Docker的基本使用

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Docker的基本使用

2023-11-14 13:02| 来源: 网络整理| 查看: 265

Docker简介与安装 Docker简介Docker安装启动和关闭Docker服务 Dokcer使用 Docker基本命令ASaiM微生物组分析框架 Reference 猜你喜欢写在后面

Docker简介与安装 Docker简介

Docker是一种轻松级虚拟机，在生物信息数据分析中，布置分析流程、解决软件依赖关系中应用广泛。

本文以最新的Ubuntu 18.04 LTS版本为例，学习Docker的使用和布置宏基因组分析平台为例。

Docker基本使用-CentOS版，请访问：https://mp.weixin.qq.com/s/lu70ykBZ4yRu1gpNxnbytw

Docker能做什么

提供一个虚拟的操作平台，供我们安装依赖不同版本系统的工具软件。提供一个即时可用的应用软件或者流程的镜像，开发者把软件部署到系统镜像中，使用者可以直接下载下来使用，省去了个人安装软件的烦恼。提供一个系统资源分配手段，给不同用户的程序分配独立的计算资源。

Docker的几个基本概念

镜像 (Images): 可以认为是超级轻量级的虚拟机的快照。镜像会有自己的唯一ID，名字和标签，比如ubuntu, 比如ubuntu:18.04等。通常都是在已有的镜像（多数是Linux操作系统的镜像）的基础上构建自己的具有新功能的镜像。容器 (Containers): 可以认为是超级轻量级的虚拟机，是镜像运行起来所处的可读写的状态。容器里面可以安装、运行程序，还可以把安装好的程序存储起来获得新的镜像。与虚拟机很大的不同在于，一个容器通常只运行一个程序。在Docker中，应用程序和数据文件是分开的，因此可以在不影响数据的情况下快速升级代码或系统。数据卷 (Volumes): 永久保存数据的磁盘空间。Docker允许用户定义哪一部分是应用程序，哪一步分是数据，并且把他们分隔开。这就保证了在Docker中容器的生命周期是短暂的，而数据的存储是永恒的。数据卷存储在运行Docker的宿主机上，对每个容器来说是特有的。我们可以启动同一个镜像来产生多个容器，并且分别给他们分配一个数据卷。数据卷也可用于在不同的容器间共享数据。具体参见 http:/blog.genesino.com/2016/09/docker-lamp/联通 (Links): 容器启动后会分配有一个私有IP，其它容器可以通过这个IP地址与这个容器通讯。假如有个正在运行的数据库容器 (dbapp)，那么我们可以在网络服务器容器(webserver)中通过指定端口连接dbapp与数据库容器通讯。 Docker安装

详细的安装见官网：https://docs.docker.com/install/linux/docker-ce/ubuntu/#prerequisites ，你会发现正常安装，步骤非常多，而且无Ubuntu 18.04版本，很可能安装无法成功。

apt安装

sudo apt install docker.io # 目前还无法成功：Errors were encountered while processing

snap安装，类似另一种容器

sudo snap install docker # 但这种仅限个人使用，类似于conda 启动和关闭Docker服务 # 启动Docker服务 sudo service docker start # 关闭Docker服务 sudo service docker stop

权限管理，默认docker运行需要sudo权限，需要配置用户为docker组才可以使用docker。通常只应把信任的用户加入docker用户组因为docker用户组的权限相当于root。如果打算只允许用户访问一个特定的容器，可以写一个简单脚本，详见：http://dockone.io/article/589

# 增加一个用户组docker sudo groupadd docker # 把用户${USER}加入docker用户组，如metagenome, yongxin USER=yongxin sudo usermod -aG docker ${USER} # 重启docker服务(可不执行) sudo service docker restart # 有报错信息如下： # Job for docker.service failed because the control process exited with error code. # See "systemctl status docker.service" and "journalctl -xe" for details. Dokcer使用 Docker基本命令

查看本地Docker的信息，包括窗口、镜像数量和运行情况，安装目录等

sudo docker info

运行Docker需要有一个镜像和容器。镜像是容器的只读版本，最基础的镜像是一个操作系统，是运行其他命令的基础。因此我们需要先获取一个操作系统镜像，通常使用Ubuntu系统, CentOS系统和 Alpine (只有5M)。

搜索镜像 docker search ubuntu; 镜像的名字通常由用户名/镜像名构成, 无用户名的为官方认证镜像。

sudo docker search ubuntu

获取镜像，可指定版本，默认为最新版本latest

sudo docker pull ubuntu

获得了镜像之后，我们需要运行镜像；运行起来的镜像就是容器，是可读写的。我们可以在容器中安装软件、运行命令，就如在正常的操作系统中一样。在容器中运行单个命令或程序，通常加–rm参数，容器运行结束之后就自动删除。如果我们想保留容器的修改，则不能加–rm参数。

sudo docker run --rm ubuntu echo "Hello from docker"

