背景技术

本公开涉及表现出转染重排(RET)激酶抑制作用的新型化合物、包括所述化合物的药物组合物、用于制备所述化合物的方法以及所述化合物在疗法中的用途。更具体地说，本发明涉及稠合杂环化合物，所述稠合杂环化合物可用于治疗和预防可用RET激酶抑制剂治疗的疾病，包含RET相关性疾病和障碍。

RET是属于酪氨酸激酶超家族的单程跨膜受体，是几种组织和细胞类型的正常发育、成熟和维持所必需的(Mulligan,L.M.,《自然综述·癌症(Nature Reviews Cancer)》,2014,14,173-186)。RET激酶的胞外部分含有参与配体结合的四个钙依赖性钙粘蛋白样重复序列以及正确的RET胞外结构域折叠所需的近膜富半胱氨酸区域，而受体的胞质部分包含两个酪氨酸激酶亚结构域。

RET信号传导通过胶质细胞系衍生的神经营养因子(GDNF)家族配体(GFL)的一组可溶性蛋白的结合而被介导，所述可溶性蛋白还包含neurturin(NTRN)、artemin(ARTN)和persephin(PSPN)(Arighi等人,《细胞因子和生长因子综述(Cytokine Growth FactorRev.)》,2005,16,441-67)。与其它受体酪氨酸激酶不同，RET不直接与GFL结合，而是需要一个额外的共受体：即四个GDNF家族受体-α(GFRα)家族成员之一，它们通过糖基磷脂酰肌醇键系留在细胞表面。GFL和GFRα家族成员形成二元复合物，所述二元复合物反过来结合RET并将其募集到富含胆固醇的膜亚结构域(被称为脂质筏)中，RET信号传导发生在所述脂质筏中。

在结合配体-共受体复合物后，细胞内酪氨酸残基上的RET二聚化和自磷酸化募集衔接子和信号传导蛋白来刺激多个下游通路。衔接子蛋白与这些对接位点的结合导致Ras-MAPK和PI3K-Akt/mTOR信号传导通路的激活，或导致在RET介导的RET下调功能中起作用的CBL泛素连接酶CBL家族的募集。

已经在不同的癌症和胃肠道障碍(如肠易激综合征(IBS))中证实了异常的RET表达和/或活性。

发明内容

现已发现某些稠合杂环化合物是RET激酶的抑制剂，并且可用于治疗疾病，如增生性疾病，如癌症。

因此，本文提供了一种式I的化合物：

及其互变异构体、立体异构体以及药学上可接受的盐和溶剂化物，其中R

本文还提供了一种药物组合物，所述药物组合物包括与药学上可接受的稀释剂或载剂混合的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

本文还提供了一种在体外或体内抑制细胞增殖的方法，所述方法包括使细胞与有效量的如本文所定义的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物接触。

本文还提供了一种在需要治疗的患者中治疗RET相关性疾病或障碍的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的如本文所定义的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物。

本文还提供了一种在需要治疗的患者中治疗癌症和/或抑制与特定癌症相关的转移的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的如本文所定义的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物。

本文还提供了一种在需要治疗的患者中治疗肠易激综合征(IBS)和/或与IBS相关的疼痛的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的如本文所定义的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物。

还提供了一种向癌症患者提供支持护理(包含预防或最小化与包含化学治疗在内的治疗相关的胃肠道障碍，如腹泻)的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的如本文所定义的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物。

本文还提供了一种如本文所定义的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物，其用于疗法中。

本文还提供了一种如本文所定义的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物，其用于治疗癌症和/或抑制与特定癌症相关的转移。

本文还提供了一种如本文所定义的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物，其用于治疗肠易激综合征(IBS)和/或与IBS相关的疼痛。

还提供了一种如本文所定义的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物，其用于向癌症患者提供支持护理，包含预防或最小化与包含化学治疗在内的治疗相关的胃肠道障碍，如腹泻。

本文还提供了一种式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其用于抑制RET激酶活性。

本文还提供了一种如本文所定义的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物，其用于治疗RET相关性疾病或障碍。

本文还提供了一种如本文所定义的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物在制备用于治疗癌症和/或抑制与特定癌症相关的转移的药物中的用途。

本文还提供了一种如本文所定义的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物在制备用于治疗肠易激综合征(IBS)和/或与IBS相关的疼痛的药物中的用途。

本文还提供了一种如本文所定义的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物在制备药物中的用途，所述药物用于向癌症患者提供支持护理，包含预防或最小化与包含化学治疗在内的治疗相关的胃肠道障碍，如腹泻。

本文还提供了一种如本文所定义的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物在制备用于抑制RET激酶活性的药物中的用途。

本文还提供了一种如本文所定义的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物在制备用于治疗RET相关性疾病或障碍的药物中的用途。

本文还提供了一种用于在有需要的患者中治疗癌症的方法，所述方法包括(a)确定所述癌症是否与RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调有关(例如，RET相关性癌症)；以及(b)如果确定所述癌症与RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调有关(例如，RET相关性癌症)，则向所述患者施用治疗有效量的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物。

本文还提供了一种用于在有需要的患者中治疗癌症(例如，RET相关性癌症，如具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的RET相关性癌症)的药物组合，所述药物组合包括(a)式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物、(b)另外的治疗剂以及(c)任选的至少一种药学上可接受的载剂，其中所述式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及所述另外的治疗剂被配制成用于同时、分别或依次使用以治疗癌症的单独的组合物或剂量，其中所述式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的量以及所述另外的治疗剂的量一起有效地治疗所述癌症。本文还提供了一种包括此类组合的药物组合物。本文还提供了一种此类组合在制备用于治疗癌症的药物中的用途。本文还提供了一种商业包装或产品，其包括此类组合作为用于同时、分别或依次使用的组合制剂；以及一种在有需要的患者中治疗癌症的方法。

本文还提供了一种用于逆转或预防抗癌药的获得性耐药性的方法，所述方法包括将治疗有效量的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物施用于处于产生或具有抗癌药获得性耐药性的风险中的患者。在一些实施例中，向所述患者施用一定剂量的抗癌药(例如，与向所述患者施用一定剂量的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的时间相同)。

本文还提供了一种在个体中延迟和/或预防患有对抗癌药具有抵抗力的癌症的方法，所述方法包括在施用有效量的抗癌药之前、期间或之后，向所述个体施用有效量的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

本文还提供了一种治疗对抗癌药产生耐药性的可能性增加的个体的方法，所述方法包括在施用(b)有效量的抗癌药之前、期间或之后，向所述个体施用(a)有效量的式I化合物。

还提供了治疗患有RET相关性癌症的个体的方法，所述RET相关性癌症具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变，所述突变增加了癌症对第一RET抑制剂的耐药性(例如，激酶结构域中的一个或多个氨基酸取代(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置700至1012)、门控氨基酸(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置804)、P环(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置730-737)、X-DFG残基(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置891)、ATP半裂溶剂前氨基酸(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置806-811)、激活环(例如，野生型RET蛋白中氨基酸位置891-916)、C螺旋和位于C螺旋之前的环(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置768-788)和/或ATP结合位点(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置730-733、738、756、758、804、805、807、811、881和892)(例如，在氨基酸位置804处的取代，例如V804M、V804L或V804E，或在氨基酸位置810处的取代，例如G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D和/或表3和表4中列出的一种或多种RET抑制剂耐药性突变)，所述方法包含在施用另一种抗癌药(例如，第二RET激酶抑制剂)之前、期间或之后，施用式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。还可参见J.Kooistra、G.K.Kanev、O.P.J.Van Linden、R.Leurs、I.J.P.De Esch和C.DeGraaf,“KLIFS：结构激酶-配体相互作用数据库(KLIFS:Astructural kinase-ligandinteraction database)”,《核酸研究(Nucleic Acids Res.)》,第44卷,第D1号,第D365-D371页,2016；以及O.P.J.Van Linden、A.J.Kooistra、R.Leurs、I.J.P.De Esch和C.DeGraaf,“KLIFS：用于操纵激酶-配体的相互作用空间的基于知识的结构数据库(KLIFS:Aknowledge-based structural database to navigate kinase-ligand interactionspace)”,《药物化学杂志(J.Med.Chem.)》,第57卷,第2号,第249-277页,2014，二者均通过引用整体并入本文。在一些实施例中，野生型RET蛋白是本文所述的示例性野生型RET蛋白。

还提供了治疗患有RET相关性癌症的个体的方法，所述方法包含在施用另一种抗癌药(例如，第一RET激酶抑制剂或另一种激酶抑制剂)之前、期间或之后，施用式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

本文还提供了一种用于在有需要的患者中治疗肠易激综合征(IBS)的方法，所述方法包括(a)确定所述IBS是否与RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调有关；以及(b)如果确定所述IBS与RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调有关，则向所述患者施用治疗有效量的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物。

本文还提供了一种用于在有需要的患者中治疗肠易激综合征(IBS)的药物组合，所述药物组合包括施用(a)通式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物、(b)另外的治疗剂以及(c)任选的至少一种药学上可接受的载剂，三者用于同时、分别或依次使用以治疗IBS，其中所述式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的量以及所述另外的治疗剂的量一起有效地治疗所述IBS。本文还提供了一种包括此类组合的药物组合物。本文还提供了一种此类组合在制备用于治疗所述IBS的药物中的用途。本文还提供了一种商业包装或产品，其包括此类组合作为用于同时、分别或依次使用的组合制剂；以及一种在有需要的患者中治疗所述IBS的方法。

本文还提供了一种用于制备式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的过程。

本文还提供了一种通过如本文定义的制备化合物的过程获得的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

除非另外定义，否则本文使用的所有技术术语和科学术语均具有与本发明所属领域的普通技术人员通常所理解的含义相同的含义。在此描述了用以在本发明中使用的材料和方法；也可以使用本领域已知的其它合适的方法和材料。这些材料、方法和实例仅是说明性的并且不旨在是限制性的。本文所提及的所有出版物、专利申请、专利、序列、数据库条目和其它参考文献通过引用整体并入。在发生冲突的情况下，应以本说明书(包含定义)为准。

本发明的其它特征和优点将通过以下详细描述和附图以及通过权利要求变得显而易见。

具体实施方式

本文提供了一种式I化合物：

及其互变异构体、立体异构体以及药学上可接受的盐和溶剂化物，其中：

W为CR

Z为C或N；

R

R

R

R

R

R

R

R

R

hetCyc

Ar

hetAr

Ar

(i)当Z为C时，环A(包含与含有Z、Y、X和W的环的连接点处的原子)为单环芳基环，其中所述环任选地被卤素、C3-C6环烷基、C1-C6烷氧基、R

R

R

Cyc

hetAr

hetCyc

R

Cyc

Cyc

hetCyc

Ar

hetAr

R

对于本文采用的复杂化学名称，通常在取代基所连接的基团之前命名该取代基。例如，甲氧基乙基包括具有甲氧基取代基的乙基主链。

术语“卤素”是指-F(有时在本文中被称为“氟”或“氟代”)、-Cl、-Br和-I。

如本文所使用的，术语“C1-C6烷基”是指具有一到六个碳原子的饱和直链或支链单价烃基。实例包含但不限于甲基、乙基、1-丙基、异丙基、1-丁基、异丁基、仲丁基、叔丁基、2-甲基-2-丙基、戊基、新戊基和己基。

如本文所使用的，术语“氟代C1-C6烷基”是指如本文所定义的C1-C6烷基，其中一到三个氢原子分别被一到三个氟原子替换。实例包含但不限于氟甲基、二氟甲基、三氟甲基、2-氟乙基、2,2-二氟乙基和2,2,2-三氟乙基。

如本文所使用的，术语“C1-C6烷氧基”是指具有一到六个碳原子的饱和直链或支链单价烷氧基，其中所述基团在氧原子上。实例包含甲氧基、乙氧基、丙氧基、异丙氧基、丁氧基和叔丁氧基。

如本文所使用的，术语“(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基”是指具有一到六个碳原子的饱和直链或支链单价基团，其中一个碳原子被如本文所定义的C1-C6烷氧基取代。实例包含甲氧基甲基(CH

如本文所使用的，术语“羟基C1-C6烷基”是指分别具有一到六个或二到六个碳原子的饱和直链或支链单价烷基，其中一个碳原子被羟基取代。

如本文所使用的，术语“C3-C6环烷基”是指环丙基、环丁基、环戊基或环己基。

如本文所使用的，术语“(hetCyc

如本文所使用的，术语“(Ar

如本文所使用的，术语“(hetAr

如本文所使用的，术语“化合物”旨在包含所描绘结构的所有立体异构体、几何异构体、互变异构体和同位素。除非另外说明，否则本文按名称或结构确定为一种特定互变异构形式的化合物旨在包含其它互变异构形式。

如本文所使用的，术语“互变异构体”是指其结构在原子排列上明显不同，但是以容易且快速的平衡存在的化合物，并且应理解，本文提供的化合物可描绘为不同的互变异构体，并且当化合物具有互变异构体形式时，所有互变异构体形式都意图在本发明的范围内，并且化合物的命名不排除任何互变异构体。互变异构形式的实例包含以下实例：

应当理解，本文提供的某些化合物可以含有一个或多个不对称中心，并且因此可以以异构体的混合物(如外消旋混合物)或对映体纯的形式进行制备和分离。

在结构中出现虚线(----)的情况下，虚线表示任选地存在的键，所述任选地存在的键与其相邻的单键一起指示单键或双键。因此，当

并且当

应理解的是，式I化合物中包括原子W、X、Y和Z的环不含有两个相邻的氧原子或两个相邻的S原子。

在式I的一个实施例中，R

在式I的一个实施例中，R

在式I的一个实施例中，R

在式I的一个实施例中，R

在式I的一个实施例中，R

在式I的一个实施例中，R

在式I的一个实施例中，R

在式I的一个实施例中，R

在式I的一个实施例中，R

在式I的一个实施例中，R

在式I的一个实施例中，Z为碳，并且环A(包含与含有Z、Y、X和W的环的连接点处的原子)为任选地被卤素、C3-C6环烷基、C1-C6烷氧基、R

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。当Z为C、环A为单环芳基环并且R

在一个实施例中，当Z为C时，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元单环杂芳基环，或当Z为N时，环A为具有两个环氮原子的5元杂芳基环，其中一个环氮原子为Z，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。

在一个实施例中，Z为N，并且环A为具有两个环氮原子的5元杂芳基环，其中一个环氮原子为Z，其中所述杂芳基环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在一个实施例中，当Z为N时，环A可以由式(ii)表示：

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。非限制性实例包含以下结构：

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。

在一个实施例中，Z为C，并且环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元单环杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代，并且R

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，其中所述式(iii-1)、(iii-2)和(iii-3)中的每一个是任选地经取代的C1-C6烷基或C3-C6环烷基。非限制性实例包含以下结构：

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。

在一个实施例中，Z为N，R

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且式(iv)任选地被R

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。

在式I的一个实施例中，W为CR

其中R

在一个实施例中，环A为当Z为N时产生的具有一个环氮原子的双环杂芳基环，其中所述环任选地被R

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。

在式I-A的一个实施例中，R

在式I-A的一个实施例中，R

在式I-A的一个实施例中，R

在式I的一个实施例中，W为CR

其中R

在式I-B的一个实施例中，环A为具有两个环氮原子的5元杂芳基环，其中一个环氮原子为Z，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在一个实施例中，环A为任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代的吡唑基环。在式I-B的一个实施例中，环A选自以下结构：

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。

在式I-B的一个实施例中，环A为当Z为N时产生的具有一个环氮原子的双环杂芳基环，其中所述环任选地被R

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。

在式I-B的一个实施例中，R

在式I-B的一个实施例中，R

在式I-B的一个实施例中，R

在式I-B的一个实施例中，R

在一个实施例中，W为CR

其中R

在式I-C的一个实施例中，环A为单环芳基环，其中所述环任选地被卤素、C3-C6环烷基、C1-C6烷氧基、R

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。

在式I-C的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元单环杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在式I-C的一个实施例中，环A为任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代的异噁唑基环或吡唑基环。在式I-C的一个实施例中，环A选自以下结构：

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。在式I-C的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代，不同之处在于，环A不包含以下结构：

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。

在式I-C的一个实施例中，R

在式I-C的一个实施例中，R

在式I-C的一个实施例中，R

在式I-C的一个实施例中，R

在式I-C的一个实施例中，R

在一个实施例中，W为CR

其中R

在式I-D的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在式I-D的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C3-C6环烷基取代。在式I-D的一个实施例中，环A为异噁唑基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在一个实施例中，环A为任选地被C3-C6环烷基取代的异噁唑基环。在式I-D的一个实施例中，环A为：

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。

在式I-D的一个实施例中，R

在式I-D的一个实施例中，R

在一个实施例中，W为CR

其中R

在式I-E的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在式I-E的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C3-C6环烷基取代。在式I-E的一个实施例中，环A为异噁唑基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在一个实施例中，环A为任选地被C3-C6环烷基取代的异噁唑基环。在式I-E的一个实施例中，环A为：

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。

在式I-E的一个实施例中，R

在式I-E的一个实施例中，R

在式I-E的一个实施例中，R

在式I-E的一个实施例中，R

在式I-E的一个实施例中，R

在一个实施例中，W为CR

其中R

在式I-F的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在式I-F的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C3-C6环烷基取代。在式I-F的一个实施例中，环A为异噁唑基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在一个实施例中，环A为任选地被C3-C6环烷基取代的异噁唑基环。在式I-F的一个实施例中，环A为：

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。

在式I-F的一个实施例中，R

在式I-F的一个实施例中，R

在式I-F的一个实施例中，R

在一个实施例中，W为CR

其中R

在式I-G的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在式I-G的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C3-C6环烷基取代。在式I-G的一个实施例中，环A为异噁唑基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在一个实施例中，环A为任选地被C3-C6环烷基取代的异噁唑基环。在式I-G的一个实施例中，环A为：

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。

在式I-G的一个实施例中，R

在式I-G的一个实施例中，R

在式I-G的一个实施例中，R

在一个实施例中，W为CR

其中R

在式I-H的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在式I-H的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C3-C6环烷基取代。在式I-H的一个实施例中，环A为异噁唑基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在一个实施例中，环A为任选地被C3-C6环烷基取代的异噁唑基环。在式I-H的一个实施例中，环A为：

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。

在式I-H的一个实施例中，R

在式I-H的一个实施例中，R

在式I-H的一个实施例中，R

在一个实施例中，W为CR

其中R

在式I-I的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在式I-I的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C3-C6环烷基取代。在式I-I的一个实施例中，环A为异噁唑基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在一个实施例中，环A为任选地被C3-C6环烷基取代的异噁唑基环。在式I-I的一个实施例中，环A为：

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。

在式I-I的一个实施例中，R

在式I-I的一个实施例中，R

在式I-I的一个实施例中，R

在式I-I的一个实施例中，R

在一个实施例中，W为CR

其中R

在式I-J的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在式I-J的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C3-C6环烷基取代。在式I-J的一个实施例中，环A为异噁唑基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在一个实施例中，环A为任选地被C3-C6环烷基取代的异噁唑基环。在式I-J的一个实施例中，环A为：

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。

在式I-J的一个实施例中，R

在式I-J的一个实施例中，R

在式I-J的一个实施例中，R

在一个实施例中，

其中R

在式I-K的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在式I-K的一个实施例中，环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C3-C6环烷基取代。在式I-K的一个实施例中，环A为异噁唑基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。在一个实施例中，环A为任选地被C3-C6环烷基取代的异噁唑基环。在式I-K的一个实施例中，环A为：

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点。

在式I-K的一个实施例中，R

在式I-K的一个实施例中，R

在一个实施例中，W为CR

其中R

在式I-L的一个实施例中，环A为当Z为N时产生的具有一个环氮原子的双环杂芳基环，其中所述环任选地被R

在式I-L的一个实施例中，环A为当Z为N时产生的具有一个环氮原子的双环杂芳基环，其中所述环任选地被R

在式I-L的一个实施例中，R

在式I-L的一个实施例中，R

在式I-L的一个实施例中，R

在式I-L的一个实施例中，R

在式I-L的一个实施例中，R

式I化合物包含其药学上可接受的盐。另外，式I化合物还包含此类化合物的其它盐，其不一定是药学上可接受的盐，并且可用作用于制备和/或纯化式I化合物和/或用于分离式I化合物的对映异构体的中间体。式I化合物的药学上可接受的盐的非限制性实例包含三氟乙酸盐和盐酸盐。

将进一步认识到，可以以溶剂化物的形式分离式I化合物或其盐，并且因此任何此类溶剂化物都包含在本发明的范围内。例如，式I化合物及其盐可以与药学上可接受的溶剂(如水、乙醇等)一起以未溶剂化形式和溶剂化形式存在。

在一个实施例中，式I化合物包含实施例1-151的化合物及其立体异构体以及药学上可接受的盐和溶剂化物。在一个实施例中，实施例1-151的化合物呈游离碱形式。在一个实施例中，实施例1-151的化合物呈盐形式。在一个实施例中，实施例1-151的化合物是三氟乙酸盐。在一个实施例中，实施例1-151的化合物呈盐酸盐的形式。

术语“药学上可接受的”表示该化合物或其盐或组合物与包括调配物的其它成分和/或用其治疗的患者在化学和/或毒理学上相容。

本文提供的化合物还可以在构成此类化合物的一个或多个原子上含有非天然比例的原子同位素。也就是说，原子(特别是当关于式I化合物提及时)包括该原子的所有同位素和同位素混合物，这些同位素或同位素混合物是天然存在的或合成产生的，具有天然丰度或呈同位素富集的形式。例如，当提及氢时，应理解为是指

出于说明性目的，方案1-25示出了制备本文提供的化合物的一般方法以及关键中间体。有关各个反应步骤的详细说明，请参见下文的“实例”部分。本领域技术人员将理解，可以使用其它合成路径来合成本发明的化合物。尽管在方案中描述了特定的起始材料和试剂，并在下文进行了讨论，但也可以轻松取代其它起始材料和试剂，以提供多种衍生物和/或反应条件。另外，根据本公开，可以使用本领域技术人员熟知的常规化学方法进一步修饰通过下述方法制备的许多化合物。

方案1示出了用于制备式I-C化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

可以将市售化合物1与具有式R

方案2示出了用于制备式I-C化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

可以将根据方案1制备的化合物9(其中R

方案3示出了用于制备式I-D化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

在用TBAF处理后，根据方案2制备的化合物15(其中R

方案4示出了用于制备式I-E化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

可以将根据方案1制备的化合物8(其中R

方案5示出了用于制备式I-F化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

在存在有机金属试剂(例如，正丁基锂)的情况下，可以将根据方案1制备的化合物8(其中R

方案6示出了用于制备式I-G化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

在用苄基(三苯基膦亚基)乙酸酯处理后，可以将根据方案1制备的化合物5(其中R

方案7示出了用于制备式I-H化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

可以将根据方案6制备的化合物32(其中R

可替代地，可以将化合物32与TMSCF

可替代地，在存在还原剂(例如，三乙酰氧基硼氢化钠)的情况下，可以将化合物32与具有式R

可替代地，可以在标准氢化条件下处理化合物32以将酮还原为醇(例如，使用硼氢化钠)，从而提供化合物32a，所述化合物32a为式I-H化合物，其中R

方案8示出了用于制备式I-K化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

可以将根据方案7制备的化合物32a(其中R

方案9示出了用于制备式I-I化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

在用具有式R

可替代地，在存在还原剂(例如，三乙酰氧基硼氢化钠)的情况下，用乙酸铵处理时，可以将化合物45环化，从而提供化合物48。可以将化合物48用(C1-C6烷基)SO

可替代地，可以将化合物48用具有式R

方案10示出了用于制备式I-J化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

在用三甲基甲硅烷基三氟甲磺酸酯(CF

方案11示出了用于制备式I-C化合物(即，式I化合物，其中W为CR

方案12示出了用于制备式I-A化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，n为0、1、2、3或4，并且每个R

使用适当的钯催化的交叉偶联反应条件(例如，铃木偶联反应条件)，可以将根据方案10制备的化合物56(其中R

方案13示出了用于制备式I-C化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

在存在强碱(如正丁基锂)的情况下，用甲基碘处理时，可以将根据方案1制备的化合物4(其中R

方案14示出了用于制备式I-C化合物(即，式I化合物，其中W为CR

在存在三苯基膦的情况下，可以将根据方案11制备的化合物56(其中R

方案15示出了用于制备式I-B化合物(即，式I化合物，其中W为CR

使用适当的钯催化的交叉偶联反应条件(例如，铃木偶联反应条件)，可以将根据方案11制备的化合物56(其中R

方案16示出了用于制备式I-A化合物(即，式I化合物，其中W为CR

在合适的氧化条件下(例如，通过用戴斯-马丁高碘烷进行处理)，根据方案15制备的化合物79(其中环A、R

方案17示出了用于制备式I-B化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，n为0、1、2、3或4，并且每个R

可以将根据方案12制备的化合物63(其中R

方案18示出了用于制备式I-B化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，每个R

在存在三苯基膦的情况下，可以将根据方案12制备的化合物56(其中R

方案19示出了用于制备式I-C化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

使用适当的钯催化的交叉偶联反应条件(例如，铃木偶联反应条件)，可以将通过方案18制备的化合物73(其中R

方案20示出了用于制备式I-C化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

可以通过使市售化合物1与合适的试剂反应来保护所述化合物1的环氮原子，从而提供化合物100，其中PG为氨基保护基团(例如，SEM)。化合物100可以以类似于在方案1中针对将化合物2转化为化合物4所描述的方式进行反应，从而提供化合物101，其中R

可替代地，可以在标准条件下除去化合物104的氨基保护基团PG，从而提供化合物105。使用光延反应条件，可以将化合物105与具有式R

方案21示出了用于制备式I-G化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

可以将市售化合物1与具有式PG-X的试剂反应，其中PG为合适的氨基保护基团(例如，SEM)并且X为离去基团(例如，卤基，例如Cl)，从而提供化合物2a。可以将化合物2a与盐酸羟胺反应，从而提供肟化合物3a。在用具有式HC≡C-R

可替代地，可以将化合物109与氢氧化铵反应，从而提供化合物111，所述化合物111为式I-G化合物，其中R

作为另一种替代方案，可以将化合物109与式P

方案22示出了用于制备式I-H化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

可以将根据方案21制备的含酮化合物110(其中R

可替代地，可以将根据方案21制备的化合物32(其中R

可替代地，可以将根据方案21制备的化合物111(其中R

方案23示出了用于制备式I-H化合物(即，式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

可以将化合物114用式R

方案24示出了用于制备式I-A化合物(即，式I化合物，其中W为CR

可以在醇氧化条件下(例如，在存在戴斯-马丁高碘烷的情况下)对根据方案11制备的化合物53(其中R

方案25示出了用于制备式I-L化合物(即，式I化合物，其中W为CR

可以对根据方案24制备的化合物120(其中R

进一步地，可以用Curtius型重排的二苯基磷酰基叠氮化物(DPPA)和三甲胺处理化合物139。将中间体(未示出)处理为(C1-C6烷基CO)

如本文所使用的，术语“氨基保护基团”是指在对化合物上的其它官能团进行反应时通常用于封闭或保护氨基的基团的衍生物。适用于本文所述的任何过程的保护基团的实例包含氨基甲酸酯、酰胺、烷基和芳基、苄基和经取代的苄基、亚胺以及许多N-杂原子衍生物，可以将这些基团除去以再生期望的胺基。氨基保护基团的非限制性实例为2,4-二甲氧基苄基(DMB)、乙酰基、三氟乙酰基、叔丁氧基羰基(“Boc”)、苄氧基羰基(“CBz”)[2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基]甲基(SEM)、二甲基甲酰胺二甲基乙缩醛和9-芴基亚甲基氧基羰基(“Fmoc”)。在以下文献中发现了这些基团和其它保护基团的另外的实例：T.W.Greene等人

可以用例如以下文献中所述的任何方便的氮保护基团中的一个或多个氮保护基团来保护在上述任何方法中描述的化合物中的氮原子：Greene&Wuts编辑,“有机合成中的保护基团(Protecting Groups in Organic Synthesis)”,第2版,纽约；约翰威利父子公司(John Wiley&Sons,Inc.),1991年。氮保护基团可以是如上所述的任何“氨基保护基团”。氮保护基团的实例包含酰基和烷氧基羰基，如叔丁氧基羰基(BOC)、苯氧基羰基和[2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基]甲基(SEM)。

可以用例如以下文献中所述的任何方便的羟基保护基团来保护羟基：T.W.Greene等人,《格林氏有机合成中的保护基团》纽约：威利出版社(Wiley Interscience),2006。实例包含苄基、三苯甲基、硅烷基醚(例如，叔丁基二甲基甲硅烷基)等。

因此，本文进一步提供了一种用于制备如本文所定义的式I化合物或其药学上可接受的盐的过程，所述过程包括：

(a)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

(b)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

并除去氨基保护基团P

(c)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

除去氨基保护基团P

(d)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，n为0、1、2、3或4，并且每个R

其中R

(e)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，每个R

其中R

(f)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(g)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(h)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(i)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

并除去氨基保护基团P

(j)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

(k)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点；并且R

其中R

使下式化合物：

其中PG为氨基保护基团，并且R

除去所得中间体上的氨基保护基团PG；

(l)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(m)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

除去氨基保护基团P

(n)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(o)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(p)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(q)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(r)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(s)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(t)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(u)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(v)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

任选地对所得产物进行手性分离；

(w)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

任选地对所得产物进行手性分离；

(x)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

使所得中间体与氢氧化铵反应；

(y)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

除去所得中间体上的氨基保护基团P

(z)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

除去所得中间体上的氨基保护基团P

(aa)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(bb)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

除去所得中间体上的氨基保护基团P；

(cc)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

并将所得中间体与式R

(dd)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

并除去氨基保护基团P

(ee)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

使所得中间体与式(C1-C6烷基CO)

除去所得中间体上的氨基保护基团P

任选地除去任何剩余的保护基团，并任选地形成其药学上可接受的盐。

可以通过实例A、B、C和D中所述的测定法证明测试化合物充当RET抑制剂的能力。IC

在一些实施例中，本文提供的化合物表现出有效的和选择性的RET抑制作用。例如，本文提供的化合物针对野生型RET和由包含激活突变或RET激酶抑制剂耐药性突变(包含例如，KIF5B-RET融合、G810R和G810S ATP裂前突变、M918T激活突变以及V804M、V804L和V804E门控突变)的RET基因编码的RET激酶表现出纳摩尔效力，对相关激酶的活性极低。

在一些实施例中，本文提供的化合物针对由编码RET融合蛋白(例如本文所述的任何RET融合蛋白，包含但不限于CCDC6-RET或KIF5B-RET)的RET基因编码的改变后的RET融合蛋白表现出纳摩尔效力，所述RET基因包含RET激酶抑制剂耐药性突变(例如，本文所述的任何RET突变，包含但不限于V804M、V804L或V804E)，使得改变后的RET蛋白是一种由于存在RET激酶抑制剂耐药性氨基酸取代或缺失而表现出RET激酶耐药性的RET融合蛋白。非限制性实例包含CCDC6-RET-V804M和KIF5B-RET-V804M。在一些实施例中，本文提供的化合物针对由RET基因编码的改变后的RET蛋白表现出纳摩尔效力，所述RET基因包含RET突变(例如本文所述的任何RET突变，包含但不限于C634W或M918T)并包含RET激酶抑制剂耐药性突变(例如，本文所述的任何RET激酶抑制剂耐药性突变，包含但不限于V804M、V804L或V804E)，使得所述改变后的RET蛋白包含由RET突变(例如，RET一级突变)引起的RET取代，并且由于存在RET激酶抑制剂耐药性氨基酸取代或缺失，所述改变后的RET蛋白表现出RET激酶耐药性。

在一些实施例中，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐选择性地靶向RET激酶。例如，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物可以选择性地将RET激酶靶向于另一种激酶或非激酶靶标。

在一些实施例中，相对于另一种激酶，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物对RET激酶表现出至少30倍的选择性。例如，相对于另一种激酶，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物对RET激酶表现出至少40倍的选择性；至少50倍的选择性；至少60倍的选择性；至少70倍的选择性；至少80倍的选择性；至少90倍的选择性；至少100倍的选择性；至少200倍的选择性；至少300倍的选择性；至少400倍的选择性；至少500倍的选择性；至少600倍的选择性；至少700倍的选择性；至少800倍的选择性；至少900倍的选择性；或至少1000倍的选择性。在一些实施例中，在细胞测定法(例如，本文提供的细胞测定法)中测量RET激酶相对于另一种激酶的选择性。

在一些实施例中，本文提供的化合物可以表现出RET激酶相对于KDR激酶(例如，VEGFR2)的选择性。在一些实施例中，在不损失由包含激活突变或RET激酶抑制剂耐药性突变(例如，门控突变体)的RET基因编码的RET激酶的效力的情况下，观察到RET激酶相对于KDR激酶的选择性。在一些实施例中，与KIF5B-RET的抑制作用相比，相对于KDR激酶的选择性为至少10倍(例如，至少40倍的选择性；至少50倍的选择性；至少60倍的选择性；至少70倍的选择性；至少80倍的选择性；至少90倍的选择性；至少100倍的选择性；至少150倍的选择性；至少200倍的选择性；至少250倍的选择性；至少300倍的选择性；至少350倍的选择性；或至少400倍的选择性)(例如，与KDR相比，所述化合物对KIF5B-RET更有效)。在一些实施例中，相对于KDR激酶，RET激酶的选择性为约30倍。在一些实施例中，相对于KDR激酶，RET激酶的选择性为至少100倍。在一些实施例中，相对于KDR激酶，RET激酶的选择性为至少150倍。在一些实施例中，相对于KDR激酶，RET激酶的选择性为至少400倍。不受任何理论的束缚，有效的KDR激酶抑制作用被认为是靶向RET的多激酶抑制剂(MKI)的共同特征，并且可能是使用此类化合物观察到的剂量限制性毒性的来源。

在一些实施例中，对V804M的抑制作用类似于对于野生型RET所观察到的抑制作用。例如，对V804M的抑制作用在野生型RET的抑制作用的约2倍(例如，约5倍、约7倍、约10倍)之内(例如，所述化合物对野生型RET和V804M具有类似的效力)。在一些实施例中，在酶测定法(例如，本文提供的酶测定法)中测量野生型或V804M RET激酶相对于另一种激酶的选择性。在一些实施例中，本文提供的化合物表现出对RET突变细胞的选择性细胞毒性。

在一些实施例中，对G810S和/或G810R的抑制作用类似于对于野生型RET所观察到的抑制作用。例如，对G810S和/或G810R的抑制作用在野生型RET的抑制作用的约2倍(例如，约5倍、约7倍、约10倍)之内(例如，所述化合物对野生型RET和G810S和/或G810R具有类似的效力)。在一些实施例中，在酶测定法(例如，本文提供的酶测定法)中测量野生型或G810S和/或G810R RET激酶相对于另一种激酶的选择性。在一些实施例中，本文提供的化合物表现出对RET突变细胞的选择性细胞毒性。

在一些实施例中，本文提供的化合物表现出脑和/或中枢神经系统(CNS)渗透性。此类化合物能够穿过血脑屏障并抑制脑和/或其它CNS结构中的RET激酶。在一些实施例中，本文提供的化合物能够以治疗有效量穿过血脑屏障。例如，对患有癌症的患者(例如，RET相关性癌症，如与RET相关的脑癌或CNS癌症)的治疗可以包含向患者施用(例如，口服施用)化合物。在一些此类实施例中，本文提供的化合物可用于治疗原发性脑肿瘤或转移性脑肿瘤。例如，与RET相关的原发性脑瘤或转移性脑瘤。

在一些实施例中，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物表现出以下一项或多项：高GI吸收、低清除率和低药物-药物相互作用潜力。

式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物可用于治疗可以用RET激酶抑制剂治疗的疾病和障碍，如RET相关性疾病和障碍，例如增生性疾病，如癌症，包含血液系统癌症和实体瘤(例如，晚期实体瘤和/或RET融合阳性实体瘤)，以及胃肠道障碍，如IBS。

如本文所使用的，术语“治疗(treat或treatment)”是指治疗性或减缓性措施。有益或期望的临床结果包含但不限于完全或部分地缓解与疾病或障碍或病症相关的症状、减轻疾病程度、稳定疾病状态(即，不恶化)、延迟或减慢疾病的进展、改善或减轻疾病状态(例如，一种或多种疾病症状)以及缓解(无论是部分还是全部)，无论是可检测的还是不可检测的。“治疗”还可以意味着与未接受治疗的情况下的预期生存期相比，生存期延长。

如本文所使用的，术语“受试者”、“个体”或“患者”可互换使用，其是指任何动物，包含哺乳动物，如小鼠、大鼠、其它啮齿动物、兔、狗、猫、猪、牛、绵羊、马、灵长类动物和人类。在一些实施例中，患者是人类。在一些实施例中，受试者已经经历和/或表现出待治疗和/或预防的疾病或障碍的至少一种症状。在一些实施例中，已经将受试者鉴定或诊断为患有其中RET基因、RET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平失调的癌症(RET相关性癌症)(例如，如使用监管机构批准(例如，FDA批准)的测定法或试剂盒所确定的)。在一些实施例中，受试者具有针对RET基因、RET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调呈阳性的肿瘤(例如，如使用监管机构批准的测定法或试剂盒所确定的)。所述受试者可以是具有针对RET基因、RET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调呈阳性的一个或多个肿瘤的受试者(例如，使用监管机构批准(例如，FDA批准)的测定法或试剂盒鉴定为阳性)。所述受试者可以是其肿瘤具有RET基因、RET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的受试者(例如，其中使用监管机构批准(例如，FDA批准)的测定法或试剂盒如此鉴定肿瘤)。在一些实施例中，所述受试者疑似患有RET相关性癌症。在一些实施例中，所述受试者具有临床记录，所述临床记录表明所述受试者患有肿瘤，所述肿瘤具有RET基因、RET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调(并且任选地，所述临床记录表明应该用本文提供的任何组合物治疗所述受试者)。在一些实施例中，所述患者是儿科患者。

如本文所使用的，术语“儿科患者”是指在诊断或治疗时处于21岁以下的患者。术语“儿科”可以进一步分为各种亚群，包含：新生儿(从出生到生命的第一个月)；婴儿(1个月到两岁)；儿童(两岁到12岁)；和青少年(12岁到21岁(至多但不包含二十二岁生日))。Berhman RE、Kliegman R、Arvin AM、Nelson WE.《尼尔森儿科教科书(Nelson Textbook ofPediatrics)》,第15版,费城:W.B.桑德斯出版公司(W.B.Saunders Company),1996；Rudolph AM等人《鲁道夫儿科学(Rudolph's Pediatrics)》,第21版,纽约：麦格劳-希尔出版社(McGraw-Hill),2002；以及Avery MD、First LR.《儿科医学(Pediatric Medicine)》,第2版,巴尔的摩:威廉斯和威尔金斯出版公司(Williams&Wilkins)；1994。在一些实施例中，儿科患者的年龄为从出生到生命的前28天、从29天到两岁以下、从两岁到12岁以下或从12岁到21岁(至多但不包含二十二岁生日)。在一些实施例中，儿科患者的年龄为从出生到生命的前28天、从29天到1岁以下、从一个月到四个月以下、从三个月到七个月以下、从六个月到1岁以下、从1岁到2岁以下、从2岁到3岁以下、从2岁到七岁以下、从3岁到5岁以下、从5岁到10岁以下、从6岁到13岁以下、从10岁到15岁以下或从15岁到22岁以下。

在某些实施例中，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物可用于预防本文所定义的疾病和障碍(例如，自身免疫性疾病、炎性疾病和癌症)。如本文所使用的，术语“预防”是指完全或部分地预防本文所述的疾病或病症或其症状的发作、复发或扩散。

如本文所使用的，术语“RET相关性疾病或障碍”是指与RET基因、RET激酶(在本文中也被称为RET激酶蛋白)或二者中任何(例如，一个或多个)的表达或活性或水平的失调(例如，本文所述的任何类型的RET基因、RET激酶、RET激酶结构域或三者中任一个的表达或活性或水平的失调)相关联或具有所述失调的疾病或障碍。RET相关性疾病或障碍的非限制性实例包含例如癌症和胃肠道障碍，如肠易激综合征(IBS)。

如本文所使用的，术语“RET相关性癌症”是指与RET基因、RET激酶(在本文中也被称为RET激酶蛋白)或二者中任一个的表达或活性或水平的失调相关联或具有所述失调的癌症。本文描述了RET相关性癌症的非限制性实例。

短语“RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调”是指(例如，与对照非癌细胞相比)哺乳动物细胞中野生型RET激酶的基因突变(例如，染色体易位，其导致包含RET激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达；RET基因中的突变，其导致与野生型RET蛋白相比包含至少一个氨基酸缺失的RET蛋白的表达；RET基因中的突变，其导致与野生型RET蛋白相比具有一个或多个点突变的RET蛋白的表达；RET基因中的突变，其导致与野生型RET蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的RET蛋白的表达；基因重复，其导致细胞中RET蛋白水平升高；或调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变，其导致细胞中RET蛋白水平升高；RET mRNA的替代剪接形式，其导致与野生型RET蛋白相比具有至少一个氨基酸缺失的RET蛋白)或表达增加(例如，水平升高)，这是由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导而导致的。作为另一个实例，RET基因、RET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是RET基因中的突变，所述RET基因编码具有组成性活性或与由不包含突变的RET基因编码的蛋白质相比具有增加的活性的RET蛋白。例如，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是基因或染色体易位的结果，所述基因或染色体易位导致融合蛋白的表达，所述融合蛋白含有包含功能性激酶结构域的RET的第一部分和伴侣蛋白(即，并非RET)的第二部分。在一些实例中，RET基因、RET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是一个RET基因与另一个非RET基因的基因易位的结果。表1中描述了融合蛋白的非限制性实例。表2和2a中描述了RET激酶蛋白点突变/插入/缺失的非限制性实例。RET激酶蛋白突变(例如，点突变)的另外的实例是RET抑制剂耐药性突变。表3和表4中描述了RET抑制剂耐药性突变的非限制性实例。

在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可能由RET基因中的激活突变引起(参见例如染色体易位，其导致表1中列出的任何融合蛋白的表达)。在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可能由基因突变引起，所述基因突变导致与例如野生型RET激酶相比，对RET激酶抑制剂和/或多激酶抑制剂(MKI)的抑制作用具有增加的耐药性的RET激酶的表达(参见例如表3和4中的氨基酸取代)。在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可能由编码经改变的RET蛋白(例如，RET融合蛋白或具有突变(例如，一级突变)的RET蛋白)的核酸中的突变引起，所述突变导致与例如野生型RET激酶相比，对RET激酶抑制剂和/或多激酶抑制剂(MKI)的抑制作用具有增加的耐药性的经改变的RET蛋白的表达(参见例如表3和4中的氨基酸取代)。表2和2a中示出的示例性RET激酶点突变、插入和缺失可能由激活突变引起和/或导致对RET激酶抑制剂和/或多激酶抑制剂(MKI)的抑制作用具有增加的耐药性的RET激酶的表达。

术语“激活突变”描述了RET激酶基因中的突变，所述突变导致与例如野生型RET激酶相比，例如当在相同条件下测定时，具有增加的激酶活性的RET激酶的表达。例如，激活突变可以导致融合蛋白的表达，所述融合蛋白包含RET激酶结构域和融合伴侣。在另一个实例中，激活突变可以是RET激酶基因中的突变，其导致具有一个或多个(例如，两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个)氨基酸取代(例如，本文所述的任何氨基酸取代的任何组合)的RET激酶的表达，与例如野生型RET激酶相比，例如当在相同条件下测定时，所述RET激酶具有增加的激酶活性。在另一个实例中，激活突变可以是RET激酶基因中的突变，其导致与例如野生型RET激酶相比，例如当在相同条件下测定时，缺失一个或多个(例如，两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个)氨基酸的RET激酶的表达。在另一个实例中，激活突变可以是RET激酶基因中的突变，其导致与野生型RET激酶(例如，本文所述的示例性RET激酶)相比，例如当在相同条件下测定时，插入至少一个(例如，至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个、至少10个、至少12个、至少14个、至少16个、至少18个或至少20个)氨基酸的RET激酶的表达。激活突变的另外的实例是本领域已知的。

术语“野生型(wildtype或wild-type)”描述了在未患有RET相关性疾病(例如，RET相关性癌症)(并且任选地，也不会增加患有RET相关性疾病的风险和/或不会疑似患有RET相关性疾病)的受试者中发现的核酸(例如，RET基因或RET mRNA)或蛋白质(例如，RET蛋白)，或在来自未患有RET相关性疾病(例如，RET相关性癌症)(并且任选地，也不会增加患有RET相关性疾病的风险和/或不会疑似患有RET相关性疾病)的受试者的细胞或组织中发现的核酸或蛋白质。

