比较：U6 和 H1启动子都属于真核生物RNA 聚合酶 III 第的三类，shRNA的表达量取决于启动子的强弱，U6 启动子比H1 强，表达持续时间较长，为首选。 CMV 启动子：CMV 是大家公认的启动真核基因表达的最有力量的启动子。相比较 H1/u6 启动子是属于 原核启动子，在真核细胞里面的启动效率非常低。CMV 是三型启动子，长短都可以启动，可以启动 PolyA 尾的序列。一般插入某个基因的CDS 区到 CMV 启动子下游，CMV 负责启动该基因的表达，从而达到调高该基因表达的作用。在腺病毒和慢病毒过表达载体构建中应用最多。 比较：CMV 启动子活性较强，而 U6 启动子则较弱；CMV 启动子和 U6 启动子的转录终止序列不同。当 shRNA 序列有连续 U/T 时应优先考虑 CMV 启动子载体 T7 启动子：T7 启动子是当今大肠杆菌表达系统的主流，这个功能强大兼专一性高的启动子经过巧妙的设计而成为原核表达的首选。强大的 T7 启动子完全专一受控于 T7 RNA 聚合酶，而高活性的 T7 RNA 聚合酶合成 mRNA 的速度比大肠杆菌 RNA 聚合酶快5倍——当二者同时存在时，宿主本身基因的转录竞争不过 T7 表达系 统，几乎所有的细胞资源都用于表达目的蛋白；诱导表达后仅几个小时目的蛋白通常可以占到细胞总蛋白的 50%以上。由于大肠杆菌本身不含 T7 RNA 聚合酶，需要将外源的 T7 RNA 聚合酶引入宿主菌，因而 T7 RNA 聚合酶的调控模式就决定了 T7 系统的调控模式——非诱导条件下，可以使目的基因完全处于沉默状态而不转录，从而避免目的基因毒性对宿主细胞以及质粒稳定性的影响；通过控制诱导条件控制 T7 RNA 聚合酶的量，就可以控制产物表达量， 某些情况下可以提高产物的可溶性部分。 UBC (泛素启动子)：泛素广泛存在于真核生物，对调节细胞内蛋白周转，参与细胞多种生命活动有重要 作用，其在基因家族中的泛素启动子更是在增强基因表达的长期性，稳定性等方面有显著功效。人源性泛素启动子作为一种非病毒性的强启动子，将在基因治疗中起到举足轻重作用。人源性泛素基因家族包括 UbA，UbB,UbC。UbB 和 UbC 相互独立，分别由不同的调节基因调节。UbC 启动子在泛素启动子中属于较强的启动子。 CAG 启动子：CAG 是人工构建的组合启动子，由巨细胞病毒（the cytomegalovirus，CMV)早期增强子（early enhancer element）和鸡 β-肌动蛋白（ chicken beta-actin ）启动子组成，用于驱动基因在哺乳动物载体的高水平表达。