一、linux系统下的安装

1.下载安装包Initial configurations for Molecular Dynamics官网下载

2.将安装包放入Linux系统下

3.在Linux系统下解压

tar -xvzf packmol.tar.gz

4.打开解压后的文件夹

cd packmol-20.2.2

5.安装

make

安装成功

(base)[root@VM_0_17_centos packmol]#make

compiling packmol with /usr/bin/gfortran

Flags:-O3--fast-math

Packmol succesfully built.

二、packmol建模

1.创建name.inp的文本文件，包含内容如下

tolerance 2.0（版本）

filetype pdb（文件类型设定）

output name.pdb（输出盒子文件）

structure XXX.pdb（输入分子1文件）

number 390

inside box 0.0.0.50.50.50.（-x.-y.-z.x.y.z坐标）

end structure

structure YYY.pdb（输入分子2文件）

number 390

inside box 0. 0. 0. 50. 50. 50.

end structure

（可以输入所需种类分子数量）

将初始分子pdb文件以及运行任务name.inp文件放入packmol安装文件夹里

然后运行命令

./packmol