术语“监管机构”是指一个国家的机构，用于批准该国药剂的医疗用途。例如，管理机构的非限制性实例是美国食品和药物管理局(FDA)。

本文提供了一种在需要治疗的患者中治疗癌症(例如，RET相关性癌症)的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物。例如，本文提供了用于在需要治疗的患者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：a)在来自患者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及b)施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含一个或多个融合蛋白。表1中描述了RET基因融合蛋白的非限制性实例。在一些实施例中，所述融合蛋白是KIF5B-RET。在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含一个或多个RET激酶蛋白点突变/插入。表2和2a中描述了RET激酶蛋白点突变/插入/缺失的非限制性实例。在一些实施例中，所述RET激酶蛋白点突变/插入/缺失选自由以下组成的组：M918T、M918V、C634W、V804L、V804M、G810S和G810R。在一些实施例中，所述RET激酶蛋白点突变/插入/缺失发生在RET融合蛋白(例如，表1中描述的任何RET基因融合蛋白)中。在一些实施例中，式I化合物选自：i)实例1-20、ii)实例21-40、iii)实例41-60、iv)实例61-80、v)实例81-100、vi)实施例101-120、vii)实例121-140或viii)实例141-151。

在本文描述的任何方法或用途的一些实施例中，所述癌症(例如，RET相关性癌症)是血液学癌症。在本文描述的任何方法或用途的一些实施例中，所述癌症(例如，RET相关性癌症)是实体瘤(例如，晚期实体瘤和/或RET融合阳性实体瘤)。在本文描述的任何方法或用途的一些实施例中，所述癌症(例如，RET相关性癌症)是肺癌(例如，小细胞肺癌或非小细胞肺癌)、甲状腺癌(例如，乳头状甲状腺癌、甲状腺髓样癌(例如，散发性甲状腺髓样癌或遗传性甲状腺髓样癌)、分化型甲状腺癌、复发性甲状腺癌或难治性分化型甲状腺癌)、甲状腺瘤、内分泌腺肿瘤、肺腺癌、细支气管肺癌、2A或2B型多发性内分泌肿瘤(分别为MEN2A或MEN2B)、嗜铬细胞瘤、甲状旁腺增生、乳腺癌、乳腺癌、乳腺瘤、乳腺肿瘤、结直肠癌(例如，转移性结直肠癌)、乳头状肾细胞癌、胃肠粘膜神经节神经瘤病、炎性肌纤维母细胞瘤或子宫颈癌。在本文描述的任何方法或用途的一些实施例中，所述癌症(例如，RET相关性癌症)选自由以下组成的组：急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓细胞性白血病(AML)、青少年癌症、肾上腺皮质癌、肛门癌、阑尾癌、星形细胞瘤、非典型畸形瘤/横纹肌样瘤、基底细胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨癌、脑干神经胶质瘤、脑瘤、乳腺癌、支气管肿瘤、伯基特淋巴瘤(Burkittlymphoma)、类癌瘤、未知的原发性癌、心脏肿瘤、子宫颈癌、儿童期癌症、脊索瘤、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、慢性骨髓性白血病(CML)、慢性骨髓增生性肿瘤、按部位分布的肿瘤、肿瘤、结肠癌、结直肠癌、颅咽管瘤、皮肤T细胞淋巴瘤、皮肤血管肉瘤、胆管癌、原位导管癌、胚胎肿瘤、子宫内膜癌、室管膜瘤、食道癌、嗅神经母细胞瘤、尤文肉瘤(Ewing sarcoma)、颅外生殖细胞肿瘤、性腺外生殖细胞肿瘤、肝外胆管癌、眼癌、输卵管癌、骨纤维组织细胞瘤、胆囊癌、胃癌、胃肠道类癌、胃肠道间质瘤(GIST)、生殖细胞瘤、妊娠滋养细胞疾病、胶质瘤、毛细胞瘤、毛细胞白血病、头颈癌、胸腔肿瘤、头颈肿瘤、CNS肿瘤、原发性CNS肿瘤、心脏病、肝细胞癌、组织细胞增生、霍奇金淋巴瘤(Hodgkin's lymphoma)、下咽癌、眼内黑色素瘤、胰岛细胞瘤、胰腺神经内分泌肿瘤、卡波济肉瘤(Kaposi sarcoma)、肾癌、朗格汉斯细胞组织细胞增多症(Langerhans cell histiocytosis)、喉癌、白血病、嘴唇和口腔癌、肝癌、肺癌、淋巴瘤、巨球蛋白血症、骨恶性纤维组织细胞瘤、骨癌、黑色素瘤、默克尔细胞癌(Merkelcell carcinoma)、间皮瘤、转移性鳞状颈癌、中线癌、口腔癌、多发性内分泌肿瘤综合征、多发性骨髓瘤、蕈样肉芽肿、骨髓增生异常综合征、骨髓增生异常/骨髓增生性肿瘤、按部位分布的肿瘤、肿瘤、骨髓性白血病、髓样白血病、多发性骨髓瘤、骨髓增生性肿瘤、鼻腔和鼻窦癌、鼻咽癌、成神经细胞瘤、非霍奇金淋巴瘤、非小细胞肺癌、肺肿瘤、肺癌、肺部肿瘤、呼吸道肿瘤、支气管癌、支气管肿瘤、口癌、口腔癌、唇癌、口咽癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰腺癌、乳头状瘤病、副神经节瘤、鼻窦和鼻腔癌、甲状旁腺癌、阴茎癌、咽癌、嗜铬细胞瘤、垂体癌、浆细胞瘤、胸膜肺母细胞瘤、与妊娠有关的乳腺癌、原发性中枢神经系统淋巴瘤、原发性腹膜癌、前列腺癌、直肠癌、结肠癌、结肠肿瘤、肾细胞癌、视网膜母细胞瘤、横纹肌肉瘤、唾液腺癌、肉瘤、Sezary综合征、皮肤癌、斯皮茨瘤(Spitz tumor)、小细胞肺癌、小肠癌、软组织肉瘤、鳞状细胞癌、鳞状颈癌、胃癌、T细胞淋巴瘤、睾丸癌、喉癌、胸腺瘤和胸腺癌、甲状腺癌、肾盂和输尿管的移行细胞癌、未知的原发性癌、尿道癌、子宫癌、子宫肉瘤、阴道癌、外阴癌和wilms瘤。

在一些实施例中，血液癌症(例如，RET相关性癌症的血液癌症)选自由以下组成的组：白血病、淋巴瘤(非霍奇金淋巴瘤)、霍奇金病(也被称为霍奇金淋巴瘤)和骨髓瘤，例如，急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓细胞性白血病(AML)、急性早幼粒细胞性白血病(APL)、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、慢性粒细胞性白血病(CML)、慢性粒细胞性白血病(CMML)、慢性中性粒细胞性白血病(CNL)、急性未分化的白血病(AUL)、间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、淋巴细胞性白血病(PML)、青少年骨髓单核细胞白血病(JMML)、成人T细胞ALL、伴有三系骨髓增生异常的AML(AML/TMDS)、混合谱系白血病(MLL)、骨髓增生异常综合征(MDS)、骨髓增生异常(MPD)和多发性骨髓瘤(MM)。血液癌症的另外的实例包含骨髓增生异常(MPD)，如真性红细胞增多症(PV)、原发性血小板减少症(ET)和特发性原发性骨髓纤维化(IMF/IPF/PMF)。在一个实施例中，血液癌症(例如，RET相关性癌症的血液癌症)是AML或CMML。

在一些实施例中，癌症(例如，RET相关性癌症)是实体瘤。实体瘤(例如，作为RET相关性癌症的实体瘤)的实例包含例如，甲状腺癌(例如，乳头状甲状腺癌、甲状腺髓样癌)、肺癌(例如，肺腺癌、小细胞肺癌)、胰腺癌、胰腺导管癌、乳腺癌、结肠癌、结直肠癌、前列腺癌、肾细胞癌、头颈部肿瘤、成神经细胞瘤和黑色素瘤。参见例如《自然综述·癌症》,2014,14,173-186。

在一些实施例中，所述癌症选自由以下组成的组：肺癌、乳头状甲状腺癌、甲状腺髓样癌、分化型甲状腺癌、复发性甲状腺癌、难治性分化型甲状腺癌、2A或2B型多发性内分泌肿瘤(分别为MEN2A或MEN2B)、嗜铬细胞瘤、甲状旁腺增生、乳腺癌、结直肠癌、乳头状肾细胞癌、胃肠粘膜神经节神经瘤病和宫颈癌。

在一些实施例中，所述患者是人类。

式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物也可用于治疗RET相关性癌症。

因此，本文提供了一种用于治疗被诊断或鉴定为患有RET相关性癌症(例如，本文所公开的任何示例性RET相关性癌症)的患者的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的如本文所定义的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物。

RET激酶、RET基因或二者中任何(例如，一个或多个)的表达或活性或水平的失调可有助于肿瘤发生。例如，RET激酶、RET基因或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是RET激酶、RET基因或RET激酶结构域的易位、过表达、激活、扩增或突变。易位可以包含导致融合蛋白的表达的基因易位，所述融合蛋白包含RET激酶结构域和融合伴侣。例如，与野生型RET蛋白相比，融合蛋白可以具有增加的激酶活性。在一些实施例中，RET基因中的突变可以涉及RET配体结合位点、细胞外结构域、激酶结构域以及参与蛋白质:蛋白质相互作用和下游信号传导的区域中的突变。在一些实施例中，RET基因中的突变(例如，激活突变)可以导致具有一个或多个(例如，两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个)氨基酸取代(例如，激酶结构域中的一个或多个氨基酸取代(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置723至1012)、门控氨基酸(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置804)、P环(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置730-737)、DFG基序(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置892-894)、ATP分裂溶剂前氨基酸(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置758、811和892)、激活环(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置891-916)、C螺旋和位于C螺旋之前的环(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置768-788)和/或ATP结合位点(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置730-733、738、756、758、804、805、807、811、881和892))的RET激酶的表达。在一些实施例中，突变可以是RET基因的基因扩增。在一些实施例中，RET基因中突变(激活突变)可以导致与野生型RET蛋白相比缺少至少一个氨基酸(例如，至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个、至少10个、至少12个、至少14个、至少16个、至少18个、至少20个、至少25个、至少30个、至少35个、至少40个、至少45个或至少50个氨基酸)的RET激酶或RET受体的表达。在一些实施例中，由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导，RET激酶的失调可以增加哺乳动物细胞中野生型RET激酶的表达(例如，水平升高)(例如，与对照非癌细胞相比)。在一些实施例中，RET基因中突变(激活突变)可以导致与野生型RET蛋白相比插入至少一个氨基酸(例如，至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个、至少10个、至少12个、至少14个、至少16个、至少18个、至少20个、至少25个、至少30个、至少35个、至少40个、至少45个或至少50个氨基酸)的RET激酶或RET受体的表达。在一些实施例中，例如由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导，RET激酶的失调可以增加哺乳动物细胞中野生型RET激酶的表达(例如，水平升高)(例如，与对照非癌细胞相比)。其它失调可以包含RET mRNA剪接变体。在一些实施例中，所述野生型RET蛋白是本文所述的示例性野生型RET蛋白。

在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含野生型RET激酶的过表达(例如，导致自分泌激活)。在一些实施例中，RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含染色体区段中的过表达、激活、扩增或突变，所述染色体区段包括RET基因或其部分，包含例如激酶结构域部分或能够展现激酶活性的部分。

在一些实施例中，RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含一个或多个染色体移位或倒位，从而导致RET基因融合。在一些实施例中，RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调是基因易位的结果，其中被表达的蛋白是含有来自非RET伴侣蛋白的残基的融合蛋白，并包含最少的功能性RET激酶结构域。

表1中示出了RET融合蛋白的非限制性实例。

表1.示例性RET融合伴侣和癌症

在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含RET激酶中的一个或多个缺失(例如，位置4处的氨基酸的缺失)、插入或一个或多个点突变。在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含从RET激酶中缺失一个或多个残基，从而导致RET激酶结构域的组成性活性。

在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含RET基因中的至少一个点突变，所述点突变导致产生RET激酶，与野生型RET激酶相比，所述RET激酶具有一个或多个氨基酸取代、插入或缺失(参见例如，表2中列出的点突变)。

表2.RET激酶蛋白氨基酸取代/插入/缺失

在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含RET基因中的至少一个点突变，所述点突变导致产生RET激酶，与野生型RET激酶相比，所述RET激酶具有一个或多个氨基酸取代、插入或缺失(参见例如，表2a中列出的点突变)。

表2a RET激酶蛋白氨基酸取代/插入/缺失

在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含RET mRNA中的剪接变异，所述剪接变异导致被表达的蛋白质，所述被表达的蛋白质是(与野生型RET激酶相比)缺失至少一个残基的RET的选择性剪接的变体，从而导致RET激酶结构域的组成性活性。

如本文所定义的，“RET激酶抑制剂”包含表现出RET抑制活性的任何化合物。在一些实施例中，RET激酶抑制剂对RET激酶具有选择性。示例性RET激酶抑制剂可以针对RET激酶表现出小于约1000nM、小于约500nM、小于约200nM、小于约100nM、小于约50nM、小于约25nM、小于约10nM或小于约1nM的抑制活性(IC

如本文所使用的，“第一RET激酶抑制剂”或“第一RET抑制剂”是如本文所定义的RET激酶抑制剂，但其不包含如本文所定义的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。如本文所使用的，“第二RET激酶抑制剂”或“第二RET抑制剂”是如本文所定义的RET激酶抑制剂，但其不包含如本文所定义的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。当本文提供的方法中同时存在第一和第二RET抑制剂时，第一和第二RET激酶抑制剂是不同的。

在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含RET基因中的至少一个点突变，所述点突变导致产生RET激酶，与野生型RET激酶相比，所述RET激酶在RET基因中具有一个或多个氨基酸取代、插入或缺失，所述取代、插入或缺失导致产生具有被插入或除去的一个或多个氨基酸的RET激酶。在一些情况下，与野生型RET激酶或不包含相同突变的RET激酶相比，所得RET激酶对一种或多种第一种RET激酶抑制剂对其磷酸转移酶活性的抑制作用更具抵抗力。任选地，此类突变不会降低具有RET激酶的癌细胞或肿瘤对用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行的治疗的敏感性(例如，与不包含特定RET抑制剂耐药性突变的癌细胞或肿瘤相比)。在这种实施例中，当存在第一RET激酶抑制剂时，与野生型RET激酶或在存在相同的第一RET激酶抑制剂的情况下不具有相同突变的RET激酶相比，RET抑制剂耐药性突变可以导致具有以下一项或多项的RET激酶：V

在其它实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含RET基因中的至少一个点突变，所述点突变导致产生RET激酶，与野生型RET激酶相比，所述RET激酶具有一个或多个氨基酸取代，并且与野生型RET激酶或不包含相同突变的RET激酶相比，所述RET激酶对式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物具有增加的耐药性。在这种实施例中，在存在式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的情况下，与野生型RET激酶或在存在相同式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的情况下不具有相同突变的RET激酶相比，RET抑制剂耐药性突变可以导致产生具有以下一项或多项的RET激酶：增加的V

RET抑制剂耐药性突变的实例可以例如包含在RET激酶的三级结构中的ATP结合位点内和附近的点突变、插入或缺失(例如，野生型RET激酶(例如，本文所述的示例性野生型RET激酶)的氨基酸位置730-733、738、756、758、804、805、807、810、811、881和892)，包含但不限于门控残基(例如，野生型RET激酶中的氨基酸位置804)、P环残基(例如，野生型RET激酶中的氨基酸位置730-737)、DFG基序内或附近的残基(例如，野生型RET激酶中的氨基酸位置888-898)和ATP裂溶剂前氨基酸残基(例如，野生型RET激酶的氨基酸位置758、811和892)。这些类型的突变的另外的实例包含可能影响酶活性和/或药物结合的残基变化，所述残基包含但不限于激活环中的残基(例如，野生型RET激酶的氨基酸位置891-916)、激活环附近或与激活环相互作用的残基、导致活性或非活性酶构象变化的残基，所述变化包含在C螺旋之前的环中和在C螺旋中的突变、缺失和插入(例如，野生型RET蛋白中的氨基酸位置768-788)。在一些实施例中，所述野生型RET激酶是本文所述的示例性野生型RET蛋白。可以被改变的特定残基或残基区域(即，RET抑制剂耐药性突变)包含但不限于表3中列出的残基或残基区域，其编号基于人野生型RET蛋白序列(例如，SEQ ID NO:1)。如本领域技术人员可以理解的，可以通过将参考蛋白质序列与SEQ ID NO:1进行比对(例如，使用软件程序，如ClustalW2)来确定参考蛋白质序列中与SEQ ID NO:1中的特定氨基酸位置相对应的氨基酸位置。表4中示出了RET抑制剂耐药性突变位置的另外的实例。这些残基的改变可以包含单个或多个氨基酸改变，序列内或序列侧翼的插入以及序列内或序列侧翼的缺失。另请参见J.Kooistra、G.K.Kanev、O.P.J.Van Linden、R.Leurs、I.J.P.De Esch和C.De Graaf,“KLIFS：结构激酶-配体相互作用数据库(KLIFS:A structural kinase-ligandinteraction database)”《核酸研究(Nucleic Acids Res.)》,第44卷,第D1号,第D365–D371页,2016，所述文献通过引用整体并入本文。

成熟的人RET蛋白的示例性序列(SEQ ID NO:1)

在一些实施例中，RET抑制剂耐药性突变可以包含MET基因、MET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。

短语“MET基因、MET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调”是指基因突变(例如，MET基因易位，其导致融合蛋白的表达；MET基因中的缺失，其导致与野生型RET蛋白相比包含至少一个氨基酸的缺失的RET蛋白的表达；或MET基因中的突变，其导致带有一个或多个点突变的RET蛋白的表达；或MET mRNA的替代剪接形式，其导致与野生型MET蛋白相比，MET蛋白中的至少一个氨基酸缺失)或导致MET蛋白过度表达的MET基因扩增或由MET基因过表达引起的细胞自分泌活性，所述细胞自分泌活性导致细胞中MET蛋白激酶结构域活性的致病性增加(例如，MET蛋白的组成性活性激酶结构域)。作为另一个实例，MET基因、MET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是MET基因中的突变，所述基因编码具有组成性活性或与由不包含突变的MET基因编码的蛋白质相比具有增加的活性的MET蛋白。例如，MET基因、MET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是基因或染色体易位的结果，所述基因或染色体易位导致融合蛋白的表达，所述融合蛋白含有包含功能性激酶结构域的MET的第一部分和伴侣蛋白(即，并非MET)的第二部分。在一些实例中，MET基因、MET蛋白或表达或活性的失调可以是一个MET基因与另一个非MET基因的基因易位的结果。

术语“野生型(wildtype或wild-type)MET”描述了在未患有MET相关性癌症(并且任选地，也不会增加患有MET相关性癌症的风险和/或不会疑似患有MET相关性癌症)的受试者中发现的核酸(例如，MET基因或MET mRNA)或蛋白质(例如，MET蛋白)，或在来自未患有MET相关性癌症(并且任选地，也不会增加患有MET相关性癌症的风险和/或不会疑似患有MET相关性癌症)的受试者的细胞或组织中发现的核酸或蛋白质。如本文所使用的，术语“MET相关性癌症”是指与MET基因、MET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调相关联或具有所述失调的癌症。

在一些实施例中，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物可用于通过联合给药或作为现有药物治疗的后续或另外的(例如，随访)疗法(例如，其它RET激酶抑制剂；例如，第一和/或第二RET激酶抑制剂)来治疗患有癌症的患者，所述癌症具有RET抑制剂耐药性突变(例如，所述突变导致对第一RET抑制剂的耐药性增加，例如，氨基酸位置804处的取代(例如，V804M、V804L或V804E)、氨基酸位置810处的取代(例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)和/或表3和表4中列出的一种或多种RET抑制剂耐药性突变)。本文中描述了示例性的第一和第二RET激酶抑制剂。在一些实施例中，第一或第二RET激酶抑制剂可以选自由以下组成的组：卡博替尼(cabozantinib)、凡德他尼(vandetanib)、艾乐替尼(alectinib)、阿帕替尼(apatinib)、司曲替尼(sitravatinib)、索拉非尼(sorafenib)、乐伐替尼(lenvatinib)、普纳替尼(ponatinib)、多韦替尼(dovitinib)、舒尼替尼(sunitinib)、福林替尼(foretinib)、BLU667和BLU6864。

在一些实施例中，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物可用于治疗已被鉴定为具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的癌症(所述突变导致对第一或第二RET抑制剂的耐药性增加，例如，氨基酸位置804处的取代(例如，V804M、V804L或V804E)或例如氨基酸位置810处的取代(例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D))。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变发生在编码RET融合蛋白(例如，表1中描述的任何RET基因融合蛋白)的核酸序列中，从而导致表现出RET激酶抑制剂耐药性的RET融合蛋白。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变发生在编码突变RET蛋白(例如，具有表2中描述的任何突变的突变RET蛋白)的核酸序列中，从而导致表现出RET激酶耐药性的突变RET蛋白。表3和表4中列出了RET抑制剂耐药性突变的非限制性实例。

表3.RET抑制剂耐药性突变

表4.RET抑制剂耐药性突变的另外的示例性氨基酸位置

RET的致癌作用首先在乳头状甲状腺癌(PTC)中得到了描述(Grieco等人,《细胞》,1990,60,557-63)，其起源于滤泡性甲状腺细胞，是最常见的甲状腺恶性肿瘤。约20-30％的PTC发生体细胞染色体重排(易位或倒位)，从而将启动子和组成性表达的无关基因的5'部分连接至RET酪氨酸激酶结构域(Greco等人,《核医学与分子影像学季刊(Q.J.Nucl.Med.Mol.Imaging)》,2009,53,440-54)，因此驱动其在甲状腺细胞中的异位表达。通过这种重排产生的融合蛋白被称为“RET/PTC”蛋白。例如，RET/PTC 1是CCDD6和RET之间的融合体，通常在乳头状甲状腺癌中发现。类似地，RET/PTC3和RET/PTC4都是ELE1和RET的融合体，通常在乳头状甲状腺癌中发现，但产生RET/PTC3和RET/PTC4的融合事件会导致分子量不同的不同蛋白质(参见例如，Fugazzola等人,《癌基因》,13(5):1093-7,1996)。与PTC相关的一些RET融合体不被称为“RET/PTC”，而是被称为自身融合蛋白。例如，在PTC中发现了RET与ELKS和PCM1两者之间的融合体，但是融合蛋白被称为ELKS-RET和PCM1-RET(参见例如，Romei和Elisei,《内分泌学前沿(Front.Endocrinol.)》(洛桑),3:54,doi:10.3389/fendo.2012.00054,2012)。在转基因小鼠中已经证实了RET-PTC重排在PTC的发病机理中的作用(Santoro等人,《癌基因》,1996,12,1821-6)。迄今为止，已经从PTC和其它癌症类型中鉴定出多种融合伴侣，这些融合伴侣均提供了蛋白/蛋白相互作用结构域，所述结构域诱导不依赖配体的RET二聚化和组成性激酶活性(参见例如，表1)。最近，在大约2％的肺腺癌患者中发现了RET基因映射的10号染色体上的10.6Mb臂间倒位，从而产生了嵌合基因KIF5B-RET的不同变体(Ju等人,《基因组研究(Genome Res.)》,2012,22,436-45；Kohno等人,2012,《自然·医学(Nature Med.)》,18,375-7；Takeuchi等人,《自然·医学》,2012,18,378-81；Lipson等人,2012,《自然·医学》,18,382-4)。融合转录物被高度表达，并且所有得到的嵌合蛋白均含有介导同型二聚化的KIF5B卷曲螺旋区的N端部分以及整个RET激酶结构域。RET阳性患者均未发现其它已知的致癌性改变(如EGFR或K-Ras突变、ALK易位)，从而支持了KIF5B-RET融合体可能是肺腺癌的驱动子突变这一可能性。通过将融合基因转染到经培养的细胞系中，已证实了KIF5B-RET的致癌潜力：与针对RET-PTC融合蛋白所观察到的相似，KIF5B-RET被组成性地磷酸化并诱导NIH-3T3转化和BA-F3细胞的IL-3独立生长。然而，在肺腺癌患者中还发现了其它RET融合蛋白，如CCDC6-RET融合蛋白，其被发现在人肺腺癌细胞系LC-2/ad的增殖中起关键作用(《胸科肿瘤学杂志》,2012,7(12):1872-1876)。已经显示，RET抑制剂可用于治疗涉及RET重排的肺癌(Drilon,A.E.等人《临床肿瘤学杂志》33,2015(增刊；文摘8007))。还已经在患有大肠癌的患者中鉴定出RET融合蛋白(Song Eun-Kee等人《国际癌症杂志》,2015,136:1967-1975)。

除了RET序列的重排之外，RET原癌基因功能点突变的获得也正在驱动致癌事件，如甲状腺髓样癌(MTC)中所示，所述甲状腺髓样癌是由产生滤泡旁降钙素的细胞引起的(deGroot等人,《内分泌评论》,2006,27,535-60；Wells和Santoro,《临床癌症研究)》,2009,15,7119-7122).大约25％的MTC与2型多发性内分泌肿瘤(MEN2)有关，这是由RET的种系激活点突变引起的影响神经内分泌器官的一组遗传性癌症综合征。在MEN2亚型(MEN2A、MEN2B和家族性MTC/FMTC)中，RET基因突变具有很强的表型与基因型相关性，从而定义了不同的MTC侵袭性和疾病的临床表现。在MEN2A综合征中，突变涉及位于富含半胱氨酸的细胞外区域中的六个半胱氨酸残基之一(主要是C634)，从而导致不依赖配体的同二聚化和组成性RET激活。患者在年轻时患MTC(5-25岁发病)，并且还可能患嗜铬细胞瘤(50％)和甲状腺机能亢进症。MEN2B主要由位于激酶结构域中的M918T突变引起。该突变组成性地以其单体状态激活RET并改变激酶对底物的识别。MEN2B综合征的特征是，MTC、嗜铬细胞瘤(占患者的50％)和神经节神经瘤的发病较早(

已经发现，RET信号传导组分在原发性乳腺肿瘤中表达并且在乳腺肿瘤细胞系中与雌激素受体-cc通路功能性地相互作用(Boulay等人,《癌症研究》2008,68,3743-51；Plaza-Menacho等人,《癌基因》,2010,29,4648-57)，而GDNF家族配体的RET表达和激活可以在不同类型的癌细胞的神经浸润中起重要作用(Ito等人,《外科手术(Surgery)》,2005,138,788-94；Gil等人,《美国国立癌症研究所杂志(J.Natl.Cancer Inst.)》,2010,102,107-18；Iwahashi等人,《癌基因》,2002,94,167-74)。

RET还在30-70％的浸润性乳腺癌中表达，其中在雌激素受体阳性肿瘤中表达相对更频繁(Plaza-Menacho,I.等人,《癌基因》,2010,29,4648-4657；Esseghir,S.等人,《癌症研究》,2007,67,11732-11741；Morandi,A.等人,《癌症研究》,2013,73,3783-3795；Gattelli,A.,《欧洲分子生物学组织分子医学(EMBO Mol.Med.)》,2013,5,1335-1350)。

已经在从结肠直肠癌建立的(患者源异种移植物)PDX的子集中报道了RET重排的鉴定。尽管在结直肠癌患者中发生此类事件的频率尚待确定，但这些数据表明了RET在该适应症中作为靶标的作用(Gozgit等人,AACR年会2014)。研究表明，RET启动子在大肠癌中经常被甲基化，并且在5-10％的病例中发现了杂合的错义突变，所述突变预计会降低RET的表达，这表明RET在散发性结肠癌中可能具有某些肿瘤抑制特征(Luo,Y.等人,《癌基因》,2013,32,2037-2047；Sjoblom,T.等人,《科学》,2006,268-274；“癌症基因组图谱网络(Cancer Genome Atlas Network)”,《自然(Nature)》,2012,487,330-337)。

现在显示，越来越多的肿瘤类型表达大量水平的野生型RET激酶，其可能对肿瘤的进展和扩散具有影响。RET在50％到65％的胰腺导管癌中表达，并且在转移性和更高级别的肿瘤中表达更为频繁(Ito,Y等人,《外科手术》,2005,138,788-794；Zeng,Q.等人,《国际医学研究杂志(J.Int.Med.Res.)》2008,36,656-664)。

在造血谱系的肿瘤中，RET在具有单核细胞分化的急性髓细胞性白血病(AML)中以及在CMML中表达(Gattei,V.等人,《血液(Blood)》,1997,89,2925-2937；Gattei,V.等人,《血液学年鉴(Ann.Hematol)》,1998,77,207-210；Camos,M.,《癌症研究》2006,66,6947-6954)。最近的研究已经确定了慢性粒细胞单核细胞白血病(CMML)患者中罕见的涉及RET的染色体重排。CMML通常与几种酪氨酸激酶的重排有关，所述重排导致嵌合胞质癌蛋白的表达并导致RAS通路的激活(Kohlmann,A.等人,《临床肿瘤学杂志》2010,28,2858-2865)。在RET的情况下，将RET与BCR(BCR-RET)或与成纤维细胞生长因子受体1癌基因伴侣(FGFR1OP-RET)连接的基因融合体正在早期造血祖细胞中转化，并可能使这些细胞的成熟朝单核细胞路径迁移，所述迁移可能是通过引发RET介导的RAS信号传导而进行的(Ballerini,P.等人,《白血病(Leukemia)》,2012,26,2384-2389)。

还显示，RET表达在其它几种肿瘤类型中发生，包含前列腺癌、小细胞肺癌、黑色素瘤、肾细胞癌和头颈肿瘤(Narita,N.等人,《癌基因》,2009,28,3058-3068；Mulligan,L.M.等人,《基因染色体与癌症(Genes Chromosomes Cancer)》,1998,21,326-332；Flavin,R.等人,《泌尿肿瘤(Urol.Oncol.)》,2012,30,900-905；Dawson,D.M.,《美国国立癌症研究所杂志》,1998,90,519-523)。

在神经母细胞瘤中，RET的表达和GFL的激活在肿瘤细胞分化中起作用，可能与其它神经营养因子受体协同以下调N-Myc，所述N-Myc的表达是预后不良的标志(Hofstra,R.M.,W.等人,《人类遗传学(Hum.Genet.)》1996,97,362-364；Petersen,S.和Bogenmann,E.,《癌基因》,2004,23,213-225；Brodeur,G.M.,《自然综述·癌症》,2003,3,203-216)。

与RET交叉反应的多靶点抑制剂是已知的(Borrello,M.G.等人,《治疗靶标的专家意见(Expert Opin.Ther.Targets)》,2013,17(4),403-419；国际专利申请公开号WO 2014/141187、WO 2014/184069和WO 2015/079251)。此类多靶点抑制剂(或多激酶抑制剂或MKI)也可能与RET抑制剂耐药性突变的发生有关。参见例如，Q.Huang等人,“KIF5B-RET融合性肺腺癌的临床前建模(Preclinical Modeling of KIF5B-RET Fusion LungAdenocarcinoma.)”,《分子癌症治疗学》,第18号,第2521–2529页,2016；Yasuyuki Kaneta等人,文摘B173:“DS-5010，一种高效且具有选择性的RET抑制剂的临床前表征和抗肿瘤功效(Preclinical characterization and antitumor efficacy of DS-5010,a highlypotent and selective RET inhibitor)”,《分子癌症治疗学》2018年1月1日(17)(增刊1)B173；DOI:10.1158/1535-7163.TARG-17-B173，二者均通过引用整体并入本文。

因此，本文提供了用于治疗被诊断为(或被鉴定为)患有癌症的患者的方法，所述方法包含向所述患者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。本文还提供了用于治疗被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的患者的方法，所述方法包含向所述患者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物。在一些实施例中，通过使用监管机构批准的(例如，FDA批准的)用于在患者或来自患者的活检样品中鉴定RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的测试或测定法或通过执行本文所述测定法的任何非限制性实例，已经将患者鉴定或诊断为患有RET相关性癌症。在一些实施例中，所述测试或测定法作为试剂盒提供。在一些实施例中，所述癌症是RET相关性癌症。例如，所述RET相关性癌症可以是包含一种或多种RET抑制剂耐药性突变的癌症。

还提供了用于在有需要的患者中治疗癌症的方法，所述方法包括：(a)在患者中检测RET相关性癌症；(b)向所述患者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物。这些方法的一些实施例进一步包含向所述受试者施用另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或免疫疗法)。在一些实施例中，先前用第一RET抑制剂治疗或先前用另一种抗癌治疗(例如，肿瘤或放射疗法的至少部分切除)治疗所述受试者。在一些实施例中，通过使用监管机构批准的(例如，FDA批准的)用于在患者或来自患者的活检样品中鉴定RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的测试或测定法或通过执行本文所述测定法的任何非限制性实例，确定患者患有RET相关性癌症。在一些实施例中，所述测试或测定法作为试剂盒提供。在一些实施例中，所述癌症是RET相关性癌症。例如，所述RET相关性癌症可以是包含一种或多种RET抑制剂耐药性突变的癌症。

还提供了治疗患者的方法，所述方法包含对从患者获得的样品进行测定以确定患者是否具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调，并向被确定为具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的患者施用(例如，特异性或选择性地施用)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物。这些方法的一些实施例进一步包含向所述受试者施用另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或免疫疗法)。在这些方法的一些实施例中，先前用第一RET抑制剂治疗或先前用另一种抗癌治疗(例如，肿瘤或放射疗法的至少部分切除)治疗所述受试者。在一些实施例中，所述患者是疑似患有RET相关性癌症的患者、表现出RET相关性癌症的一种或多种症状的患者或患有RET相关性癌症的风险升高的患者。在一些实施例中，所述测定法利用下一代测序、焦磷酸测序、免疫组织化学或裂解FISH分析。在一些实施例中，所述测定法是监管机构批准的测定法，例如，FDA批准的试剂盒。在一些实施例中，所述测定法是液体活检。本文描述了可以在这些方法中使用的另外的非限制性测定法。另外的测定法也是本领域已知的。在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含一种或多种RET抑制剂耐药性突变。

还提供了一种式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物，其用于通过以下步骤在被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的患者中治疗RET相关性癌症：对从患者获得的样品进行测定(例如，体外测定)以确定患者是否具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调，如果存在RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调，则表明所述患者患有RET相关性癌症。还提供了一种式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物在制备药物中的用途，所述药物用于通过以下步骤在被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的患者中治疗RET相关性癌症：对从患者获得的样品进行测定以确定患者是否具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调，如果存在RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调，则表明所述患者患有RET相关性癌症。本文描述的任何方法或用途的一些实施例进一步包含在患者的临床记录(例如，计算机可读介质)中记录：应向通过执行测定法而被确定为具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的患者施用式I化合物(例如，式I-A至IL中的任何一种)或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物。在一些实施例中，所述测定法利用下一代测序、焦磷酸测序、免疫组织化学或裂解FISH分析。在一些实施例中，所述测定法是监管机构批准的测定法，例如，FDA批准的试剂盒。在一些实施例中，所述测定法是液体活检。在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含一种或多种RET抑制剂耐药性突变。

还提供了一种式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其用于在有需要的患者或被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的患者中治疗癌症。还提供了一种式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物在制备药物中的用途，所述药物用于在被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的患者中治疗癌症。在一些实施例中，所述癌症是RET相关性癌症，例如，具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的RET相关性癌症。在一些实施例中，通过使用监管机构批准的(例如，FDA批准的)用于在患者或来自样品的活检样品中鉴定RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的试剂盒，将患者鉴定或诊断为患有RET相关性癌症。如本文所提供的，RET相关性癌症包含本文描述的和本领域已知的癌症。

在本文描述的任何方法或用途的一些实施例中，已经将患者鉴定或诊断为患有其中RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平失调的癌症。在本文描述的任何方法或用途的一些实施例中，所述患者具有针对RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调呈阳性的肿瘤。在本文描述的任何方法或用途的一些实施例中，所述患者可以是具有针对RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调呈阳性的一个或多个肿瘤的患者。在本文描述的任何方法或用途的一些实施例中，所述患者可以是其肿瘤具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的患者。在本文描述的任何方法或用途的一些实施例中，所述患者疑似患有RET相关性癌症(例如，具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的癌症)。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的患者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：a)在来自患者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及b)施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含一个或多个融合蛋白。表1中描述了RET基因融合蛋白的非限制性实例。在一些实施例中，所述融合蛋白是KIF5B-RET。在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含一个或多个RET激酶蛋白点突变/插入/缺失。表2和2a中描述了RET激酶蛋白点突变/插入/缺失的非限制性实例。在一些实施例中，所述RET激酶蛋白点突变/插入/缺失选自由以下组成的组：M918T、M918V、C634W、V804L、V804M、G810S和G810R。在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含一种或多种RET抑制剂耐药性突变。表3和表4中描述了RET抑制剂耐药性突变的非限制性实例。在一些实施例中，所述RET抑制剂耐药性突变是V804M。在一些实施例中，所述RET抑制剂耐药性突变是G810S。在一些实施例中，所述RET抑制剂耐药性突变是G810R。在一些实施例中，使用监管机构批准(例如，FDA批准)的测定法或试剂盒确定具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的癌症。在一些实施例中，针对RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调呈阳性的肿瘤是针对一种或多种RET抑制剂耐药性突变呈阳性的肿瘤。在一些实施例中，使用监管机构批准(例如，FDA批准)的测定法或试剂盒确定具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的肿瘤。

在本文描述的任何方法或用途的一些实施例中，患者具有临床记录，所述临床记录表明所述患者患有肿瘤，所述肿瘤具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调(例如，具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的肿瘤)。在一些实施例中，所述临床记录表明应当用以下一项或多项来治疗患者：式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物或本文提供的组合物。在一些实施例中，具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的癌症是具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的癌症。在一些实施例中，使用监管机构批准(例如，FDA批准)的测定法或试剂盒确定具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的癌症。在一些实施例中，针对RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调呈阳性的肿瘤是针对一种或多种RET抑制剂耐药性突变呈阳性的肿瘤。在一些实施例中，使用监管机构批准(例如，FDA批准)的测定法或试剂盒确定具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的肿瘤。

还提供了治疗患者的方法，所述方法包含向具有临床记录的患者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物，所述临床记录表明所述患者具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。还提供了一种式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物在制备药物中的用途，所述药物用于在具有临床记录的患者中治疗RET相关性癌症，所述临床记录表明所述患者具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。这些方法和用途的一些实施例可以进一步包含以下步骤：对获自患者的样品进行测定(例如，体外测定)以确定患者是否具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调，并在患者的临床文件(例如，计算机可读介质)中记录以下信息：患者已被鉴定为具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。在一些实施例中，所述测定法是体外测定法。例如，一种利用下一代测序、免疫组织化学或裂解FISH分析的测定法。在一些实施例中，所述测定法是监管机构批准的(例如，FDA批准的)试剂盒。在一些实施例中，所述测定法是液体活检。在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含一种或多种RET抑制剂耐药性突变。

本文还提供了一种治疗受试者的方法。在一些实施例中，所述方法包含对获自受试者的样品进行测定以确定受试者是否具有RET基因、RET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。在一些实施例中，所述方法还包含向被确定为具有RET基因、RET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法包含通过对获自受试者的样品进行的测定来确定受试者具有RET基因、RET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。在这种实施例中，所述方法还包含向受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，RET基因、RET激酶蛋白或其表达或活性的失调是基因或染色体易位，所述基因或染色体易位导致RET融合蛋白(例如，本文所述的任何RET融合蛋白)的表达。在一些实施例中，RET融合体可以选自KIF5B-RET融合体和CCDC6-RET融合体。在一些实施例中，RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调是RET基因中的一个或多个点突变(例如，本文所述的RET点突变中的任何一个或多个点突变)。RET基因中的一个或多个点突变可以导致例如具有以下一个或多个氨基酸取代的RET蛋白的翻译：M918T、M918V、C634W、V804L、V804M、G810S和G810R。在一些实施例中，RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调是一种或多种RET抑制剂耐药性突变(例如，本文所述的一种或多种RET抑制剂耐药性突变的任何组合)。这些方法的一些实施例进一步包含向所述受试者施用另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或免疫疗法)。

在一些实施例中，本文提供的化合物表现出脑和/或中枢神经系统(CNS)渗透性。此类化合物能够穿过血脑屏障并抑制脑和/或其它CNS结构中的RET激酶。在一些实施例中，本文提供的化合物能够以治疗有效量穿过血脑屏障。例如，对患有癌症的患者(例如，RET相关性癌症，如与RET相关的脑癌或CNS癌症)的治疗可以包含向患者施用(例如，口服施用)化合物。在一些此类实施例中，本文提供的化合物可用于治疗原发性脑肿瘤或转移性脑肿瘤。例如，所述化合物可用于治疗一种或多种神经胶质瘤，如胶质母细胞瘤(也被称为多形胶质母细胞瘤)、星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤、室管膜瘤和混合性胶质瘤、脑膜瘤、髓母细胞瘤、颅内节细胞胶质瘤、神经鞘瘤(schwannomas和neurilemmomas)和颅咽管瘤(参见例如以下文献中列出的肿瘤：Louis,D.N.等人《神经病学学报(Acta Neuropathol)》131(6),803-820(June 2016))。在一些实施例中，脑肿瘤是原发性脑肿瘤。在一些实施例中，先前已经用另一种抗癌剂，例如另一种RET抑制剂(例如，并非通式I化合物的化合物)或多激酶抑制剂对患者进行了治疗。在一些实施例中，脑肿瘤是转移性脑肿瘤。在一些实施例中，先前已经用另一种抗癌剂，例如另一种RET抑制剂(例如，并非通式I化合物的化合物)或多激酶抑制剂对患者进行了治疗。

还提供了为被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的患者选择治疗的方法(例如，体外方法)。一些实施例可以进一步包含向被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的患者施用所选择的治疗。例如，所选择的治疗可以包含施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。一些实施例可以进一步包含以下步骤：对获自患者的样品进行测定以确定患者是否具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调，并将被确定为具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的患者鉴定和诊断为患有RET相关性癌症。在一些实施例中，所述癌症是具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的RET相关性癌症。在一些实施例中，通过使用监管机构批准的(例如，FDA批准的)用于在患者或来自患者的活检样品中鉴定RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的试剂盒，已将所述患者鉴定或诊断为患有RET相关性癌症。在一些实施例中，所述RET相关性癌症是本文所述或本领域已知的癌症。在一些实施例中，所述测定法是体外测定法。例如，一种利用下一代测序、免疫组织化学或裂解FISH分析的测定法。在一些实施例中，所述测定法是监管机构批准的(例如，FDA批准的)试剂盒。在一些实施例中，所述测定法是液体活检。

本文还提供了为患者选择治疗的方法，其中所述方法包含以下步骤：对获自患者的样品进行测定以确定患者是否具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调(例如，一种或多种RET抑制剂耐药性突变)，并将被确定为具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的患者鉴定和诊断为患有RET相关性癌症。一些实施例进一步包含向被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的患者施用所选择的治疗。例如，所选择的治疗可以包含向被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的患者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述测定法是体外测定法。例如，一种利用下一代测序、免疫组织化学或裂解FISH分析的测定法。在一些实施例中，所述测定法是监管机构批准的(例如，FDA批准的)试剂盒。在一些实施例中，所述测定法是液体活检。

还提供了选择待治疗的患者的方法，其中所述方法包含选择、鉴定或诊断患有RET相关性癌症的患者，并且选择待治疗的患者包含施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，鉴定或诊断患有RET相关性癌症的患者可以包含以下步骤：对获自患者的样品进行测定以确定患者是否具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调，并将被确定为具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的患者鉴定或诊断为患有RET相关性癌症。在一些实施例中，选择待治疗的患者的方法可以用作临床研究的一部分，所述临床研究包含施用RET相关性癌症的各种治疗。在一些实施例中，RET相关性癌症是具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的癌症。在一些实施例中，所述测定法是体外测定法。例如，一种利用下一代测序、免疫组织化学或裂解FISH分析的测定法。在一些实施例中，所述测定法是监管机构批准的(例如，FDA批准的)试剂盒。在一些实施例中，所述测定法是液体活检。在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含一种或多种RET抑制剂耐药性突变。

在本文描述的任何方法或用途的一些实施例中，用于使用来自患者的样品确定患者是否具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的测定法可以包含例如下一代测序、免疫组织化学、荧光显微镜、FISH分离分析、Southern印迹、Western印迹、FACS分析、Northern印迹和基于PCR的扩增(例如，RT-PCR和定量实时RT-PCR)。如本领域众所周知的，通常用例如至少一个经标记的核酸探针或至少一个经标记的抗体或其抗原结合片段来进行所述测定法。测定法可以利用本领域已知的其它检测方法来检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调(参见例如，本文引用的参考文献)。在一些实施例中，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含一种或多种RET抑制剂耐药性突变。在一些实施例中，样品是来自患者的生物样品或活检样品(例如，石蜡包埋的活检样品)。在一些实施例中，所述患者是疑似患有RET相关性癌症的患者、具有RET相关性癌症的一种或多种症状的患者和/或患有RET相关性癌症的风险增加的患者。

