看了下题主的问题描述，不局限3DS的话那有不少，大致有两个要素，一是需要双屏或触笔交互的游戏，二是现在没有能提供近似或迭代后体验的游戏，具体作品如下，仅为我比较了解的：

《塞尔达传说 幻影沙漏》、《塞尔达传说 大地的汽笛》（另有常见美版标题译名《灵魂轨迹》）；《塞尔达传说》系列中仅此两个的全触笔玩法作品。

《节奏天国》、《节奏天国 黄金版》、《节奏天国 精选集》；从2017年Switch发售以来，我就一直觉得《节奏天国》系列是最适合它的游戏，结果到现在也没续作。

《触摸 卡比》、《集合 卡比》；全触笔玩法的两部《星之卡比》作品。

《雷顿教授与不可思议的小镇》、《雷顿教授与恶魔之箱》、《雷顿教授与最后的时间旅行》、《雷顿教授与魔神之笛》、《雷顿教授与奇迹假面》、《雷顿教授与超文明A的遗产》；全触笔玩法的解谜文字冒险游戏。

《超执刀》、《超执刀2 紧急救命》；全触笔玩法的手术模拟游戏。

《押忍 战斗 应援团》、《押忍 战斗 应援团2 燃烧 热血韵律魂》；开源音乐游戏《OSU》的玩法来源。

《斯隆与马克海尔的谜之物语》、《斯隆与马克海尔的谜之物语2》；“海龟汤”类文字推理游戏，现在特别小众化的游戏玩法。

《恶魔城 苍月的十字架》、《恶魔城 迷宫的画廊》（另有常见美版标题译名《废墟的肖像》）、《恶魔城 被夺走的刻印》；即便现在这类独立游戏众多，甚至五十岚孝司也已推出《血污 夜之仪式》，但这三作《恶魔城》仍有不可替代的位置。

《召唤之夜 铸剑物语》、《召唤之夜 铸剑物语2》、《召唤之夜 铸剑物语3 起源之石》；俯视角探索+横板动作类战斗的日式角色扮演游戏。

《纳米漂移》、《纳米漂移2》；早已没落的飞行射击游戏。