植物小白入门第一课 |
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刚进实验室就被师兄安排做genotyping,原本以为,不就提个DNA,跑个PCR,再跑个电泳吗?太简单了,然鹅,实际操作过程中一次又一次被打脸之后,我觉得,不管多简单的实验,也一定要先扎实地搞清楚原理,再上手操作,否则盲目repeat只会浪费更多时间和精力。 genotyping,基因分型,即是鉴定生物个体的基因型(Genotype)的技术(本文主要以植物科研领域的genotyping为例展开)。具体体现为针对某个特定的研究背景,研究者会利用物理(如x-ray等各种辐射)、化学(EMS及其它化学试剂处理)、及生物学的手段(如T-DNA插入、利用CRSIPR/Cas9或RNAi技术产生的特定基因的敲除)筛选获得一系列的突变体,当获得一批处理后具备某种期望的表型,或是处理后可能获得期望突变体的材料时,研究人员更关心在基因层面上,拿到的材料中是否有具备目标基因型的个体;基于此,进行genotyping的实质就是鉴定目标性状的编码基因是否发生了预期的改变,如单碱基突变,目的片段的插入或缺失。 既然genotyping是针对一个或多个特定基因序列的有无或是否完整的,那么,实际操作中,就可以通过设计引物,利用PCR技术扩增目的片段,然后通过琼脂糖凝胶电泳来观察所测试样品是否具备期望的带型,或通过公司测序,并进行序列比对来判断所测试的样品在目标序列上是否发生了预期的改变。 Gnotyping 具体流程 1、提取植物基因组DNA。 提取番茄、拟南芥叶片DNA最常用的是CTAB法; 在此附一张文献中的METHOD,仅供参考, 2.PCR 先写到这儿,慢慢填坑;欢迎评论多提意见! |
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