在一些实施例中，可以使用液体活检(不同地被称为液体活检或液体相活检)来鉴定RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。参见例如，Karachialiou等人,“实时液体活检在癌症治疗中成为现实(Real-time liquid biopsies become areality in cancer treatment)”,《转化医学年鉴(Ann.Transl.Med.)》,3(3):36,2016。液体活检方法可用于检测总的肿瘤负荷和/或RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。可以对(例如，通过简单的抽血)相对容易从受试者获得的生物样品进行液体活检，并且与用于检测肿瘤负荷和/或和/或RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的传统方法相比，所述液体活检侵入性较小。在一些实施例中，与传统方法相比，可以在更早的阶段使用液体活检来检测是否存在RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。在一些实施例中，用于液体活检的生物样品可以包含血液、血浆、尿液、脑脊髓液、唾液、痰、支气管肺泡灌洗液、胆汁、淋巴液、囊肿液、粪便、腹水及其组合。在一些实施例中，液体活检可用于检测循环性肿瘤细胞(CTC)。在一些实施例中，液体活检可用于检测无细胞DNA。在一些实施例中，使用液体活检检测到的无细胞DNA是循环性肿瘤DNA(ctDNA)，其源自肿瘤细胞。对ctDNA的分析(例如，使用敏感的检测技术，如但不限于下一代测序(NGS)、传统PCR、数字PCR或微阵列分析)可用于鉴定RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。

在一些实施例中，可以使用液体活检来检测源自单个基因的ctDNA。在一些实施例中，可以使用液体活检来检测源自多个基因(例如，2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、15个、20个、25个、30个、35个、40个、45个、50个、55个、60个、65个、70个、75个、80个、85个、90个、95个、100个或更多个基因，或者在这些数目之间的任何数目的基因)的ctDNA。在一些实施例中，可以使用多种市售测试面板(例如，被设计成检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的市售测试面板)中的任何一种测试面板来检测源自多个基因的ctDNA。液体活检可用于检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调，包含但不限于点突变或单核苷酸变体(SNV)、拷贝数变体(CNV)、基因融合(例如，易位或重排)、插入、缺失或其任何组合。在一些实施例中，液体活检可用于检测种系突变。在一些实施例中，液体活检可用于检测体细胞突变。在一些实施例中，液体活检可用于检测原发性基因突变(例如，与疾病(例如，癌症)的初始发展相关的原发性突变或原发性融合)。在一些实施例中，液体活检可用于检测在原发性基因突变发生后发展的基因突变(例如，响应于施用给受试者的治疗而产生的耐药性突变)。在一些实施例中，在受试者中存在的癌细胞中(例如，在肿瘤中)也存在使用液体活检鉴定的RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。在一些实施例中，可以使用液体活检来检测本文所述的RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。在一些实施例中，通过液体活检鉴定的基因突变可用于将受试者鉴定为特定治疗的候选者。例如，在受试者中检测到RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以表明受试者将对包含施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的治疗有反应。

可以在诊断过程、监测过程和/或治疗过程期间多次进行液体活检，以确定一个或多个临床相关参数，所述临床相关参数包含但不限于疾病的进展、治疗的功效或对受试者施用治疗后耐药性突变的发展。例如，在诊断过程、监测过程和/或治疗过程期间，可以在第一个时间点进行第一次液体活检，并且可以在第二个时间点进行第二次液体活检。在一些实施例中，第一个时间点可以是在诊断患有疾病的受试者之前的时间点(例如，当受试者健康时)，而第二个时间点可以是受试者患有疾病之后的时间点(例如，第二个时间点可用于诊断患有该疾病的受试者)。在一些实施例中，第一个时间点可以是在诊断患有疾病的受试者之前的时间点(例如，当受试者健康时)，之后对该受试者进行监视，而第二个时间点可以是在监视受试者之后的时间点。在一些实施例中，第一个时间点可以是在诊断患有疾病的受试者之后的时间点，之后对该受试者施用治疗，而第二个时间点可以是在施用治疗之后的时间点；在这种情况下，第二个时间点可用于评估治疗的功效(例如，在第一个时间点检测到的一个或多个基因突变是否大量减少或无法检测到)或确定是否存在由于治疗而引起的耐药性突变。在一些实施例中，待施用给受试者的治疗可以包含式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

在一些实施例中，可以通过评估在不同时间点从患者获得的cfDNA(例如，在第一个时间点从患者获得的cfDNA和在第二个时间点从患者获得的cfDNA)中RET基因失调的等位基因频率来确定式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的功效，其中在第一个时间点和第二个时间点之间向患者施用至少一个剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)。这些方法的一些实施例可以进一步包含在第一个时间点和第二个时间点之间向患者施用至少一个剂量的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。例如，与在第一个时间点从患者获得的cfDNA中RET基因失调的等位基因频率(AF)相比，在第二个时间点从患者获得的cfDNA中RET基因失调的等位基因频率(AF)减少(例如，减少1％到约99％、减少1％到约95％、减少1％到约90％、减少1％到约85％、减少1％到约80％、减少1％到约75％、减少1％到减少约70％、减少1％到减少约65％、减少1％到减少约60％、减少1％到减少约55％、减少1％到减少约50％、减少1％到减少约45％、减少1％到减少约40％、减少1％到减少约35％、减少1％到减少约30％、减少1％到减少约25％、减少1％到减少约20％、减少1％到减少约15％、减少1％到减少约10％、减少1％到减少约5％、减少约5％到约99％、减少约10％到约99％、减少约15％到约99％、减少约20％到约99％、减少约25％到约99％、减少约30％到约99％、减少约35％到约99％、减少约40％到约99％、减少约45％到约99％、减少约50％到约99％、减少约55％到约99％、减少约60％到约99％、减少约65％到约99％、减少约70％到约99％、减少约75％到约95％、减少约80％到约99％、减少约90％到约99％、减少约95％到约99％、减少约5％到约10％、减少约5％到约25％、减少约10％到约30％、减少约20％到约40％、减少约25％到约50％、减少约35％到约55％、减少约40％到约60％、减少约50％到约75％、减少约60％到约80％或减少约65％到约85％)，这表明式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物对受试者有效。在一些实施例中，减小AF，使得水平低于仪器的检测极限。可替代地，与在第一个时间点从患者获得的cfDNA中RET基因失调的等位基因频率(AF)相比，在第二个时间点从患者获得的cfDNA中RET基因失调的等位基因频率(AF)增加，这表明式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物对受试者无效(例如，受试者已经发生对式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的耐药性突变)。这些方法的一些实施例可以进一步包含向其中式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物被确定为有效的患者施用额外剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。这些方法的一些实施例可以进一步包含向其中式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物被确定为无效的患者施用不同的治疗(例如，一种不包含施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的治疗，其作为单一疗法)。

在这些方法的一些实例中，第一个时间点和第二个时间点之间的时间差可以为约1天到约1年、约1天到约11个月、约1天到约10个月、约1天到约9个月、约1天到约8个月、约1天到约7个月、约1天到约6个月、约1天到约5个月、约1天到约4个月、约1天到约3个月、约1天到约10周、约1天到约2个月、约1天到约6周、约1天到约1个月、约1天到约25天、约1天到约20天、约1天到约15天、约1天到约10天、约1天到约5天、约2天到约1年、约5天到约1年、约10天到约1年、约15天到约1年、约20天到约1年、约25天到约1年、约1个月到约1年、约6周到约1年、约2个月到约1年、约3个月到约1年、约4个月到约1年、约5个月到约1年、约6个月到约1年、约7个月到约1年、约8个月到约1年、约9个月到约1年、约10个月到约1年、约11个月到约1年、约1天到约7天、约1天到约14天、约5天到约10天、约5天到约20天、约10天到约20天、约15天到约1个月、约15天到约2个月、约1周到约1个月、约2周到约1个月、约1个月到约3个月、约3个月到约6个月、约4个月到约6个月、约5个月到约8个月或约7个月到约9个月。在这些方法的一些实施例中，患者可以事先被鉴定为患有具有失调的RET基因(例如，本文所述的失调的RET基因的任何实例)的癌症。在这些方法的一些实施例中，患者可以事先被诊断患有本文所述的任何类型的癌症。在这些方法的一些实施例中，患者可以具有一种或多种转移(例如，一种或多种脑转移)。

在上述一些实施例中，cfDNA包括ctDNA，如与RET相关的ctDNA。例如，cfDNA是ctDNA，如与RET相关的ctDNA。在一些实施例中，确定cfDNA的至少一部分是与RET相关的ctDNA，例如，确定测序和/或定量的量的总cfDNA具有RET融合和/或RET耐药性突变。

在医学肿瘤学领域，通常的实践是使用不同形式的治疗的组合来治疗每个患有癌症的患者。在医学肿瘤学中，除本文提供的组合物外，此类联合治疗或疗法的一种或多种其它组分还可以是例如外科手术、放射疗法和化学治疗剂，如其它激酶抑制剂、信号转导抑制剂和/或单克隆抗体。例如，外科手术可以是开放手术或微创手术。因此，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物也可用作癌症治疗的佐剂，即，其可以与一种或多种另外的疗法或治疗剂(例如，通过相同或不同的作用机理起作用的化学治疗剂)组合使用。在一些实施例中，可以在施用另外的治疗剂或另外的疗法之前施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。例如，可以在一段时间内向有需要的患者施用一个或多个剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物，然后至少部分地切除肿瘤。在一些实施例中，在至少部分地切除肿瘤之前，用一个或多个剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行治疗可减少肿瘤的大小(例如，肿瘤负荷)。在一些实施例中，可以在一段时间内并在一轮或多轮放射疗法下向有需要的患者施用一个或多个剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，在进行一轮或多轮放射疗法之前，用一个或多个剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行治疗可减少肿瘤的大小(例如，肿瘤负荷)

在一些实施例中，患者患有难治的或对标准疗法(例如，施用化学治疗剂(如第一RET抑制剂或多激酶抑制剂)、免疫疗法或放射法(例如，放射性碘)不耐受的癌症。在一些实施例中，患者患有难治的或对先前的疗法(例如，施用化学治疗剂(如第一RET抑制剂或多激酶抑制剂)、免疫疗法或放射法(例如，放射性碘)不耐受的癌症。在一些实施例中，患者患有没有标准疗法的癌症(例如，局部晚期或转移性肿瘤)。在一些实施例中，患者是未使用RET激酶抑制剂的患者。例如，患者没有用选择性RET激酶抑制剂进行过治疗。在一些实施例中，患者使用过RET激酶抑制剂。

在一些实施例中，患者已经接受过先前的疗法。在一些实施例中，患有NSCLC(例如，RET融合阳性NSCLS)的患者在用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行治疗之前已经接受了基于铂的化学疗法、PD-1/PDL1免疫疗法或两者的治疗。在一些实施例中，患有甲状腺癌(例如，RET融合阳性甲状腺癌)的患者在用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行治疗之前已经接受了索拉非尼、乐伐替尼和放射性碘中的一项或多项的治疗。在一些实施例中，患有结直肠癌(例如，RET融合阳性结肠直肠癌)的患者在用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行治疗之前已经接受了基于氟嘧啶的化学疗法的治疗(有或没有抗VEGF定向疗法或抗EGFR定向疗法)。在一些实施例中，患有胰腺癌(例如，RET融合阳性胰腺癌)的患者在用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行治疗之前已经接受了基于氟嘧啶的化学疗法、基于吉西他滨(gemcitabine)的化学疗法和S-1化学疗法中的一项或多项的治疗。在一些实施例中，患有乳腺癌(例如，RET融合阳性乳腺癌)的患者在用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行治疗之前已经接受了蒽环霉素(anthracycline)、紫杉烷(taxane)、HER2定向疗法和激素疗法中的一项或多项的治疗。在一些实施例中，患有MTC(例如，RET融合阳性MTC癌症)的患者在用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行治疗之前已经接受了卡博替尼和凡德他尼中的一项或多项的治疗。

在本文描述的任何方法的一些实施例中，式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物与治疗有效量的至少一种另外的治疗剂组合施用，所述至少一种另外的治疗剂选自一种或多种另外的疗法或治疗剂(例如，化学治疗剂)。

另外的治疗剂的非限制性实例包含：其它靶向RET的治疗剂(即第一或第二RET激酶抑制剂)、其它激酶抑制剂(例如，靶向受体酪氨酸激酶的治疗剂(例如，Trk抑制剂或EGFR抑制剂))、信号转导通路抑制剂、检查点抑制剂、细胞凋亡通路的调节剂(例如奥巴克拉)；细胞毒性化学疗法、血管生成靶向疗法、免疫靶向剂，包含免疫疗法和放射疗法。

在一些实施例中，其它靶向RET的治疗剂是表现出RET抑制活性的多激酶抑制剂。在一些实施例中，其它靶向RET的治疗抑制剂对RET激酶具有选择性。示例性RET激酶抑制剂可以针对RET激酶表现出小于约1000nM、小于约500nM、小于约200nM、小于约100nM、小于约50nM、小于约25nM、小于约10nM或小于约1nM的抑制活性(IC

靶向RET的治疗剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)的非限制性实例包含：艾乐替尼(9-乙基-6,6-二甲基-8-[4-(吗啉-4-基)哌啶-1-基]-11-氧代-6,11-二氢-5H-苯并[b]咔唑-3-腈)；阿莫替尼(amuvatinib)(MP470、HPK56)(N-(1,3-苯并二氧杂环戊烯-5-基甲基)-4-([1]苯并呋喃[3,2-d]嘧啶-4-基)哌嗪-1-甲硫酰胺)；阿帕替尼(YN968D1)(N-[4-(1-氰基环戊基)笨基-2-(4-吡啶甲基)氨基-3-烟酰胺甲磺酸酯)；卡博替尼(CometriqXL-184)(N-(4-((6,7-二甲氧基喹啉-4-基)氧基)苯基)-N'-(4-氟苯基)环丙烷-1,1-二甲酰胺)；多韦替尼(TKI258；GFKI-258；CHIR-258)((3Z)-4-氨基-5-氟-3-[5-(4-甲基哌嗪-1-基)-1,3-二氢苯并咪唑-2-亚基]喹啉-2-酮)；法米替尼(famitinib)(5-[2-(二乙基氨基)乙基]-2-[(Z)-(5-氟-2-氧代-1H-吲哚-3-亚基)甲基]-3-甲基-6,7-二氢-1H-吡咯并[3,2-c]吡啶-4-酮)；菲卓替尼(fedratinib)(SAR302503、TG101348)(N-(2-甲基-2-丙烷基)-3-{[5-甲基-2-({4-[2-(1-吡咯烷基)乙氧基]苯基}氨基)-4-嘧啶基]氨基}苯磺酰胺)；福林替尼(XL880、EXEL-2880、GSK1363089、GSK089)(N1'-[3-氟-4-[[6-甲氧基-7-(3-吗啉代丙氧基)-4-喹啉基]氧基]苯基]-N1-(4-氟苯基)环丙烷-1,1-二甲酰胺)；福斯塔曼替尼(fostamantinib)(R788)(2H-吡啶并[3,2-b]-1,4-噁嗪-3(4H)-酮、6-[[5-氟-2-[(3,4,5-三甲氧基苯基)氨基]-4-嘧啶基]氨基]-2,2-二甲基-4-[(膦酰氧基)甲基]-钠盐(1:2))；依洛赛替(ilorasertib)(ABT-348)(1-(4-(4-氨基-7-(1-(2-羟乙基)-1H-吡唑-4-基)噻吩并[3,2-c]吡啶-3-基)苯基)-3-(3-氟苯基)脲)；乐伐替尼(E7080，乐卫马)(4-[3-氯-4-(环丙基氨基羰基)氨基苯氧基]-7-甲氧基-6-喹啉甲酰胺)；莫特塞尼(motesanib)(AMG 706)(N-(3,3-二甲基-2,3-二氢-1H-吲哚-6-基)-2-[(吡啶-4-基甲基)氨基]吡啶-3-甲酰胺)；尼达尼布(nintedanib)(3-Z-[1-(4-(N-((4-甲基-哌嗪-1-基)-甲基羰基)-N-甲基-氨基)-苯胺基)-1-苯基-亚甲基]-6-甲氧基羰基-2-吲哚酮)；普纳替尼(AP24534)(3-(2-咪唑并[1,2-b]哒嗪-3-基乙炔基)-4-甲基-N-[4-[(4-甲基哌嗪-1-基)甲基]-3-(三氟甲基)苯基]苯甲酰胺)；PP242(TORKinib)(2-[4-氨基-1-(1-甲基乙基)-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-3-基]-1H-吲哚-5-醇)；奎扎替尼(quizartinib)(1-(5-(叔丁基)异噁唑-3-基)-3-(4-(7-(2-吗啉代乙氧基)苯并[d]咪唑并[2,1-b]噻唑-2-基)苯基)脲)；瑞戈非尼(regorfenib)(BAY 73-4506，stivarga)(4-[4-({[4-氯-3-(三氟甲基)苯基]氨基甲酰基}氨基)-3-氟苯氧基]-N-甲基吡啶-2-甲酰胺水合物)；RXDX-105(CEP-32496，阿格尼布(agerafenib))(1-(3-((6,7-二甲氧基喹唑啉-4-基)氧基)苯基)-3-(5-(1,1,1-三氟-2-甲基丙-2-基)异噁唑-3-基)脲)；司马沙尼(semaxanib)(SU5416)((3Z)-3-[(3,5-二甲基-1H-吡咯-2-基)亚甲基]-1,3-二氢-2H-吲哚-2-酮)；司曲替尼(MGCD516、MG516)(N-(3-氟-4-{[2-(5-{[(2-甲氧基乙基)氨基]甲基}-2-吡啶基)噻吩并[3,2-b]吡啶-7-基]氧基}苯基)-N？-(4-氟苯基)-1,1-环丙烷二甲酰胺)；索拉非尼(BAY 43-9006)(4-[4-[[[[4-氯-3-(三氟甲基)苯基]氨基]羰基]氨基]苯氧基]-N-甲基-2-吡啶甲酰胺)；凡德他尼(N-(4-溴-2-氟苯基)-6-甲氧基-7-[(1-甲基哌啶-4-基)甲氧基]喹唑啉-4-胺)；瓦他拉尼(vatalanib)(PTK787、PTK/ZK、ZK222584)(N-(4-氯苯基)-4-(吡啶-4-基甲基)酞嗪-1-胺)；AD-57(N-[4-[4-氨基-1-(1-甲基乙基l)-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-3-基]苯基]-N'-[3-(三氟甲基)苯基]-脲)；AD-80(1-[4-(4-氨基-1-丙-2-基吡唑并[3,4-d]嘧啶-3-基)苯基]-3-[2-氟-5-(三氟甲基)苯基]脲)；AD-81(1-(4-(4-氨基-1-异丙基-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-3-基)苯基)-3-(4-氯-3-(三氟甲基)苯基)脲)；ALW-II-41-27(N-(5-((4-((4-乙基哌嗪-1-基)甲基)-3-(三氟甲基)苯基)氨基甲酰基)-2-甲基苯基)-5-(噻吩-2-基)烟酰胺)；BPR1K871(1-(3-氯苯基)-3-(5-(2-((7-(3-(二甲基氨基)丙氧基)喹唑啉-4-基)氨基)乙基)噻唑-2-基)脲)；CLM3(1-苯乙基-N-(1-苯乙基)-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-4-胺)；EBI-907(N-(2-氯-3-(1-环丙基-8-甲氧基-3H-吡唑并[3,4-c]异喹啉-7-基)-4-氟苯基)-3-f氟丙烷-1-磺酰胺)；NVP-AST-487(N-[4-[(4-乙基-1-哌嗪基)甲基]-3-(三氟甲基)苯基]-N'-[4-[[6-(甲基氨基)-4-嘧啶基]氧基]苯基]-脲)；NVP-BBT594(BBT594)(5-((6-乙酰氨基嘧啶-4-基)氧基)-N-(4-((4-甲基哌嗪-1-基)甲基)-3-(三氟甲基)苯基)二氢吲哚-1-甲酰胺)；PD173955(6-(2,6-二氯苯基)-8-甲基-2-(3-甲基磺酰氨氮基)吡啶[2,3-d]嘧啶-7-酮)；PP2(4-氨基-5-(4-氯苯基)-7-(二甲基乙基)吡唑并[3,4-d]嘧啶)；PZ-1(N-(5-(叔丁基)异噁唑-3-基)-2-(4-(5-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-1H苯并[d]咪唑-1-基)苯基)乙酰胺)；RPI-1(1,3-二氢-5,6-二甲氧基-3-[(4-羟基苯基)亚甲基]-H-吲哚-2-酮；(3E)-3-[(4-羟基苯基)亚甲基]-5,6-二甲氧基-1H-吲哚-2-酮)；SGI-7079(3-[2-[[3-氟-4-(4-甲基-1-哌嗪基)苯基]氨基]-5-甲基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-基]-苯乙腈)；SPP86(1-异丙基-3-(苯基乙炔基)-1H-吡咯并[3,4-d]嘧啶-4-胺)；SU4984(4-[4-[(E)-(2-氧代-1H-吲哚-3-亚甲基)甲基]苯基]哌嗪-1-甲醛)；舒尼替尼(SU11248)(N-(2-二乙基氨基乙基)-5-[(Z)-(5-氟-2-氧代-1H-吲哚-3-亚基)甲基]-2,4-二甲基-1H-吡咯-3-甲酰胺)；TG101209(N-叔丁基-3-(5-甲基-2-(4-(4-甲基哌嗪-1-基)苯基氨基)嘧啶-4-基氨基)苯磺酰胺)；魏菲灵A(Withaferin A)((4β,5β,6β,22R)-4,27-二羟基-5,6:22,26-二环氧间苯二酚-2,24-二烯-1,26-二酮)；XL-999((Z)-5-((1-乙基哌啶-4-基)氨基)-3-((3-氟苯基)(5-甲基-1H-咪唑-2-基)亚甲基)吲哚-2-酮)；BPR1J373(5-苯基噻唑-2-基胺-嘧啶衍生物)；CG-806(CG'806)；DCC-2157；GTX-186；HG-6-63-01((E)-3-(2-(4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-5-基)乙烯基)-N-(4-((4-乙基哌嗪-1-基)甲基)-3-(三氟甲基)苯基)-4-甲基苯甲酰胺)；SW-01(盐酸环苯扎林)；XMD15-44(N-(4-((4-乙基哌嗪-1-基)甲基)-3-(三氟甲基)苯基)-4-甲基-3-(吡啶-3-基乙炔基)苯甲酰胺(由结构生成))；Y078-DM1(由与细胞毒剂美登素的衍生物连接的RET抗体(Y078)构成的抗体药物缀合物)；Y078-DM4(由与细胞毒剂美登素的衍生物连接的RET抗体(Y078)构成的抗体药物缀合物)；ITRI-305(D0N5TB、DIB003599)；BLU-667(((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)；BLU6864；DS-5010；GSK3179106；GSK3352589；和NMS-E668。

靶向RET的治疗剂(例如，第一RET激酶抑制剂或第二RET激酶抑制剂)的另外的实例包含：5-氨基-3-(5-环丙基异噁唑-3-基)-1-异丙基-1H-吡唑-4-甲酰胺；3-(5-环丙基异噁唑-3-基)-1-异丙基-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-4-胺；3-((6,7-二甲氧基喹唑啉-4-基)氨基)-4-氟-2-甲基苯酚；N-(5-(叔丁基)异噁唑-3-基)-2-(4-(咪唑并[1,2-a]吡啶-6-基)苯基)乙酰胺；N-(5-(叔丁基)异噁唑-3-基)-2-(3-(咪唑并[1,2-b]哒嗪-6-酰氧基)苯基)乙酰胺；N-(2-氟-5-三氟甲基苯基)-N'-{4'-[(2"-苯甲酰胺基)吡啶-4"-基氨基]苯基}脲；2-氨基-6-{[2-(4-氯苯基)-2-氧代乙基]硫烷基}-4-(3-噻吩基)吡啶-3,5-二腈；和3-芳基脲基亚苄基-吲哚-2-酮。

其它RET激酶抑制剂的另外的实例包含以下文献中描述的抑制剂：美国专利第9,150,517号和第9,149,464号以及国际公开号WO 2014075035，所述文献中的每一个文献均通过引用并入本文。例如，在一些实施例中，其它RET抑制剂是式I化合物：

其中R

其它RET激酶抑制剂的另外的实例包含国际公开号WO 2016127074中描述的抑制剂，所述国际公开号通过引用并入本文。例如，在一些实施例中，其它RET抑制剂是式(I)化合物或其药学上可接受的盐，其中：

其中环A和B各自独立地选自芳基、杂芳基、环烷基和杂环基；

每个L

每个R

每个R

每个R

每个R

每个R'为C1-C6烷基、C1-C6杂烷基、卤基、羟基、C1-C6卤代烷基、C1-C6羟烷基、环烷基或氰基；或者2个R'与其所连接的一个或多个原子一起形成环烷基或杂环基环；

m为0、1、2或3；

n为0、1或2；并且

p和q各自独立地为0、1、2、3或4。例如，RET抑制剂可以选自由以下组成的组：

其它RET激酶抑制剂的另外的实例包含国际公开号WO 2016075224中描述的抑制剂，所述国际公开号通过引用并入本文。例如，在一些实施例中，其它RET抑制剂是式(II)化合物或其药学上可接受的盐，其中：

R1和R2独立地为氢或选自直链或支链(C

R3为氢或选自直链或支链(C

R4为氢或选自直链或支链(C

A为5元或6元杂芳基环或苯环；

B为选自杂芳基、(C

Y为碳或氮；

X为氢、卤素、羟基、氰基或选自直链或支链(C

R5和R6独立地为氢或选自直链或支链(C

其它RET激酶抑制剂的另外的实例包含国际公开号WO 2015079251中描述的抑制剂，所述国际公开号通过引用并入本文。例如，在一些实施例中，其它RET抑制剂是式(III)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中：

X为NH、NR

R

R

R

R

R

-O-L

其中

L

X

Q

R

-O-L

其中

L

X

Q

8C)环烷基-(1-6C)烷基、芳基、芳基-(1-6C)烷基、杂芳基、杂芳基-(1-

6C)烷基、杂环基、杂环基-(1-6C)烷基，

或者Q

其中R

R

-O-L

其中

L

X

Q

或者Q

其中R

R

其它RET激酶抑制剂的另外的实例包含国际公开号WO2017178845中描述的抑制剂，所述国际公开号通过引用并入本文。例如，在一些实施例中，其它RET抑制剂是式(IV)化合物或其药学上可接受的盐，其中：

HET选自以下之一：

其中

R

-L-Y-Q

其中：

L不存在或为任选地被选自(1-2C)烷基或氧代的一个或多个取代基取代的(1-5C)亚烷基；

Y不存在或为O、S、SO、SO

Q为氢、(1-6C)烷基、(2-6C)烯基、(2-6C)炔基、芳基、(3-10C)环烷基、(3-10C)环烯基、杂芳基或杂环基；其中Q任选地进一步被独立地选自(1-4C)烷基、卤基、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、氨基、(1-4C)氨基烷基、氰基、羟基、羧基、氨基甲酰基、氨磺酰基、巯基、脲基、NR

Q任选地被下式基团取代：

-L

其中：

L

L

W

R

W选自0、S或NR

X

R

R

其它RET激酶抑制剂的另外的实例包含国际公开号WO2017178844中描述的抑制剂，所述国际公开号通过引用并入本文。例如，在一些实施例中，其它RET抑制剂是式(V)化合物或其药学上可接受的盐，其中：

HET选自以下之一：

其中

R

-L-Y-Q

其中：

L不存在或为任选地被选自(1-2C)烷基或氧代的一个或多个取代基取代的(1-5C)亚烷基；

Y不存在或为O、S、SO、SO

Q为氢、(1-6C)烷基、(2-6C)烯基、(2-6C)炔基、芳基、(3-10C)环烷基、(3-10C)环烯基、杂芳基或杂环基；其中Q任选地进一步被独立地选自(1-4C)烷基、卤基、(1-4C)卤代烷基、(1-4C)卤代烷氧基、氨基、(1-4C)氨基烷基、氰基、羟基、羧基、氨基甲酰基、氨磺酰基、巯基、脲基、NR

Q任选地被下式基团取代：

-L

其中：

L

L

Z

R

W选自O、S或NR

X

其中

R

R

X

其中

R

R

R

R

R

-L

其中：

L

Y

Q

R

-Y

其中：

Y

Q

-L

其中：

L

L

Z

Q

前提是X

其它RET激酶抑制剂的另外的实例包含国际公开号WO 2017145050中描述的抑制剂，所述国际公开号通过引用并入本文。例如，在一些实施例中，其它RET具有式(VI)或为其药学上可接受的盐。

其它RET激酶抑制剂的另外的实例包含国际公开号WO 2016038552中描述的抑制剂，所述国际公开号通过引用并入本文。例如，在一些实施例中，其它RET具有式(VII)或式(VIII)或为其药学上可接受的盐。

还有其它治疗剂包含RET抑制剂，如在以下文献中描述的抑制剂：例如美国专利第9,738,660号；第9,801,880号；第9,682,083号；第9,789,100号；第9,550,772号；第9,493,455号；第9,758,508号；第9,604,980号；第9,321,772号；第9,522,910号；第9,669,028号；第9,186,318号；第8,933,230号；第9,505,784号；第8,754,209号；第8,895,744号；第8,629,135号；第8,815,906号；第8,354,526号；第8,741,849号；第8,461,161号；第8,524,709号；第8,129,374号；第8,686,005号；第9,006,256号；第8,399,442号；第7,795,273号；第7,863,288号；第7,465,726号；第8,552,002号；第8,067,434号；第8,198,298号；第8,106,069号；第6,861,509号；第8,299,057号；第9,150,517号；第9,149,464号；第8,299,057；和第7,863,288号；美国公开号2018/0009818；2018/0009817；2017/0283404；2017/0267661；2017/0298074；2017/0114032；2016/0009709；2015/0272958；2015/0238477；2015/0099721；2014/0371219；2014/0137274；2013/0079343；2012/0283261；2012/0225057；2012/0065233；2013/0053370；2012/0302567；2011/0189167；2016/0046636；2013/0012703；2011/0281841；2011/0269739；2012/0271048；2012/0277424；2011/0053934；2011/0046370；2010/0280012；2012/0070410；2010/0081675；2010/0075916；2011/0212053；2009/0227556；2009/0209496；2009/0099167；2010/0209488；2009/0012045；2013/0303518；2008/0234267；2008/0199426；2010/0069395；2009/0312321；2010/0173954；2011/0195072；2010/0004239；2007/0149523；2017/0281632；2017/0226100；2017/0121312；2017/0096425；2017/0044106；2015/0065468；2009/0069360；2008/0275054；2007/0117800；2008/0234284；2008/0234276；2009/0048249；2010/0048540；2008/0319005；2009/0215761；2008/0287427；2006/0183900；2005/0222171；2005/0209195；2008/0262021；2008/0312192；2009/0143399；2009/0130229；2007/0265274；2004/0185547；和2016/0176865；以及国际公开号WO 2017/079140；WO 2017/145050；WO 2017/097697；WO 2017/049462；WO 2017/043550；WO 2017/027883；WO 2017/013160；WO 2017/009644；WO 2016/168992；WO 2016/137060；WO 2016/127074；WO 2016/075224；WO 2016/038552；WO 2015/079251；WO 2014/086284；WO 2013/042137；WO 2013/036232；WO 2013/016720；WO 2012/053606；WO 2012/047017；WO 2007/109045；WO 2009/042646；WO 2009/023978；WO 2009/017838；WO 2017/178845；WO 2017/178844；WO 2017/146116；WO 2017/026718；WO 2016/096709；WO 2007/057397；WO 2007/057399；WO 2007/054357；WO 2006/130613；WO 2006/089298；WO 2005/070431；WO 2003/020698；WO 2001/062273；WO 2001/016169；WO 1997/044356；WO 2007/087245；WO 2005/044835；WO 2014/075035；和WO 2016/038519；以及《药物化学杂志》2012,55(10),4872-4876，所有这些文献均通过引用整体并入本文。

在一些实施例中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)是式II化合物：

或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中：

X

X

X

X

其中X

A为H、Cl、CN、Br、CH

B为hetAr

hetAr

R

hetCyc

D为hetCyc

hetCyc

hetCyc

hetCyc

hetCyc

E为

(a)氢；

(b)OH；

(c)R

(d)任选地被一到三个氟取代的C1-C6烷基；

(e)任选地被一到三个氟取代的羟基C1-C6烷基-；

(f)任选地被一到三个氟取代的C1-C6烷氧基；

(g)任选地被一到三个氟取代的羟基(C1-C6烷氧基)；

(h)任选地被一到三个氟取代的(C1-C6烷氧基)羟基C1-C6烷基-；

(i)任选地被一到三个氟取代的(C1-C6烷基)C(＝O)-；

(j)任选地被一到三个氟取代的(羟基C1-C6烷基)C(＝O)-；

(k)(C1-C6烷氧基)C(＝O)-；

(l)(C1-C6烷氧基)(C1-C6烷基)C(＝O)-；

(m)HC(＝O)-；

(n)Cyc

(o)Cyc

(p)Cyc

(q)hetCyc

(r)hetCyc

(s)hetCyc

(t)(hetCyc

(u)hetCyc

(v)Ar

(w)Ar

(x)Ar

(y)(Ar

(z)Ar

(aa)hetAr

(bb)(hetAr

(cc)hetAr

(dd)R

(ee)R

(ff)R

(gg)R

(hh)CH

(ii)(C1-C6烷基)SO

(jj)(C3-C6环烷基)CH

(kk)hetCyc

(ll)R

(mm)R

(nn)hetCyc

(oo)hetAr

(pp)(hetCyc

(qq)任选地被1-3个氟取代的(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-；

(rr)(C3-C6环烷基)C1-C6烷基-；

(ss)(C3-C6环烷基)C1-C6烷基-，其中所述环烷基任选地被1-2个氟取代；

(tt)(R

(uu)Ar

(vv)(C1-C6烷基SO

(ww)(C1-C6烷氧基)C(＝O)NHC1-C6烷基-；

(xx)(C3-C6环烷氧基)C(＝O)-；

(yy)(C3-C6环烷基)SO

(zz)Ar

(aaa)(N-(C1-C3烷基)吡啶酮基)C1-C3烷基-；和

(bbb)(Ar

Cyc

Ar

hetAr

hetCyc

hetCyc

hetCyc

R

R

Cyc

hetCyc

Ar

R

R

hetCyc

Ar

在一些实施例中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)是式III化合物：

或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中：

X

X

X

X

其中X

A为CN；

B为hetAr

hetAr

R

D为hetCyc

hetCyc

E为

(w)Ar

(x)Ar

(z)Ar

(cc)hetAr

(dd)R

(oo)hetAr

Ar

hetAr

R

R

在一些实施例中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)选自由以下组成的组：((S)-4-(6-(4-(2-羟基-3-苯基丙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(2-(吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2,6-二氟苯甲酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈2,2,2-三氟乙酸盐；4-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N,N-二乙基哌嗪-1-甲酰胺；1-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N-(2-甲氧基-3-甲基丁基)哌啶-4-甲酰胺；4-(6-(4-(2-(5-氟吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈双(2,2,2-三氟乙酸盐)；4-(6-(4-(2,6-二氟苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(吡啶-2-基甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

在一些实施例中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)是式IV化合物：

或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中：

X

A为H、CN、Cl、CH

B为：

(a)氢；

(b)任选地被1-3个氟取代的C1-C6烷基；

(c)羟基C2-C6烷基-，其中烷基部分任选地被1-3个氟或C3-C6亚环烷基环取代；

(d)二羟基C3-C6烷基-，其中烷基部分任选地被C3-C6亚环烷基环取代；

(e)任选地被1-3个氟取代的(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-；

(f)(R

(g)hetAr

(h)(C3-C6环烷基)C1-C3烷基-，其中所述环烷基任选地被OH取代；

(i)(hetCyc

(j)hetCyc

(k)C3-C6环烷基-，其中所述环烷基任选地被OH取代；

(l)(C1-C4烷基)C(＝O)O-C1-C6烷基-，其中C1-C4烷基和C1-C6烷基部分中的每一个均任选且独立地被1-3个氟取代；或

(m)(R

hetCyc

环D为(i)具有两个环氮原子的饱和4-7元杂环、(ii)具有两个环氮原子并且任选地具有作为氧的第三个环杂原子的饱和7-8元桥联杂环、(iii)具有两个环氮原子的饱和7-11元杂螺环或(iv)具有两个环氮原子的饱和9-10元双环稠合杂环，其中所述环中的每一个环均任选地被以下各项取代：(a)独立地选自卤素、OH、任选地被1-3个氟取代的C1-C3烷基或任选地被1-3个氟取代的C1-C3烷氧基的一到四个基团；(b)C3-C6环亚烷基环；或(c)氧代基团；

E为

(a)氢；

(b)任选地被1-3个氟取代的C1-C6烷基；

(c)任选地被1-3个氟取代的(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-；

(d)(C1-C6烷基)C(＝O)-，其中所述烷基部分任选地被1-3个氟或R

(e)任选地被1-3个氟取代的(羟基C2-C6烷基)C(＝O)-；

(f)(C1-C6烷氧基)C(＝O)-；

(g)(C3-C6环烷基)C(＝O)-，其中所述环烷基任选地被独立地选自C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、OH和(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-的一个或多个取代基取代，或者所述环烷基被具有独立地选自N和O的1-3个环杂原子的5-6元杂芳基环取代；

(h)Ar

(i)Ar

(j)hetAr

(k)hetAr

(l)hetAr

(m)hetCyc

(n)hetCyc

(o)R

(p)Ar

(q)hetAr

(r)(C1-C6烷基)SO

(s)Ar

(t)hetAr

(u)N-(C1-C6烷基)吡啶酮基；

(v)Ar

(w)Ar

(x)(C3-C6环烷基)(C1-C6烷基)C(＝O)-；

(y)(C3-C6环烷基)(C1-C6烷基)SO

(z)Ar

(aa)hetCyc

(bb)hetCyc

(cc)hetAr

(dd)C3-C6环烷基；

Ar

hetAr

hetCyc

R

R

在一些实施例中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)是式V化合物：

或其药学上可接受的盐和溶剂化物，其中：

X

A为CN；

B为：

(b)任选地被1-3个氟取代的C1-C6烷基；

(c)羟基C2-C6烷基-，其中烷基部分任选地被1-3个氟或C3-C6亚环烷基环取代；

(e)任选地被1-3个氟取代的(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-；

(f)(R

(g)hetAr

(i)(hetCyc

hetCyc

环D为(i)具有两个环氮原子的饱和4-7元杂环或(ii)具有两个环氮原子并且任选地具有作为氧的第三个环杂原子的饱和7-9元桥联杂环，其中所述环中的每一个环均任选地被以下各项取代：(a)独立地选自卤素、OH、任选地被1-3个氟取代的C1-C3烷基或任选地被1-3个氟取代的C1-C3烷氧基的一到四个基团；(b)C3-C6环亚烷基环；或(c)氧代基团；

E为

(h)Ar

(j)hetAr

(l)hetAr

Ar

hetAr

在一些实施例中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)选自由以下组成的组：4-(6-(4-苄基哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；(R)-6-(2-羟基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-甲氧基乙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-(6-甲氧基烟酰基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-(二甲基氨基)乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-((1-甲基-1H-咪唑-4-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；以及6-乙氧基-4-(5-(6-((5-氟-6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡嗪-2-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

在一些实施例中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)是式VI化合物：

或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中：

X

A为H、CN、Cl、甲基、乙基或环丙基；

B是：

(a)氢；

(b)任选地被1-3个氟取代的C1-C6烷基；

(c)羟基C2-C6烷基-，其中烷基部分任选地被C3-C6亚环烷基环取代；

(d)二羟基C3-C6烷基-，其中烷基部分任选地被C3-C6亚环烷基环取代；

(e)任选地被1-3个氟取代的(C1-C6烷氧基)C1-C6烷基-；

(f)(R

(g)hetAr

(h)(C3-C6环烷基)C1-C3烷基-，其中所述环烷基任选地被OH取代；

(i)(hetCyc

(j)hetCyc

(k)(R

(l)(R

(m)hetCyc

hetCyc

环D为(i)具有一个作为氮的环杂原子的饱和单环4-7元杂环、(ii)具有一个作为氮的环杂原子的饱和7-8元桥联杂环或(iii)具有一个作为氮的环杂原子的饱和7-11元杂环系统；

每个R

R

hetCyc

hetAr

R

R

n为0、1、2、3、4、5或6；

m为0或1；

E为：

(a)氢；

(b)羟基；

(c)任选地被1-3个氟取代的C1-C6烷基；

(d)Ar

(e)hetAr

(f)(C1-C6烷氧基)C1-C6烷氧基-；

(g)Ar

(h)hetAr

(i)Ar

(j)hetAr

(k)R

(l)Ar

(m)hetAr

(n)R

(o)Ar

(p)hetAr

(q)Ar

(r)hetCyc

(s)R

(t)(C1-C6烷基)SO

(u)Ar

(v)hetAr

(w)hetAr

(x)(C3-C6环烷基)CH

(y)Ar

(z)hetAr

(aa)Ar

(bb)hetAr

(cc)hetCyc

(dd)C1-C6烷氧基；

(ee)Ar

(ff)hetAr

(gg)hetAr

(hh)Ar

(ii)hetAr

(jj)Ar

(kk)(C1-C6烷氧基)C(＝O)-；

(ll)(C1-C6烷基l)NR

(mm)(C1-C6 alkyl)NR

(nn)hetCyc

(oo)Q-NR

(pp)

(qq)

(rr)

(ss)R

(tt)(C3-C6环烷基)C(＝O)NR

(uu)(C1-C6烷基)C(＝O)NR

(vv)C1-C6烷基)SO

Ar

hetAr

hetCyc

R

R

R

Ar

hetAr

hetAr

hetCyc

hetCyc

在一些实施例中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)是式VII化合物：

或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中：

X

A为CN；

B是：

(b)任选地被1-3个氟取代的C1-C6烷基；

(c)羟基C2-C6烷基-，其中烷基部分任选地被C3-C6亚环烷基环取代；或

(i)(hetCyc

hetCyc

环D为具有一个作为氮的环杂原子的饱和单环4-7元杂环；

每个R

R

n为0或1；

m为0或1；

E为：

(e)hetAr

(h)hetAr

(k)R

(l)Ar

(m)hetAr

Ar

hetAr

R

在一些实施例中，RET抑制剂(例如，第一RET抑制剂或第二RET抑制剂)选自由以下组成的组：N-(1-(5-(3-氰基-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)苯甲酰胺；6-乙氧基-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)氮杂环丁烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基哒嗪-3-基)氧基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲；(S)-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)吡咯烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)-5-氟-2-甲基苯甲酰胺；3-氯-N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)吡啶酰胺；N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)-3-甲基丁酰胺；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈和3-氯-N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡嗪-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)吡啶酰胺；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

靶向受体酪氨酸激酶(例如，Trk)的治疗剂的非限制性实例包含阿法替尼(afatinib)、卡博替尼、西妥昔单抗(cetuximab)、克唑替尼(crizotinib)、达拉非尼(dabrafenib)、恩曲替尼(entrectinib)、厄洛替尼(erlotinib)、吉非替尼(gefitinib)、伊马替尼(imatinib)、拉帕替尼(lapatinib)、来舒替尼(lestaurtinib)、尼洛替尼(nilotinib)、帕唑替尼(pazopanib)、帕尼单抗(panitumumab)、帕妥珠单抗(pertuzumab)、舒尼替尼、曲妥珠单抗(trastuzumab)、l-((3S,4R)-4-(3-氟苯基)-l-(2-甲氧基乙基)吡咯烷-3-基)-3-(4-甲基-3-(2-甲基嘧啶-5-基)-l-苯基-lH-吡唑-5-基)脲、AG 879、AR-772、AR-786、AR-256、AR-618、AZ-23、AZ623、DS-6051、

