蓄起大胡子: 不一样的，我的理解是query后面接的是待比对的序列；subject后接的是参考序列。我没用过subject，所以理解不是很深，您可以看一下：blast的query和subject可以互换吗？ - 知乎 https://www.zhihu.com/question/587608101

230万光年的思念: psiblast -subject和psiblast -query是一样作用吗？

蓄起大胡子: 谢谢，很高兴能帮到您。 实际上这个脚本在运行的时候还存在一些问题，比如有时候访问超时会断掉或者返回空结果，所以这个脚本并不是很好，您可以自己去试着优化。 还有一点就是这里的avg_local_score就是网页端结果中的QMEANDisCo打分（原因您可以通过查看网页源码来确认），具体的结果文件您也可以在自己的邮箱里面看到（希望这些信息能帮到您）。

230万光年的思念: 你写的好啊，我之前也想写个调用api建模，但是不会，心有余而力不足

230万光年的思念: 你写的好啊