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Q:老师,怎么在POSCAR中固定原子坐标? A:固定POSCAR中的原子坐标,当然首推vaspkit了,其中的402可以选择按高度来固定原子坐标,轻松加愉快! Q:老师,但是如果我做的是掺杂体系,我只想固定其中部分原子怎么办啊,难道是一个一个原子筛选? A: 今天,小编就来帮大家解决这个问题,而且是舒舒服服的解决掉 相信现在很多小伙伴还是使用Materials Studio来建模,然后导出.cif文件,再用VESTA转化为.vasp文件。 所以,在这种情况下,我们即使用MS的Visualizer Tools > Constraints固定过原子坐标了,但是导出到VESTA后并不会保留这些固定原子的信息,很难受啊! 不过,小编今天给大家分享一个脚本,快跟着小编一起来学习一下怎么使用吧。 这个脚本是武汉理工大学赵焱课题组使用Perl语言编写的,可以将Material Studio中建立的后缀名为.xsd的文件直接转换为可供VASP使用的POSCAR,使用起来非常方便,给赵老师点赞。 下面小编以AuAg合金固定所有的Au原子为例给大家做一个示范: 01构建AuAg合金的模型首先打开MS,构建AuAg合金的模型,(黄色的是Au,蓝色的Ag,是比例是小编随便设置的) 选中所有的Au原子,然后点击Modify > Constraints > Fix fractional position 把下载好的脚本xsd2pos.pl拖入目标文件所在的目录,修改第12行的文件名,然后点击Debug按钮即可在生成POSCAR文件,导出文件就可以了。(注意生成的是.txt文件,导出后直接改一下文件格式就可以了) 检查并导出的POSCAR文件,就可以发现我们选中的原子已经被固定了。 本文所有内容文字、图片和音视频资料,版权均属科学指南针网站所有,任何媒体、网站或个人未经本网协议授权不得以链接、转贴、截图等任何方式转载。 来源:模拟计算 | 如何在POSCAR中固定原子坐标?看看大神怎么做的吧! |
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