Trk抑制剂的另外的实例可以在以下文献中找到：美国专利第8,637,516号、国际公开号WO 2012/034091、美国专利第9,102,671号、国际公开号WO 2012/116217、美国公开号2010/0297115、国际公开号WO 2009/053442、美国专利第8,642,035号、国际公开号WO2009092049、美国专利第8,691,221号、国际公开号WO2006131952，所有文献均通过引用整体并入本文。示例性Trk抑制剂包含：GNF-4256，描述于《癌症化疗与药理学(CancerChemother.Pharmacol.)》75(1):131-141,2015中)；和GNF-5837(N-[3-[[2,3-二氢-2-氧代-3-(1H-吡咯-2-基亚甲基)-1H-吲哚-6-基]氨基]-4-甲基苯基]-N′-[2-氟-5-(三氟甲基)苯基]-脲)，描述于《ASC药物化学期刊(ACS Med.Chem.Lett.)》3(2):140-145,2012中，所述文献中的每一个均通过引用整体并入本文。

Trk抑制剂的另外的实例包含在美国公开号2010/0152219、美国专利第8,114,989号和国际公开号WO 2006/123113中公开的抑制剂，所有文献均通过引用整体并入本文。示例性Trk抑制剂包含：AZ623，描述于《癌症》117(6):1321-1391,2011中；AZD6918，描述于《癌症生物学与治疗(Cancer Biol.Ther.)》16(3):477-483,2015中；AZ64，描述于《癌症化疗与药理学》70:477-486,2012中；AZ-23((S)-5-氯-N2-(1-(5-氟吡啶-2-基)乙基)-N4-(5-异丙氧基-1H-吡唑-3-基)嘧啶-2,4-二胺)，描述于《分子癌症治疗学》8:1818-1827,2009中；以及AZD7451；所述文献中的每一个均通过引用整体并入本文。

Trk抑制剂可以包含以下文献中描述的抑制剂：美国专利第7,615,383号；第7,384,632号；第6,153,189号；第6,027,927号；第6,025,166号；第5,910,574号；第5,877,016号；和第5,844,092号，所述文献中的每一个均通过引用整体并入本文。

Trk抑制剂的另外的实例包含：CEP-751，描述于《国际癌症杂志》72:672-679,1997中；CT327，描述于《皮肤病及性病学报(Acta Derm.Venereol.)》95:542-548,2015中；国际公开号WO 2012/034095中描述的化合物；美国专利第8,673,347号和国际公开号WO 2007/022999中描述的化合物；美国专利第8,338,417号中描述的化合物；国际公开号WO 2016/027754中描述的化合物；美国专利第9,242,977号中描述的化合物；美国公开号2016/0000783中描述的化合物；舒尼替尼(N-(2-二乙基氨基乙基)-5-[(Z)-(5-氟-2-氧代-1H-吲哚-3-亚烷基)甲基]-2,4-二甲基-1H-吡咯-3-甲酰胺)，如《公共科学图书馆综合》9:e95628,2014中所述；国际公开号WO 2011/133637中描述的化合物；美国专利第8,637,256号中描述的化合物；《治疗专利专家意见(Expert.Opin.Ther.Pat.)》24(7):731-744,2014中描述的化合物；《治疗专利专家意见》19(3):305-319,2009中描述的化合物；(R)-2-苯基吡咯烷取代的咪唑并哒嗪，例如，GNF-8625、(R)-1-(6-(6-(2-(3-氟苯基)吡咯烷-1-基)咪唑并[1,2-b]哒嗪-3-基)-[2,4'-联吡啶]-2'-基)哌啶-4-醇，如《ASC药物化学期刊》6(5):562-567,2015中所述；GTx-186和其它，如《公共科学图书馆综合》8(12):e83380,2013中所述；K252a((9S-(9α,10β,12α))-2,3,9,10,11,12-六氢-10-羟基-10-(甲氧基羰基)-9-甲基-9,12-环氧-1H-二吲哚并[1,2,3-fg:3',2',1'-kl]吡咯并[3,4-i][1,6]苯并二氮芥1-酮)，如《分子与细胞生物化学(Mol.Cell Biochem.)》339(1-2):201-213,2010中所述；4-氨基吡唑基嘧啶，例如，AZ-23(((S)-5-氯-N2-(1-(5-氟吡啶-2-基)以及)-N4-(5-异丙氧基-1H-吡唑-3-基)嘧啶-2,4-二胺))，如《药物化学杂志》51(15):4672-4684,2008中所述；PHA-739358(达鲁色替(danusertib))，如《分子癌症治疗学》6:3158,2007中所述；

Trk抑制剂充当TrkA、TrkB和/或Trk C抑制剂的能力可以使用美国专利第8,513,263号中实例A和B中描述的测定法进行测试，所述美国专利通过引用并入本文。

在一些实施例中，受体酪氨酸激酶抑制剂是表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(EGFR)。例如，EGFR抑制剂可以包含奥希替尼(osimertinib)(merelectinib，Tagrisso)、厄洛替尼(Tarceva)、吉非替尼(Iressa)、西妥昔单抗(Erbitux)、耐昔妥珠单抗(necitumumab)(Portrazza)、来那替尼(neratinib)(Nerlynx)、拉帕替尼(Tykerb)、帕尼单抗(Vectibix)和凡德他尼(Caprelsa)。在一些实施例中，EGFR抑制剂是奥希替尼。

在一些实施例中，信号转导通路抑制剂包含Ras-Raf-MEK-ERK通路抑制剂(例如，比美替尼(binimetinib)、司美替尼(selumetinib)、康奈非尼(encorafinib)、索拉非尼、曲美替尼(trametinib)和威罗非尼(vemurafenib))、PI3K-Akt-mTOR-S6K通路抑制剂(例如，依维莫司(everolimus)、雷帕霉素(rapamycin)、哌立福新(perifosine)、替西罗莫司(temsirolimus))和其它激酶抑制剂，如巴瑞替尼(baricitinib)、布加替尼(brigatinib)、卡马替尼(capmatinib)、达鲁色替、依鲁替尼(ibrutinib)、密西尼(milciclib)、槲皮素(quercetin)、瑞戈非尼、鲁索替尼(ruxolitinib)、司马沙尼、AP32788、BLU285、BLU554、INCB39110、INCB40093、INCB50465、INCB52793、INCB54828、MGCD265、NMS-088、NMS-1286937、PF 477736((R)-氨基-N-N-[5,6-二氢-2-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-6-氧代-1H吡咯并[4,3,2-ef][2,3]苯并二氮杂-8-基]-环己烷乙酰胺)、PLX3397、PLX7486、PLX8394、PLX9486、PRN1008、PRN1371、RXDX103、RXDX106、RXDX108和TG101209(N-叔丁基-3-(5-甲基-2-(4-(4-甲基哌嗪-1-基)苯基氨基)嘧啶-4-基氨基)苯磺酰胺)。

检查点抑制剂的非限制性实例包含伊匹木单抗(ipilimumab)、曲美木单抗(tremelimumab)、纳武单抗(nivolumab)、匹地利珠单抗(pidilizumab)、MPDL3208A、MEDI4736、MSB0010718C、BMS-936559、BMS-956559、BMS-935559(MDX-1105)、AMP-224和派姆单抗(pembrolizumab)。

在一些实施例中，细胞毒性化学治疗剂选自三氧化二砷(arsenic trioxide)、博来霉素(bleomycin)、卡巴他赛(cabazitaxel)、卡培他滨(capecitabine)、卡铂(carboplatin)、顺铂(cisplatin)、环磷酰胺(cyclophosphamide)、阿糖胞苷(cytarabine)、达卡巴嗪(dacarbazine)、柔红霉素(daunorubicin)、多西他赛(docetaxel)、多柔比星(doxorubicin)、依托泊苷(etoposide)、氟尿嘧啶(fluorouracil)、吉西他滨、伊立替康(irinotecan)、洛莫司丁(lomustine)、甲氨蝶呤(methotrexate)、丝裂霉素C(mitomycin C)、奥沙利铂(oxaliplatin)、紫杉醇(paclitaxel)、培美曲塞(pemetrexed)、替莫唑胺(temozolomide)和长春新碱(vincristine)。

靶向血管生成的疗法的非限制性实例包含阿柏西普(aflibercept)和贝伐单抗(bevacizumab)。

术语“免疫疗法”是指调节免疫系统的药剂。在一些实施例中，免疫疗法可以增加免疫系统调节剂的表达和/或活性。在一些实施例中，免疫疗法可以降低免疫系统调节剂的表达和/或活性。在一些实施例中，免疫疗法可以募集和/或增强免疫细胞的活性。

在一些实施例中，免疫疗法是细胞免疫疗法(例如，过继T细胞疗法、树突状细胞疗法、自然杀伤细胞疗法)。在一些实施例中，细胞免疫疗法是sipuleucel-T(APC8015；Provenge

在一些实施例中，免疫疗法是抗体疗法(例如，单克隆抗体、缀合抗体)。在一些实施例中，抗体疗法是贝伐单抗(Mvasti

在一些实施例中，免疫疗法是抗体-药物缀合物。在一些实施例中，抗体-药物缀合物是吉妥珠单抗奥佐米星(gemtuzumab ozogamicin)(Mylotarg

在一些实施例中，免疫疗法包含博纳吐单抗(blinatumomab)(AMG103；

在一些实施例中，免疫疗法包含毒素。在一些实施例中，免疫疗法是地尼白介素(denileukin diftitox)

在一些实施例中，免疫疗法是细胞因子疗法。在一些实施例中，细胞因子疗法是白介素2(IL-2)疗法、干扰素α(IFNα)疗法、粒细胞集落刺激因子(G-CSF)疗法、白介素12(IL-12)疗法、白介素15(IL-15)疗法、白介素7(IL-7)疗法或促红细胞生成素α(EPO)治疗。在一些实施例中，IL-2疗法是阿地白介素(aldesleukin)

在一些实施例中，免疫疗法是免疫检查点抑制剂。在一些实施例中，免疫疗法包含一种或多种免疫检查点抑制剂。在一些实施例中，免疫检查点抑制剂是CTLA-4抑制剂、PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些实施例中，CTLA-4抑制剂是伊匹木单抗

在一些实施例中，免疫疗法是基于mRNA的免疫疗法。在一些实施例中，基于mRNA的免疫疗法是CV9104(参见例如，Rausch等人(2014)《人类疫苗与免疫疗法(Human VaccinImmunother)》10(11):3146-52；和Kubler等人(2015)《癌症免疫治疗杂志(J.ImmunotherCancer)》3:26)。

在一些实施例中，免疫疗法是卡介苗芽孢杆菌(BCG)疗法。

在一些实施例中，免疫疗法是溶瘤病毒疗法。在一些实施例中，溶瘤病毒疗法是拉他莫基(talimogene alherparepvec)(T-VEC；

在一些实施例中，免疫疗法是癌症疫苗。在一些实施例中，癌症疫苗是人乳头瘤病毒(HPV)疫苗。在一些实施例中，HPV疫苗是

在一些实施例中，免疫疗法是肽疫苗。在一些实施例中，肽疫苗是nelipepimut-S(E75)(NeuVax

在一些实施例中，免疫靶向剂选自阿地白介素、干扰素α-2b、伊匹木单抗、兰洛利珠单抗(lambrolizumab)、纳武单抗、泼尼松(prednisone)和sipuleucel-T。

放射疗法的非限制性实例包含放射性碘疗法、外束放射和镭223疗法。

另外的激酶抑制剂包含以下文献中描述的激酶抑制剂：例如，美国专利第7,514,446号；第7,863,289号；第8,026,247号；第8,501,756号；第8,552,002号；第8,815,901号；第8,912,204号；第9,260,437号；第9,273,051号；美国公开号US 2015/0018336；国际公开号WO 2007/002325；WO 2007/002433；WO 2008/080001；WO 2008/079906；WO 2008/079903；WO 2008/079909；WO 2008/080015；WO 2009/007748；WO 2009/012283；WO 2009/143018；WO2009/143024；WO WO 2009/014637；2009/152083；WO 2010/111527；WO 2012/109075；WO2014/194127；WO 2015/112806；WO 2007/110344；WO 2009/071480；WO 2009/118411；WO2010/031816；WO 2010/145998；WO 2011/092120；WO 2012/101032；WO 2012/139930；WO2012/143248；WO 2012/152763；WO 2013/014039；WO 2013/102059；WO 2013/050448；WO2013/050446；WO 2014/019908；WO 2014/072220；WO 2014/184069；和WO 2016/075224，所有文献均通过引用整体并入本文。

激酶抑制剂的另外的实例包含以下文献中描述的激酶抑制剂：例如，WO 2016/081450；WO 2016/022569；WO 2016/011141；WO 2016/011144；WO 2016/011147；WO 2015/191667；WO 2012/101029；WO 2012/113774；WO 2015/191666；WO 2015/161277；WO 2015/161274；WO 2015/108992；WO 2015/061572；WO 2015/058129；WO 2015/057873；WO 2015/017528；WO/2015/017533；WO 2014/160521；和WO 2014/011900，所述文献中的每一个均通过引用整体并入本文。

激酶抑制剂的另外的实例包含鲁奈司匹(luminespib)(AUY-922，NVP-AUY922)(5-(2,4-二羟基-5-异丙基苯基)-N-乙基-4-(4-(吗啉代甲基)苯基)异噁唑-3-甲酰胺)和达马莫德(doramapimod)(BIRB-796)(1-[5-叔丁基-2-(4-甲基苯基)吡唑-3-基]-3-[4-(2-吗啉-4-基乙氧基)萘-1-基]脲)。

因此，本文还提供了一种治疗癌症的方法，其包括向有需要的患者施用用于治疗癌症的药物组合，所述药物组合包括(a)式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、(b)另外的治疗剂以及(c)任选的至少一种药学上可接受的载剂，三者用于同时、分别或依次使用以治疗癌症，其中所述式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的量以及所述另外的治疗剂的量一起有效地治疗所述癌症。

在一些实施例中，一种或多种另外的治疗剂包含上文列出的疗法或治疗剂中的任一种，其是癌症中的护理标准，其中所述癌症具有RET基因、RET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。

这些另外的治疗剂可以作为相同或单独剂型的一部分，通过相同或不同的施用途径，与一个或多个剂量的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物一起施用，和/或根据本领域技术人员已知的标准药学实践以相同或不同的施用方案进行施用。

本文还提供了：(i)一种用于在有需要的患者中治疗癌症的药物组合，所述药物组合包括(a)式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、(b)至少一种另外的治疗剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何示例性另外的治疗剂)和(c)任选的至少一种药学上可接受的载剂，三者用于同时、分别或依次使用以治疗癌症，其中所述式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的量以及所述另外的治疗剂的量一起有效地治疗所述癌症；(ii)包括这种组合的药物组合物；(iii)这种组合在制备用于治疗癌症的药物中的用途；以及(iv)商业包装或产品，所述商业包装或产品包括这种组合作为用于同时、分别或依次使用的组合制剂；并且本文涉及一种在有需要的患者中治疗癌症的方法。在一个实施例中，所述患者是人类。在一些实施例中，所述癌症是RET相关性癌症。例如，具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的RET相关性癌症。

如本文所使用的，术语“药物组合”是指由多于一种活性成分的混合或组合而产生的药物疗法，并且包含活性成分的固定组合和非固定组合两者。术语“固定组合”意指式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及至少一种另外的治疗剂(例如，化学治疗剂)均以单一组合物或剂量的形式同时施用给患者。术语“非固定组合”意指式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及至少一种另外的治疗剂(例如，化学治疗剂)被配制为单独的组合物或剂量，使得它们可以在可变的介入时间限制内同时地、并行地或依次地施用给有需要的患者，其中这种施用在患者体内提供了两种或更多种化合物的有效水平。这些也适用于鸡尾酒疗法，例如施用三种或更多种活性成分

因此，本文还提供了一种治疗癌症的方法，其包括向有需要的患者施用用于治疗癌症的药物组合，所述药物组合包括(a)式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、(b)另外的治疗剂以及(c)任选的至少一种药学上可接受的载剂，三者用于同时、分别或依次使用以治疗癌症，其中所述式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的量以及所述另外的治疗剂的量一起有效地治疗所述癌症。在一个实施例中，式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及另外的治疗剂以单独剂量同时施用。在一个实施例中，式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及另外的治疗剂以联合治疗有效量按任何顺序依次以单独剂量施用(例如，每日或间歇剂量)。在一个实施例中，式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及另外的治疗剂以组合剂量同时施用。在一些实施例中，所述癌症是RET相关性癌症。例如，具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的RET相关性癌症。在一些实施例中，另外的治疗剂是克唑替尼。在一些实施例中，另外的治疗剂是奥希替尼。在一些实施例中，在施用药物组合物之前，已经向患者施用了一个或多个剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述癌症是肺癌(例如，与RET相关的肺癌)。

本文还提供了一种在需要治疗的患者中治疗由RET介导的疾病或障碍的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物。在一些实施例中，由RET介导的疾病或障碍是RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。例如，RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调包含一种或多种RET抑制剂耐药性突变。由RET介导的疾病或障碍可以包含与RET的表达或活性(包含过表达和/或异常活性水平)直接或间接相关的任何疾病、障碍或病症。在一个实施例中，所述疾病是癌症(例如，RET相关性癌症)。在一个实施例中，所述癌症是本文所述的任何癌症或RET相关性癌症。在一些实施例中，另外的治疗剂是克唑替尼。在一些实施例中，另外的治疗剂是奥希替尼。在一些实施例中，在施用药物组合物之前，已经向患者施用了一个或多个剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述癌症是肺癌(例如，与RET相关的肺癌)。

尽管在不同类型的癌症之间肿瘤发生的遗传基础可能有所不同，但对于所有实体瘤类型而言，转移所需的细胞和分子机制似乎是相似的。在转移性级联过程中，癌细胞失去生长抑制反应，发生粘附性改变，并产生可降解细胞外基质成分的酶。这导致肿瘤细胞与原始肿瘤分离，通过新形成的脉管系统渗透到循环系统中，肿瘤细胞在可能形成菌落的有利的远端位点处发生迁移和外渗。已经鉴定出许多基因是转移的启动子或抑制子。例如，神经胶质细胞源性神经营养因子(GDNF)及其RET受体酪氨酸激酶的过表达与癌症的增殖和转移有关。参见例如，Zeng,Q.等人《国际医学研究杂志(J.Int.Med.Res.)》(2008)36(4):656-64。

因此，本文还提供了一种用于在有需要的患者中抑制、预防、帮助预防或减轻癌症的转移症状的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物。此类方法可用于治疗本文所述的一种或多种癌症。参见例如，美国公开号2013/0029925；国际公开号WO 2014/083567；和美国专利第8,568,998号。还参见，例如，Hezam K等人,《神经科学评论(RevNeurosci)》2018年1月26日；29:93-98；Gao L等人,《胰腺(Pancreas)》2015年1月；44:134-143；Ding K等人,《生物化学杂志》2014年6月6日；289:16057-71；以及Amit M等人,《癌基因》2017年6月8日；36:3232-3239。在一些实施例中，所述癌症是RET相关性癌症。在一些实施例中，式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物与另外的疗法或另一种治疗剂(包含化学治疗剂，如激酶抑制剂)组合使用。例如，第一或第二RET激酶抑制剂。在一些实施例中，另外的治疗剂是克唑替尼。在一些实施例中，另外的治疗剂是奥希替尼。在一些实施例中，在施用药物组合物之前，已经向患者施用了一个或多个剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述癌症是肺癌(例如，与RET相关的肺癌)。

术语“转移”是本领域已知的术语，并且是指在受试者或患者中远离原发性肿瘤的位点处形成另外的肿瘤(例如，实体瘤)，其中另外的肿瘤包含与原发性肿瘤相同或相似的癌细胞。

还提供了一种在患有RET相关性癌症的患者中降低发生转移或另外的转移的风险的方法，所述方法包含：选择、鉴定或诊断患有RET相关性癌症的患者，并向经选择、鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的患者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。还提供了一种在患有RET相关性癌症的患者中降低发生转移或另外的转移的风险的方法，所述方法包含：向患有RET相关性癌症的患者施用治疗有效量的式I(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物。可以将患有RET相关性癌症的患者中发生转移或另外的转移的风险的降低与治疗前患者中发生转移或另外的转移的风险进行比较，或者与尚未接受任何治疗或接受不同治疗的患有相似或相同的RET相关性癌症的患者或患者人群进行比较。在一些实施例中，所述RET相关性癌症是具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的RET相关性癌症。在一些实施例中，另外的治疗剂是克唑替尼。在一些实施例中，另外的治疗剂是奥希替尼。在一些实施例中，在施用药物组合物之前，已经向患者施用了一个或多个剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述癌症是肺癌(例如，与RET相关的肺癌)。

短语“发生转移的风险”意指患有原发性肿瘤的受试者或患者在设定的时间段内在远离受试者或患者中的原发性肿瘤的位点处出现另外的肿瘤(例如，实体瘤)的风险，其中所述另外的肿瘤包含与原发性肿瘤相同或相似的癌细胞。本文描述了用于在患有癌症的受试者或患者中降低发生转移的风险的方法。

短语“发生另外的转移的风险”意指患有原发性肿瘤并在远离原发性肿瘤的位点处患有一种或多种另外的肿瘤(其中所述一种或多种另外的肿瘤包含与原发性肿瘤相同或相似的癌细胞)的受试者或患者将出现远离原发性肿瘤的一种或多种另外的肿瘤的风险，其中所述另外的肿瘤包含与原发性肿瘤相同或相似的癌细胞。本文描述了降低发生另外的转移的风险的方法。

在一些实施例中，肿瘤中一种或多种RET抑制剂耐药性突变的存在导致肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗更具抵抗力。下文描述了当RET抑制剂耐药性突变导致肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗更具抵抗力时有用的方法。例如，本文提供了治疗患有癌症的受试者的方法，所述方法包含：鉴定癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者；以及向经鉴定的受试者施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物与第一RET抑制剂组合施用。还提供了治疗被鉴定为患有具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的癌细胞的受试者的方法，所述方法包含向所述受试者施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物与第一RET抑制剂组合施用。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变包含表3和表4中列出的一种或多种RET抑制剂耐药性突变。例如，一种或多种RET抑制剂耐药性突变可以包含氨基酸位置804处的取代(例如，V804M、V804L或V804E)或氨基酸位置810处的取代(例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)。

例如，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向受试者施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中所述第一RET抑制剂选自由以下组成的组：艾乐替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、普纳替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡德他尼、RXDX-105(阿格尼布)、BLU-667((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用选自实例1-151的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向受试者施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中所述第一RET抑制剂选自由以下组成的组：艾乐替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、普纳替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡德他尼、RXDX-105(阿格尼布)、BLU-667((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用选自实例1-151的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括(a)在来自受试者的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；以及(b)向受试者施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中所述第一RET抑制剂选自由以下组成的组：艾乐替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、普纳替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡德他尼、RXDX-105(阿格尼布)、BLU-667((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有表3或4的至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用选自实例1-151的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括(a)在来自受试者的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；以及(b)向受试者施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中所述第一RET抑制剂选自由以下组成的组：艾乐替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、普纳替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡德他尼、RXDX-105(阿格尼布)、BLU-667((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有RET抑制剂耐药性突变V804M、G810S或G810R；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。

作为另一个实例，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂，其中所述第二RET抑制剂选自由以下组成的组：艾乐替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、普纳替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡德他尼、RXDX-105(阿格尼布)、BLU-667((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂，其中所述第二RET抑制剂选自由以下组成的组：艾乐替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、普纳替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡德他尼、RXDX-105(阿格尼布)、BLU-667((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有表3或4的至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂，其中所述第二RET抑制剂选自由以下组成的组：艾乐替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、普纳替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡德他尼、RXDX-105(阿格尼布)、BLU-667((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有RET抑制剂耐药性突变V804M、G810S或G810R；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂，其中所述第二RET抑制剂选自由以下组成的组：艾乐替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、普纳替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡德他尼、RXDX-105(阿格尼布)、BLU-667((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

作为另一个实例，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物联合向受试者施用第二治疗剂，其中所述第二治疗剂选自由克唑替尼和奥希替尼组成的组；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有表3或4的至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物联合向受试者施用第二治疗剂，其中所述第二治疗剂选自由克唑替尼和奥希替尼组成的组；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在上文的一些实施例中，所述RET相关性癌症是肺癌。

在一些实施例中，肿瘤中一种或多种RET抑制剂耐药性突变的存在导致肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗更具抵抗力。下文描述了当RET抑制剂耐药性突变导致肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗更具抵抗力时有用的方法。例如，本文提供了治疗患有癌症的受试者的方法，所述方法包含：鉴定癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者；以及向经鉴定的受试者施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物与第一RET抑制剂组合施用。还提供了治疗被鉴定为患有具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的癌细胞的受试者的方法，所述方法包含向所述受试者施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物与第一RET抑制剂组合施用。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变包含表3和表4中列出的一种或多种RET抑制剂耐药性突变。例如，一种或多种RET抑制剂耐药性突变可以包含氨基酸位置804处的取代(例如，V804M、V804L或V804E)或氨基酸位置810处的取代(例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)。

例如，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中所述第一RET抑制剂选自由以下组成的组：((S)-4-(6-(4-(2-羟基-3-苯基丙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(2-(吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2,6-二氟苯甲酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈2,2,2-三氟乙酸盐；4-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N,N-二乙基哌嗪-1-甲酰胺；1-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N-(2-甲氧基-3-甲基丁基)哌啶-4-甲酰胺；4-(6-(4-(2-(5-氟吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈双(2,2,2-三氟乙酸盐)；4-(6-(4-(2,6-二氟苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(吡啶-2-基甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中所述第一RET抑制剂选自由以下组成的组：((S)-4-(6-(4-(2-羟基-3-苯基丙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(2-(吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2,6-二氟苯甲酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈2,2,2-三氟乙酸盐；4-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N,N-二乙基哌嗪-1-甲酰胺；1-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N-(2-甲氧基-3-甲基丁基)哌啶-4-甲酰胺；4-(6-(4-(2-(5-氟吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈双(2,2,2-三氟乙酸盐)；4-(6-(4-(2,6-二氟苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(吡啶-2-基甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用选自实例1-151的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中所述第一RET抑制剂选自由以下组成的组：((S)-4-(6-(4-(2-羟基-3-苯基丙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(2-(吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2,6-二氟苯甲酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈2,2,2-三氟乙酸盐；4-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N,N-二乙基哌嗪-1-甲酰胺；1-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N-(2-甲氧基-3-甲基丁基)哌啶-4-甲酰胺；4-(6-(4-(2-(5-氟吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈双(2,2,2-三氟乙酸盐)；4-(6-(4-(2,6-二氟苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(吡啶-2-基甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有表3或4的至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用选自实例1-151的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中所述第一RET抑制剂选自由以下组成的组：((S)-4-(6-(4-(2-羟基-3-苯基丙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(2-(吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2,6-二氟苯甲酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈2,2,2-三氟乙酸盐；4-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N,N-二乙基哌嗪-1-甲酰胺；1-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N-(2-甲氧基-3-甲基丁基)哌啶-4-甲酰胺；4-(6-(4-(2-(5-氟吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈双(2,2,2-三氟乙酸盐)；4-(6-(4-(2,6-二氟苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(吡啶-2-基甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有RET抑制剂耐药性突变V804M、G810S或G810R；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。

作为另一个实例，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂，其中所述第二RET抑制剂选自由以下组成的组：((S)-4-(6-(4-(2-羟基-3-苯基丙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(2-(吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2,6-二氟苯甲酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈2,2,2-三氟乙酸盐；4-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N,N-二乙基哌嗪-1-甲酰胺；1-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N-(2-甲氧基-3-甲基丁基)哌啶-4-甲酰胺；4-(6-(4-(2-(5-氟吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈双(2,2,2-三氟乙酸盐)；4-(6-(4-(2,6-二氟苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(吡啶-2-基甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂，其中所述第二RET抑制剂选自由以下组成的组：((S)-4-(6-(4-(2-羟基-3-苯基丙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(2-(吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2,6-二氟苯甲酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈2,2,2-三氟乙酸盐；4-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N,N-二乙基哌嗪-1-甲酰胺；1-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N-(2-甲氧基-3-甲基丁基)哌啶-4-甲酰胺；4-(6-(4-(2-(5-氟吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈双(2,2,2-三氟乙酸盐)；4-(6-(4-(2,6-二氟苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(吡啶-2-基甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有表3或4的至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂，其中所述第二RET抑制剂选自由以下组成的组：((S)-4-(6-(4-(2-羟基-3-苯基丙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(2-(吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2,6-二氟苯甲酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈2,2,2-三氟乙酸盐；4-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N,N-二乙基哌嗪-1-甲酰胺；1-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N-(2-甲氧基-3-甲基丁基)哌啶-4-甲酰胺；4-(6-(4-(2-(5-氟吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈双(2,2,2-三氟乙酸盐)；4-(6-(4-(2,6-二氟苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(吡啶-2-基甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有RET抑制剂耐药性突变V804M、G810S或G810R；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂，其中所述第二RET抑制剂选自由以下组成的组：((S)-4-(6-(4-(2-羟基-3-苯基丙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(2-(吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2,6-二氟苯甲酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈2,2,2-三氟乙酸盐；4-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N,N-二乙基哌嗪-1-甲酰胺；1-(5-(3-氰基-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-N-(2-甲氧基-3-甲基丁基)哌啶-4-甲酰胺；4-(6-(4-(2-(5-氟吡啶-2-基)乙酰基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈双(2,2,2-三氟乙酸盐)；4-(6-(4-(2,6-二氟苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-(2-甲氧基苄基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(6-(4-(吡啶-2-基甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中所述第一RET抑制剂选自由以下组成的组：4-(6-(4-苄基哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；(R)-6-(2-羟基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-甲氧基乙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-(6-甲氧基烟酰基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-(二甲基氨基)乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-((1-甲基-1H-咪唑-4-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；以及6-乙氧基-4-(5-(6-((5-氟-6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡嗪-2-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中所述第一RET抑制剂选自由以下组成的组：4-(6-(4-苄基哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；(R)-6-(2-羟基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-甲氧基乙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-(6-甲氧基烟酰基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-(二甲基氨基)乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-((1-甲基-1H-咪唑-4-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；以及6-乙氧基-4-(5-(6-((5-氟-6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡嗪-2-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用选自实例1-151的式化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中所述第一RET抑制剂选自由以下组成的组：4-(6-(4-苄基哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；(R)-6-(2-羟基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-甲氧基乙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-(6-甲氧基烟酰基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-(二甲基氨基)乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-((1-甲基-1H-咪唑-4-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；以及6-乙氧基-4-(5-(6-((5-氟-6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡嗪-2-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有表3或4的至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中所述第一RET抑制剂选自由以下组成的组：4-(6-(4-苄基哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；(R)-6-(2-羟基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-甲氧基乙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-(6-甲氧基烟酰基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-(二甲基氨基)乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-((1-甲基-1H-咪唑-4-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；以及6-乙氧基-4-(5-(6-((5-氟-6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡嗪-2-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有RET抑制剂耐药性突变V804M、G810S或G810R；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。

作为另一个实例，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂，其中所述第二RET抑制剂选自由以下组成的组：4-(6-(4-苄基哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；(R)-6-(2-羟基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-甲氧基乙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-(6-甲氧基烟酰基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-(二甲基氨基)乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-((1-甲基-1H-咪唑-4-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；以及6-乙氧基-4-(5-(6-((5-氟-6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡嗪-2-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂，其中所述第二RET抑制剂选自由以下组成的组：4-(6-(4-苄基哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；(R)-6-(2-羟基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-甲氧基乙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-(6-甲氧基烟酰基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-(二甲基氨基)乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-((1-甲基-1H-咪唑-4-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；以及6-乙氧基-4-(5-(6-((5-氟-6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡嗪-2-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有表3或4的至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂，其中所述第二RET抑制剂选自由以下组成的组：4-(6-(4-苄基哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；(R)-6-(2-羟基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-甲氧基乙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-(6-甲氧基烟酰基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-(二甲基氨基)乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-((1-甲基-1H-咪唑-4-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；以及6-乙氧基-4-(5-(6-((5-氟-6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡嗪-2-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有RET抑制剂耐药性突变V804M、G810S或G810R；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂，其中所述第二RET抑制剂选自由以下组成的组：4-(6-(4-苄基哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；(R)-6-(2-羟基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-甲氧基乙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)哌嗪-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(6-(6-甲氧基烟酰基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-(二甲基氨基)乙氧基)-4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-(2-吗啉代乙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；4-(6-(6-((6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡啶-3-基)-6-((1-甲基-1H-咪唑-4-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；以及6-乙氧基-4-(5-(6-((5-氟-6-甲氧基吡啶-3-基)甲基)-3,6-二氮杂双环[3.1.1]庚-3-基)吡嗪-2-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中所述第一RET抑制剂选自由以下组成的组：N-(1-(5-(3-氰基-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)苯甲酰胺；6-乙氧基-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)氮杂环丁烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基哒嗪-3-基)氧基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲；(S)-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)吡咯烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)-5-氟-2-甲基苯甲酰胺；3-氯-N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)吡啶酰胺；N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)-3-甲基丁酰胺；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈和3-氯-N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡嗪-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)吡啶酰胺；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中所述第一RET抑制剂选自由以下组成的组：N-(1-(5-(3-氰基-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)苯甲酰胺；6-乙氧基-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)氮杂环丁烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基哒嗪-3-基)氧基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲；(S)-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)吡咯烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)-5-氟-2-甲基苯甲酰胺；3-氯-N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)吡啶酰胺；N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)-3-甲基丁酰胺；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈和3-氯-N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡嗪-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)吡啶酰胺；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中所述第一RET抑制剂选自由以下组成的组：N-(1-(5-(3-氰基-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)苯甲酰胺；6-乙氧基-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)氮杂环丁烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基哒嗪-3-基)氧基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲；(S)-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)吡咯烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)-5-氟-2-甲基苯甲酰胺；3-氯-N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)吡啶酰胺；N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)-3-甲基丁酰胺；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈和3-氯-N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡嗪-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)吡啶酰胺；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有表3或4的至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的第一RET抑制剂，其中所述第一RET抑制剂选自由以下组成的组：N-(1-(5-(3-氰基-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)苯甲酰胺；6-乙氧基-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)氮杂环丁烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基哒嗪-3-基)氧基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲；(S)-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)吡咯烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)-5-氟-2-甲基苯甲酰胺；3-氯-N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)吡啶酰胺；N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)-3-甲基丁酰胺；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈和3-氯-N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡嗪-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)吡啶酰胺；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有RET抑制剂耐药性突变V804M、G810S或G810R；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的第一RET抑制剂。

作为另一个实例，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂，其中所述第二RET抑制剂选自由以下组成的组：N-(1-(5-(3-氰基-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)苯甲酰胺；6-乙氧基-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)氮杂环丁烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基哒嗪-3-基)氧基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲；(S)-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)吡咯烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)-5-氟-2-甲基苯甲酰胺；3-氯-N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)吡啶酰胺；N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)-3-甲基丁酰胺；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈和3-氯-N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡嗪-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)吡啶酰胺；或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂，其中所述第二RET抑制剂选自由以下组成的组：N-(1-(5-(3-氰基-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)苯甲酰胺；6-乙氧基-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)氮杂环丁烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基哒嗪-3-基)氧基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲；(S)-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)吡咯烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)-5-氟-2-甲基苯甲酰胺；3-氯-N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)吡啶酰胺；N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)-3-甲基丁酰胺；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈和3-氯-N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡嗪-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)吡啶酰胺；或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有表3或4的至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂，其中所述第二RET抑制剂选自由以下组成的组：N-(1-(5-(3-氰基-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)苯甲酰胺；6-乙氧基-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)氮杂环丁烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基哒嗪-3-基)氧基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲；(S)-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)吡咯烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)-5-氟-2-甲基苯甲酰胺；3-氯-N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)吡啶酰胺；N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)-3-甲基丁酰胺；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈和3-氯-N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡嗪-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)吡啶酰胺；或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有RET抑制剂耐药性突变V804M、G810S或G810R；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂，其中所述第二RET抑制剂选自由以下组成的组：N-(1-(5-(3-氰基-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)苯甲酰胺；6-乙氧基-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)氮杂环丁烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-((6-甲氧基哒嗪-3-基)氧基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲；(S)-6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(3-(吡啶-2-基氧基)吡咯烷-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈；N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)-5-氟-2-甲基苯甲酰胺；3-氯-N-(1-(5-(3-氰基-6-((3-氟-1-甲基氮杂环丁烷-3-基)甲氧基)吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-4-甲基哌啶-4-基)吡啶酰胺；N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡啶-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)-3-甲基丁酰胺；6-(2-羟基-2-甲基丙氧基)-4-(6-(4-羟基-4-(吡啶-2-基甲基)哌啶-1-基)吡啶-3-基)吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈和3-氯-N-((3S,4S)-1-(5-(3-氰基-6-乙氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-4-基)吡嗪-2-基)-3-羟基哌啶-4-基)吡啶酰胺；或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

在本文提供的一些实施例中，循环性肿瘤DNA可用于监测患者对特定疗法(例如，第一RET抑制剂、第二RET抑制剂或式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物)的反应。例如，在用本文所述的疗法(例如，第一RET抑制剂、第二RET抑制剂或式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物)开始治疗之前，可以从受试者获得生物样品，并确定生物样品中循环性肿瘤DNA的水平。该样品可以被视为基线样品。然后可以向受试者施用一个或多个剂量的本文所述的疗法(例如，第一RET抑制剂、第二RET抑制剂或式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物)，并可以监测循环性肿瘤DNA的水平(例如，在第一剂、第二剂、第三剂等之后，或在一周、两周、三周、四周等之后)。如果循环性肿瘤DNA的水平低于基线样品(例如，降低1％到约99％、降低1％到约95％、降低1％到约90％、降低1％到约85％、降低1％到约80％、降低1％到约75％、降低1％到约70％、降低1％到约65％、降低1％到约60％、降低1％到约55％、降低1％到约50％、降低1％到约45％、降低1％到约40％、降低1％到约35％、降低1％到约30％、降低1％到约25％、降低1％到约20％、降低1％到约15％、降低1％到约10％、降低1％到约5％、降低约5％到约99％、降低约10％到约99％、降低约15％到约99％、降低约20％到约99％、降低约25％到约99％、降低约30％到约99％、降低约35％到约99％、降低约40％到约99％、降低约45％到约99％、降低约50％到约99％、降低约55％到约99％、降低约60％到约99％、降低约65％到约99％、降低约70％到约99％、降低约75％到约95％、降低约80％到约99％、降低约90％到约99％、降低约95％到约99％、降低约5％到约10％、降低约5％到约25％、降低约10％到约30％、降低约20％到约40％、降低约25％到约50％、降低约35％到约55％、降低约40％到约60％、降低约50％到降低约75％、降低约60％到降低约80％或降低约65％到约85％等)，则这表明对疗法有反应。在一些实施例中，降低循环性肿瘤DNA的水平，使其低于仪器的检测极限。在一些实施例中，将从患者获得的生物样品(n)中的循环性肿瘤DNA的水平与前一个样品(n-1)进行比较。如果第n个样品中循环性肿瘤DNA的水平低于第n-1个样品中的水平(例如，降低1％到约99％、降低1％到约95％、降低1％到约90％、降低1％到约85％、降低1％到约80％、降低1％到约75％、降低1％到约70％、降低1％到约65％、降低1％到约60％、降低1％到约55％、降低1％到约50％、降低1％到约45％、降低1％到约40％、降低1％到约35％、降低1％到约30％、降低1％到约25％、降低1％到约20％、降低1％到约15％、降低1％到约10％、降低1％到约5％、降低约5％到约99％、降低约10％到约99％、降低约15％到约99％、降低约20％到约99％、降低约25％到约99％、降低约30％到约99％、降低约35％到约99％、降低约40％到约99％、降低约45％到约99％、降低约50％到约99％、降低约55％到约99％、降低约60％到约99％、降低约65％到约99％、降低约70％到约99％、降低约75％到约95％、降低约80％到约99％、降低约90％到约99％、降低约95％到约99％、降低约5％到约10％、降低约5％到约25％、降低约10％到约30％、降低约20％到约40％、降低约25％到约50％、降低约35％到约55％、降低约40％到约60％、降低约50％到降低约75％、降低约60％到降低约80％或降低约65％到约85％等)，则这表明对疗法有反应。在一些实施例中，降低循环性肿瘤DNA的水平，使其低于仪器的检测极限。在对疗法有反应的情况下，可以向受试者施用一个或多个剂量的疗法，并且可以继续监测循环性肿瘤DNA。

如果样品中循环性肿瘤DNA的水平高于基线(例如，增加1％到约99％、增加1％到约95％、增加1％到约90％、增加1％到约85％、增加1％到约80％、增加1％到约75％、增加1％到约70％、增加1％到约65％、增加1％到约60％、增加1％到约55％、增加1％到约50％、增加1％到约45％、增加1％到约40％、增加1％到约35％、增加1％到约30％、增加1％到约25％、增加1％到约20％、增加1％到约15％、增加1％到约10％、增加1％到约5％、增加约5％到约99％、增加约10％到约99％、增加约15％到约99％、增加约20％到约99％、增加约25％到约99％、增加约30％到约99％、增加约35％到约99％、增加约40％到约99％、增加约45％到约99％、增加约50％到约99％、增加约55％到约99％、增加约60％到约99％、增加约65％到约99％、增加约70％到约99％、增加约75％到约95％、增加约80％到约99％、增加约90％到约99％、增加约95％到约99％、增加约5％到约10％、增加约5％到约25％、增加约10％到约30％、增加约20％到约40％、增加约25％到约50％、增加约35％到约55％、增加约40％到约60％、增加约50％到增加约75％、增加约60％到增加约80％或增加约65％到约85％等)，则这可以表明对疗法的耐药性。如果第n个样品中循环性肿瘤DNA的水平高于第n-1个样品中的水平(例如，增加1％到约99％、增加1％到约95％、增加1％到约90％、增加1％到约85％、增加1％到约80％、增加1％到约75％、增加1％到约70％、增加1％到约65％、增加1％到约60％、增加1％到约55％、增加1％到约50％、增加1％到约45％、增加1％到约40％、增加1％到约35％、增加1％到约30％、增加1％到约25％、增加1％到约20％、增加1％到约15％、增加1％到约10％、增加1％到约5％、增加约5％到约99％、增加约10％到约99％、增加约15％到约99％、增加约20％到约99％、增加约25％到约99％、增加约30％到约99％、增加约35％到约99％、增加约40％到约99％、增加约45％到约99％、增加约50％到约99％、增加约55％到约99％、增加约60％到约99％、增加约65％到约99％、增加约70％到约99％、增加约75％到约95％、增加约80％到约99％、增加约90％到约99％、增加约95％到约99％、增加约5％到约10％、增加约5％到约25％、增加约10％到约30％、增加约20％到约40％、增加约25％到约50％、增加约35％到约55％、增加约40％到约60％、增加约50％到增加约75％、增加约60％到增加约80％或增加约65％到约85％等)，则这可以表明对疗法的耐药性。当怀疑对疗法产生耐药性时，可以对受试者进行影像学、活检、手术或其它诊断测试中的一项或多项。在一些实施例中，当怀疑对疗法产生耐药性时，可以(以单一疗法形式或与先前疗法组合)向受试者施用能够治疗RET抑制剂耐药性的化合物(例如，本文所提供的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物)。参见例如，《癌症发现(Cancer Discov)》；7(12)；1368–70(2017)；和《癌症发现》；7(12)；1394–403(2017)。

