提取比对到参考序列结果 samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam 配对比对 samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F.bam

#bam排序 samtools sort *.bam -o *.bam

bam转fq bedtools bamtofastq -i * -fq *_1.fq -fq2 *_2.fq samtools fastq NOf41_human-mapped.bam > NOf41_human_test.fq

fq转fasta seqtk seq -A input_file.fastq > output_file.fasta

拼接 spades.py -1 *_1.fq -2 *_2.fq -o * --cov-cutoff 1.0 --trusted-contigs spades.py -1 …/FQ/NOf41_human-mapped-sorted_1.fq -2 …/FQ/NOf41_human-mapped-sorted_2.fq --trusted-contigs …/REFRENCE/Human_sfb.fa -o NOf41_human

给出BAM文件的比对结果 samtools flagstat

统计 samtools stats --threads 10 …/NOf41_human.bam > NOf41_human.stats

覆盖率 bamdst -p chr1.region.bed -o sample samp.sort.bam

拼接质量 quast.py contigs.fa -o quast_out 多个比较 quast.py -o compare_spa_velvet ./SPAdesout_7942_new/contigs.fasta ./velvet_out/contigs.fa 根据出来的n50和max contig长度来判断拼接的效果