交互式运行容器, 这时可以发现终端的用户名变了，窗口名为ubuntu，并运行ubuntu镜像， i: –interactive Keep STDIN open even if not attached; t: –tty Allocate a pseudo-TTY

sudo docker run --name=ubuntu -it ubuntu

现在就进入了新的镜像，你可以安装软件，如：

apt update # 获取可用程序列表 apt install vim # 安装 vim exit # 退出

退出了镜像，其实容器还在，只是暂停了。

查看所有容器的状态

sudo docker ps -a

内容如下样式：

CONTAINER ID IMAGE COMMAND CREATED STATUS PORTS NAMES fd82f55e030e ubuntu "/bin/bash" 3 minutes ago Exited (0) 2 minutes ago ubuntu 9f07bd5984bf quay.io/bebatut/asaim-framework "/usr/bin/startup" 2 days ago Created friendly_bassi afdde8dd5d86 quay.io/bebatut/asaim-framework "/usr/bin/startup" 3 days ago Up 3 days 21/tcp, 443/tcp, 8800/tcp, 9002/tcp, 0.0.0.0:8080->80/tcp infallible_morse

进入退出的容器

sudo docker start ubuntu sudo docker attach ubuntu

删除容器

sudo docker rm ubuntu # 删除窗口

查看所有下载镜像的状态

sudo docker images

显示每个容器的名称，版本，ID，创建日期和大小

REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE ubuntu latest 452a96d81c30 5 weeks ago 79.6MB quay.io/bebatut/asaim-framework latest 3b119dd5a154 7 weeks ago 13.4GB

后台运行镜像，只显示ID (-d为指定后台运行，–name为指定窗口名称)

sudo docker run -d --name=ubuntu ubuntu

查看运行的详细参数

sudo docker run --help

看到运行有非常多的参数可以设置，如–cpus 可控制窗器使用的资源， -v可设置挂载目录

导入和导出镜像

sudo docker export ubuntu -o ubuntu.tar # 导出运行状态为文件 # 管理员都没权限？open .docker_temp_114968105: permission denied cat ubuntu.tar | docker import - liuyongxin/ubuntu0:latest # 导入文件为镜像 sudo docker rm ubuntu # 删除窗口 docker run --name=ubuntu1 -it liuyongxin/ubuntu0 -d

挂载宿主机硬盘在容器内部操作, 通过-v参数，路径都为绝对路径

sudo docker run --rm -v /home/yongxin:/home ubuntu echo 'test' >/home/test_file # -bash: /home/test_file: Permission denied

我们需要现在Docker hub注册，https://hub.docker.com liuyongxin [email protected] lyx……

sudo docker login sudo docker push liuyongxin/ubuntu0

查看容器列表

sudo docker ps -a

查看镜像列表

sudo docker images

当一个容器不再使用时，运行docker rm container_id移除容器，以节省空间。这不会对镜像造成影响。当一个容器不再使用时，运行docker rm -v container_id移除容器及其挂载卷，以节省空间。这不会对镜像造成影响。

sudo docker rm -v 9f07bd5984bf

批量删除退出的容器

sudo docker rm -v $(docker ps -a -q -f status=exited)

对于只需要单次运行的容器和镜像，比如执行一个命令等，则只需要在docker run时添加–rm参数就好，i可以删除镜像。这样容器运行结束后会自动删除所有信息，慎用。运行

#sudo docker rmi ubuntu

修改镜像的名字。# id来自docker images结果中

docker tag 26d99f722dca username/ubuntu-dev:v0

指定运行的container的名字。

docker run -d --name=container_name username/ubuntu-dev:v1

挂载只读目录。

docker run --rm -ti -v /host_abs_dir:/container_abs_dir:ro username/ubuntu-dev:v1

停止镜像

docker stop containde_id/container_name

移除全部停止容器

sudo docker rm $(sudo docker ps -a -q) # Got permission denied while trying to connect to the Docker daemon socket at unix:///var/run/docker.sock: Get http://%2Fvar%2Frun%2Fdocker.sock/v1.30/containers/json?all=1: dial unix /var/run/docker.sock: connect: permission denied "docker rm" requires at least 1 argument(s).

移除全部镜像

docker rmi $(docker images -q)

查看Docker镜像的创建历史 docker history image_name

sudo docker history quay.io/bebatut/asaim-framework ASaiM微生物组分析框架 # GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架 sudo docker run -d -p 8080:80 quay.io/bebatut/asaim-framework

进入docker容器内部

sudo docker ps # 查看ID sudo docker attach afdde8dd5d86 # 进入指定ID的容器，根据实际修改 Reference 进入Docker容器比较常见的几种做法 http://blog.csdn.net/u010397369/article/details/41045251Docker基本使用-CentOS版 https://mp.weixin.qq.com/s/lu70ykBZ4yRu1gpNxnbytw 猜你喜欢 10000+：肠道细菌人体上的生命宝宝与猫狗梅毒狂想曲提DNA发Nature 实验分析谁对结果影响大 Cell微生物专刊系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组宏基因组专业技能：生信宝典学术图表高分文章不可或缺的人一文读懂：宏基因组寄生虫益处进化树必备技能：提问搜索 Endnote文献阅读热心肠 SemanticScholar Geenmedical扩增子分析：图表解读分析流程统计绘图 16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun在线工具：16S预测培养基生信绘图科研经验：云笔记云协作公众号编程模板 Shell R Perl 生物科普生命大跃进细胞暗战人体奥秘写在后面

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