在本文提供的一些实施例中，蛋白质生物标志物可用于监测患者对特定疗法(例如，第一RET抑制剂、第二RET抑制剂或式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物)的反应。例如，在用本文所述的疗法(例如，第一RET抑制剂、第二RET抑制剂或式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物)开始治疗之前，可以从受试者获得生物样品，并且可以确定生物样品中蛋白质生物标志物的水平。该样品可以被视为基线样品。然后可以向受试者施用一个或多个剂量的本文所述的疗法(例如，第一RET抑制剂、第二RET抑制剂或式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物)，并可以监测蛋白质生物标志物的水平(例如，在第一剂、第二剂、第三剂等之后，或在一周、两周、三周、四周等之后)。如果蛋白质生物标志物的水平低于基线样品(例如，降低1％到约99％、降低1％到约95％、降低1％到约90％、降低1％到约85％、降低1％到约80％、降低1％到约75％、降低1％到约70％、降低1％到约65％、降低1％到约60％、降低1％到约55％、降低1％到约50％、降低1％到约45％、降低1％到约40％、降低1％到约35％、降低1％到约30％、降低1％到约25％、降低1％到约20％、降低1％到约15％、降低1％到约10％、降低1％到约5％、降低约5％到约99％、降低约10％到约99％、降低约15％到约99％、降低约20％到约99％、降低约25％到约99％、降低约30％到约99％、降低约35％到约99％、降低约40％到约99％、降低约45％到约99％、降低约50％到约99％、降低约55％到约99％、降低约60％到约99％、降低约65％到约99％、降低约70％到约99％、降低约75％到约95％、降低约80％到约99％、降低约90％到约99％、降低约95％到约99％、降低约5％到约10％、降低约5％到约25％、降低约10％到约30％、降低约20％到约40％、降低约25％到约50％、降低约35％到约55％、降低约40％到约60％、降低约50％到降低约75％、降低约60％到降低约80％或降低约65％到约85％等)，则这表明对疗法有反应。在一些实施例中，降低蛋白质生物标志物的水平，使其低于仪器的检测极限。在一些实施例中，将从患者获得的生物样品(n)中的蛋白质生物标志物的水平与前一个样品(n-1)进行比较。如果第n个样品中蛋白质生物标志物的水平低于第n-1个样品中的水平(例如，降低1％到约99％、降低1％到约95％、降低1％到约90％、降低1％到约85％、降低1％到约80％、降低1％到约75％、降低1％到约70％、降低1％到约65％、降低1％到约60％、降低1％到约55％、降低1％到约50％、降低1％到约45％、降低1％到约40％、降低1％到约35％、降低1％到约30％、降低1％到约25％、降低1％到约20％、降低1％到约15％、降低1％到约10％、降低1％到约5％、降低约5％到约99％、降低约10％到约99％、降低约15％到约99％、降低约20％到约99％、降低约25％到约99％、降低约30％到约99％、降低约35％到约99％、降低约40％到约99％、降低约45％到约99％、降低约50％到约99％、降低约55％到约99％、降低约60％到约99％、降低约65％到约99％、降低约70％到约99％、降低约75％到约95％、降低约80％到约99％、降低约90％到约99％、降低约95％到约99％、降低约5％到约10％、降低约5％到约25％、降低约10％到约30％、降低约20％到约40％、降低约25％到约50％、降低约35％到约55％、降低约40％到约60％、降低约50％到降低约75％、降低约60％到降低约80％或降低约65％到约85％等)，则这表明对疗法有反应。在一些实施例中，降低蛋白质生物标志物的水平，使其低于仪器的检测极限。在对疗法有反应的情况下，可以向受试者施用一个或多个剂量的疗法，并且可以继续监测蛋白质生物标志物。

如果样品中蛋白质生物标志物的水平高于基线(例如，增加1％到约99％、增加1％到约95％、增加1％到约90％、增加1％到约85％、增加1％到约80％、增加1％到约75％、增加1％到约70％、增加1％到约65％、增加1％到约60％、增加1％到约55％、增加1％到约50％、增加1％到约45％、增加1％到约40％、增加1％到约35％、增加1％到约30％、增加1％到约25％、增加1％到约20％、增加1％到约15％、增加1％到约10％、增加1％到约5％、增加约5％到约99％、增加约10％到约99％、增加约15％到约99％、增加约20％到约99％、增加约25％到约99％、增加约30％到约99％、增加约35％到约99％、增加约40％到约99％、增加约45％到约99％、增加约50％到约99％、增加约55％到约99％、增加约60％到约99％、增加约65％到约99％、增加约70％到约99％、增加约75％到约95％、增加约80％到约99％、增加约90％到约99％、增加约95％到约99％、增加约5％到约10％、增加约5％到约25％、增加约10％到约30％、增加约20％到约40％、增加约25％到约50％、增加约35％到约55％、增加约40％到约60％、增加约50％到增加约75％、增加约60％到增加约80％或增加约65％到约85％等)，则这可以表明对疗法的耐药性。如果第n个样品中蛋白质生物标志物的水平高于第n-1个样品中的水平(例如，增加1％到约99％、增加1％到约95％、增加1％到约90％、增加1％到约85％、增加1％到约80％、增加1％到约75％、增加1％到约70％、增加1％到约65％、增加1％到约60％、增加1％到约55％、增加1％到约50％、增加1％到约45％、增加1％到约40％、增加1％到约35％、增加1％到约30％、增加1％到约25％、增加1％到约20％、增加1％到约15％、增加1％到约10％、增加1％到约5％、增加约5％到约99％、增加约10％到约99％、增加约15％到约99％、增加约20％到约99％、增加约25％到约99％、增加约30％到约99％、增加约35％到约99％、增加约40％到约99％、增加约45％到约99％、增加约50％到约99％、增加约55％到约99％、增加约60％到约99％、增加约65％到约99％、增加约70％到约99％、增加约75％到约95％、增加约80％到约99％、增加约90％到约99％、增加约95％到约99％、增加约5％到约10％、增加约5％到约25％、增加约10％到约30％、增加约20％到约40％、增加约25％到约50％、增加约35％到约55％、增加约40％到约60％、增加约50％到增加约75％、增加约60％到增加约80％或增加约65％到约85％等)，则这可以表明对疗法的耐药性。当怀疑对疗法产生耐药性时，可以对受试者进行影像学、活检、手术或其它诊断测试中的一项或多项。在一些实施例中，当怀疑对疗法产生耐药性时，可以(以单一疗法形式或与先前疗法组合)向受试者施用能够治疗RET抑制剂耐药性的化合物(例如，本文所提供的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物)。

在一些实施例中，监测一种或多种蛋白质生物标志物。待监测的特定蛋白质生物标志物可以取决于癌症的类型，并且可以由本领域普通技术人员容易地鉴定。蛋白质生物标志物的非限制性实例包含：CA 125、癌胚抗原(CEA)、降钙素、甲状腺球蛋白、促肾上腺皮质激素(ACTH)、皮质醇、CA 19-9、催乳素、肝细胞生长因子、骨桥蛋白、髓过氧化物酶、金属蛋白酶组织抑制剂1、血管生成素1(Ang-1)、细胞角蛋白19(CK-19)、金属蛋白酶组织抑制剂-1(TIMP-1)、几丁质酶3样-1(YKL-40)、半乳糖凝集素-3(GAL-3)、CYFRA 21-1(细胞角蛋白)、EPCAM(上皮细胞粘附分子)、ProGRP(促胃泌素释放肽)和CEACAM(癌胚抗原)。参见例如，Cohen JD、Li L、Wang Y等人“使用多种分析物的血液测试检测和定位可手术切除的癌症(Detection and localization of surgically resectable cancers with a multi-analyte blood test)”《科学》；在线发布于2018年1月18日.pii:eaar3247.DOI:10.1126/science.aar3247；Fawaz M Makki等人“乳头状甲状腺癌的血清生物标志物(Serumbiomarkers of papillary thyroidcancer)”《耳鼻咽喉头颈外科杂志(J OtolaryngolHead Neck Surg.)》2013；42(1):16；和Tatiana N.Zamay等人“肺癌的当前和前瞻性蛋白质生物标志物(Current and Prospective Protein Biomarkers of Lung Cancer)”《癌症》(巴塞尔).2017年11月；9(11):155。在一些实施例中，生物标志物包含CEA、降钙素、甲状腺球蛋白、ACTH和皮质醇中的一种或多种。在一些实施例中，癌症是甲状腺髓样癌，并且蛋白质生物标志物包含CEA和降钙素。在一些实施例中，癌症是非髓样甲状腺癌，并且蛋白质生物标记物包含甲状腺球蛋白。在一些实施例中，生物标志物是ACTH和皮质醇(例如，当库欣氏病(Cushing's disease)患者与其癌症相关时)。

本文还提供了在受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包含：(a)向被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症(例如，本文所述的任何类型的RET相关性癌症)的受试者(例如，使用本文所述的或本领域已知的任何示例性方法鉴定或诊断为患有RET相关性癌症)施用一个或多个(例如，两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个或十个或更多个)剂量的第一RET激酶抑制剂；(b)在步骤(a)之后，确定从受试者获得的生物样品(例如，包括血液、血清或血浆的生物样品)中循环性肿瘤DNA的水平；(c)以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向被鉴定为与循环性肿瘤DNA的参考水平(例如，本文所述的循环性肿瘤DNA的任何参考水平)相比，具有大约相同或升高的循环性肿瘤DNA水平的受试者施用治疗有效量的第二RET抑制剂或式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在这些方法的一些实例中，循环性肿瘤DNA的参考水平是在步骤(a)之前从受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的水平。这些方法的一些实施例进一步包含在步骤(a)之前确定从受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的水平。在这些方法的一些实例中，循环性肿瘤DNA的参考水平是循环性肿瘤DNA的阈值水平(例如，患有相似的RET相关性癌症且具有相似的RET相关性癌症阶段但接受无效治疗或安慰剂或尚未接受治疗的受试者群体中循环性肿瘤DNA的平均水平，或患有相似的RET相关性癌症且具有相似的RET相关性癌症阶段但接受无效治疗或安慰剂或尚未接受治疗的受试者中循环性肿瘤DNA的水平)。在这些方法的一些实例中，第一RET抑制剂选自由以下组成的组：卡博替尼、凡德他尼、艾乐替尼、阿帕替尼、司曲替尼、索拉非尼、乐伐替尼、普纳替尼、多韦替尼、舒尼替尼、福林替尼、BLU667和BLU6864。

本文还提供了在受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包含：将治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物施用给受试者，所述受试者(i)被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症(例如，本文所述的任何类型的RET相关性癌症)(例如，使用本文所述的或本领域已知的任何示例性方法鉴定或诊断为患有RET相关性癌症)；(ii)先前已经被施用了一或多个(例如，两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个或十个或更多个)剂量的第二RET激酶抑制剂；并且(ii)在预先施用一个或多个剂量的第二RET激酶抑制剂后，被鉴定为与循环性肿瘤DNA的参考水平(例如，本文所述的或本领域已知的循环性肿瘤DNA的任何参考水平)相比，具有大约相同或升高的循环性肿瘤DNA水平。在这些方法的一些实施例中，循环性肿瘤DNA的参考水平是在施用一个或多个剂量的第二RET激酶抑制剂之前从受试者获得的生物样品(例如，包括血液、血浆或血清的生物样品)中循环性肿瘤DNA的水平。这些方法的一些实施例进一步包含在施用一个或多个剂量的第二RET激酶抑制剂之前确定从受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的水平。在这些方法的一些实例中，循环性肿瘤DNA的参考水平是循环性肿瘤DNA的阈值水平(例如，患有相似的RET相关性癌症且具有相似的RET相关性癌症阶段但接受无效治疗或安慰剂或尚未接受治疗的受试者群体中循环性肿瘤DNA的平均水平，或患有相似的RET相关性癌症且具有相似的RET相关性癌症阶段但接受无效治疗或安慰剂或尚未接受治疗的受试者中循环性肿瘤DNA的水平)。在这些方法的一些实施例中，第二RET激酶抑制剂选自由以下组成的组：卡博替尼、凡德他尼、艾乐替尼、阿帕替尼、司曲替尼、索拉非尼、乐伐替尼、普纳替尼、多韦替尼、舒尼替尼、福林替尼、BLU667和BLU6864。

本文还提供了在受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包含：(a)以单一疗法形式向被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症(例如，本文所述的任何类型的RET相关性癌症)的受试者(例如，使用本文所述的或本领域已知的任何示例性方法鉴定或诊断为患有RET相关性癌症)施用一个或多个剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；(b)在步骤(a)之后，确定从受试者获得的生物样品(例如，包括血液、血清或血浆的生物样品)中循环性肿瘤DNA的水平；(c)向被鉴定为与循环性肿瘤DNA的参考水平(例如，本文所述的或本领域已知的循环性肿瘤DNA的任何参考水平)相比，具有大约相同或升高的循环性肿瘤DNA水平的受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及另外的治疗剂或治疗(例如，本文所述的或本领域已知的任何RET相关性癌症的另外的治疗剂或治疗)。在这些方法的一些实施例中，另外的治疗剂是第二RET激酶抑制剂(例如，选自由以下组成的组的RET激酶抑制剂：卡博替尼、凡德他尼、艾乐替尼、阿帕替尼、司曲替尼、索拉非尼、乐伐替尼、普纳替尼、多韦替尼、舒尼替尼、福林替尼、BLU667和BLU6864)。在这些方法中的任何一种方法的一些实例中，另外的治疗剂或治疗包括以下一种或多种：放射疗法、化学治疗剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何示例性化学治疗剂)、检查点抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何示例性检查点抑制剂)、外科手术(例如，肿瘤的至少部分切除)和一种或多种其它激酶抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何示例性激酶抑制剂)。在这些方法的一些实例中，循环性肿瘤DNA的参考水平是在步骤(a)之前从受试者获得的生物样品(例如，包括血液、血清或血浆的生物样品)中循环性肿瘤DNA的水平。在这些方法的一些实例中，循环性肿瘤DNA的参考水平是循环性肿瘤DNA的阈值水平(例如，患有相似的RET相关性癌症且具有相似的RET相关性癌症阶段但接受无效治疗或安慰剂或尚未接受治疗的受试者群体中循环性肿瘤DNA的平均水平，或患有相似的RET相关性癌症且具有相似的RET相关性癌症阶段但接受无效治疗或安慰剂或尚未接受治疗的受试者中循环性肿瘤DNA的水平)。

本文还提供了在受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包含：将治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及另外的治疗剂或治疗施用给受试者，所述受试者(i)被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症(例如，本文所述的任何类型的RET相关性癌症)(例如，使用本文所述的或本领域已知的任何方法鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的受试者)；(ii)先前已经被施用了单一疗法形式的一或多个剂量的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；并且(ii)在以单一疗法形式施用一个或多个(例如，两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个或十个或更多个)剂量的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物后，被鉴定为与循环性肿瘤DNA的参考水平(例如，本文所述的循环性肿瘤DNA的任何示例性参考水平)相比，具有大约相同或升高的循环性肿瘤DNA水平。在这些方法的一些实施例中，循环性肿瘤DNA的参考水平是在以单一疗法形式施用一个或多个(例如，两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个或十个或更多个)剂量的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物之前从受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的水平。这些方法的一些实施例进一步包含在以单一疗法形式施用一个或多个剂量的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物之前确定从受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的水平。在这些方法的一些实例中，循环性肿瘤DNA的参考水平是循环性肿瘤DNA的阈值水平(例如，患有相似的RET相关性癌症且具有相似的RET相关性癌症阶段但接受无效治疗或安慰剂或尚未接受治疗的受试者群体中循环性肿瘤DNA的平均水平，或患有相似的RET相关性癌症且具有相似的RET相关性癌症阶段但接受无效治疗或安慰剂或尚未接受治疗的受试者中循环性肿瘤DNA的水平)。在这种方法的一些实施例中，另外的治疗剂是第二RET激酶抑制剂(例如，选自由以下组成的组的第二RET激酶抑制剂：卡博替尼、凡德他尼、艾乐替尼、阿帕替尼、司曲替尼、索拉非尼、乐伐替尼、普纳替尼、多韦替尼、舒尼替尼、福林替尼、BLU667和BLU6864)。在这些方法的一些实施例中，另外的治疗剂或治疗包含以下一种或多种：放射疗法、化学治疗剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何示例性化学治疗剂)、检查点抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何示例性检查点抑制剂)、外科手术(例如，肿瘤的至少部分切除)和一种或多种其它激酶抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何激酶抑制剂)。

本文还提供了为受试者选择治疗的方法，所述方法包含：为受试者选择治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物，所述受试者(i)被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症(例如，本文所述的任何RET相关性癌症)(例如，使用本文所述的或本领域已知的任何方法鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的受试者)；(ii)先前已经被施用了一或多个(例如，两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个或十个或更多个)剂量的第二RET激酶抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的RET激酶抑制剂)；并且(ii)在施用一个或多个剂量的第二RET激酶抑制剂后，被鉴定为与循环性肿瘤DNA的参考水平相比，具有大约相同或升高的循环性肿瘤DNA水平。在这些方法中的任何一种方法的一些实施例中，循环性肿瘤DNA的参考水平是在施用一个或多个剂量的第二RET激酶抑制剂之前从受试者获得的生物样品(例如，包括血液、血清或血浆的生物样品)中循环性肿瘤DNA的水平。这些方法的一些实施例进一步包含在施用一个或多个剂量的第二RET激酶抑制剂之前确定从受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的水平。在这些方法的一些实例中，循环性肿瘤DNA的参考水平是循环性肿瘤DNA的阈值水平(例如，患有相似的RET相关性癌症且具有相似的RET相关性癌症阶段但接受无效治疗或安慰剂或尚未接受治疗的受试者群体中循环性肿瘤DNA的平均水平，或患有相似的RET相关性癌症且具有相似的RET相关性癌症阶段但接受无效治疗或安慰剂或尚未接受治疗的受试者中循环性肿瘤DNA的水平)。在任何这些方法的一些实施例中，第二RET激酶抑制剂选自由以下组成的组：卡博替尼、凡德他尼、艾乐替尼、阿帕替尼、司曲替尼、索拉非尼、乐伐替尼、普纳替尼、多韦替尼、舒尼替尼、福林替尼、BLU667和BLU6864。

本文还提供了为受试者选择治疗的方法，所述方法包含：为受试者选择治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及另外的治疗剂或治疗，所述受试者(i)被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症(例如，本文所述的或本领域已知的任何RET相关性癌症)(例如，使用本文所述的或本领域已知的任何方法诊断或鉴定为患有RET相关性癌症的受试者)；(ii)先前已经被施用了单一疗法形式的一或多个(例如，两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个或十个或更多个)剂量的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；并且(ii)在施用一个或多个剂量的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物后，被鉴定为与循环性肿瘤DNA的参考水平相比，具有大约相同或升高的循环性肿瘤DNA水平。在这些方法的一些实施例中，循环性肿瘤DNA的参考水平是在以单一疗法形式施用一个或多个剂量的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物之前从受试者获得的生物样品(例如，包括血液、血清或血浆的生物样品)中循环性肿瘤DNA的水平。一些实施例进一步包含在以单一疗法形式施用一个或多个剂量的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物之前确定从受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的水平。在这些方法的一些实例中，循环性肿瘤DNA的参考水平是循环性肿瘤DNA的阈值水平(例如，患有相似的RET相关性癌症且具有相似的RET相关性癌症阶段但接受无效治疗或安慰剂或尚未接受治疗的受试者群体中循环性肿瘤DNA的平均水平，或患有相似的RET相关性癌症且具有相似的RET相关性癌症阶段但接受无效治疗或安慰剂或尚未接受治疗的受试者中循环性肿瘤DNA的水平)。在这些方法中的任何一种方法的一些实施例中，另外的治疗剂是第二RET激酶抑制剂(例如，选自由以下组成的组的第二RET激酶抑制剂：卡博替尼、凡德他尼、艾乐替尼、阿帕替尼、司曲替尼、索拉非尼、乐伐替尼、普纳替尼、多韦替尼、舒尼替尼、福林替尼、BLU667和BLU6864)。在本文所述方法中的任何一种方法的一些实施例中，另外的治疗剂或治疗包含以下一种或多种：放射疗法、化学治疗剂(例如，本文所述的或本领域已知的化学治疗剂的任何实例)、检查点抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何检查点抑制剂)、外科手术(例如，肿瘤的至少部分切除)和一种或多种其它激酶抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何其它激酶抑制剂)。

本文还提供了确定受试者中的治疗功效的方法，所述方法包含：(a)在第一个时间点确定从被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的受试者获得的生物样品(例如，包含血液、血清或血浆的生物样品)中循环性肿瘤DNA的第一水平；(b)在第一个时间点之后和第二个时间点之前，向受试者施用包含一个或多个剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的治疗；(c)在第二个时间点确定从受试者获得的生物样品(例如，包括血液、血清或血浆的生物样品)中循环性肿瘤DNA的第二水平；以及(d)鉴定出在被确定为相对于循环性肿瘤DNA的第一水平具有降低的循环性肿瘤DNA的第二水平的受试者中，该治疗有效；或鉴定出在被确定为相对于循环性肿瘤DNA的第一水平具有大约相同或升高的循环性肿瘤DNA的第二水平的受试者中，该治疗无效。在这些方法的一些实施例中，第一个时间点和第二个时间点相隔约1周到约1年(例如，约1周到约10个月、约1周到约8个月、约1周到约6个月、约1周到约4个月、约1周到约3个月、约1周到约2个月、约1周到约1个月或约1周到约2周)。

本文还提供了确定受试者是否对治疗产生耐药性的方法，所述方法包含：(a)在第一个时间点确定从被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的受试者获得的生物样品(例如，包括血液、血清或血浆的生物样品)中循环性肿瘤DNA的第一水平；(b)在第一个时间点之后和第二个时间点之前，向受试者施用包含一个或多个(例如，两个或更多个、三个或更多个、四个或更多个、五个或更多个或十个或更多个)剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的治疗；(c)在第二个时间点确定从受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的第二水平；以及(d)确定相对于循环性肿瘤DNA的第一水平具有降低的循环性肿瘤DNA的第二水平的受试者未对该治疗产生耐药性；或确定相对于循环性肿瘤DNA的第一水平具有大约相同或升高的循环性肿瘤DNA的第二水平的受试者已对该治疗产生耐药性。在这些方法的一些实施例中，第一个时间点和第二个时间点相隔约1周到约1年(例如，约1周到约10个月、约1周到约8个月、约1周到约6个月、约1周到约4个月、约1周到约3个月、约1周到约2个月、约1周到约1个月或约1周到约2周)。

用于检测循环性肿瘤DNA的示例性方法描述于以下文献中：Moati等人,《肝肠病学临床与研究(Clin.Res.Hepatol.Gastroenterol.)》2018年4月4日；Oussalah等人,《E生物医学(EBioMedicine)》2018年3月28日；Moon等人,《先进药物递送评论(Adv.DrugDeliv.Rev.)》2018年4月4日；Solassaol等人,《临床化学与实验室医学(Clin.Chem.Lab.Med.)》2018年4月7日；Arriola等人,《临床与转化肿瘤学(Clin.Transl.Oncol.)》2018年4月5日；Song等人,《循环性生物标志物杂志(J.Circ.Biomark.)》2018年3月25日；Aslibekyan等人,《美国医学协会杂志-心脏病学(JAMA Cardiol.)》2018年4月4日；Isbell等人,《胸心血管外科杂志(J.Thorac.Cardiovasc.Surg.)》2018年3月13日；Boeckx等人,《临床结直肠癌(Clin.Colorectal Cancer)》2018年2月22日；Anunobi等人,《外科研究杂志(J.Surg.Res.)》2018年3月28日；Tan等人,《医学(Medicine)》97(13):e0197,2018；Reithdorf等人,《泌尿男科转化医学杂志(Transl.Androl.Urol.)》6(6):1090-1110,2017；Volckmar等人,《基因染色体与癌症(Genes Chromosomes Cancer)》57(3):123-139,2018；以及Lu等人,《慢性病转化医学(Chronic Dis.Transl.Med.)》2(4):223-230,2016。检测循环性肿瘤DNA的另外的方法是本领域已知的。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的多激酶抑制剂，其中所述多激酶抑制剂选自凡德他尼或卡博替尼；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的多激酶抑制剂。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的第一多激酶抑制剂，其中所述多激酶抑制剂选自由以下组成的组：凡德他尼或卡博替尼；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的多激酶抑制剂。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的多激酶抑制剂，其中所述多激酶抑制剂选自由以下组成的组：凡德他尼或卡博替尼；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有表3或4的至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的多激酶抑制剂。

在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的多激酶抑制剂，其中所述多激酶抑制剂选自由凡德他尼或卡博替尼组成的组；或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有RET抑制剂耐药性突变V804M、G810S或G810R；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的多激酶抑制剂。

作为另一个实例，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用多激酶抑制剂(例如，凡德他尼或卡博替尼)；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用多激酶抑制剂(例如，凡德他尼或卡博替尼)；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有表3或4的至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用多激酶抑制剂(例如，凡德他尼或卡博替尼)；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有RET抑制剂耐药性突变V804M、G810S或G810R；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用多激酶抑制剂(例如，凡德他尼或卡博替尼)；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

而且，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或免疫疗法)或抗癌疗法(例如，外科手术或放射)联合向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或免疫疗法)或抗癌疗法(例如，外科手术或放射)联合向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有表3或4的至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或免疫疗法)或抗癌疗法(例如，外科手术或放射)联合向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，在步骤(d)中施用选自由以下组成的组的第二RET抑制剂：艾乐替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、普纳替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡德他尼、RXDX-105(阿格尼布)、BLU-667((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有RET抑制剂耐药性突变V804M、G810S或G810R；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或免疫疗法)或抗癌疗法(例如，外科手术或放射)联合向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，在步骤(d)中施用选自由以下组成的组的第二RET抑制剂：艾乐替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、普纳替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡德他尼、RXDX-105(阿格尼布)、BLU-667((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668。

而且，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)在从受试者获得的样品中检测癌细胞中的至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)以单一疗法形式或与另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或免疫疗法)或抗癌疗法(例如，外科手术或放射)联合向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)在从受试者获得的样品中检测癌细胞中的至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)以单一疗法形式或与另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或免疫疗法)或抗癌疗法(例如，外科手术或放射)联合向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2和2a的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入/缺失；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)在从受试者获得的样品中检测癌细胞中的表3或4的至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(d)以单一疗法形式或与另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或免疫疗法)或抗癌疗法(例如，外科手术或放射)联合向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，在步骤(d)中施用选自由以下组成的组的第二RET抑制剂：艾乐替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、普纳替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡德他尼、RXDX-105(阿格尼布)、BLU-667((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668。在一些实施例中，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测融合蛋白KIF5B-RET；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的选自实例1-151的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)在从受试者获得的样品中检测癌细胞中的RET抑制剂耐药性突变V804M、G810S或G810R；以及(d)以单一疗法形式或与另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、第二式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或免疫疗法)或抗癌疗法(例如，外科手术或放射)联合向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，在步骤(d)中施用选自由以下组成的组的第二RET抑制剂：艾乐替尼、卡博替尼、乐伐替尼、尼达尼布、普纳替尼、瑞戈非尼、索拉非尼、舒尼替尼、凡德他尼、RXDX-105(阿格尼布)、BLU-667((1S,4R)-N-((S)-1-(6-(4-氟-1H-吡唑-1-基)吡啶-3-基)乙基)-1-甲氧基-4-(4-甲基-6-((5-甲基-1H-吡唑-3-基)氨基)嘧啶-2-基)环己烷-1-甲酰胺)、BLU6864、DS-5010、GSK3179106、GSK3352589和NMS-E668。

本文进一步提供了一种用于在有需要的患者中治疗肺癌的方法，所述方法包括向所述患者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、克唑替尼、奥希替尼或其任何组合。

在一些实施例中，所述肺癌是RET相关性癌症。例如，所述方法可以包含：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变(例如，MET失调，如MET基因扩增)；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物联合向受试者施用第二治疗剂，其中所述第二治疗剂是克唑替尼；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些此类实施例中，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测表1的一种或多种融合蛋白和/或表2的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在另外的实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变(例如，MET失调，如MET基因扩增)；以及(d)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物联合向受试者施用第二治疗剂，其中所述第二治疗剂是克唑替尼；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

在一些实施例中，所述肺癌是EGFR相关性癌症。例如，所述方法可以包含：(a)在来自受试者的样品中检测EGFR基因、EGFR激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的EGFR抑制剂(例如，奥希替尼)。在一些实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的至少一种失调(例如，RET基因融合)；以及(d)如果受试者的癌细胞具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的至少一种失调(例如，RET基因融合)，则以单一疗法形式或与EGFR抑制剂(例如，奥希替尼)联合向受试者施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调(例如，RET基因融合)，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的EGFR抑制剂(例如，奥希替尼)。在一些此类实施例中，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测EGFR基因、EGFR激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的奥希替尼。在另外的实施例中，所述方法进一步包括(在(b)之后)(c)确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有表1的一种或多种融合蛋白和/或表2的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入；以及(d)如果受试者的癌细胞具有表1的一种或多种融合蛋白和/或表2的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入，则以单一疗法形式或与奥希替尼联合向受试者施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(e)如果受试者的癌细胞不具有表1的一种或多种融合蛋白和/或表2的一种或多种RET激酶蛋白点突变/插入，则向受试者施用额外剂量的步骤(b)的奥希替尼。

如本文所使用的，术语“EGFR相关性癌症”是指与EGFR基因、EGFR激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调相关联或具有所述失调的癌症。

短语“EGFR基因、EGFR激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调”是指基因突变(例如，EGFR基因易位，其导致融合蛋白的表达；EGFR基因中的缺失，其导致与野生型EGFR蛋白相比包含至少一个氨基酸的缺失的EGFR蛋白的表达；或EGFR基因中的突变，其导致带有一个或多个点突变的EGFR蛋白的表达；或EGFR mRNA的替代剪接形式，其导致与野生型EGFR蛋白相比，EGFR蛋白中的至少一个氨基酸缺失)或导致EGFR蛋白过度表达的EGFR基因扩增或由EGFR基因过表达引起的细胞自分泌活性，所述细胞自分泌活性导致细胞中EGFR蛋白激酶结构域活性的致病性增加(例如，EGFR蛋白的组成性活性激酶结构域)。作为另一个实例，EGFR基因、EGFR蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是EGFR基因中的突变，所述EGFR基因编码具有组成性活性或与由不包含突变的EGFR基因编码的蛋白质相比具有增加的活性的EGFR蛋白。例如，EGFR基因、EGFR蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是基因或染色体易位的结果，所述基因或染色体易位导致融合蛋白的表达，所述融合蛋白含有包含功能性激酶结构域的EGFR的第一部分和伴侣蛋白(即，并非EGFR)的第二部分。在一些实例中，EGFR基因、EGFR蛋白或表达或活性的失调可以是一个EGFR基因与另一个非EGFR基因的基因易位的结果。

术语“野生型(wildtype或wild-type)EGFR”描述了在未患有EGFR相关性癌症(并且任选地，也不会增加患有EGFR相关性癌症的风险和/或不会疑似患有EGFR相关性癌症)的受试者中发现的核酸(例如，EGFR基因或EGFR mRNA)或蛋白质(例如，EGFR蛋白)，或在来自未患有EGFR相关性癌症(并且任选地，也不会增加患有EGFR相关性癌症的风险和/或不会疑似患有EGFR相关性癌症)的受试者的细胞或组织中发现的核酸或蛋白质。

还提供了为患有癌症的受试者选择治疗的方法，所述方法包含：鉴定癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者；以及选择包含施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的治疗。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物与第一RET抑制剂组合施用。还提供了为患有癌症的受试者选择治疗的方法，所述方法包含：为被鉴定为患有具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的癌细胞的受试者选择包含施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的治疗。还提供了选择患有癌症的受试者进行不包含第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗的方法，所述方法包含：鉴定癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者；以及选择经鉴定的受试者进行包含式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的治疗。还提供了选择患有癌症的受试者进行不包含第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗的方法，所述方法包含：选择被鉴定为患有具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的癌细胞的受试者进行包含施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的治疗。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变包含表3和表4中列出的一种或多种RET抑制剂耐药性突变。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变可以包含氨基酸位置804处的取代(例如，V804M、V804L或V804E)或氨基酸位置810处的取代(例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)。

还提供了确定患有癌症(例如，RET相关性癌症)的受试者对使用第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗产生阳性反应的可能性的方法，所述方法包含：确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；以及确定患有具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的癌细胞的受试者对使用第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗产生阳性反应的可能性降低(即，产生阴性反应的可能性增加)。还提供了确定患有癌症(例如，RET相关性癌症)的受试者对使用第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗产生阳性反应的可能性的方法，所述方法包含：确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；以及确定与患有具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的癌细胞的受试者相比，未患有具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的癌细胞的受试者对使用第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗产生阳性反应的可能性增加。还提供了预测在患有癌症的受试者中使用第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗的功效的方法，所述方法包含：确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；以及确定在具有从受试者获得的样品中的癌细胞(其具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变)的受试者中，以第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗不太可能有效。还提供了预测在患有癌症的受试者中使用第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗的功效的方法，所述方法包含：确定在具有从受试者获得的样品中的癌细胞(其具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变)的受试者中，以第一RET抑制剂作为单一疗法的治疗不太可能有效。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变包含表3和表4中列出的一种或多种RET抑制剂耐药性突变。例如，一种或多种RET抑制剂耐药性突变可以包含氨基酸位置804处的取代(例如，V804M、V804L或V804E)或氨基酸位置810处的取代(例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)。

还提供了治疗患有癌症的受试者的方法，所述方法包含：(a)在一段时间内向受试者施用一个或多个剂量的第一RET抑制剂；(b)在(a)之后，确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(c)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(d)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂。在向受试者施用额外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂的一些实施例中，还可以向所述受试者施用另一种抗癌剂(例如，第二RET抑制剂、或式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或免疫疗法)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂是另一种RET抑制剂(例如，第二RET抑制剂)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是免疫疗法。在步骤(c)的一些实施例中，另一种RET抑制剂可以是在步骤(a)中施用的第一RET抑制剂。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变包含表3和表4中列出的一种或多种RET抑制剂耐药性突变。例如，一种或多种RET抑制剂耐药性突变可以包含氨基酸位置804处的取代(例如，V804M、V804L或V804E)或氨基酸位置810处的取代(例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)。

还提供了治疗患有癌症的受试者的方法，所述方法包含：(a)在一段时间内向受试者施用一个或多个剂量的第一RET抑制剂；(b)在(a)之后，确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(c)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂；或(d)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂。在向受试者施用额外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂的一些实施例中，还可以向所述受试者施用另一种抗癌剂。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变包含表3和表4中列出的一种或多种RET抑制剂耐药性突变。例如，一种或多种RET抑制剂耐药性突变可以包含氨基酸位置804处的取代(例如，V804M、V804L或V804E)或氨基酸位置810处的取代(例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂是另一种RET抑制剂(例如，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是免疫疗法。

还提供了治疗患有癌症(例如，RET相关性癌症)的受试者的方法，所述方法包含：(a)确定从患有癌症且先前施用了一个或多个剂量的第一RET抑制剂的受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；以及(b)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(c)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的先前施用过的第一RET抑制剂。在向受试者施用额外剂量的先前施用给受试者的第一RET抑制剂的一些实施例中，还可以向所述受试者施用另一种抗癌剂(例如，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或免疫疗法)。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变包含表3和表4中列出的一种或多种RET抑制剂耐药性突变。例如，一种或多种RET抑制剂耐药性突变可以包含氨基酸位置804处的取代(例如，V804M、V804L或V804E)或氨基酸位置810处的取代(例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂是另一种RET抑制剂(例如，第二RET抑制剂)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是免疫疗法。在步骤(b)的一些实施例中，另一种抗癌剂可以是在步骤(a)中施用的第一RET抑制剂。

还提供了治疗患有癌症的受试者的方法，所述方法包含：(a)确定从患有癌症且先前施用了一个或多个剂量的第一RET抑制剂的受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；以及(b)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向受试者施用第二RET抑制剂；或(c)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则向受试者施用额外剂量的先前施用过的第一RET抑制剂。在向受试者施用额外剂量的先前施用给受试者的第一RET抑制剂的一些实施例中，还可以向所述受试者施用另一种抗癌剂。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变包含表3和表4中列出的一种或多种RET抑制剂耐药性突变。例如，一种或多种RET抑制剂耐药性突变可以包含氨基酸位置804处的取代(例如，V804M、V804L或V804E)或氨基酸位置810处的取代(例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂是另一种RET抑制剂(例如，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是免疫疗法。在(b)的一些实施例中，另一种抗癌剂可以是在步骤(a)中施用的第一RET抑制剂。

在一些实施例中，本文所述的RET相关性癌症可以与另一种基因、另一种蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调一起在受试者中发生。

例如，表现出RET融合的RET相关性癌症可以与以下一项或多项一起在受试者中发生：MET基因、MET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；PIK3CA基因、PIK3CA蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；KRAS基因、KRAS蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；EGFR基因、EGFR蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调(例如，EGFR基因的扩增)；FGFR2基因、FGFR2蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调(例如，FGFR2基因或FGFR2蛋白的融合)；CDK4基因、CDK4蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调(例如，CDK4基因的扩增)；mTOR基因、mTOR蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；CDKN2A基因、CDKN2A蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调(例如，CDKN2A基因或CDKN2A蛋白的缺失)；CDKN2B基因、CDKN2B蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调(例如，CDKN2B基因或CDKN2B蛋白的缺失)；NF1基因、NF1蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；MYC基因、MYC蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调(例如，MYC基因中的扩增)；MDM2基因、MDM2蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调(例如，MDM2基因中的扩增)；GNAS基因、GNAS蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；BRCA2基因、BRCA2蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。

在一些实施例中，表现出RET基因和/或RET蛋白的突变的RET相关性癌症可以与以下一项或多项一起在受试者中发生：PIK3CA基因、PIK3CA蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；KRAS基因、KRAS蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；EGFR基因、EGFR蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；FGFR1基因、FGFR1蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调(例如，FGFR1基因的扩增)；FGFR2基因、FGFR2蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调(例如，FGFR2基因的扩增)；FGFR3基因、FGFR3蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调(例如，FGFR3基因或FGFR3蛋白的融合)；ERBB2基因、ERBB2蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；(例如，ERBB2基因的扩增)；以及KIT基因、KIT蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。

在一些实施例中，表现出RET基因扩增的RET相关性癌症可以与一种或多种另外的激酶扩增一起在患者中发生。例如，FGFR1基因中的am扩增；FGFR2基因中的扩增；FGFR3基因中的扩增；FGFR4基因的扩增；CDK4基因的扩增；以及CDK6基因中的扩增。

在一些实施例中，其中本文所述的RET相关性癌症可以与另一种激酶的失调一起在受试者中发生，本文所述的方法可以进一步包括施用靶向和/或治疗其它激酶中的失调的另外的治疗剂。例如，本文提供了用于在需要治疗的受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的样品中检测RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及(b)向所述受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述方法进一步包括(c)检测来自受试者的样品中另一种激酶的失调；以及(d)向受试者施用靶向和/或治疗其它激酶中的失调的治疗剂。在一些实施例中，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的施用同时、依次或连续进行。在一些实施例中，检测步骤(a)和(c)可以同时或以任何顺序顺序进行。

靶向和/或治疗其它激酶的失调的另外的治疗剂可以包含任何已知的其它激酶的抑制剂。此类药剂的实例如下：

示例性PARP抑制剂包含：3-氨基苯甲酰胺(INO-1001)、5-氨基异喹啉、ABT472、ABT767、AG140361、AG14032、ANG2864、ANG3186、AZD2281、AZD2461、BGP-15、BSI101、BSI401、CEP6800、CEP8983、CK102、CEP9722(CEP8983的前药)、CPH101与CPH102、DR2313、E7016(GPI-21016)、E7449、GP16150、IMP4297、IMP04149、INO1002、INO1003、JPI283、JPI289、KU0687、KU58948、尼拉帕利(niraparib)(MK-4827)、NT125、奥拉帕尼(olaparib)(AZD2281)、ONO-1924H、ONO2231、帕米帕利(pamiparib)(BGB-290)、PJ-34、芦卡帕尼(rucaparib)(AG014699)、SC10914、SOMCL9112、他拉唑帕尼(talazoparib)(BMN-673)和维利帕尼(veliparib)(ABT-888)。

示例性CDK 4/6抑制剂包含：帕博西尼(palbociclib)(PD0332991)、玻玛西林(abemaciclib)(LY2835219)、瑞博西林(ribociclib)(LEE011)、曲拉西利(trilaciclib)(G1T28)、沃鲁西林(voruciclib)和G1T38。

示例性ERBB2(HER2/neu)抑制剂包含：阿法替尼、阿法替尼、达克替尼(dacomitinib)(PF-00299804)、DS8201-a、埃罗替尼(erlontinib)、吉非替尼、KU004、拉帕替尼、二甲苯磺酸拉帕替尼(laptinib ditosylate)、MM-111、莫比替尼(mubritinib)(TAK-165)、来那替尼、吡咯替尼(pyrotinib)(HTI-1001)、图卡替尼(tucatinib)(ONT-380、ARRY-380)、7C3、西妥昔单抗、HER2-BsAb、地宁妥珠单抗(hersintuzumab)、玛格妥昔单抗(margetuximab)、MI130004、NeuVax、帕尼单抗、帕妥珠单抗、SYD985、曲妥珠单抗和恩美曲妥珠单抗。

扩增的ERBB2(HER2/neu)的示例性抑制剂包含达克替尼(PF-00299804)、拉帕替尼、来那替尼、帕妥珠单抗、曲妥珠单抗和恩美曲妥珠单抗。

示例性EGFR抑制剂包含：AC0010、阿法替尼、AP26113、ASP8273、阿瓦替尼(avatinib)、艾维替尼(avitinib)、AZD3759、BMS-690514、布加替尼、卡奈替尼(canertinib)、Cap-701、CHMFL-EGFR-202、CUDC-101、达克替尼、EAI045、EGF816、埃罗替尼、厄洛替尼、吉非替尼、GNS-1481、GNS-1486、

示例性野生型EGFR抑制剂包含：阿法替尼、BMS-690514、卡奈替尼、CUDC-101、达克替尼、厄洛替尼、吉非替尼、拉帕替尼、来那替尼、培利替尼、凡德他尼、瓦尼替尼、XL647、西妥昔单抗、马妥珠单抗、尼妥珠单抗、帕尼单抗和扎鲁木单抗。

突变的EGFR的示例性抑制剂包含：AC0010、阿法替尼、AP26113、ASP8273、阿瓦替尼、艾维替尼、AZD3759、BMS-690514、布加替尼、卡奈替尼、Cap-701、CHMFL-EGFR-202、CUDC-101、达克替尼、EAI045、EGF816、GNS-1481、GNS-1486、

扩增的EGFR的示例性抑制剂是玛汀-迪妥昔珠单抗(ABT-414)。

FGFR的示例性抑制剂包含：ASP5878、AZD4547、BGJ398、BLU9931、布里瓦替尼(brivatinib)、西地尼布(cediranib)、DEBIO 1347、德拉替尼(derazantinib)(ARQ-087)、多韦替尼(CHIR258)、E7090、ENMD-2076、厄达替尼(erdafitinib)(JNJ-42756293)、FGF401、FIIN-1、FRIN-1、INCB054828、L16H50、乐伐替尼、鲁西他尼(lucitanib)、LY2874455、尼达尼布、NP603、奥兰替尼(orantinib)(SU6668)、帕唑替尼、PBI05204、PD173074、普纳替尼、PRN1371、瑞戈非尼、罗加替尼(rogaratinib)(BAY-1163877)、S49076、SOMCL-085、SU5402、舒尼替尼、TAS-120、FP-1039、GAL-F2、GAL-FR21、GAL-FR22、GAL-FR23、GP369、hLD1.vb、LD1、MFGR1877S、MM-161、PRO-001和R3Mab。

FGFR融合的示例性抑制剂包含：BGJ398、DEBIO 1347、德拉替尼(ARQ-087)、E7090、厄达替尼(JNJ-42756293)、鲁西他尼和TAS-120。

FGFR1、FGFR2和FGFR3的示例性抑制剂包含：AZD4547、BGJ398、DEBIO 1347、E7090、INCB054828、S49076、SOMCL-085和TAS-120。

FGF4的示例性抑制剂包含：BLU-554、BLU9931、NVP-FGF401和hLD1.vb。

扩增的FGFR1的示例性抑制剂包含：AZD4547、BGJ398、DEBIO 1347、德拉替尼(ARQ-087)、厄达替尼(JNJ-42756293)、INCB054828和鲁西他尼。

扩增的FGFR2的示例性抑制剂包含：AZD4547、DEBIO 1347、德拉替尼(ARQ-087)、鲁西他尼、瑞戈非尼和TAS-120。

扩增的FGFR3的示例性抑制剂是AZD4547。

示例性MEK抑制剂包含：AZD8330(ARRY-424704)、AZD6244(ARRY-142866)、BI-847325、比美替尼、BIX02188、BIX02189、CH4987655、CH5126766、CI-1040、卡比替尼(cobemetinib)(GDC-0973)、EBI-1051、G-573,G8935、GDC-0623、杨梅黄酮(Myricetin)、川陈皮素(nobiletin)、PD0325901、PD184161、PD318088、PD98059、PD334581、哌吗色替(pimasertib)(AS-703026)、瑞法替尼(refametinib)(RDEA119、BAY 869766)、司美替尼(AZD6244)、SL-327、TAK-733、曲美替尼和U0126。

