php 如果你在计算中,遇到什么错误的信息,99%都可以在这里找到答案。

心态1) 主动行动,主动思考学习过程中要时刻抱着主动的心态去解决问题。

遇到不会的问题,主动去查找解决方法; 遇到不懂的基础知识,主动去找教科书; 遇到什么好的资源,书籍,课件等,主动去网上搜索,下载; 本书中的练习,看到别人有意思的计算,主动去重复重复。 没事就主动去官网溜达, VASP计算出错,主动去google或者官网的论坛找答案!

但是 前面说的主动是对于你自己来说的,别碰到不会的就主动求助别人,这样你很难得到提升

文本编辑工具1)vim这个必须要学会,linux下面自带。原因是绝大多数的计算都是在linux下面进行的,学会vim的基本操作可以极大提高你的文字处理能力和工作效率。 2) notepad++ 这个是对于Windows用户来说的,要求会创建文件,输入内容并保存文件,这个软件必须学会使用!

原因在于:Windows下面自带的记事本保存的文件与linux下的文件格式不匹配,提交任务的时候经常出问题,用notepad++则不会出现这个问题。 因此,记事本杜绝使用。为了安全,即使用了notepad++,Windows用户在进行计算的时候,也需要注意下面两点:

Windows下面编辑的输入文件,如果想在linux服务器上运行,最好先执行: dos2unix 这个命令。

Windows用户计算出错了,一定要首先想到 dos2linux 这个命令来解决问题!!!

3) Atom这个Atom是文本编辑工具,不是原子的意思。Windows,Linux,Mac系统均可使用。要求会输入文件,保存文件。 常用建模相关软件:本书默认大家已经在自己的电脑里安装了下面三个软件:

Material Studio 这个软件,百度里面一大堆下载链接,安装教程,大家自行下载安装即可。

本书默认大家已经安装成功,会不会使用暂且不要求;

不要问我从哪里下载,安装出现问题也不要找我解决。

2)p4vasp 链接:http://www.p4vasp.at/

Windows版本,好像很久没有更新了,点击此处下载,解压,双击图标即可运行。也可以在大师兄QQ群或者其他QQ群文件中下载。

Linux版本功能更加强大。可以 Ubuntu用户使用命令一键安装: sudo apt-get install p4vasp 也可以按照官网的说明,安装最新的版本:p4vasp 0.3.30

Mac系统:本人没有经验,希望土豪分享下经验。

3)VESTA 来自日本的良心软件,Linux,Windows,Mac系统均可使用。链接:http://jp-minerals.org/vesta/en/ Windows下面安装就不再介绍了,下载程序,解压,双击图标即可运行,相信大家都能搞定。

Linux下安装:

下载binary程序文件,本人解压后放到了/opt/VESTA-x86_64目录

编辑 ~/.bashrc 文件,在文件最后,添加下面2行。 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述



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