示例性KRAS抑制剂包含：0375-0604(一种基于共价喹唑啉的开关II口袋(SIIP)化合物)、ARS-1620、AZD4785和LP1。

示例性PI3K抑制剂包含：3-甲基腺嘌呤、A66、阿培利塞(alpelisib)(BYL719)、AMG319、阿哌利塞(apitolisib)(GDC-0980、RG7422)、AS-252424、AS-604850、AS-605240、AZD6842、AZD8186、AZD8835、BGT226(NVP-BGT226)、布帕利塞(buparlisib)(BKM120)、CAY10505、CH5132799、可泮利塞(copanlisib)(BAY 80-6946)、CUDC-907、CZC24832、达托利塞(dactolisib)(BEZ235、NVP-BEZ235)、DS7423、度维利塞(duvelisib)(IPI-145、INK1197)、GDC-0032、GDC-0084、GDC-0326、吉达利塞(gedatolisib)(PF-05212384、PKI-5587)、GNE-317、GS-9820、GSK1059615、GSK2292767、GSK2636771、HS-173、IC-87114、伊德利塞(Idelalisib)(CAL-101、GS-1101)、IPI-145、IPI-3063、IPI-549、LY294002、LY3023414、奈米利塞(nemiralisib)(GSK2269557)、奥米利塞(omipalisib)(GSK2126458、GSK458)、PF-04691502、PF-4989216、PI-103、PI-3065、匹替利塞(pictilisib)(GDC-0941)、PIK-293、PIK-294、PIK-75、PIK-90、PIK-93、PIK-III、匹拉利塞(pilaralisib)(XL147)、PKI-587、PP-110、PQR309、PQR309、PW-12、PX-866、槲皮素、S14161、SAR245409(XL765)、SAR260301、SAR405、色雷利塞(serabelisib)(INK-1117、MLN-1117、TAK-1117)、SF-1126、SF-2523、SN32976、他司利塞(taselisib)(GDC-0032)、TB101110、TG100-115、TG100-713、TGR-1202、TGX-221、厄布利塞(umbralisib)(TGR-1202)、伏他利塞(voxtalisib)(XL765、SAR245409)、VPS34-IN1、VS-5584(SB2343)、WJD008、渥曼青霉素(wortmannin)和ZSTK474。

示例性KIT抑制剂包含：AMG 706、阿莫替尼(MP-470)、APcK110、阿昔替尼(axitinib)(AG-013736)、AZD2932、达沙替尼(dasatinib)(BMS-354825)、多韦替尼(TKI-258、CHIR-258)、EXEL-0862、伊马替尼、KI-328、马赛替尼(masitinib)(AB1010)、米哚妥林、MLN518、莫特塞尼、N3-(6-氨基吡啶-3-基)-N1-(2-环戊基乙基)-4-甲基间苯二甲酰胺、尼洛替尼、OSI-930、帕唑替尼(GW786034)、吡昔替尼(pexidartinib)(PLX3397)、PKC412、PLX647、PP1、奎扎替尼(AC220)、瑞戈非尼(BAY 73-4506)、司马沙尼(SU 5416)、司曲替尼(MGCD516)、索拉非尼、STI571、SU11248、SU9529、舒尼替尼、替拉替尼(telatinib)、替伏扎尼(tivozanib)(AV-951)、酪氨酸磷酸化抑制剂(tyrphostin)AG 1296、VX-322和WBZ_4。

示例性MDM2抑制剂包含：(-)-小白菊内酯(parthenolide)、ALRN6924、AM-8553、AMG232、CGM-097、DS-3032b、GEM240、HDM201、HLI98、达萨努林(idasanutlin)(RG-7338)、JapA、MI-219、MI-219、MI-319、MI-77301(SAR405838)、MK4828、MK-8242、MX69、NSC 207895(XI-006)、Nutlin-3、Nutlin-3a、Nutlin-3b、NVP-CFC218、NVP-CGM097、PXn727/822、RG7112、RO2468、RO5353、RO5503781、色德美坦(serdemetan)(JNJ-26854165)、SP-141和YH239-EE。

扩增的MDM2的示例性抑制剂包含：AM-8553、AMG232、DS-3032b、MI-77301(SAR405838)、NSC 207895(XI-006)、Nutlin-3a、NVP-CFC218、NVP-CGM097和RG7112。

MET的示例性抑制剂包含：(-)-橄榄油刺激醛(Oleocanthal)、ABBV-399、AMG-208、AMG-337、AMG-458、BAY-853474、BMS-754807、BMS-777607、BMS-794833、卡博替尼(XL184、BMS-907351)、卡马替尼(INCB28060)、克唑替尼(PF-02341066)、DE605、福林替尼(GSK1363089,XL880)、格来替尼(glesatinib)(MGCD265)、戈伐替尼(golvatinib)(E7050)、INCB028060、JNJ-38877605、KRC-408、美乐替尼(merestinib)(LY2801653)、MK-2461、MK8033、NPS-1034、NVP-BVU972、PF-04217903、PHA-665752、S49076、沙伏替尼(savolitinib)(AZD6094、HMPL-504)、SGX-523、SU11274、TAS-115、特泊替尼(tepotinib)(EMD 1214063、MSC2156119J)、沃利替尼(volitinib)、CE-355621和奥那妥珠单抗(Onartuzumab)。

mTOR的示例性抑制剂包含：蒽霉素(anthracimycin)、阿哌利塞(GDC-0980、RG7422)、AZD-8055、BGT226(NVP-BGT226)、CC-223、CZ415、达托利塞(BEZ235、NVP-BEZ235)、DS7423、依维莫司(RAD001)、GDC-0084、GDC-0349、吉达利塞(PF-05212384、PKI-5587)、GSK1059615、INK128、KU-0063794、LY3023414、MLN0128、奥米利塞(GSK2126458、GSK458)、OSI-027、OSU-53、帕洛米特(Palomid)529(P529)、PF-04691502、PI-103、PKI-587、PP242、PQR309、里达法罗莫司(ridafarolimus)(AP-23573)、沙帕色替(sapanisertib)(INK 128、MLN0128)、SAR245409(XL765)、SF-1126、SF2523、西罗莫司(sirolimus)(雷帕霉素)、SN32976、TAK228、替西罗莫司(CCI-779、NSC 683864)、Torin 1、Torin 2、托基尼(torkinib)(PP242)、尤米莫司(umirolimus)、维妥色替(vistusertib)(AZD2014)、伏他利塞(XL765,SAR245409)、VS-5584、VS-5584(SB2343)、WAY-600、WYE-125132(WYE-132)、WYE-354、WYE-687、XL388和唑罗莫司(zotarolimus)(ABT-578)。

MYC的示例性抑制剂包含：10058-F4、10074-G5和KSI-3716。

短语“基因、蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调”是指(例如，与对照非癌细胞相比)哺乳动物细胞中野生型蛋白的基因突变(例如，染色体易位，其导致包含激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达；基因中的突变，其导致与野生型蛋白相比包含至少一个氨基酸缺失的蛋白质的表达；基因中的突变，其导致与野生型蛋白相比具有一个或多个点突变的蛋白质的表达；基因中的突变，其导致与野生型蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的蛋白质的表达；基因重复，其导致细胞中蛋白质水平升高；或调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变，其导致细胞中蛋白质水平升高；mRNA的替代剪接形式，其导致与野生型蛋白相比具有至少一个氨基酸缺失的蛋白质)或表达增加(例如，水平升高)，这是由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导而导致的。作为另一个实例，基因、蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是基因中的突变，所述基因编码具有组成性活性或与由不包含突变的基因编码的蛋白质相比具有增加的活性的蛋白。例如，基因、蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是基因或染色体易位的结果，所述基因或染色体易位导致融合蛋白的表达，所述融合蛋白含有包含功能性激酶结构域的蛋白质的第一部分和伴侣蛋白(即，并非主要蛋白质)的第二部分。在一些实例中，基因、蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是一个基因与不同基因的基因易位的结果。

用多激酶抑制剂(MKI)或靶标特异性激酶抑制剂(例如，BRAF抑制剂、EGFR抑制剂、MEK抑制剂、ALK抑制剂、ROS1抑制剂、MET抑制剂、芳香酶抑制剂、RAF抑制剂或RAS抑制剂)来治疗患有癌症的患者可能会导致癌症中的RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调和/或导致对RET抑制剂的耐药性。参见例如，Bhinge等人,《肿瘤靶标》8:27155-27165,2017；Chang等人,《延世医学杂志(Yonsei Med.J.)》58:9-18,2017；以及Lopez-Delisle等人,doi:10.1038/s41388-017-0039-5,《癌基因》2018。

与使用单一疗法形式的RET抑制剂或单一疗法形式的多激酶抑制剂或靶标特异性激酶抑制剂(例如，BRAF抑制剂、EGFR抑制剂、MEK抑制剂、ALK抑制剂、ROS1抑制剂、MET抑制剂、芳香酶抑制剂、RAF抑制剂或RAS抑制剂)治疗患有癌症的患者相比，用RET抑制剂与多激酶抑制剂或靶标特异性激酶抑制剂的组合来治疗同一患者或相似的患者可能具有增加的治疗功效。参见例如，Tang等人,doi:10.1038/modpathol.2017.109,《现代病理学(Mod.Pathol.)》2017；Andreucci等人,《肿瘤靶标》7:80543-80553,2017；Nelson-Taylor等人,《分子癌症治疗学》16:1623-1633,2017；以及Kato等人,《临床癌症研究》23:1988-1997,2017。

本文提供了治疗患有癌症(例如，本文所述的任何癌症)并且先前已经被施用了多激酶抑制剂(MKI)或靶标特异性激酶抑制剂(例如，BRAF抑制剂、EGFR抑制剂、MEK抑制剂、ALK抑制剂、ROS1抑制剂、MET抑制剂、芳香酶抑制剂、RAF抑制剂或RAS抑制剂)(例如，以单一疗法形式)的患者的方法，所述方法包含：向患者施用(i)单一疗法形式的治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物，或(ii)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物，以及治疗有效量先前施用的MKI或先前施用的靶标特异性激酶抑制剂。

本文提供了治疗患有癌症(例如，本文所述的任何癌症)并且先前已经被施用了MKI或靶标特异性激酶抑制剂(例如，BRAF抑制剂、EGFR抑制剂、MEK抑制剂、ALK抑制剂、ROS1抑制剂、MET抑制剂、芳香酶抑制剂、RAF抑制剂或RAS抑制剂)(例如，以单一疗法形式)的患者的方法，所述方法包含：鉴定患有癌细胞的患者，所述癌细胞具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及向经鉴定的患者施用(i)单一疗法形式的治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物，或(ii)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物，以及治疗有效量先前施用的MKI或先前施用的靶标特异性激酶抑制剂。

本文提供了治疗患有癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含：在第一段时间内向患者施用MKI或靶标特异性激酶抑制剂(例如，BRAF抑制剂、EGFR抑制剂、MEK抑制剂、ALK抑制剂、ROS1抑制剂、MET抑制剂、芳香酶抑制剂、RAF抑制剂或RAS抑制剂)(例如，以单一疗法形式)；在一段时间后，鉴定患有癌细胞的患者，所述癌细胞具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及向经鉴定的患者施用(i)单一疗法形式的治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物，或(ii)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物，以及治疗有效量先前施用的MKI或先前施用的靶标特异性激酶抑制剂。

本文提供了治疗患有具有BRAF基因、BRAF激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含向患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的BRAF抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何BRAF抑制剂)。

本文提供了治疗患有癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含：鉴定患有癌细胞的患者，所述癌细胞具有BRAF基因、BRAF激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及向经鉴定的患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的BRAF抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何BRAF抑制剂)。

本文提供了治疗患有具有EGFR基因、EGFR蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含向患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的EGFR抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何EGFR抑制剂)。

本文提供了治疗患有癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含：鉴定患有癌细胞的患者，所述癌细胞具有EGFR基因、EGFR蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及向经鉴定的患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的EGFR抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何EGFR抑制剂)。

本文提供了治疗患有具有MEK基因、MEK蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含向患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的MEK抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何MEK抑制剂)。

本文提供了治疗患有癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含：鉴定患有癌细胞的患者，所述癌细胞具有MEK基因、MEK蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及向经鉴定的患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的MEK抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何MEK抑制剂)。

本文提供了治疗患有具有ALK基因、ALK蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含向患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的ALK抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何ALK抑制剂)。

本文提供了治疗患有癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含：鉴定患有癌细胞的患者，所述癌细胞具有ALK基因、ALK蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及向经鉴定的患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的ALK抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何ALK抑制剂)。

本文提供了治疗患有具有ROS基因、ROS蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含向患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的ROS抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何ROS抑制剂)。

本文提供了治疗患有癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含：鉴定患有癌细胞的患者，所述癌细胞具有ROS基因、ROS蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及向经鉴定的患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的ROS抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何ROS抑制剂)。

本文提供了治疗患有具有MET基因、MET蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含向患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的MET抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何MET抑制剂)。

本文提供了治疗患有癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含：鉴定患有癌细胞的患者，所述癌细胞具有MET基因、MET蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及向经鉴定的患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的MET抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何MET抑制剂)。

本文提供了治疗患有具有芳香酶基因、芳香酶蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含向患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的芳香酶抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何芳香酶抑制剂)。

本文提供了治疗患有癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含：鉴定患有癌细胞的患者，所述癌细胞具有芳香酶基因、芳香酶蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及向经鉴定的患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的芳香酶抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何芳香酶抑制剂)。

本文提供了治疗患有具有RAF基因、RAF蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含向患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的RAF抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何RAF抑制剂)。

本文提供了治疗患有癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含：鉴定患有癌细胞的患者，所述癌细胞具有RAF基因、RAF蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及向经鉴定的患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的RAF抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何RAF抑制剂)。

本文提供了治疗患有具有RAS基因、RAS蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含向患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的RAS抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何RAS抑制剂)。

本文提供了治疗患有癌症(例如，本文所述的任何癌症)的患者的方法，所述方法包含：鉴定患有癌细胞的患者，所述癌细胞具有RAS基因、RAS蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调；以及向经鉴定的患者施用(i)治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物和(ii)治疗有效量的RAS抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何RAS抑制剂)。

短语“BRAF基因、BRAF蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调”是指(例如，与对照非癌细胞相比)哺乳动物细胞中野生型BRAF蛋白质的基因突变(例如，染色体易位，其导致包含BRAF激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达；BRAF基因中的突变，其导致与野生型BRAF蛋白相比包含至少一个氨基酸缺失的BRAF蛋白的表达；BRAF基因中的突变，其导致与野生型BRAF蛋白相比具有一个或多个点突变的BRAF蛋白的表达；BRAF基因中的突变，其导致与野生型BRAF蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的BRAF蛋白的表达；基因重复，其导致细胞中BRAF蛋白水平升高；或调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变，其导致细胞中BRAF蛋白水平升高；BRAF mRNA的替代剪接形式，其导致与野生型BRAF蛋白相比具有至少一个氨基酸缺失的BRAF蛋白)或表达增加(例如，水平升高)，这是由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导而导致的。作为另一个实例，BRAF基因、BRAF蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是BRAF基因中的突变，所述因编码具有组成性活性或与由不包含突变的BRAF基因编码的蛋白质相比具有增加的活性的BRAF蛋白。例如，BRAF基因、BRAF蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是基因或染色体易位的结果，所述基因或染色体易位导致融合蛋白的表达，所述融合蛋白含有包含功能性激酶结构域的BRAF蛋白的第一部分和伴侣蛋白(即，并非BRAF)的第二部分。在一些实例中，BRAF基因、BRAF蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是一个BRAF基因与另一个非BRAF基因的基因易位的结果。

BRAF抑制剂的非限制性实例包含：达拉非尼、威罗非尼(也称作RG7204或PLX4032)、对甲苯磺酸索拉非尼(sorafenib tosylate)、PLX-4720、GDC-0879、BMS-908662(百时美施贵宝公司(Bristol-Meyers Squibb))、LGX818(诺华公司(Novartis))、PLX3603(豪夫迈罗氏公司(Hofmann-LaRoche))、RAF265(诺华公司)、RO5185426(豪夫迈罗氏公司)和GSK2118436(葛兰素史克公司(GlaxoSmithKline))。BRAF抑制剂的另外的实例是本领域已知的。

短语“EGFR基因、EGFR蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调”是指(例如，与对照非癌细胞相比)哺乳动物细胞中野生型EGFR蛋白的基因突变(例如，染色体易位，其导致包含EGFR激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达；EGFR基因中的突变，其导致与野生型EGFR蛋白相比包含至少一个氨基酸缺失的EGFR蛋白的表达；EGFR基因中的突变，其导致与野生型EGFR蛋白相比具有一个或多个点突变的EGFR蛋白的表达；EGFR基因中的突变，其导致与野生型EGFR蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的EGFR蛋白的表达；基因重复，其导致细胞中EGFR蛋白水平升高；或调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变，其导致细胞中EGFR蛋白水平升高；EGFR mRNA的替代剪接形式，其导致与野生型EGFR蛋白相比具有至少一个氨基酸缺失的EGFR蛋白)或表达增加(例如，水平升高)，这是由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导而导致的。作为另一个实例，EGFR基因、EGFR蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是EGFR基因中的突变，所述EGFR基因编码具有组成性活性或与由不包含突变的EGFR基因编码的蛋白质相比具有增加的活性的EGFR蛋白。例如，EGFR基因、EGFR蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是基因或染色体易位的结果，所述基因或染色体易位导致融合蛋白的表达，所述融合蛋白含有包含功能性激酶结构域的EGFR蛋白的第一部分和伴侣蛋白(即，并非EGFR)的第二部分。在一些实例中，EGFR基因、EGFR蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是一个EGFR基因与另一个非EGFR基因的基因易位的结果。

EGFR抑制剂的非限制性实例包含：吉非替尼、厄洛替尼、布加替尼、拉帕替尼、来那替尼、埃克替尼、阿法替尼、达克替尼、泊齐替尼(poziotinib)、凡德他尼、阿法替尼、AZD9291、CO-1686、HM61713、AP26113、CI-1033、PKI-166、GW-2016、EKB-569、PDI-168393、AG-1478、CGP-59326A。EGFR抑制剂的另外的实例是本领域已知的。

短语“MEK基因、MEK蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调”是指(例如，与对照非癌细胞相比)哺乳动物细胞中野生型MEK蛋白质的基因突变(例如，染色体易位，其导致包含MEK激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达；MEK基因中的突变，其导致与野生型MEK蛋白相比包含至少一个氨基酸缺失的MEK蛋白的表达；MEK基因中的突变，其导致与野生型MEK蛋白相比具有一个或多个点突变的MEK蛋白的表达；MEK基因中的突变，其导致与野生型MEK蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的MEK蛋白的表达；基因重复，其导致细胞中MEK蛋白水平升高；或调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变，其导致细胞中MEK蛋白水平升高；MEK mRNA的替代剪接形式，其导致与野生型MEK蛋白相比具有至少一个氨基酸缺失的MEK蛋白)或表达增加(例如，水平升高)，这是由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导而导致的。作为另一个实例，MEK基因、MEK蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是MEK基因中的突变，所述基因编码具有组成性活性或与由不包含突变的MEK基因编码的蛋白质相比具有增加的活性的MEK蛋白。例如，MEK基因、MEK蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是基因或染色体易位的结果，所述基因或染色体易位导致融合蛋白的表达，所述融合蛋白含有包含功能性激酶结构域的MEK蛋白的第一部分和伴侣蛋白(即，并非MEK)的第二部分。在一些实例中，MEK基因、MEK蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是一个MEK基因与另一个非MEK基因的基因易位的结果。

MEK抑制剂的非限制性实例包含：迈吉宁(mekinist)、曲美替尼(GSK1120212)、可美替尼(cobimetinib)(XL518)、贝美替尼(binimetinib)(MEK162)、司美替尼、PD-325901、CI-1040、PD035901、TAK-733、PD098059、U0126、AS703026/MSC1935369、XL-518/GDC-0973、BAY869766/RDEA119和GSK1120212。MEK抑制剂的另外的实例是本领域已知的。

短语“ALK基因、ALK蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调”是指(例如，与对照非癌细胞相比)哺乳动物细胞中野生型ALK蛋白的基因突变(例如，染色体易位，其导致包含ALK激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达；ALK基因中的突变，其导致与野生型ALK蛋白相比包含至少一个氨基酸缺失的ALK蛋白的表达；ALK基因中的突变，其导致与野生型ALK蛋白相比具有一个或多个点突变的ALK蛋白的表达；ALK基因中的突变，其导致与野生型ALK蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的ALK蛋白的表达；基因重复，其导致细胞中ALK蛋白水平升高；或调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变，其导致细胞中ALK蛋白水平升高；ALK mRNA的替代剪接形式，其导致与野生型ALK蛋白相比具有至少一个氨基酸缺失的ALK蛋白)或表达增加(例如，水平升高)，这是由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导而导致的。作为另一个实例，ALK基因、ALK蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是ALK基因中的突变，所述ALK基因编码具有组成性活性或与由不包含突变的ALK基因编码的蛋白质相比具有增加的活性的ALK蛋白。例如，ALK基因、ALK蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是基因或染色体易位的结果，所述基因或染色体易位导致融合蛋白的表达，所述融合蛋白含有包含功能性激酶结构域的ALK蛋白的第一部分和伴侣蛋白(即，并非ALK)的第二部分。在一些实例中，ALK基因、ALK蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是一个ALK基因与另一个非ALK基因的基因易位的结果。

ALK抑制剂的非限制性实例包含：克唑替尼(赛可瑞(Xalkori))、塞瑞替尼(ceritinib)(Zykadia)、艾乐替尼(安圣莎(Alecensa))、达兰西普(dalantercept)、ACE-041(布加替尼)(AP26113)、恩曲替尼(NMS-E628)、PF-06463922(辉瑞公司(Pfizer))、TSR-011(Tesaro公司)、CEP-37440(梯瓦公司(Teva))、CEP-37440(梯瓦公司)、X-396(Xcovery公司)和ASP-3026(安斯泰来公司(Astellas))。ALK抑制剂的另外的实例是本领域已知的。

短语“ROS1基因、ROS1蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调”是指(例如，与对照非癌细胞相比)哺乳动物细胞中野生型ROS1蛋白质的基因突变(例如，染色体易位，其导致包含ROS1激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达；ROS1基因中的突变，其导致与野生型ROS1蛋白相比包含至少一个氨基酸缺失的ROS1蛋白的表达；ROS1基因中的突变，其导致与野生型ROS1蛋白相比具有一个或多个点突变的ROS1蛋白的表达；ROS1基因中的突变，其导致与野生型ROS1蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的ROS1蛋白的表达；基因重复，其导致细胞中ROS1蛋白水平升高；或调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变，其导致细胞中ROS1蛋白水平升高；ROS1 mRNA的替代剪接形式，其导致与野生型ROS1蛋白相比在ROS1蛋白中具有至少一个氨基酸缺失的ROS1蛋白)或表达增加(例如，水平升高)，这是由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导而导致的。作为另一个实例，ROS1基因、ROS1蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是ROS1基因中的突变，所述ROS1基因编码具有组成性活性或与由不包含突变的ROS1基因编码的蛋白质相比具有增加的活性的ROS1蛋白。例如，ROS1基因、ROS1蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是基因或染色体易位的结果，所述基因或染色体易位导致融合蛋白的表达，所述融合蛋白含有包含功能性激酶结构域的ROS1蛋白的第一部分和伴侣蛋白(即，并非ROS1)的第二部分。在一些实例中，ROS1基因、ROS1蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是一个ROS1基因与另一个非ROS1基因的基因易位的结果。

ROS1抑制剂的非限制性实例包含：克唑替尼、恩曲替尼(RXDX-101)、洛拉替尼(lorlatinib)(PF-06463922)、色替尼(certinib)、TPX-0005、DS-605和卡博替尼。ROS1抑制剂的另外的实例是本领域已知的。

短语“MET基因、MET蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调”是指(例如，与对照非癌细胞相比)哺乳动物细胞中野生型MET蛋白质的基因突变(例如，染色体易位，其导致包含MET激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达；MET基因中的突变，其导致与野生型MET蛋白相比包含至少一个氨基酸缺失的MET蛋白的表达；MET基因中的突变，其导致与野生型MET蛋白相比具有一个或多个点突变的MET蛋白的表达；MET基因中的突变，其导致与野生型MET蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的MET蛋白的表达；基因重复，其导致细胞中MET蛋白水平升高；或调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变，其导致细胞中MET蛋白水平升高；MET mRNA的替代剪接形式，其导致与野生型MET蛋白相比具有至少一个氨基酸缺失的MET蛋白)或表达增加(例如，水平升高)，这是由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导而导致的。作为另一个实例，MET基因、MET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是MET基因中的突变，所述基因编码具有组成性活性或与由不包含突变的MET基因编码的蛋白质相比具有增加的活性的MET蛋白。例如，MET基因、MET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是基因或染色体易位的结果，所述基因或染色体易位导致融合蛋白的表达，所述融合蛋白含有包含功能性激酶结构域的MET蛋白的第一部分和伴侣蛋白(即，并非MET)的第二部分。在一些实例中，MET基因、MET蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是一个MET基因与另一个非MET基因的基因易位的结果。

MET抑制剂的非限制性实例包含：克唑替尼、卡博替尼、JNJ-38877605、PF-04217903(辉瑞公司)、MK-2461、GSK 1363089、AMG 458(安进公司)、替伐替尼(tivantinib)、INCB28060(英赛德公司(Incyte))、PF-02341066(辉瑞公司)、E7050(卫材公司(Eisai))、BMS-777607(百时美施贵宝公司)、JNJ-38877605(强生公司(Johnson&Johnson))、ARQ197(阿库利公司(ArQule))、GSK/1363089/XL880(GSK/Exeilixis)和XL174(BMS/Exelixis)。MET抑制剂的另外的实例是本领域已知的。

短语“芳香酶基因、芳香酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调”是指(例如，与对照非癌细胞相比)哺乳动物细胞中野生型芳香酶蛋白的基因突变(例如，芳香酶基因中的突变，其导致与野生型芳香酶相比包含至少一个氨基酸缺失的芳香酶蛋白的表达；芳香酶基因中的突变，其导致与野生型芳香酶蛋白相比具有一个或多个点突变的芳香酶蛋白的表达；芳香酶基因中的突变，其导致与野生型芳香酶蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的芳香酶蛋白的表达；基因重复，其导致细胞中芳香酶蛋白水平升高；或调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变，其导致细胞中芳香酶蛋白水平升高；芳香酶mRNA的替代剪接形式，其导致与野生型芳香酶蛋白相比具有至少一个氨基酸缺失的芳香酶蛋白)或表达增加(例如，水平升高)，这是由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导而导致的。作为另一个实例，芳香酶基因、芳香酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是芳香酶基因中的突变，所述芳香酶基因编码具有组成性活性或与由不包含突变的芳香酶基因编码的蛋白质相比具有增加的活性的芳香酶蛋白。

芳香酶抑制剂的非限制性实例包含：瑞宁得(Arimidex)(阿那曲唑(anastrozole))、阿诺新(Aromasin)(依西美坦(exemestane))、芙瑞(Femara)(来曲唑(letrozole))、Teslac(睾内酯(testolactone))和福美坦(formestane)。芳香酶抑制剂的另外的实例是本领域已知的。

短语“RAF基因、RAF蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调”是指(例如，与对照非癌细胞相比)哺乳动物细胞中野生型RAF蛋白质的基因突变(例如，染色体易位，其导致包含RAF激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达；RAF基因中的突变，其导致与野生型RAF蛋白相比包含至少一个氨基酸缺失的RAF蛋白的表达；RAF基因中的突变，其导致与野生型RAF蛋白相比具有一个或多个点突变的RAF蛋白的表达；RAF基因中的突变，其导致与野生型RAF蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的RAF蛋白的表达；基因重复，其导致细胞中RAF蛋白水平升高；或调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变，其导致细胞中RAF蛋白水平升高；RAF mRNA的替代剪接形式，其导致与野生型RAF蛋白相比具有至少一个氨基酸缺失的RAF蛋白)或表达增加(例如，水平升高)，这是由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导而导致的。作为另一个实例，RAF基因、RAF蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是RAF基因中的突变，所述RAF基因编码具有组成性活性或与由不包含突变的RAF基因编码的蛋白质相比具有增加的活性的RAF蛋白。例如，RAF基因、RAF蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是基因或染色体易位的结果，所述基因或染色体易位导致融合蛋白的表达，所述融合蛋白含有包含功能性激酶结构域的RAF蛋白的第一部分和伴侣蛋白(即，并非RAF)的第二部分。在一些实例中，RAF基因、RAF蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是一个RAF基因与另一个非RAF基因的基因易位的结果。

RAF抑制剂的非限制性实例包含：索拉非尼、威罗非尼、达拉非尼、BMS-908662/XL281、GSK2118436、RAF265、RO5126766和RO4987655。RAF抑制剂的另外的实例是本领域已知的。

短语“RAS基因、RAS蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的失调”是指(例如，与对照非癌细胞相比)哺乳动物细胞中野生型RAS蛋白质的基因突变(例如，染色体易位，其导致包含RAS激酶结构域和融合伴侣的融合蛋白的表达；RAS基因中的突变，其导致与野生型RAS蛋白相比包含至少一个氨基酸缺失的RAS蛋白的表达；RAS基因中的突变，其导致与野生型RAS蛋白相比具有一个或多个点突变的RAS蛋白的表达；RAS基因中的突变，其导致与野生型RAS蛋白相比具有至少一个插入的氨基酸的RAS蛋白的表达；基因重复，其导致细胞中RAS蛋白水平升高；或调节序列(例如，启动子和/或增强子)中的突变，其导致细胞中RAS蛋白水平升高；RAS mRNA的替代剪接形式，其导致与野生型RAS蛋白相比具有至少一个氨基酸缺失的RAS蛋白)或表达增加(例如，水平升高)，这是由于异常的细胞信号传导和/或失调的自分泌/旁分泌信号传导而导致的。作为另一个实例，RAS基因、RAS蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是RAS基因中的突变，所述RAS基因编码具有组成性活性或与由不包含突变的RAS基因编码的蛋白质相比具有增加的活性的RAS蛋白。例如，RAS基因、RAS蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是基因或染色体易位的结果，所述基因或染色体易位导致融合蛋白的表达，所述融合蛋白含有包含功能性激酶结构域的RAS蛋白的第一部分和伴侣蛋白(即，并非RAS)的第二部分。在一些实例中，RAS基因、RAS蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调可以是一个RAS基因与另一个非RAS基因的基因易位的结果。

RAS抑制剂的非限制性实例包含Kobe0065和Kobe2602。RAS抑制剂的另外的实例是本领域已知的。

多激酶抑制剂(MKI)的非限制性实例包含达沙替尼和舒尼替尼。

在一些实施例中，本文公开了治疗患有癌症的受试者的方法，所述方法包含：(a)在一段时间内向受试者施用一个或多个剂量的第一RET抑制剂或式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；(b)在(a)之后，确定从所述受试者获得的样品中的癌细胞是否具有基因、蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的至少一种失调，其中所述基因或蛋白质选自由以下组成的组：EGFR、MET、ALK、ROS1、KRAS、BRAF、RAS、PIK3CA和HER2；以及(c)1)以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合施用第二RET抑制剂、2)与靶向该基因或蛋白质的抑制剂(例如，EGFR、MET、ALK、ROS1、KRAS、BRAF、RAS、PIK3CA和HER2的抑制剂)组合施用额外剂量的第一RET抑制剂或式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物或3)如果受试者的癌细胞具有基因、蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的至少一种失调，则停止施用步骤a)的RET抑制剂并向所述受试者施用靶向该基因或蛋白质的抑制剂(例如，EGFR、MET、ALK、ROS1、KRAS、BRAF、RAS、PIK3CA和HER2的抑制剂)，其中所述基因或蛋白质选自由以下组成的组：EGFR、MET、ALK、ROS1、KRAS、BRAF、RAS、PIK3CA和HER2；或(d)如果受试者的癌细胞没有RET抑制剂耐药性突变，则向所述受试者施用额外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂。在一些实施例中，基因、蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的一种或多种失调(其中所述基因或蛋白质选自由以下组成的组：EGFR、MET、ALK、ROS1、KRAS、BRAF、RAS、PIK3CA和HER2)赋予癌细胞或肿瘤对使用第一RET抑制剂或式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，所述肿瘤是NSCLC肿瘤，并且基因、蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的一种或多种失调选自EGFR或MET中的可靶向突变、涉及ALK或ROS1的可靶向重排或KRAS中的激活突变。在一些实施例中，所述肿瘤是甲状腺(非MTC)肿瘤，并且基因、蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的一种或多种失调选自BRAF中的可靶向突变或RAS中的激活突变。在一些实施例中，所述肿瘤是MTC肿瘤，并且基因、蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的一种或多种失调选自ALK中的可靶向突变或RAS中的激活突变。在一些实施例中，所述肿瘤是胰腺肿瘤，并且基因、蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的一种或多种失调是KRAS中的激活突变。在一些实施例中，所述肿瘤是结肠直肠肿瘤，并且基因、蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的一种或多种失调选自BRAF或PIK3CA中的可靶向突变或RAS中的激活突变。在一些实施例中，所述肿瘤是乳腺肿瘤，并且基因、蛋白质或二者中任一个的表达或活性或水平的一种或多种失调选自PIK3CA中的可靶向突变或HER2中的改变。

还提供了为患有癌症的受试者选择治疗的方法，所述方法包含：(a)在一段时间内向受试者施用一个或多个剂量的第一RET抑制剂；(b)在(a)之后，确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(c)如果受试者的癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变，则为受试者选择单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(d)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则为受试者选择额外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂。在一些实施例中，当为受试者选择额外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂时，所述方法可以进一步包含为受试者选择另一种抗癌剂的剂量。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变包含表3和表4中列出的一种或多种RET抑制剂耐药性突变。例如，一种或多种RET抑制剂耐药性突变可以包含氨基酸位置804处的取代(例如，V804M、V804L或V804E)或氨基酸位置810处的取代(例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂是另一种RET抑制剂(例如，第二RET抑制剂)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是免疫疗法。在步骤(c)的一些实施例中，另一种RET抑制剂可以是在步骤(a)中施用的第一RET抑制剂。

还提供了为患有癌症的受试者选择治疗的方法，所述方法包含：(a)在一段时间内向受试者施用一个或多个剂量的第一RET抑制剂；(b)在(a)之后，确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变；以及(c)如果受试者的癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变，则为受试者选择单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合的第二RET抑制剂；或(d)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则为受试者选择额外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂。在一些实施例中，当为受试者选择额外剂量的步骤(a)的第一RET抑制剂时，所述方法可以进一步包含为受试者选择另一种抗癌剂的剂量。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变包含表3和表4中列出的一种或多种RET抑制剂耐药性突变。例如，一种或多种RET抑制剂耐药性突变可以包含氨基酸位置804处的取代(例如，V804M、V804L或V804E)或氨基酸位置810处的取代(例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂是另一种RET抑制剂(例如，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是免疫疗法。在一些实施例中，另一种RET可以是在步骤(a)中施用的第一RET抑制剂。

还提供了为患有癌症的受试者选择治疗的方法，所述方法包含：(a)确定从患有癌症且先前施用了一个或多个剂量的第一RET抑制剂的受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；(b)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则为受试者选择单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(c)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则选择额外剂量的先前施用给受试者的第一RET抑制剂。在一些实施例中，当为受试者选择额外剂量的先前施用给受试者的第一RET抑制剂时，所述方法可以进一步包含为受试者选择另一种抗癌剂(例如，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物或免疫疗法)的剂量。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变包含表3和表4中列出的一种或多种RET抑制剂耐药性突变。例如，一种或多种RET抑制剂耐药性突变可以包含氨基酸位置804处的取代(例如，V804M、V804L或V804E)或氨基酸位置810处的取代(例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂是另一种RET抑制剂(例如，第二RET抑制剂)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是免疫疗法。在步骤(c)的一些实施例中，另一种RET抑制剂可以是在步骤(a)中施用的第一RET抑制剂。

还提供了为患有癌症的受试者选择治疗的方法，所述方法包含：(a)确定从患有癌症且先前施用了一个或多个剂量的第一RET抑制剂的受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；(b)如果受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，则为受试者选择单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合的第二RET抑制剂；或(c)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则选择额外剂量的先前施用给受试者的第一RET抑制剂。在一些实施例中，当为受试者选择额外剂量的先前施用给受试者的第一RET抑制剂时，所述方法可以进一步包含为受试者选择另一种抗癌剂(例如，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或免疫疗法)的剂量。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变包含表3和表4中列出的一种或多种RET抑制剂耐药性突变。例如，一种或多种RET抑制剂耐药性突变可以包含氨基酸位置804处的取代(例如，V804M、V804L或V804E)或氨基酸位置810处的取代(例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂是另一种RET抑制剂(例如，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是免疫疗法。在一些实施例中，另一种RET可以是在步骤(a)中施用的第一RET抑制剂。

还提供了确定受试者患有对第一RET抑制剂具有一定耐药性的癌症的风险的方法，所述方法包含：确定从受试者获得的样品中的细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；以及将细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者鉴定为患有对所述第一RET抑制剂具有一定耐药性的癌症的可能性增加。还提供了确定受试者患有对第一RET抑制剂具有一定耐药性的癌症的风险的方法，所述方法包含：将细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者鉴定为患有对所述第一RET抑制剂具有一定耐药性的癌症的可能性增加。还提供了确定是否存在对第一RET抑制剂具有一定耐药性的癌症的方法，所述方法包含：确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；以及确定癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者患有对所述第一RET抑制剂具有一定耐药性的癌症。还提供了在受试者中确定是否存在对第一RET抑制剂具有一定耐药性的癌症的方法，所述方法包含：确定癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者患有对所述第一RET抑制剂具有一定耐药性的癌症。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对使用第一RET抑制剂的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变包含表3和表4中列出的一种或多种RET抑制剂耐药性突变。例如，一种或多种RET抑制剂耐药性突变可以包含氨基酸位置804处的取代(例如，V804M、V804L或V804E)或氨基酸位置810处的取代(例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)。

在本文所述方法中的任何一种方法的一些实施例中，赋予癌细胞或肿瘤对用第一RET抑制剂进行的治疗的增加的耐药性的RET抑制剂耐药性突变可以是表3或4中列出的任何RET抑制剂耐药性突变(例如，氨基酸位置804处的取代，例如，V804M、V804L或V804E，或氨基酸位置810处的取代，例如，G810S、G810R、G810C、G810A、G810V和G810D)。

在一些实施例中，肿瘤中一种或多种RET抑制剂耐药性突变的存在导致肿瘤对用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行的治疗更具抵抗力。下文描述了当RET抑制剂耐药性突变导致肿瘤对用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行的治疗更具抵抗力时有用的方法。例如，本文提供了治疗患有癌症的受试者的方法，所述方法包含：鉴定癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者；以及向经鉴定的受试者施用不包含式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为单一疗法的治疗(例如，第二RET激酶抑制剂)。还提供了治疗被鉴定为患有具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的癌细胞的受试者的方法，所述方法包含向所述受试者施用不包含式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为单一疗法的治疗(例如，第二RET激酶抑制剂)。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行的治疗的增加的耐药性。

还提供了为患有癌症的受试者选择治疗的方法，所述方法包含：鉴定癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者；以及为经鉴定的受试者选择不包含式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为单一疗法的治疗(例如，第二RET激酶抑制剂)。还提供了为患有癌症的受试者选择治疗的方法，所述方法包含：为被鉴定为患有具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的癌细胞的受试者选择不包含式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为单一疗法的治疗(例如，第二RET激酶抑制剂)。还提供了选择患有癌症的受试者进行不包含式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为单一疗法的治疗(例如，第二RET激酶抑制剂)的方法，所述方法包含：鉴定癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者；以及选择经鉴定的受试者进行不包含式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为单一疗法的治疗(例如，第二RET激酶抑制剂)。还提供了选择患有癌症的受试者进行不包含式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为单一疗法的治疗(例如，第二RET激酶抑制剂)的方法，所述方法包含：选择被鉴定为患有具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的癌细胞的受试者进行不包含式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为单一疗法的治疗。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行的治疗的增加的耐药性。

还提供了确定患有癌症的受试者对使用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为单一疗法的治疗产生阳性反应的可能性的方法，所述方法包含：确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；以及确定癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者对使用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为单一疗法的治疗产生阳性反应的可能性降低。还提供了确定患有癌症的受试者对使用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为单一疗法的治疗产生阳性反应的可能性的方法，所述方法包含：确定癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者对使用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为单一疗法的治疗产生阳性反应的可能性降低。还提供了预测在患有癌症的受试者中使用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为单一疗法的治疗的功效的方法，所述方法包含：确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；以及确定在具有从受试者获得的样品中的癌细胞(其具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变)的受试者中，以式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为单一疗法的治疗不太可能有效。还提供了预测在患有癌症的受试者中使用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为单一疗法的治疗的功效的方法，所述方法包含：确定在具有从受试者获得的样品中的癌细胞(其具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变)的受试者中，以式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为单一疗法的治疗不太可能有效。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行的治疗的增加的耐药性。

还提供了治疗患有癌症的受试者的方法，所述方法包含：(a)在一段时间内施用一个或多个剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；(b)在(a)之后，确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；以及(c)以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者施用第二RET抑制剂或第二式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(d)向患有不具有RET抑制剂耐药性突变的癌细胞的受试者施用额外剂量的步骤(a)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在向受试者施用额外剂量的步骤(a)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的一些实施例中，还可以向所述受试者施用另一种抗癌剂或第二式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，另外的抗癌剂是本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂是另一种RET抑制剂(例如，第二RET抑制剂)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是免疫疗法。在一些实施例中，另一种RET可以是在步骤(a)中施用的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

还提供了治疗患有癌症的受试者的方法，所述方法包含：(a)确定从患有癌症并且先前已经被施用了一个或多个剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；(b)以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者施用第二RET抑制剂或第二式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(c)向患有不具有RET抑制剂耐药性突变的癌细胞的受试者施用额外剂量的先前施用过的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在向受试者施用额外剂量的步骤(a)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的一些实施例中，还可以向所述受试者施用另一种抗癌剂。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，另外的抗癌剂是本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂是另一种RET抑制剂(例如，第二RET抑制剂)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是免疫疗法。在一些实施例中，另一种RET可以是在步骤(a)中施用的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

还提供了为患有癌症的受试者选择治疗的方法，所述方法包含：(a)在一段时间内向受试者施用一个或多个剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；(b)在(a)之后，确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；以及(c)如果受试者的癌细胞具有RET抑制剂耐药性突变，则为所述受试者选择单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合的第二RET抑制剂或第二式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(d)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则为所述受试者选择额外剂量的步骤(a)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，其中为受试者选择了额外剂量的步骤(a)的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物，所述方法还可以包含进一步选择另一种抗癌剂。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，另外的抗癌剂是本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂是另一种RET抑制剂(例如，第二RET抑制剂)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是免疫疗法。在一些实施例中，另一种RET可以是在步骤(a)中施用的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

还提供了为患有癌症的受试者选择治疗的方法，所述方法包含：(a)确定从患有癌症并且先前已经被施用了一个或多个剂量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；(b)如果受试者的癌细胞具有RET抑制剂耐药性突变，则为所述受试者选择单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合的第二RET抑制剂或第二式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物；或(c)如果受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，则选择额外剂量的先前施用给受试者的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，其中为受试者选择了额外剂量的步骤(a)的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物，所述方法还可以包含进一步选择另一种抗癌剂。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行的治疗的增加的耐药性。在一些实施例中，另外的抗癌剂是本领域已知的任何抗癌剂。例如，另外的抗癌剂是另一种RET抑制剂(例如，第二RET抑制剂)。在一些实施例中，另外的抗癌剂是免疫疗法。在一些实施例中，另一种RET可以是在步骤(a)中施用的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

还提供了确定受试者患有对式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物具有一定耐药性的癌症的风险的方法，所述方法包含：确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；以及如果受试者的细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变，则将所述受试者鉴定为患有对式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物具有一定耐药性的癌症的可能性增加。还提供了确定受试者患有对式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物具有一定耐药性的癌症的风险的方法，所述方法包含：将细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者鉴定为患有对式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物具有一定耐药性的癌症的可能性增加。还提供了确定是否存在对式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物具有一定耐药性的癌症的方法，所述方法包含：确定从受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变；以及确定癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者患有对式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物具有一定耐药性的癌症。还提供了在受试者中确定是否存在对式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物具有一定耐药性的癌症的方法，所述方法包含：确定癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变的受试者患有对式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物具有一定耐药性的癌症。在一些实施例中，一种或多种RET抑制剂耐药性突变赋予癌细胞或肿瘤对用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行的治疗的增加的耐药性。

在本文所述方法中的任何一种方法的一些实施例中，赋予癌细胞或肿瘤对用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物进行的治疗的增加的耐药性的一种或多种RET抑制剂耐药性突变可以是表3或4中列出的任何RET抑制剂耐药性突变。

确定癌细胞或肿瘤对RET抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何RET抑制剂)的耐药性水平的方法可以使用本领域已知的方法来确定。例如，可以通过确定关于癌细胞生存力的RET抑制剂(例如，本文所述的或本领域已知的任何RET抑制剂)的IC

RET被认为在皮肤和肠道的传入伤害感受器的发育和存活中起重要作用。敲除RET激酶的小鼠缺乏肠道神经元，并具有其它神经系统异常现象，这表明功能性RET激酶蛋白产物在发育过程中是必须的(Taraviras,S.等人,《发育(Development)》,1999,126:2785-2797)。此外，对以由于缺乏正常结肠肌力而导致的结肠梗阻为特征的先天性巨结肠病(Hirschsprung'sdisease)患者进行的人群研究显示，家族性和偶发性功能RET突变的比例更高(Butler Tjaden N.等人,《转化科研(Transl.Res.)》,2013,162:1-15)。肠易激综合征(IBS)是发达国家的一种常见疾病，会影响10-20％的人，其特征是异常的排便习惯、腹胀和内脏超敏反应(Camilleri,M.,《新英格兰医学杂志(N.Engl.J.Med.)》,2012,367:1626-1635)。虽然IBS的病因尚不清楚，但认为其是由于脑与胃肠道之间的障碍、肠道微生物组紊乱或炎症增加引起的。产生的胃肠道变化影响正常的肠道通透，从而导致腹泻或便秘。此外，在许多IBS患者中，周围神经系统的敏化导致内脏超敏性或异常性疼痛(Keszthelyi,D.,《欧洲疼痛杂志(Eur.J.Pain)》,2012,16:1444-1454)。参见例如，美国公开号2015/0099762。

因此，本文提供了用于治疗被诊断为(或鉴定为患有)肠易激综合征(IBS)的患者的方法，所述肠易激综合征包含腹泻为主、便秘为主或交替的大便模式、功能性腹胀、功能性便秘、功能性腹泻、未明确的功能性肠病、功能性腹痛综合征、慢性特发性便秘、功能性食管疾病、功能性十二指肠疾病、功能性肛门直肠疼痛和炎症性肠病，所述方法包含向所述患者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

本文还提供了用于治疗被鉴定或诊断为患有RET相关性肠易激综合征(IBS)的患者(例如，通过使用监管机构批准的(例如，FDA批准的)用于在患者或来自患者的活检样品中鉴定RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的试剂盒，已被鉴定或诊断为RET相关性肠易激综合征(IBS)的患者)，所述方法包含向所述患者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

本文还提供了用于治疗与IBS相关的疼痛的方法，所述方法包含向所述患者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，将式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物与可用于治疗IBS的一种或多种症状的另一种治疗剂组合施用。

还提供了用于在有需要的患者中治疗肠易激综合征(IBS)的方法，所述方法包括：(a)确定患者中的肠易激综合征(IBS)是否为与RET相关的IBS(例如，使用监管机构批准的(例如，FDA批准的)用于在患者或来自患者的活检样品中鉴定RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的试剂盒，或通过执行本文所述测定法的任何非限制性实例)；以及(b)如果IBS被确定为与RET相关的IBS，则向患者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

在一些实施例中，本发明的化合物与通过相同或不同机制起作用的可有效治疗肠易激综合征的一种或多种另外的治疗剂或疗法组合用于治疗肠易激综合征(IBS)。至少一种另外的治疗剂可以作为相同或单独剂型的一部分，通过相同或不同的施用途径，与式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物一起施用，并根据本领域技术人员已知的标准药学实践以相同或不同的施用方案进行施用。

用于治疗肠易激综合征(IBS)的另外的治疗剂的非限制性实例包含益生菌、纤维补充剂(例如，车前草、甲基纤维素)、止泻药(例如，洛哌丁胺(loperamide))、胆汁酸结合剂(例如，消胆胺(cholestyramine)、考来替泊(colestipol)、考来维仑(colesevelam))、抗胆碱药和解痉药(例如，莨菪碱(hyoscyamine)、双环胺(dicyclomine))、抗抑郁药(例如，三环类抗抑郁药(如丙咪嗪(imipramine)或去甲替林(notriptyline))或选择性血清素再摄取抑制剂(SSRI)(如氟西汀(fluoxetine)或帕罗西汀(paroxetine)))、抗生素(例如，利福昔明(rifaximin))、阿洛司琼(alosetron)和鲁比前列酮(lubiprostone)。

因此，本文还提供了治疗肠易激综合征(IBS)的方法，其包括向有需要的患者施用用于治疗IBS的药物组合，所述药物组合包括(a)式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、(b)另外的治疗剂以及(c)任选的至少一种药学上可接受的载剂，三者用于同时、分别或依次使用以治疗IBS，其中所述式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的量以及所述另外的治疗剂的量一起有效地治疗所述IBS。在一个实施例中，式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及另外的治疗剂以单独剂量同时施用。在一个实施例中，式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及另外的治疗剂以联合治疗有效量按任何顺序依次以单独剂量施用(例如，每日或间歇剂量)。在一个实施例中，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及另外的治疗剂以组合剂量同时施用。

本文还提供了：(i)一种用于在有需要的患者中治疗肠易激综合征的药物组合，所述药物组合包括(a)式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物、(b)至少一种另外的治疗剂(例如，本文所述的用于治疗肠易激综合征的或本领域已知的任何示例性另外的治疗剂)和(c)任选的至少一种药学上可接受的载剂，三者用于同时、分别或依次使用以治疗肠易激综合征，其中所述式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的量以及所述另外的治疗剂的量一起有效地治疗所述肠易激综合征；(ii)包括这种组合的药物组合物；(iii)这种组合在制备用于治疗肠易激综合征的药物中的用途；以及(iv)商业包装或产品，所述商业包装或产品包括这种组合作为用于同时、分别或依次使用的组合制剂；并且本文涉及一种在有需要的患者中治疗肠易激综合征的方法。在一个实施例中，所述患者是人类。

如本文所使用的，术语“药物组合”是指由多于一种活性成分的混合或组合而产生的药物疗法，并且包含活性成分的固定组合和非固定组合两者。术语“固定组合”意指式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及至少一种另外的治疗剂(例如，可有效治疗肠易激综合征的药剂)均以单一组合物或剂量的形式同时施用给患者。术语“非固定组合”意指式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及至少一种另外的治疗剂(例如，可有效治疗肠易激综合征的药剂)被配制为单独的组合物或剂量，使得它们可以在可变的介入时间限制内同时地、并行地或依次地施用给有需要的患者，其中这种施用在患者体内提供了两种或更多种化合物的有效水平。在一个实施例中，式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及另外的治疗剂被配制为单独的单位剂型，其中单独的剂型适合于依次施用或同时施用。这些也适用于鸡尾酒疗法，例如施用三种或更多种活性成分。

在一些实施例中，本文提供的化合物可以用作用于接受癌症治疗的患者的支持护理的药剂。例如，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物可用于减少与一种或多种癌症疗法的治疗相关的一种或多种症状，如腹泻或便秘并发症和/或腹痛。参见例如，美国公开号2015/0099762以及Hoffman,J.M.等人《胃肠病学(Gastroenterology)》(2012)142:844-854。因此，可以将本文提供的化合物或其药学上可接受的盐或组合物施用于患者，以解决与癌症治疗有关的一种或多种并发症(例如，胃肠道并发症，如腹泻、便秘或腹痛)。

在一些实施例中，可以将治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物施用于接受癌症治疗的患者(例如，发生与癌症治疗相关的不良事件(如免疫相关性不良事件或胃肠道并发症，包含腹泻、便秘和腹痛)的患者)。例如，本文提供的化合物或其药学上可接受的盐可用于治疗与检查点抑制剂的施用有关的结肠炎或IBS；参见例如，Postow,M.A等人《临床肿瘤学杂志》(2015)33:1974-1982。在一些此类实施例中，可以将本文提供的化合物或其药学上可接受的盐配制为表现出低生物利用度和/或靶向在胃肠道中递送。参见例如，参见美国专利号6,531,152。

还提供了一种用于抑制细胞中RET激酶活性的方法，所述方法包括使细胞与式I化合物接触。在一个实施例中，所述接触是体外的。在一个实施例中，所述接触是体内的。在一个实施例中，所述接触是体内的，其中所述方法包括向细胞具有RET激酶活性的受试者施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述细胞是癌细胞。在一个实施例中，所述癌细胞是本文所述的任何癌症。在一些实施例中，所述癌细胞是与RET相关的癌细胞。在一些实施例中，所述细胞是胃肠细胞。

还提供了一种用于抑制哺乳动物细胞中RET激酶活性的方法，所述方法包括使细胞与式I化合物接触。在一个实施例中，所述接触是体外的。在一个实施例中，所述接触是体内的。在一个实施例中，所述接触是体内的，其中所述方法包括向细胞具有RET激酶活性的哺乳动物施用治疗有效量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施例中，所述哺乳动物细胞是哺乳动物癌细胞。在一个实施例中，所述哺乳动物癌细胞是本文所述的任何癌症。在一些实施例中，所述哺乳动物癌细胞是与RET相关的癌细胞。在一些实施例中，所述哺乳动物细胞是胃肠细胞。

如本文所使用的，术语“接触”是指使体外体系或体内体系中的指示部分在一起。例如，使RET激酶与本文提供的化合物“接触”包含向具有RET激酶的个体或患者(如人)施用本文提供的化合物，以及例如将本文提供的化合物加入到包含含有RET激酶的细胞制剂或纯化制剂的样品中。

本文还提供了一种在体外或体内抑制细胞增殖的方法，所述方法包括使细胞与有效量的如本文所定义的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物或其药物组合物接触。

短语“有效量”是指当施用于需要治疗的患者时足以(i)治疗与RET激酶相关的疾病或障碍；(ii)减轻、改善或消除特定疾病、病症或障碍的一种或多种症状；或(iii)延迟本文所述特定疾病、病症或障碍的一种或多种症状的发作的化合物的量。对应于该量的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的量将根据如具体化合物、疾病状况及其严重程度、需要治疗的患者的身份(例如，体重)等因素而变化，但仍然可以由本领域技术人员常规确定。

当用作药物时，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)(包含其药学上可接受的盐或溶剂化物)可以以药物组合物的形式施用。这些组合物可以以药学领域众所周知的方式制备，并且可以通过多种途径施用，这取决于需要局部治疗还是全身治疗以及待治疗的区域。施用可以是局部施用(包含经皮、表皮、眼科和粘膜施用，包含鼻内、阴道和直肠递送)、肺部施用(例如，通过吸入或吹入粉末或气雾剂，包含通过雾化器；气管内或鼻内施用)、口服或肠胃外给药。口服施用可以包含被配制用于每天一次或每天两次(BID)施用的剂型。肠胃外施用包含静脉内、动脉内、皮下、腹膜内肌内或注射或输注；或颅内(例如，鞘内或脑室内)施用。肠胃外施用可以呈单次团注剂量的形式，或者可以例如通过连续的灌注泵进行。用于局部施用的药物组合物和调配物可以包含透皮贴剂、软膏、乳液、霜剂、凝胶、滴剂、栓剂、喷雾剂、液体和粉剂。常规的药物载剂、水性基质、粉末或油性基质、增稠剂等可以是必要的或希望的。

本文还提供了药物组合物，所述药物组合物含有作为活性成分的式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物，以及一种或多种药学上可接受的载剂(赋形剂)。例如，使用式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物制备的药物组合物。在一些实施例中，所述组合物适合用于口服施用。在制备本文提供的组合物时，通常将活性成分与赋形剂混合、用赋形剂稀释或封装在此类载剂之内，所述载剂呈例如胶囊、药袋(sachet)、纸或其它容器的形式。当赋形剂作为稀释剂时，所述赋形剂可以是固体、半固体或液体材料，其可以作为活性成分的媒剂、载剂或介质而起作用。因此，组合物可以呈片剂、丸剂、粉剂、锭剂、药袋、扁囊剂、酏剂、悬浮液、乳液、溶液、糖浆剂、气溶胶(作为固体或在液体介质中)、含有例如高达10重量％的活性化合物的软膏、软明胶胶囊剂和硬明胶胶囊剂、栓剂、无菌可注射溶液以及无菌包装粉剂的形式。在一些实施例中，所述组合物被配制成用于口服施用。在一些实施例中，所述组合物是固体口服调配物。在一些实施例中，所述组合物被配制成片剂或胶囊剂。

本文进一步提供了含有式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及药学上可接受的载剂的药物组合物。可以通过根据常规药物混合技术将式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物与药物载剂充分混合来制备含有式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物作为活性成分的药物组合物。取决于期望的施用途径(例如，口服、肠胃外)，载剂可以采取各种形式。在一些实施例中，所述组合物是固体口服组合物。

合适的药学上可接受的载剂是本领域众所周知的。这些药学上可接受的载剂中的一些载剂的描述可以在《药物赋形剂手册(The Handbook of PharmaceuticalExcipients)》中找到，该手册由美国药学会和英国药学会出版。

配制药物组合物的方法已经在许多出版物中有所描述，如，Lieberman等人编辑的《药物剂型：片剂，第二版，修订和扩展(Pharmaceutical Dosage Forms:Tablets,SecondEdition,Revised and Expanded)》，第1-3卷；Avis等人编辑的《药物剂型：肠胃外药物(Pharmaceutical Dosage Forms:Parenteral Medications)》，第1-2卷；以及马塞尔德克尔公司(Marcel Dekker,Inc)出版的《药物剂型：分散系统(Pharmaceutical DosageForms:Disperse Systems)》，第1-2卷。

在制备呈口服剂型的组合物时，可以使用任何常规药物介质。因此，对于液体口服制剂(如混悬液、酏剂和溶液)，合适的载剂和添加剂包含水、乙二醇、油、醇、调味剂、防腐剂、稳定剂、着色剂等；对于固体口服制剂(如散剂、胶囊剂和片剂)，合适的载剂和添加剂包含淀粉、糖、稀释剂、制粒剂、润滑剂、粘合剂、崩解剂等。合适的粘合剂包含但不限于淀粉、明胶、天然糖(如葡萄糖或β-乳糖)、玉米甜味剂、天然和合成的树胶(如阿拉伯胶、黄蓍胶或油酸钠)、硬脂酸钠、硬脂酸镁、苯甲酸钠、乙酸钠、氯化钠等。崩解剂包含但不限于淀粉、甲基纤维素、琼脂、膨润土、黄原胶等。固体口服制剂也可以用如糖等物质进行包衣或进行肠溶包衣，从而调节吸收的主要位点。对于肠胃外施用，载剂通常将由无菌水组成，并且可以添加其它成分以增加溶解性或保存性。也可以利用水性载剂和适当的添加剂来制备可注射的混悬液或溶液。本文的药物组合物在每个剂量单位(例如，片剂、胶囊剂、散剂、注射剂、一茶匙等)中将含有递送本文所述的有效剂量所必需的一定量的活性成分。

可以将包括式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的组合物配制成单位剂型，每个剂量含有约5到约1,000mg(1g)的活性成分，通常为约100mg到约500mg的活性成分。术语“单位剂型”是指适合作为人类受试者和其它患者的单位剂量的物理上离散的单位，每个单位含有预定量的活性物质(即，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物)，经计算所述预定量的活性物质与合适的药物赋形剂一起产生期望的治疗效果。

在一些实施例中，本文提供的组合物含有约5mg到约50mg的活性成分。本领域普通技术人员将理解，这体现了含有约5mg到约10mg、约10mg到约15mg、约15mg到约20mg、约20mg到约25mg、约25mg到约30mg、约30mg到约35mg、约35mg到约40mg、约40mg到约45mg或约45mg到约50mg活性成分的化合物或组合物。

在一些实施例中，本文提供的组合物含有约50mg到约500mg的活性成分。本领域普通技术人员将理解，这体现了含有约50mg到约100mg、约100mg到约150mg、约150mg到约200mg、约200mg到约250mg、约250mg到约300mg、约350mg到约400mg或约450mg到约500mg活性成分的化合物或组合物。在一些实施例中，本文提供的组合物含有约10mg、约20mg、约80mg或约160mg的活性成分。

在一些实施例中，本文提供的组合物含有约500mg到约1,000mg的活性成分。本领域普通技术人员将理解，这体现了含有约500mg到约550mg、约550mg到约600mg、约600mg到约650mg、约650mg到约700mg、约700mg到约750mg、约750mg到约800mg、约800mg到约850mg、约850mg到约900mg、约900mg到约950mg或约950mg到约1,000mg活性成分的化合物或组合物。

式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的日剂量可以在每成人每天1.0到10,000mg或更高的宽范围内或其中的任何范围内变化。对于口服施用，优选地以片剂形式提供组合物，所述片剂含有0.01、0.05、0.1、0.5、1.0、2.5、5.0、10.0、15.0、25.0、50.0、100、150、160、200、250和500毫克的活性成分，用于对待治疗患者的剂量进行症状调节。通常以每天约0.1mg/kg到约1000mg/kg体重(或其中的任何范围)的剂量水平提供有效量的药物。优选地，所述范围为每天约0.5到约500mg/kg体重，或其中的任何范围。更优选地，所述范围为每天约1.0到约250mg/kg体重，或其中的任何范围。更优选地，所述范围为每天约0.1到约100mg/kg体重，或其中的任何范围。在一个实例中，所述范围可以为每天约0.1到约50.0mg/kg体重，或其中的任何量或范围。在另一个实例中，所述范围可以为每天约0.1到约15.0mg/kg体重，或其中的任何范围。在又一个实例中，所述范围可以为每天约0.5到约7.5mg/kg体重，或其中的任何范围。可以按照每天1-4次的方案或以单个日剂量施用含有式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的药物组合物。

活性化合物可以在宽的剂量范围内有效，并且通常以药物有效量施用。本领域技术人员可以容易地确定待施用的最佳剂量。因此，应该理解，实际施用的化合物的量通常将由医生确定，并且将根据相关情况而变化，包含施用方式、实际施用的化合物、制剂的强度、待治疗的病症以及疾病状况的进展。另外，与待治疗的特定患者相关的因素，包含患者反应、年龄、体重、饮食、施用时间和患者症状的严重程度，都将导致需要调整剂量。

在一些实施例中，可以以约1mg/kg到约100mg/kg范围内的量施用本文提供的化合物。在一些实施例中，可以以约1mg/kg到约20mg/kg、约5mg/kg到约50mg/kg、约10mg/kg到约40mg/kg、约15mg/kg到约45mg/kg、约20mg/kg到约60mg/kg或约40mg/kg到约70mg/kg的量施用本文提供的化合物。例如，约5mg/kg、约10mg/kg、约15mg/kg、约20mg/kg、约25mg/kg、约30mg/kg、约35mg/kg、约40mg/kg、约45mg/kg、约50mg/kg、约55mg/kg、约60mg/kg、约65mg/kg、约70mg/kg、约75mg/kg、约80mg/kg、约85mg/kg、约90mg/kg、约95mg/kg或约100mg/kg。在一些实施例中，这种施用可以是每天一次施用或每天两次(BID)施用。

在一些实施例中，可以约每天两次(BID)约10mg、20mg BID、约40mg BID、约60mgBID、约80mg BID、约120mg BID、约160mg BID和约240mg BID的量施用本文提供的化合物。在一些实施例中，每个剂量在前一剂量之后至少六小时施用。在一些实施例中，每个剂量在前一剂量之后至少十二小时施用。

因此，在一些实施例中，式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物在较低的pH值下表现出pH依赖性溶解度。因此，也接受质子泵抑制剂(PPI)和/或抗酸剂的患者可能需要调整式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的剂量(例如，增加式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的剂量)。在一些实施例中，代谢式I化合物(例如，式I-A到I-L中的任一个)或其药学上可接受的盐或溶剂化物的细胞色素P450(CUP)的同种型是CYP3A4。因此，也接受抑制或诱导CYP3A4的药剂的患者可能需要调整式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的剂量(例如，在CYP3A4诱导剂的情况下增加式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的剂量；或者在CYP3A4抑制剂的情况下降低式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的剂量)。

本领域技术人员将认识到，使用合适的、已知的和普遍接受的细胞和/或动物模型的体内和体外试验均预示了测试化合物治疗或预防给定障碍的能力。

本领域的技术人员将进一步认识到，可以根据临床和医学领域中已知的方法完成在健康患者和/或患有给定障碍的患者中的人类临床试验，包含首次人类试验、剂量范围试验和功效试验。

本文提供了可用于例如治疗RET相关性疾病或障碍(如癌症或肠易激综合征(IBS))的药物试剂盒，所述药物试剂盒包含一个或多个容器，所述一个或多个容器含有包括治疗有效量的本文提供的化合物的药物组合物。如果需要的话，这种试剂盒可以进一步包含各种常规药物试剂盒组分中的一种或多种，如例如具有一种或多种药学上可接受的载剂的容器、另外的容器等，这对于本领域技术人员来说是显而易见的。试剂盒中还可以包含指示待施用的组分的量的说明书(作为插入物或作为标签)、施用指南和/或用于混合组分的指南。

实例

以下实例说明了本发明。

生物实例

RET酶测定

使用CisBio的

实例B

RET细胞测定

在表达Kif5b-RET融合蛋白的HEK-293细胞中测定了抑制RET激酶的化合物的细胞效力。简而言之，在测定前一天，将表达Kif5b-RET融合蛋白的HEK-293细胞以50K细胞/孔接种在聚-D-赖氨酸涂覆的96孔板中。将细胞与测试化合物在DMEM(杜氏改良的伊格尔培养基)中孵育1小时，最终DMSO浓度为0.5％。通常将化合物制备为在DMSO中的三倍连续稀释液，并将其添加到测定中以产生适当的最终浓度。1小时后，除去培养基，将细胞用3.8％甲醛固定20分钟，用PBS洗涤，并用100％甲醇渗透10分钟。然后将板用PBS-0.05％Tween20洗涤，并用LI-COR封闭溶液(LI-COR目录号927-40000)封闭1小时。将板用PBS-0.05％Tween20洗涤，然后与抗磷酸-RET(Tyr1062)(Santa Cruz目录号sc-20252-R)抗体和抗GAPDH(密理博目录号MAB374)抗体一起孵育2小时。将板用PBS-0.05％Tween20洗涤，并与抗兔680(Molecular Probes目录号A21109)和抗小鼠800(LI-COR目录号926-32210)二抗一起孵育1小时。将所有抗体在含有0.05％Tween的LI-COR封闭液中稀释。用PBS-0.05％Tween20洗涤板，向每个孔中添加100μL PBS，并在LI-COR Aerius荧光板读数器上读取板。将磷酸-RET信号相对于GAPDH信号归一化。使用无测试化合物确定100POC(对照百分比)，并使用1μM对照抑制剂确定0POC。将POC值用4参数逻辑曲线拟合。IC

实例C

RET G810R和G810S突变体测定

使用CisBio的

实例D

RET G810R和G810S突变体细胞测定

在表达G810R或G810S突变体RET Kif5b-RET融合蛋白的HEK-293细胞中测定了抑制RET激酶的化合物的细胞效力。简而言之，在测定前一天，将表达G810R或G810S突变体RETKif5b-RET融合蛋白的HEK-293细胞以50K细胞/孔接种在聚-D-赖氨酸涂覆的96孔板中。将细胞与测试化合物在DMEM(杜氏改良的伊格尔培养基)中孵育1小时，最终DMSO浓度为0.5％。通常将化合物制备为在DMSO中的三倍连续稀释液，并将其添加到测定中以产生适当的最终浓度。1小时后，除去培养基，将细胞用3.8％甲醛固定20分钟，用PBS洗涤，并用100％甲醇渗透10分钟。然后将板用PBS-0.05％Tween20洗涤，并用LI-COR封闭溶液(LI-COR目录号927-40000)封闭1小时。将板用PBS-0.05％Tween20洗涤，然后与抗磷酸-RET(Tyr1062)(Santa Cruz目录号sc-20252-R)抗体和抗GAPDH(密理博目录号MAB374)抗体一起孵育2小时。将板用PBS-0.05％Tween20洗涤，并与抗兔680(Molecular Probes目录号A21109)和抗小鼠800(LI-COR目录号926-32210)二抗一起孵育1小时。将所有抗体在含有0.05％Tween的LI-COR封闭液中稀释。用PBS-0.05％Tween20洗涤板，向每个孔中添加100μL PBS，并在LI-COR Aerius荧光板读数器上读取板。将磷酸-RET信号相对于GAPDH信号归一化。使用无测试化合物确定100POC(对照百分比)，并使用1μM对照抑制剂确定0POC。将POC值用4参数逻辑曲线拟合。IC

表5.在实例A的测定法中测试的化合物的IC

合成实例

合成中间体的制备

中间体P1

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

中间体P2

步骤1：

步骤2：

步骤3：

中间体P3

将3-(6-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-4-氯-7-异丙基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-5-基)-5-环丙基-4-碘异噁唑(中间体P2；594mg，1.04mmol)于THF(6.912mL)中的冷(-78℃)溶液用n-BuLi(2.5M，于THF中；580.6μL，1.451mmol)逐滴处理。将所得混合物在-78℃下搅拌30分钟。随后，将混合物用碳酸二甲酯(349.4μL，4.147mmol)缓慢处理，然后在-10℃下搅拌1小时。将反应混合物用饱和NH

中间体P4

制备标题化合物(1.1g，51％产率)，进行后处理并使用与针对3-(6-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-4-氯-7-异丙基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-5-基)-5-环丙基异噁唑-4-羧酸甲酯(中间体P3)所述的程序类似的程序进行纯化，其中用碳酸二乙酯代替碳酸二甲酯。MS(apci)m/z＝519.2(M+H)。

中间体P5

步骤1：

步骤2：

步骤3：

中间体P6

以与中间体P5类似的方式制备标题化合物，其中用3-(6-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-4-氯-7-异丙基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-5-基)-5-环丙基异噁唑-4-羧酸甲酯(中间体P3)代替步骤1中的3-(6-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-4-氯-7-异丙基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-5-基)-5-环丙基异噁唑-4-羧酸乙酯(中间体P4)。

中间体P7

步骤1：

步骤2：

步骤3：

中间体P8

步骤1：

步骤2：

步骤3：

中间体P9

将5-(4-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-5-环丙基异噁唑-3-基)-4-氯-7-异丙基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-甲醛(中间体P8；106mg，0.22mmol)于DMSO(444μL)中的溶液用双(4-甲氧基苄基)氨基(336.2mg，1.110mmol)和DIEA(387.9μL，2.221mmol)处理。将所得混合物在95℃下搅拌1小时。随后冷却至室温后，将反应用水淬灭，并用EtOAc萃取(x3)。将合并的有机萃取液用盐水洗涤，经无水Na

中间体P10

步骤1：

步骤2：

中间体P11

步骤1：

步骤2：

中间体P12

在室温下，将(4-氯-7-异丙基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基)甲醇(中间体P11)(3.0g，13mmol)于DCM(66mL)中的溶液用1,1,1-三(乙酰氧基)-1,1-二氢-1,2-苯并噁唑-3-(1H)-酮(戴斯-马丁高碘烷)(8.5g，20mmol)处理，并将所得混合物搅拌1小时。然后将反应用饱和NaHCO

中间体P13

步骤1：

步骤2：

中间体P14

将6-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-4-氯-5-碘-7-异丙基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶(中间体P13；1.49g，3.20mmol)于DMSO(13mL)中的溶液用2,4-二甲氧基苄胺(1.201mL，7.996mmol)处理，然后将所得混合物在60℃下搅拌16小时。冷却至室温后，将反应混合物用水淬灭，并用EtOAc(2x)萃取。将合并的有机萃取液用水(3x)和盐水(1x)洗涤，然后经无水Na

中间体P15

在氮气下，向6-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-N-(2,4-二甲氧基苄基)-5-碘-7-异丙基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-胺(0.30g，0.50mmol)(中间体P14)和Pd(PPh

中间体P16

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

中间体P17

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

中间体P18

向氟化四丁基铵(TBAF)于THF(1M)(14.6mL，14.6mmol)中的溶液中添加3-(4-氯-7-(苯磺酰基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-5-基)-5-环丙基异噁唑(中间体P17)(2.93g，7.31mmol)。将混合物在60℃下加热1小时，然后冷却至室温，用EtOAc(50mL)稀释，并用水(2×30mL)洗涤。相分离后，将有机层干燥(Na

中间体P19

步骤1：

步骤2：

步骤3：

方法B：

在室温下，向3-(4-氯-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-5-基)-5-环丙基异噁唑(中间体P18)(5.87g，22.52mmol)于DMF(113mL)中的溶液中添加NaH(60wt％)(1.08g，27.0mmol)，然后添加(2-(氯甲氧基)乙基)三甲基硅烷(SEM-Cl)(4.4mL，24.8mmol)。搅拌30分钟后，将反应用水稀释，并用EtOAc(2x)萃取。将合并的有机萃取液用盐水洗涤，干燥(Na

中间体P20

步骤1：

步骤2：

中间体P21

在0℃下，向3-(4-氯-6-甲基-7-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-5-基)-5-环丙基-4-碘异噁唑(中间体P20)(1.50g，2.83mmol)于THF(14mL)中的溶液中逐滴添加异丙基镁(II)氯化锂(1.3M)(2.8mL，3.67mmol)。搅拌10分钟后，加入氯甲酸乙酯(0.54mL，5.65mmol)，并将所得混合物加热至室温并搅拌1小时。将反应用NH

中间体P22

将3-(4-氯-6-甲基-7-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-5-基)-5-环丙基异噁唑-4-羧酸乙酯(中间体P21)(150mg，0.31mmol)于TFA(0.5mL)中的溶液在室温下搅拌16小时。然后将混合物浓缩，并将所得残余物通过反相色谱法纯化(含0-95％MeCN的水，具有0.1％TFA)。将合并的产物馏分在饱和NaHCO

中间体P23

将3-(4-氯-6-甲基-7-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-5-基)-5-环丙基异噁唑-4-羧酸乙酯(中间体P21)(189mg，0.40mmol)、NBS(84.6mg、0.48mmol)和AIBN(9.8mg，0.059mmol)于1,2-DCE(4mL)中的混合物用氮气冲洗，密封在压力容器中，在80℃下搅拌2小时。冷却至室温后，将反应浓缩。然后将由此获得的残余物吸收在1,4-二噁烷(4mL)和NH

中间体P24

步骤1：

步骤2：

中间体P25

步骤1：

步骤2：

中间体P26

将6-甲氧基羰基-1H-吲哚-2-硼酸频哪醇酯(852mg，2.83mmol)、(PPh

中间体P27

在室温下，向2-(6-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-4-((2,4-二甲氧基苄基)氨基)-7-异丙基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-5-基)-1H-吲哚-6-羧酸甲酯(中间体P26)(339mg，0.53mmol)于THF(10mL)和MeOH(1mL)中的溶液中添加LiOH(2M水溶液)(1.3mL，2.6mmol)。将反应混合物搅拌过夜。然后加入另外的LiOH(2M水溶液)(1.3mL，2.6mmol)，并将反应搅拌另外48小时，然后将其用HCl(1M水溶液)酸化至pH～5。然后将其用水(3mL)稀释，并用DCM(3x 5mL)萃取。将合并的有机萃取液浓缩，并使用二氧化硅色谱法进行纯化(含0-10％MeOH的DCM)，从而得到标题产物(140mg，50％)。MS(apci)m/z＝516.2(M+H)。

中间体P28

以与针对合成(4-((2,4-二甲氧基苄基)氨基)-5-(1H-吲哚-2-基)-7-异丙基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基)甲醇(中间体P24)所述的方式类似方式制备标题产物，在步骤1中用2-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂戊硼烷-2-基)-1H-吲哚-6-羧酸甲酯代替2-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂戊硼烷-2-基)-1H-吲哚。MS(apci)m/z＝530.2(M+H)。

中间体P29

以与针对合成6-(氨基甲基)-N-(2,4-二甲氧基苄基)-5-(1H-吲哚-2-基)-7-异丙基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-胺(中间体P25)所述的方式类似方式制备标题产物，在步骤1中用2-(4-((2,4-二甲氧基苄基)氨基)-6-(羟甲基)-7-异丙基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-5-基)-1H-吲哚-6-羧酸甲酯(中间体P28)代替(4-((2,4-二甲氧基苄基)氨基)-5-(1H-吲哚-2-基)-7-异丙基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基)甲醇(中间体P24)。MS(apci)m/z＝529.2(M+H)。

中间体P30

步骤1：

步骤2：

步骤3：

中间体P31

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

步骤5：

步骤6：

中间体P32

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

中间体P33

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

步骤5：

步骤6：

中间体P34

在环境温度下，向1-((2,4-二甲氧基苄基)氨基)-5-异丙基-5,6,7,8-四氢嘧啶并[5",4":4',5']吡咯并[3',2':3,4]氮杂并[1,2-a]吲哚-11-羧酸甲酯(实例86，步骤3)(458mg，0.85mmol)于THF(17mL)和MeOH(17mL)中的溶液中添加LiOH(2M水溶液)(4.2mL，8.4mmol)，并搅拌过夜。将反应用饱和NH

中间体P35

步骤1：

步骤2：

中间体P36

将11-氯-3-环丙基-7-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-6,7-二氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4(5H)-酮(中间体P35)(0.52g，1.2mmol)于DCM(2.9mL)和TFA(5.8mL)中的溶液在室温下搅拌2小时，然后浓缩至接近干燥。将其吸收在二噁烷中并重新浓缩。将残余物溶于1,4-二噁烷(5.8mL)中，然后添加NH

中间体P37

将11-氯-3-环丙基-6,7-二氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4(5H)-酮(中间体P36)(158mg，0.50mmol)、2,4-二甲氧基苄胺(302μL，2.0mmol)和DMA(2.5mL)的混合物在75℃下搅拌1小时。冷却至室温后，将反应用水(10mL)和柠檬酸(10％水溶液)(2mL)淬灭，然后过滤，用水(2mL)和己烷(2mL)冲洗收集到的固体。将固体在水(10mL)和柠檬酸(10％水溶液)(1mL)的混合物中通过超声处理进一步研磨。将所得悬浮液过滤，用水冲洗并干燥，从而得到呈淡黄色固体的标题产物(190mg，85％)。MS(apci)m/z＝446.2(M+H)。

中间体P38

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

中间体P39

步骤1：

步骤2：

步骤3：

中间体P40

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

中间体R1

将乙炔基环丙烷(0.78g，11.8mmol)于THF(8mL)中的溶液用Ar

中间体R2

在室温下，向5-氨基-2-溴苯甲酸甲酯(1.0g，4.3mmol)、环丙基乙酸(0.48mL，5.2mmol)和HATU(4.9g，13.0mmol)于DCM(22mL)中的混合物中添加DIEA(3.8mL，21.7mmol)，并将反应混合物搅拌过夜。然后将反应浓缩，并通过二氧化硅色谱法纯化(含0-100％丙酮的DCM)，从而得到标题产物(1.36g，100％)。MS(apci)m/z＝312.0(M+H)。

中间体R3

在0℃下，向三光气(297mg，1.0mmol)于DCM(15mL)中的溶液中添加5-氨基-2-溴苯甲酸甲酯(576mg，2.5mmol)和DIEA(2.2mL，12.5mmol)于DCM(10mL)中的溶液。搅拌1小时后，加入环丙胺(208μL，3.0mmol)，并将反应温热至室温，然后搅拌16小时。将反应混合物用饱和NaHCO

中间体R4

在0℃下，向(R)-1,1,1-三氟丙-2-醇(90mg，0.79mmol)和吡啶(67μL，0.83mmol)于DCM(1.6mL)中的溶液中缓慢添加三氟甲酸酐(133μL，0.79mmol)。将反应缓慢加热至室温并搅拌15分钟，然后将其过滤。用DCM冲洗滤饼，从而得到直接用于下一步的标题产物(0.4M溶液，假定定量产率)。

中间体R5

以与中间体R4中所述方式类似的方式制备标题产物，其中用(S)-1,1,1-三氟丙-2-醇代替(R)-1,1,1-三氟丙-2-醇。

中间体R6

以与中间体R4中所述方式类似的方式制备标题产物，其中用3,3-二氟环丁-1-醇代替(R)-1,1,1-三氟丙-2-醇。

合成实例的制备

实例1

步骤1：

步骤2：

使用与针对合成11-氨基-3-环丙基-5-乙基-7-异丙基-6,7-二氢异噁唑并[4,3-c]嘧啶并[5',4':4,5]吡咯并[3,2-e]氮杂-4(5H)-酮(实例1)所述的程序类似的两步程序来制备下表中的化合物，在步骤1中，用适当的胺代替乙胺，然后用一种或多种适当的试剂除去一个或多个保护基团。通过LCMS监测反应，并使用适当的洗脱液通过色谱法纯化产物。

表A

实例10

以与11-氨基-3-环丙基-5-乙基-7-异丙基-6,7-二氢异噁唑并[4,3-c]嘧啶并[5',4':4,5]吡咯并[3,2-e]氮杂-4(5H)-酮(实例1)的合成中所述的方式类似的方式制备标题化合物，在步骤1中，用

5-环丙基-3-(4-((2,4-二甲氧基苄基)氨基)-7-异丙基-6-(((甲基磺酰基)氧基)甲基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-5-基)异噁唑-4-羧酸甲酯

(中间体P6)代替5-环丙基-3-(4-((2,4-二甲氧基苄基)氨基)-7-异丙基-6-(((甲基磺酰基)氧基)甲基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-5-基)异噁唑-4-羧酸乙酯(中间体P5)，并用2-(3-氯苯基)乙-1-胺代替乙胺。MS(apci)m/z＝477.2(M+H)。

以与针对合成11-氨基-5-(3-氯苯乙基)-3-环丙基-7-异丙基-6,7-二氢异噁唑并[4,3-c]嘧啶并[5',4':4,5]吡咯并[3,2-e]氮杂-4(5H)-酮(实例10)所述的方式类似的方式来制备下表中的化合物，在步骤1中，用适当的胺代替2-(3-氯苯基)乙-1-胺。

表B

实例18

步骤1：

步骤2：

步骤3：

实例19

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

实例20

以与针对合成11-氨基-3-环丙基-5-乙基-7-异丙基-6,7-二氢异噁唑并[4,3-c]嘧啶并[5',4':4,5]吡咯并[3,2-e]氮杂-4(5H)-酮(实例1)所述的方式类似的方式来制备标题产物，在步骤1中，用甲胺代替乙胺。MS(apci)m/z＝353.1(M+H)。

将11-氨基-3-环丙基-7-异丙基-6,7-二氢异噁唑并[4,3-c]嘧啶并[5',4':4,5]吡咯并[3,2-e]氮杂-4(5H)-酮2,2,2-三氟乙酸盐(实例19；15mg，0.033mmol)于DMF(554μL)中的悬浮液用矿物油(2.1mg，0.053mmol)中的60wt.％NaH分散液处理，并在室温下搅拌10分钟。将所得溶液冷却至0℃，然后用碘甲烷(3.3μL，0.053mmol)处理，并在0℃下搅拌1小时。温热至室温后，将反应混合物直接通过C18反相色谱法纯化(含0-95％ACN的水，具有0.1％TFA)，从而得到呈TFA盐的标题化合物。然后将TFA盐溶解在MeOH(500μL)中，并用饱和NaHCO

实例21

步骤1：

步骤2：

实例22

将11-氨基-3-环丙基-7-异丙基-6,7-二氢-5H-异噁唑并[3,4-f]嘧啶并[5',4':4,5]吡咯并[2,3-d][1,2]硫氮杂4,4-二氧化物2,2,2-三氟乙酸盐(实例21；11mg，0.0225mmol)于DMF(322μL)中的悬浮液用矿物油(1.98mg，0.0496mmol)中的60wt.％NaH分散液处理，并在室温下搅拌10分钟。将所得溶液冷却至0℃，然后用碘甲烷(1.55μL，0.0248mmol)处理，并使其温热至室温。在室温下搅拌1小时后，将所得混合物直接通过C18反相色谱法纯化(含0-95％ACN的水，具有0.1％TFA)，从而得到呈TFA盐的标题化合物。然后将TFA盐溶解在MeOH中，并使溶液通过碱性树脂(PL-HCO

实例23

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

实例24

步骤1：

步骤2：

步骤3：

实例25

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

实例26

在0℃下，将11-氨基-3-环丙基-7-异丙基-6,7-二氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4(5H)-酮(实例25；7mg，0.02mmol)于THF(200μL)中的溶液用无水CeCl

实例27

将11-氨基-3-环丙基-7-异丙基-6,7-二氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4(5H)-酮(实例25；10mg，0.03mmol)于DCE(200μL)中的溶液用甲胺(2M THF)(74μL，0.15mmol)处理。将反应混合物在室温下搅拌30分钟，然后用NaBH(OAc)

实例28

将11-氨基-3-环丙基-7-异丙基-6,7-二氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4(5H)-酮(实例25；18mg，0.054mmol)于THF(400μL)中的溶液用TMSCF

实例29

将11-氨基-3-环丙基-7-异丙基-6,7-二氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4(5H)-酮(实例25；18mg，0.055mmol)于MeOH(600μL)中的溶液用NaBH

实例30

步骤1：

步骤2：

实例31

步骤1：

步骤2：

以与针对合成3-环丙基-7-异丙基-5-甲基-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4,3-c]嘧啶并[5',4':4,5]吡咯并[3,2-e]氮杂-11-胺(实例31)所述的方式类似的方式来制备下表中的化合物，在步骤1中，用适当的胺代替甲胺。

表C

实例35

步骤1：

步骤2：

通过与3-环丙基-7-异丙基-5-(甲基磺酰基)-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4,3-c]嘧啶并[5',4':4,5]吡咯并[3,2-e]氮杂-11-胺2,2,2-三氟乙酸盐(实例35)的合成中所述的方式类似的方式制备下表中的化合物，在步骤2中，用适当的亲电试剂(例如酰氯)代替MsCl。

表D

实例40

将3-环丙基-7-异丙基-N,N-双(4-甲氧基苄基)-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4,3-c]嘧啶并[5',4':4,5]吡咯并[3,2-e]氮杂-11-胺(步骤1，实例35)(25mg，0.044mmol)于DCM(443μL)中的溶液用(2-溴乙氧基)(叔丁基)二甲基硅烷(16mg，0.066mmol)和DIEA(39μL，0.22mmol)处理。然后将反应混合物在室温下搅拌过夜，之后加入DMF(1mL)，并将反应容器密封。将反应加热至65℃，持续16小时，以完成反应。冷却至室温后，将反应混合物用三氟甲磺酸(197μl，2.2mmol)处理，然后搅拌20分钟。将其在Na

实例41

步骤1：

步骤2：

实例42

将3-环丙基-7-异丙基-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4,3-c]嘧啶并[5',4':4,5]吡咯并[3,2-e]氮杂-11-胺(实例41)(14mg，0.043mmol)于DCM(0.86mL)中的溶液用3,3,3-三氟丙酰氯(6.7μL，0.065mmol)和DIEA(38μL，0.22mmol)处理，然后在室温下搅拌过夜。将反应用水稀释，并用DCM萃取。将合并的有机萃取液浓缩，并通过制备型HPLC进行纯化(含10-90％ACN的H

实例43

向3-环丙基-7-异丙基-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4,3-c]嘧啶并[5',4':4,5]吡咯并[3,2-e]氮杂-11-胺(实例41)(1.2mg，0.0037mmol)于THF(1mL)中的溶液中添加三甲基甲硅烷基异氰酸酯(0.015mL，0.11mmol)。将反应混合物搅拌3天，然后将其直接通过反相色谱法进行纯化(含0-95％MeCN的水，具有0.1％TFA)，从而得到呈白色固体的标题化合物(1.3mg，73％)。MS(apci)m/z＝368.2(M+H)。

实例44

4-(双(4-甲氧基苄基)氨基)-5-(4-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-5-环丙基异噁唑-3-基)-7-异丙基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-甲醛(中间体P9；8.00mg，0.0115mmol)于的DCM(1.15mL)中的冷(-78℃)溶液用TMSOTf(1.11μL，0.00575mmol)处理。在-78℃下搅拌1.5小时后，将反应混合物用三乙基硅烷(2.02μL，0.0126mmol)处理。将所得混合物在-78℃下再搅拌1.5小时，然后使其温热至室温。然后将反应混合物在水和DCM之间分配。相分离后，将含水萃取液用DCM(3x)反萃取。将DCM萃取液合并，通过相分离器柱，然后真空浓缩。将粗制残余物通过二氧化硅色谱法纯化(含0-10％MeOH的DCM，具有0.1％NH

实例45

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：2-(6-(

步骤5：

以与针对合成12-氨基-3-氯-8-异丙基-7,8-二氢苯并[c]嘧啶并[5',4':4,5]吡咯并[3,2-e]氮杂-5(6H)-酮(实例45)所述的方式类似的方式来制备下表中的化合物，在步骤1中，用适当的硼酸或硼酸酯起始材料代替4-氯-2-(甲氧基羰基)苯基硼酸。

表E

以与针对合成12-氨基-3-氯-8-异丙基-7,8-二氢苯并[c]嘧啶并[5',4':4,5]吡咯并[3,2-e]氮杂-5(6H)-酮(实例45)所述的方式类似的方式来制备下表中的化合物，在步骤1中，用6-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-N-(2,4-二甲氧基苄基)-7-异丙基-5-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂戊硼烷-2-基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-胺(中间体P15)代替6-(((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)甲基)-N-(2,4-二甲氧基苄基)-5-碘-7-异丙基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-胺(中间体P14)，并用适当的卤化物试剂(例如，2-溴-5-(2-环丙基乙酰胺基)苯甲酸甲酯/实例48的中间体R2以及2-溴-5-(3-环丙基脲基)苯甲酸甲酯/实例49的中间体R3)代替4-氯-2-(甲氧基羰基)苯基硼酸。

表F

实例51

步骤1：

步骤2：

实例52

向12-氨基-3-氯-8-异丙基-7,8-二氢苯并[c]嘧啶并[5',4':4,5]吡咯并[3,2-e]氮杂-5(6H)-酮(实例45)(9.5mg，0.028mmol)和Pd/C(5wt％)(5.9mg，0.0028mmol)于MeOH(0.5mL)中的混合物中鼓泡，然后在充满氢气的气球气氛下于室温下搅拌16小时。将反应混合物过滤，用MeOH冲洗，并浓缩。将粗制品通过反相色谱法纯化(含5-95％ACN的水，具有0.1％TFA)。将合并的产物馏分在4:1DCM:IPA和饱和NaHCO

实例53

在0℃下，向11-氨基-3-环丙基-7-异丙基-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-醇(实例29)(12.1mg，0.0357mmol)于THF(0.35mL)和DMF(5滴)中的溶液中添加NaH(1.43mg，0.0357mmol)。搅拌15小时后，加入碘甲烷(2.22μL，0.0357mmol)，并将反应搅拌过夜。然后将反应用MeOH(0.2mL)淬灭，浓缩，并通过二氧化硅色谱法进行纯化(含0-4％MeOH的DCM)，从而得到标题产物(2.5mg，20％产率)。MS(apci)m/z＝354.2(M+H)。

实例54

通过手性SFC分离外消旋化合物11-氨基-3-环丙基-7-异丙基-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-醇(实例29)来制备标题产物(Chiral Tech IA色谱柱；4.6x250 mm，5μ；4毫升/分钟；洗脱液＝A:CO

实例55

通过手性SFC分离外消旋化合物11-氨基-3-环丙基-7-异丙基-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-醇(实例29)来制备标题产物(Chiral Tech IA色谱柱；4.6x250 mm，5μ；4毫升/分钟；洗脱液＝A:CO

实例56

通过手性SFC分离外消旋化合物11-氨基-3-环丙基-7-异丙基-4-甲基-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-醇(实例26)来制备标题产物(Chiral Tech AS-H；洗脱液＝A:CO

实例57

通过手性SFC分离外消旋化合物11-氨基-3-环丙基-7-异丙基-4-甲基-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-醇(实例26)来制备标题产物(Chiral Tech AS-H；洗脱液＝A:CO

实例58

通过手性SFC分离外消旋化合物3-环丙基-7-异丙基-4-甲氧基-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-11-胺(实例53)来制备标题产物(Chiral Tech AS-H色谱柱；4.6x 250mm；4毫升/分钟；洗脱液＝A:CO

实例59

通过手性SFC分离外消旋化合物3-环丙基-7-异丙基-4-甲氧基-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-11-胺(实例53)来制备标题产物(Chiral Tech AS-H色谱柱；4.6x 250mm；4毫升/分钟；洗脱液＝A:CO

实例60

向冷却至-78℃的11-氨基-3-环丙基-7-异丙基-6,7-二氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4(5H)-酮(实例25)(19mg，0.056mmol)于THF(375μL)中的溶液中添加LiHMDS(1M，THF)(56μL，0.056mmol)和碘甲烷(3.5μl，0.056mmol)。使反应温热至室温，并搅拌过夜。然后将其用饱和NaHCO

实例61

在室温下，向11-氨基-3-环丙基-7-异丙基-5-甲基-6,7-二氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4(5H)-酮(实例60)(3mg，0.0085mmol)于MeOH(0.085mL)中的溶液中添加NaBH

在室温下，向11-氨基-3-环丙基-7-异丙基-5-甲基-6,7-二氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4(5H)-酮(实例60)(11mg，0.031mmol)于MeOH(0.31mL)中的溶液中添加NaBH

通过对(反式)-11-氨基-3-环丙基-7-异丙基-5-甲基-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-醇(实例62)(4mg，0.011mmol)进行手性SFC(ChiralTech IA色谱柱，19毫升/分钟，220nM，5μ，10-35％MeOH:IPA:DEA 80:20:0.1)，从而得到两种对映体纯的异构体产物，来获得标题产物(1.7mg，85％)。将第一洗脱馏分(峰1)指定为(4S,5R)-对映体，将第二洗脱馏分(峰2)指定为(4R,5S)-对映体。绝对立体化学是任意指定的。MS(apci)m/z＝354.2(M+H)。

实例66

在室温下，向11-氨基-3-环丙基-7-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-6,7-二氢异噁唑并[4,3-c]嘧啶并[5',4':4,5]吡咯并[3,2-e]氮杂-4(5H)-酮(中间体P23)(14mg，0.033mmol)于DCM(0.5mL)中的悬浮液中添加TFA(1mL，0.033mmol)。搅拌60小时后，将反应浓缩并直接通过反相色谱法进行纯化(含0-95％MeCN的水，具有0.1％TFA)，从而得到呈白色固体的标题产物(5mg，37％)。MS(apci)m/z＝297.0(M+H)。

实例67

步骤1：

步骤2：

实例68

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

步骤5：

步骤6：

实例69

在室温下，向6-(氨基甲基)-N-(2,4-二甲氧基苄基)-5-(1H-吲哚-2-基)-7-异丙基-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-胺(中间体P25)(11.8mg，0.025mmol)、二碳酸二叔丁酯(6.6μL，0.028mmol)和DMAP(1mg，0.008mmol)于MeCN(2.5mL)中的溶液中添加2,6-二甲基吡啶(1滴)，然后搅拌过夜。然后添加TFA和Et

实例70

步骤1：

步骤2：

实例71

步骤1：

步骤2：

实例72

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

步骤5：

实例73

以与1-氨基-N-环丙基-5-异丙基-8-氧代-5,6,7,8-四氢嘧啶并[5",4":4',5']吡咯并[2',3':5,6][1,3]二氮杂并[1,7-a]吲哚-11-甲酰胺(实例72)的合成中所述的方式类似的方式制备标题产物，其中用甲胺代替步骤1中的环丙胺(10mg，92％)。MS(apci)m/z＝404.2(M+H)。

实例74

在室温下，向1-氨基-5-异丙基-N-甲基-8-氧代-5,6,7,8-四氢嘧啶并[5",4":4',5']吡咯并[2',3':5,6][1,3]二氮杂并[1,7-a]吲哚-11-甲酰胺(实例73)(7mg，0.017mmol)于DMF(174μL)中的溶液中添加NCS(2.3mg，0.017mmol)，并搅拌过夜，然后在50℃下搅拌2天。使用二氧化硅色谱法将反应纯化(含0-100％DCM的己烷，然后是含0-10％MeOH的DCM)，从而得到标题产物(2.8mg，35％)。MS(apci)m/z＝438.1(M+H)。

实例75

以与1-氨基-14-氯-5-异丙基-N-甲基-8-氧代-5,6,7,8-四氢嘧啶并[5",4":4',5']吡咯并[2',3':5,6][1,3]二氮杂并[1,7-a]吲哚-11-甲酰胺(实例74)的合成中所述的方式类似的方式制备标题化合物，其中用1-氨基-5-异丙基-8-氧代-5,6,7,8-四氢嘧啶并[5",4":4',5']吡咯并[2',3':5,6][1,3]二氮杂并\[1,7-a]吲哚-11-羧酸甲酯(实例70)代替1-氨基-5-异丙基-N-甲基-8-氧代-5,6,7,8-四氢嘧啶并[5",4":4',5']吡咯并[2',3':5,6][1,3]二氮杂并[1,7-a]吲哚-11-甲酰胺(实例73)。MS(apci)m/z＝439.2(M+H)。

实例76

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

步骤5：

步骤6：

以与1-氨基-5-异丙基-8-氧代-5,6,7,8-四氢嘧啶并[5",4":4',5']吡咯并[2',3':5,6][1,3]二氮杂并\[1,7-a]吲哚-11-腈(实例76)的合成中所述的方式类似的方式来制备下表中的产物，其中用适当的硼酸酯或硼酸代替步骤1中的(6-氰基-1H-吲哚-2-基)硼酸。

表G

实例85

步骤1：

步骤2：

步骤3：

实例86

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

实例87

向1-((2,4-二甲氧基苄基)氨基)-5-异丙基-5,6,7,8-四氢嘧啶并[5",4":4',5']吡咯并[3',2':3,4]氮杂并[1,2-a]吲哚-11-羧酸(中间体P34)(75mg，0.14mmol)于DCM(2.8mL)中的溶液中添加TEA(60μL，0.43mmol)，然后添加环丙胺(40μL，0.57mmol)和HATU(60mg，0.16mmol)。在环境温度下搅拌过夜后，将反应用水(10mL)稀释，并通过相分离器玻璃料用DCM(3×10mL)萃取。将合并有机萃取液浓缩。然后将所得残余物吸收在DCM(2.8mL)中，并用TFA(1.1mL)和三乙基硅烷(228μL，1.43mmol)处理。搅拌5小时后，将反应用饱和NaHCO

以与实施例87的合成中所述的方式类似的方式制备下表中的化合物，其中用适当的胺代替环丙胺。

表H

实例102

将1-氨基-N-环丙基-5-异丙基-5,6,7,8-四氢嘧啶并[5",4":4',5']吡咯并[3',2':3,4]氮杂并[1,2-a]吲哚-11-甲酰胺(实例87)(9.9mg，0.024mmol)于DMF(239μL)中的溶液用NCS(3.2mg，0.024mmol)处理，并在50℃下搅拌过夜。添加另外的NCS(1.6mg，0.12mmol)，并在50℃下继续加热8小时，然后在60℃下加热过夜。使用二氧化硅色谱法将反应纯化(含0-100％DCM的己烷，然后是含0-10％MeOH的DCM)，从而得到标题产物(1.3mg，12％)。MS(apci)m/z＝449.2(M+H)。

实例103

步骤1：

步骤2：

实例104

将1-氨基-5-异丙基-5,6,7,8-四氢嘧啶并[5",4":4',5']吡咯并[3',2':3,4]氮杂并[1,2-a]吲哚-11-羧酸(步骤1，实例103)(6.7mg，0.018mmol)于DCM(357μL)中的溶液用TEA(7.5μL，0.054mmol)处理，然后用3-氨基-1-甲基-1H-吡唑(6.2μL，0.071mmol)和HATU(7.5mg，0.020mmol)处理。将反应在环境温度下搅拌1小时，然后将其浓缩并通过二氧化硅色谱法进行纯化(含0-100％EtOAc的己烷，然后是含0-10％MeOH的EtOAc)，从而得到标题产物(3.7mg，46％)。MS(apci)m/z＝455.2(M+H)。

实例105

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

步骤5：

实例106

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

步骤5：

实例107

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

以与11-氨基-7-异丙基-2-甲基-2,5,6,7-四氢-4H-吡唑并[3,4-c]嘧啶并[5',4':4,5]吡咯并[3,2-e]氮杂-4-酮2,2,2-三氟乙酸盐(实例107)的合成中所述的方式类似的方式制备下表中的化合物，其中用适当的卤化物试剂(例如，实例108的4-溴-1-甲基-1H-吡唑-5-羧酸甲酯和实例109的1-环丙基-4-碘-1H-吡唑-5-羧酸乙酯)代替步骤1中的4-溴-1-甲基-1H-吡唑-3-羧酸甲酯。

表I

实例110

步骤1：

步骤2：

实例111

将11-氯-3-环丙基-7-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-6,7-二氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4(5H)-酮(中间体P36)(16mg，0.036mmol)于DCM(1mL)和TFA(1mL)中的溶液在室温下搅拌2.5小时，然后将其浓缩至接近干燥，吸收在二噁烷中并再次浓缩。将所得残余物用NH

实例112

在室温下，向(11-氨基-3-环丙基-6,7-二氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4(5H)-酮(实例111)(7mg，0.02mmol)于MeOH(1.2mL)中的悬浮液中添加NaBH

实例113

步骤1：

步骤2：

在室温下，向4-(11-氨基-3-环丙基-4-氧代异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-7(4H)-基)苯甲酸甲酯(5mg，0.01mmol)于MeOH(3mL)中的溶液中添加NaBH

实例114

步骤1：

步骤2：

实例115

以与实例114中所述的方式类似的方式制备标题化合物，用4-碘-1-甲基-1H-吡唑代替步骤1中的5-碘-2-甲氧基吡啶(5mg，55％)。MS(apci)m/z＝378.3(M+H)。

实例116

步骤1：3-环丙基-11-((2,4-二甲氧基苄基)氨基)-7-(吡啶-2-基)-6,7-二氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4(5H)-酮的制备。将3-环丙基-11-((2,4-二甲氧基苄基)氨基)-6,7-二氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4(5H)-酮(中间体37)(35mg，0.079mmol)、CuI(7.5mg，0.039mmol)、2-溴吡啶(37mg，0.24mmol)、Cs

步骤2：

步骤3：

实例117

以与实例116中所述的方式类似的方式制备标题化合物，用3-碘吡啶代替步骤1中的2-溴吡啶。MS(apci)m/z＝375.2(M+H)。

实例118

以与实例116中所述的方式类似的方式制备标题化合物，用碘代苯代替步骤1中的2-溴吡啶(4mg，80％)。MS(apci)m/z＝374.2(M+H)。

实例119

步骤1：

步骤2：

实例120

在室温下，向11-氨基-7-环戊基-3-环丙基-6,7-二氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4(5H)-酮(实例119)(11mg，0.030mmol)于MeOH(1mL)中的悬浮液中添加NaBH

以与实例120的合成中所述的方式类似的方式制备下表中的化合物，用适当的醇(例如，实例122的1,3-二氟丙-2-醇)代替实例119的制备步骤1中的环戊醇。

表J

通过对11-氨基-7-环戊基-3-环丙基-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-醇(实例120)进行手性SFC(ChiralTech IA色谱柱，4.6×250mm，4毫升/分钟，220nM，5-70％，13分钟内，MeOH:IPA:DEA 80:20:0.1)，从而得到两种对映体纯的异构体产物，来获得标题产物。绝对立体化学是任意指定(第一个洗脱峰为S-异构体，第二个为R-异构体)。MS(apci)m/z＝366.2(M+H)。

通过对11-氨基-3-环丙基-7-(1,3-二氟丙-2-基)-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-醇(实例122)进行手性SFC(ChiralTechIA色谱柱，21×250mm，19毫升/分钟，220nM，10-20％MeOH:IPA:DEA 80:20:0.1)，从而得到两种对映体纯的异构体产物，来获得标题产物。首先确定绝对立体化学，然后通过X射线晶体学进行确认。第一种洗脱剂(峰1)是S-对映体，第二种洗脱剂(峰2)是R-对映体。MS(apci)m/z＝376.2(M+H)。

实例128

步骤1：

步骤2：

步骤3：

实例129

在室温下，向11-氨基-3-环丙基-7-(3-羟基环戊基)-6,7-二氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4(5H)-酮2,2,2-三氟乙酸盐(实例128)(18mg，0.047mmol)于甲醇(237μL)中的溶液中添加NaBH

实例130

在室温下，向11-氨基-7-(环戊-3-烯-1-基)-3-环丙基-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-醇2,2,2-三氟乙酸盐(实例123)(7mg，0.015mmol)于丙酮(734μL)和水(73μL)中的浅色悬浮液中添加N-甲基吗啉-N-氧化物(5.2mg，0.044mmol)、OsO

实例131

步骤1：

步骤2：

步骤1：

步骤2：

步骤3：

步骤4：

实例134

在室温下，向11-氨基-3-环丙基-7-(吡咯烷-3-基)-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-醇(实例132的步骤3)(15mg，0.031mmol)于DCM(0.3mL)中的悬浮液中添加TEA(13μL，0.094mmol)，然后添加乙酸酐(8.8μL，0.094mmol)。然后将反应搅拌15分钟。将混合物用MeOH淬灭，浓缩并通过反相色谱法进行纯化(含0-95％MeCN的水，具有0.1％TFA)，从而得到呈白色固体的标题产物(15mg，92％)。MS(apci)m/z＝409.3(M+H)。

实例135

步骤1：

步骤2：

实例136

以与实例135中所述的方式类似的方式制备标题产物，在步骤1中用(1r,3r)-3-羟基环丁烷-1-羧酸甲酯代替methyl(1s,3s)-3-羟基环丁烷-1-羧酸甲酯(6mg，75％)。MS(apci)m/z＝382.1(M+H)。

实例137

步骤1：

步骤2：

步骤3：

实例138

在0℃下，向(1s,3s)-3-(11-氯-3-环丙基-4-羟基-5,6-二氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-7(4H)-基)环丁烷-1-羧酸甲酯(实例137的步骤2)(10mg，0.023mmol)于THF(777μL)中的溶液中添加CH

实例139

向1-((2,4-二甲氧基苄基)氨基)-5-异丙基-5,6,7,8-四氢嘧啶并[5",4":4',5']吡咯并[3',2':3,4]氮杂并[1,2-a]吲哚-11-羧酸(中间体P34)(9.5mg，0.018mmol)于甲苯(0.18mL)中的溶液添加三乙胺(1.8mg，0.018mmol)和二苯基磷酰基叠氮化物(39μL，0.18mmol)。将反应混合物用氩气脱气，然后密封，并加热至80℃，持续6小时。冷却至环境温度并搅拌2天后，将反应真空浓缩，并在高真空下干燥1小时。然后将所得残余物吸收在THF(181μL)中，并用LiOH(2M水溶液)(181μL，0.36mmol)处理。在环境温度下搅拌过夜后，将反应用饱和NH

实例140

以与实例86中所述的方式类似的方式制备标题产物，在步骤1中用6-溴-2-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼烷-2-基)-1H-吲哚代替2-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼烷-2-基)-1H-吲哚-6-羧酸甲酯(1.1mg，23％)。MS(apci)m/z＝410.1,412.1(M+H)。

以与实施例119的合成中所述的方式类似的方式制备下表中的化合物，其中用适当的醇代替步骤1中的环戊醇。

表K

实例144

步骤1：

步骤2：

以与实例131中所述的方式类似的方式制备标题产物，其中用(R)-1,1,1-三氟丙-2-基三氟甲烷磺酸酯(中间体R4)代替步骤1中的1,1,1-三氟丙-2-基三氟甲烷磺酸酯。通过反相色谱法(含0-95％MeCN的水，具有0.1％TFA)纯化步骤2中的酮还原后的非对映体产物混合物，从而得到两种标题产物。第一个洗脱峰为(R,S)-异构体(5mg，8.5％)，第二个洗脱峰为(S,R)-异构体(2mg，3.4％)。两种标题产物的绝对立体化学是任意指定的。MS(apci)m/z＝394.1(M+H)。

实例147

以与实例131中所述的方式类似的方式制备标题产物，其中用(S)-1,1,1-三氟丙-2-基三氟甲烷磺酸酯(中间体R5)代替步骤1中的1,1,1-三氟丙-2-基三氟甲烷磺酸酯。通过反相色谱法(含0-95％MeCN的水，具有0.1％TFA)纯化步骤2中的酮还原后的非对映体产物混合物，从而得到标题产物，所述标题产物为第一个洗脱峰，并被指定为所示的(R,R)-异构体(1mg，10％)。第二个洗脱液产物峰将被指定为(S,R)-异构体，(S)-11-氨基-3-环丙基-7-((R)-1,1,1-三氟丙-2-基)-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-醇，其分离的量不足以进一步表征。绝对立体化学是任意指定的。MS(apci)m/z＝394.1(M+H)。

实例148

以与实例131中所述的方式类似的方式制备标题产物，其中用3,3-二氟环丁基三氟甲磺酸酯(中间体R6)代替步骤1中的1,1,1-三氟丙-2-基三氟甲烷磺酸酯(16mg，65％)。MS(apci)m/z＝388.1(M+H)。

实例149

步骤1：

步骤2：

实例150

步骤1：

步骤2：

实例151

向冷却至0℃的(R)-11-氨基-3-环丙基-7-(1-甲基环丙基)-4,5,6,7-四氢异噁唑并[4",3":6',7']环庚[1',2':4,5]吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-醇(实例150)(15mg，0.043mmol)于THF(142μL)和DMF(85μL)中的溶液中添加NaH(1.0mg，0.043mmol)。搅拌10分钟后，加入碘甲烷(2.6μL，0.043mmol)，并使反应混合物缓慢温热至室温，并搅拌2.5小时。然后将反应用饱和NH

缩写：

另外的实施例：

实施例1.一种式I化合物

及其互变异构体、立体异构体以及药学上可接受的盐和溶剂化物，其中：

W为CR

Z为C或N；

R

R

R

R

R

R

R

R

R

hetCyc

Ar

hetAr

Ar

环A(包含与含有Z、Y、X和W的环的连接点处的原子)为：

(i)单环芳基环(当Z为C时)，其中所述环任选地被卤素、C3-C6环烷基、C1-C6烷氧基、R

(ii)具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元单环杂芳基环(当Z为C时)，或具有两个环氮原子的5元杂芳基环(当Z为N时)，其中一个环氮原子为Z，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代，或

(iii)具有一个环氮原子的双环杂芳基环(当Z为N时)，所述环氮原子为Z，其中所述环任选地被R

R

R

Cyc

hetAr

hetCyc

R

Cyc

Cyc

hetCyc

Ar

hetAr

R

实施例2.根据实施例1所述的化合物，其中环A为单环芳基环(当Z为C时)，其中所述环任选地被卤素、C3-C6环烷基、C1-C6烷氧基、R

实施例3.根据实施例1所述的化合物，其中环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元单环杂芳基环(当Z为C时)，或具有两个环氮原子的5元杂芳基环(当Z为N时)，其中一个环氮原子为Z，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。

实施例4.根据实施例1所述的化合物，其中环A为当Z为N时产生的具有一个环氮原子的双环杂芳基环，其中所述环任选地被R

实施例5.根据实施例1所述的化合物，其中W为CR

其中环A为(ii)具有两个环氮原子的5元杂芳基环，其中一个环氮原子为Z，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代，或(iii)当Z为N时产生的具有一个环氮原子的双环杂芳基环，其中所述环任选地被R

实施例6.根据实施例5所述的化合物，其中环A为当Z为N时产生的具有一个环氮原子的双环杂芳基环，其中所述环任选地被R

实施例7.根据实施例6所述的化合物，其中环A为任选地被R

实施例8.根据实施例1所述的化合物，其中W为CR

其中环A为(ii)具有两个环氮原子的5元杂芳基环，其中一个环氮原子为Z，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代，或(iii)当Z为N时产生的具有一个环氮原子的双环杂芳基环，其中所述环任选地被R

实施例9.根据实施例9所述的化合物，其中环A为具有两个环氮原子的5元杂芳基环，其中一个环氮原子为Z，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。

实施例10.根据实施例8所述的化合物，其中环A为当Z为N时产生的具有一个环氮原子的双环杂芳基环，其中所述环任选地被R

实施例11.根据实施例8到10中任一项所述的化合物，其中R

实施例12.根据实施例1所述的化合物，其中W为CR

其中环A为(i)单环芳基环，其中所述环任选地被卤素、C3-C6环烷基、C1-C6烷氧基、R

实施例13.根据实施例12所述的化合物，其中环A为单环芳基环，其中所述环任选地被卤素、C3-C6环烷基、C1-C6烷氧基、R

实施例14.根据实施例12所述的化合物，其中环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元单环杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。

实施例15.根据实施例12到14中任一项所述的化合物，其中R

实施例16.根据实施例1所述的化合物，其中W为CR

其中环A为(i)单环芳基环，其中所述环任选地被卤素、C3-C6环烷基、C1-C6烷氧基、R

实施例17.根据实施例16所述的化合物，其中环A为具有独立地选自N和O的1-2个环杂原子的5元单环杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。

实施例18.根据实施例1所述的化合物，其中W为CR

其中环A为(i)单环芳基环，其中所述环任选地被卤素、C3-C6环烷基、C1-C6烷氧基、R

实施例19.根据实施例18所述的化合物，其中环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元单环杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。

实施例20.根据实施例18到19中任一项所述的化合物，其中R

实施例21.根据实施例1所述的化合物，其中W为CR

其中环A为(i)单环芳基环，其中所述环任选地被卤素、C3-C6环烷基、C1-C6烷氧基、R

实施例22.根据实施例21所述的化合物，其中环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。

实施例23.根据实施例21或22所述的化合物，其中R

实施例24.根据实施例1所述的化合物，其中W为CR

其中环A为(i)单环芳基环，其中所述环任选地被卤素、C3-C6环烷基、C1-C6烷氧基、R

实施例25.根据实施例24所述的化合物，其中环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。

实施例26.根据实施例24或25所述的化合物，其中R

实施例27.根据实施例1所述的化合物，其中W为CR

其中环A为(i)单环芳基环，其中所述环任选地被卤素、C3-C6环烷基、C1-C6烷氧基、R

实施例28.根据实施例27所述的化合物，其中环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。

实施例29.根据实施例27或28所述的化合物，其中R

实施例30.根据实施例1所述的化合物，其中W为CR

其中环A为(i)单环芳基环，其中所述环任选地被卤素、C3-C6环烷基、C1-C6烷氧基、R

实施例31.根据实施例30所述的化合物，其中环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。

实施例32.根据实施例31所述的化合物，其中R

实施例33.根据实施例30到32中任一项所述的化合物，其中R

实施例34.根据实施例1所述的化合物，其中W为CR

其中环A为(i)单环芳基环，其中所述环任选地被卤素、C3-C6环烷基、C1-C6烷氧基、R

实施例35.根据实施例34所述的化合物，其中环A为具有独立地选自N和O的1-2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。

实施例36.根据实施例34或35所述的化合物，其中R

实施例37.根据实施例1所述的化合物，其中

其中环A为(i)单环芳基环，其中所述环任选地被卤素、C3-C6环烷基、C1-C6烷氧基、R

实施例38.根据实施例37所述的化合物，其中环A为具有独立地选自N和O的2个环杂原子的5元杂芳基环，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代。

实施例39.根据实施例1所述的化合物，其中W为CR

其中环A为(ii)具有两个环氮原子的5元杂芳基环，其中一个环氮原子为Z，其中所述环任选地被C1-C6烷基或C3-C6环烷基取代，或(iii)当Z为N时产生的具有一个环氮原子的双环杂芳基环，其中所述环任选地被R

实施例40.根据实施例39所述的化合物，其中环A为当Z为N时产生的具有一个环氮原子的双环杂芳基环，其中所述环任选地被R

实施例41.根据实施例40所述的化合物，其中环A为当Z为N时产生的具有一个环氮原子的5,6-双环杂芳基环，其中所述环任选地被R

实施例42.根据实施例39到41中任一项所述的化合物，其中R

实施例43.根据实施例39到42中任一项所述的化合物，其中R

实施例44.根据实施例1到43中任一项所述的化合物，其中R

实施例45.根据实施例1到43中任一项所述的化合物，其中R

实施例46.根据实施例1到43中任一项所述的化合物，其中R

实施例47.根据实施例1到43中任一项所述的化合物，其中R

实施例48.根据实施例1到43中任一项所述的化合物，其中R

实施例49.根据实施例1到43中任一项所述的化合物，其中R

实施例50.根据实施例1到43中任一项所述的化合物，其中R

实施例51.根据实施例1到43中任一项所述的化合物，其中R

实施例52.根据实施例1到51中任一项所述的化合物，其中R

实施例53.根据实施例1所述的化合物，其选自实施例1-151。

实施例54.一种药物组合物，其包括与药学上可接受的稀释剂或载剂混合的根据实施例1到53中任一项所述的化合物。

实施例55.一种用于制备根据实施例1所述的式I化合物的过程，所述过程包括：

(a)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

(b)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

并除去氨基保护基团P

(c)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

除去氨基保护基团P

(d)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，n为0、1、2、3或4，并且每个R

其中R

(e)对于式I化合物，其中W为CR3R4；X为NR9；Y为C(＝O)；Z为N；

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，每个R

其中R

(f)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(g)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(h)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(i)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

并除去氨基保护基团P

(j)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

(k)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

使下式化合物：

其中PG为氨基保护基团，并且R

使所得中间体与氢氧化铵反应；并

除去所得中间体上的氨基保护基团PG；

(l)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(m)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

除去氨基保护基团P

(n)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(o)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(p)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(q)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(r)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(s)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(t)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(u)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(v)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

任选地对所得产物进行手性分离；

(w)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

任选地对所得产物进行手性分离；

(x)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

使所得中间体与氢氧化铵反应；

(y)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

除去所得中间体上的氨基保护基团P

(z)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

除去所得中间体上的氨基保护基团P

(aa)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

(bb)对于式I化合物，其中W为CR

其中被标记为“a”的键表示与Y的连接点，并且R

其中R

除去所得中间体上的氨基保护基团P；或

(cc)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

并将所得中间体与式R

(dd)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

并除去氨基保护基团P

(ee)对于式I化合物，其中W为CR

其中R

使所得中间体与式(C1-C6烷基CO)

除去所得中间体上的氨基保护基团P

任选地除去任何剩余的保护基团，并任选地形成其药学上可接受的盐。

实施例56.一种用于在有需要的受试者中治疗癌症的方法，所述方法包括施用药物组合物，所述药物组合物包括治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或根据实施例54所述的药物组合物。

实施例57.一种用于在有需要的受试者中治疗癌症的方法，所述方法包括：

(a)确定所述癌症是否与RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调有关；以及

(b)如果确定所述癌症与RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调有关，则向所述受试者施用治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或根据实施例54所述的药物组合物。

实施例58.一种在受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括向被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的受试者施用治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或根据实施例54所述的药物组合物。

实施例59.一种在受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：

确定所述受试者中的所述癌症是否是RET相关性癌症；以及

向被确定为患有RET相关性癌症的受试者施用治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或根据实施例54所述的药物组合物。

实施例60.一种治疗受试者的方法，所述方法包括向具有临床记录的受试者施用治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或根据实施例54所述的药物组合物，所述临床记录表明所述受试者具有RET基因、RET激酶或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。

实施例61.一种为受试者选择治疗的方法，所述方法包括为被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的受试者选择治疗，所述治疗包括施用治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或根据实施例54所述的药物组合物。

实施例62.一种为患有癌症的受试者选择治疗的方法，所述方法包括：

确定所述受试者中的所述癌症是否是RET相关性癌症；以及

为被确定为患有RET相关性癌症的受试者选择治疗，所述治疗包含施用治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或根据实施例54所述的药物组合物。

实施例64.一种选择受试者进行治疗的方法，所述治疗包含施用治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或根据实施例54所述的药物组合物，所述方法包括：

鉴定患有RET相关性癌症的受试者；以及

选择所述受试者进行治疗，所述治疗包含施用治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或根据实施例54所述的药物组合物。

实施例64.一种选择患有癌症的受试者进行治疗的方法，所述治疗包含施用治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或根据实施例54所述的药物组合物，所述方法包括：

确定所述受试者中的所述癌症是否是RET相关性癌症；以及

选择被确定为患有RET相关性癌症的受试者进行治疗，所述治疗包含施用治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或根据实施例54所述的药物组合物。

实施例65.根据实施例59、62和64中任一项所述的方法，其中确定所述受试者中的所述癌症是否为RET相关性癌症的步骤包含在来自所述受试者的样品中进行测定，以检测RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。

实施例66.根据实施例65所述的方法，其进一步包括从所述受试者获得样品。

实施例67.根据实施例66所述的方法，其中所述样品是活检样品。

实施例68.根据实施例65到67中任一项所述的方法，其中所述测定选自由以下组成的组：测序、免疫组织化学、酶联免疫吸附测定和荧光原位杂交(FISH)。

实施例69.根据实施例68所述的方法，其中所述FISH是分解FISH分析。

实施例70.根据实施例68所述的方法，其中所述测序是焦磷酸测序或下一代测序。

实施例71.根据实施例65到70中任一项所述的方法，其中RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调是所述RET基因中的一个或多个点突变。

实施例72.根据实施例71所述的方法，其中RET基因中的所述一个或多个点突变导致在以下氨基酸位置中的一个或多个氨基酸位置处具有一个或多个氨基酸取代的RET蛋白的翻译：2、3、4、5、6、7、8、11、12、13、20、32、34、40、56、64、67、114、136、145、180、200、292、294、321、330、338、360、373、393、423、432、446、505、506、510、511、513、515、525、531、532、533、550、591、593、595、600、602、603、606、609、611、616、618、619、620、623、624、630、631、632、633、634、635、636、640、641、648、649、664、665、666、675、686、689、691、694、700、706、713、732、736、748、750、765、766、768、769、770、771、777、778、781、788、790、791、802、804、805、806、810、818、819、823、826、833、836、841、843、844、848、852、865、870、873、876、881、882、883、884、886、891、897、898、900、901、904、905、907、908、911、912、918、919、921、922、930、961、972、981、982、1009、1015、1017、1041、1062、1064和1096。

实施例73.根据实施例72所述的方法，其中RET基因中的所述一个或多个点突变导致在以下氨基酸位置中的一个或多个氨基酸位置处具有一个或多个氨基酸取代的RET蛋白的翻译：32、34、40、56、64、67、114、145、292、321、330、338、360、393、423、446、510、511、513、515、525、531、532、533、550、591、593、595、600、602、603、606、609、611、616、618、619、620、623、624、630、631、632、634、635、636、640、641、648、649、664、665、666、675、686、689、691、694、700、706、713、732、736、748、750、765、766、768、769、770、771、777、778、781、788、790、791、804、805、806、810、818、819、823、826、833、836、841、843、844、848、852、865、870、873、876、881、883、884、886、891、897、898、900、901、904、905、907、908、911、912、918、919、921、922、930、961、972、981、982、1009、1015、1017、1041、1064和1096。

实施例74.根据实施例73所述的方法，其中RET基因中的所述一个或多个点突变导致具有以下氨基酸取代中的一个或多个氨基酸取代的RET蛋白的翻译：S32L、D34S、L40P、L56M、P64L、R67H、R114H、V145G、V292M、G321R、R330Q、T338I、R360W、F393L、G423R、G446R、A510V、E511K、G513D、C515S、C515W、R525W、C531R、G533C、G533S、G550E、V591I、G593E、E595D、E595A、R600Q、I602V、K603Q、K603E、Y606C、C609C、C609Y、C609S、C609G、C609R、C609F、C609W、C611R、C611S、C611G、C611Y、C611F、C611W、E616Q、C618S、C618Y、C618R、C618G、C618F、C618W、F619F、C620S、C620W、C620R、C620G、C620L、C620Y、C620F、E623K、D624N、C630A、C630R、C630S、C630Y、C630F、C630W、D631N、D631Y、D631A、D631G、D631V、D631E、E632K、E632G、C634W、C634Y、C634S、C634R、C634F、C634G、C634L、C634A、C634T、R635G、T636P、T636M、A640G、A641S、A641T、V648I、S649L、A664D、H665Q、K666E、K666M、K666N、K666R、T675T、S686N、S689T、G691S、R694Q、M700L、V706M、V706A、E713K、E732K、G736R、G748C、A750P、S765P、P766S、P766M、E768Q、E768D、L769L、R770Q、D771N、N777S、V778I、Q781R、I788I、L790F、Y791F、Y791N、V804L、V804M、V804E、E805K、Y806E、Y806F、Y806S、Y806G、Y806C、Y806H、Y806N、Y806Y、G810R、G810S、G810A、E818K、S819I、G823E、Y826M、Y826S、R833C、S836S、P841L、P841P、E843D、R844W、R844Q、R844L、M848T、I852M、L865V、L870F、R873W、A876V、L881V、A883F、A883S、A883T、E884K、R886W、S891A、S891S、R897Q、D898V、Y900F、E901K、S904F、S904S、S904C、Y905F、K907E、K907M、R908K、G911D、R912P、R912Q、M918T、M918V、M918L、A919V、E921K、S922P、S922Y、T930M、F961L、R972G、Y981F、R982C、M1009V、Y1015F、D1017N、V1041G、M1064T和Y1096F。

实施例75.根据实施例71所述的方法，其中RET基因中的所述一个或多个所述点突变发生在人RET基因的外显子10、11、13、14、15和16中的一个或多个中。

实施例76.根据实施例65到70中任一项所述的方法，其中RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调是RET基因融合。

实施例77.根据实施例76所述的方法，其中所述RET基因融合选自由以下组成的组：BCR-RET、CLIP1-RET、KIF5B-RET、CCDC6-RET、NCOA4-RET、TRIM33-RET、ERC1-RET、FGFR1OP-RET、RET-MBD1、RET-RAB61P2、RET-PRKAR1A、RET-TRIM24、RET-GOLGA5、HOOK3-RET、KTN1-RET、TRIM27-RET、AKAP13-RET、FKBP15-RET、SPECC1L-RET、TBL1XR1/RET、CEP55-RET、CUX1-RET、KIAA1468-RET、RFG8/RET、ACBD5-RET、PTC1ex9-RET、MYH13-RET、PIBF1-RET、KIAA1217-RET、MPRIP-RET、HRH4-RET、Ria-RET、RET-PTC4、FRMD4A-RET、SQSTM1-RET、AFAP1L2-RET、PPFIBP2-RET、EML4-RET、PARD3-RET、MYH10-RET、HTIF1/RET、AFAP1-RET、RASGEF1A-RET、TEL-RET、RUFY1-RET、UEVLD-RET、DLG5-RET、FOXP4-RET、TIF1G-RET、H4L-RET、OFLM4-RET和RRBP1-RET。

实施例78.根据实施例58、62和63到77中任一项所述的方法，其中所述RET相关性癌症选自由以下组成的组：肺癌、乳头状甲状腺癌、甲状腺髓样癌、分化型甲状腺癌、复发性甲状腺癌、难治性分化型甲状腺癌、2A或2B型多发性内分泌肿瘤(分别为MEN2A或MEN2B)、嗜铬细胞瘤、甲状旁腺增生、乳腺癌、结直肠癌、乳头状肾细胞癌、胃肠粘膜神经节神经瘤病和宫颈癌。

实施例79.根据实施例78所述的方法，其中所述癌症是RET融合性肺癌或甲状腺髓样癌。

实施例80.根据实施例78的方法，其中所述肺癌是小细胞肺癌、非小细胞肺癌、细支气管肺癌或肺腺癌。

实施例81.根据实施例56到80中任一项所述的方法，其中所述式I化合物或其药学上可接受的盐经口服施用。

实施例82.根据实施例56到80中任一项所述的方法，其进一步包括向所述受试者施用另外的疗法或治疗剂。

实施例83.根据实施例88所述的方法，其中所述另外的疗法或治疗剂选自放射疗法、细胞毒性化学疗法、激酶靶向疗法、细胞凋亡调节剂、信号转导抑制剂、免疫靶向疗法和血管生成靶向疗法。

实施例84.根据实施例83所述的方法，其中所述另外的治疗剂选自一种或多种激酶靶向性治疗剂。

实施例85.根据实施例82到84中任一项所述的方法，其中以单独剂量同时施用根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物，或根据实施例54所述的药物组合物，以及所述另外的治疗剂。

实施例86.根据实施例82到84中任一项所述的方法，其中按任何顺序依次以单独剂量施用根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或根据实施例54所述的药物组合物，以及所述另外的治疗剂。

实施例87.一种根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐在制备药物中的用途，所述药物用于治疗受试者中的RET相关性癌症。

实施例88.根据实施例87所述的用途，其中所述RET相关性癌症是具有RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的癌症。

实施例89.根据实施例88所述的用途，其中RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调是所述RET基因中的一个或多个点突变。

实施例90.根据实施例89所述的用途，其中RET基因中的所述一个或多个点突变导致在以下氨基酸位置中的一个或多个氨基酸位置处具有一个或多个氨基酸取代的RET蛋白的翻译：2、3、4、5、6、7、8、11、12、13、20、32、34、40、56、64、67、114、136、145、180、200、292、294、321、330、338、360、373、393、423、432、446、505、506、510、511、513、515、525、531、532、533、550、591、593、595、600、602、603、606、609、611、616、618、619、620、623、624、630、631、632、633、634、635、636、640、641、648、649、664、665、666、675、686、689、691、694、700、706、713、732、736、748、750、765、766、768、769、770、771、777、778、781、788、790、791、802、804、805、806、810、818、819、823、826、833、836、841、843、844、848、852、865、870、873、876、881、882、883、884、886、891、897、898、900、901、904、905、907、908、911、912、918、919、921、922、930、961、972、981、982、1009、1015、1017、1041、1062、1064和1096。

实施例91.根据实施例90所述的用途，其中RET基因中的所述一个或多个点突变导致在以下氨基酸位置中的一个或多个氨基酸位置处具有一个或多个氨基酸取代的RET蛋白的翻译：32、34、40、56、64、67、114、145、292、321、330、338、360、393、423、446、510、511、513、515、525、531、532、533、550、591、593、595、600、602、603、606、609、611、616、618、619、620、623、624、630、631、632、634、635、636、640、641、648、649、664、665、666、675、686、689、691、694、700、706、713、732、736、748、750、765、766、768、769、770、771、777、778、781、788、790、791、804、805、806、810、818、819、823、826、833、836、841、843、844、848、852、865、870、873、876、881、883、884、886、891、897、898、900、901、904、905、907、908、911、912、918、919、921、922、930、961、972、981、982、1009、1015、1017、1041、1064和1096。

实施例92.根据实施例91所述的用途，其中RET基因中的所述一个或多个点突变导致具有以下氨基酸取代中的一个或多个氨基酸取代的RET蛋白的翻译：S32L、D34S、L40P、L56M、P64L、R67H、R114H、V145G、V292M、G321R、R330Q、T338I、R360W、F393L、G423R、G446R、A510V、E511K、G513D、C515S、C515W、R525W、C531R、G533C、G533S、G550E、V591I、G593E、E595D、E595A、R600Q、I602V、K603Q、K603E、Y606C、C609C、C609Y、C609S、C609G、C609R、C609F、C609W、C611R、C611S、C611G、C611Y、C611F、C611W、E616Q、C618S、C618Y、C618R、C618G、C618F、C618W、F619F、C620S、C620W、C620R、C620G、C620L、C620Y、C620F、E623K、D624N、C630A、C630R、C630S、C630Y、C630F、C630W、D631N、D631Y、D631A、D631G、D631V、D631E、E632K、E632G、C634W、C634Y、C634S、C634R、C634F、C634G、C634L、C634A、C634T、R635G、T636P、T636M、A640G、A641S、A641T、V648I、S649L、A664D、H665Q、K666E、K666M、K666N、K666R、T675T、S686N、S689T、G691S、R694Q、M700L、V706M、V706A、E713K、E732K、G736R、G748C、A750P、S765P、P766S、P766M、E768Q、E768D、L769L、R770Q、D771N、N777S、V778I、Q781R、I788I、L790F、Y791F、Y791N、V804L、V804M、V804E、E805K、Y806E、Y806F、Y806S、Y806G、Y806C、Y806H、Y806N、Y806Y、G810R、G810S、G810A、E818K、S819I、G823E、Y826M、Y826S、R833C、S836S、P841L、P841P、E843D、R844W、R844Q、R844L、M848T、I852M、L865V、L870F、R873W、A876V、L881V、A883F、A883S、A883T、E884K、R886W、S891A、S891S、R897Q、D898V、Y900F、E901K、S904F、S904S、S904C、Y905F、K907E、K907M、R908K、G911D、R912P、R912Q、M918T、M918V、M918L、A919V、E921K、S922P、S922Y、T930M、F961L、R972G、Y981F、R982C、M1009V、Y1015F、D1017N、V1041G、M1064T和Y1096F。

实施例93.根据实施例89所述的用途，其中RET基因中的所述一个或多个所述点突变发生在人RET基因的外显子10、11、13、14、15和16中的一个或多个中。

实施例94.根据实施例88所述的用途，其中RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调是RET基因融合。

实施例95.根据实施例94所述的用途，其中所述RET基因融合选自由以下组成的组：BCR-RET、CLIP1-RET、KIF5B-RET、CCDC6-RET、NCOA4-RET、TRIM33-RET、ERC1-RET、FGFR1OP-RET、RET-MBD1、RET-RAB61P2、RET-PRKAR1A、RET-TRIM24、RET-GOLGA5、HOOK3-RET、KTN1-RET、TRIM27-RET、AKAP13-RET、FKBP15-RET、SPECC1L-RET、TBL1XR1/RET、CEP55-RET、CUX1-RET、KIAA1468-RET、RFG8/RET、ACBD5-RET、PTC1ex9-RET、MYH13-RET、PIBF1-RET、KIAA1217-RET、MPRIP-RET、HRH4-RET、Ria-RET、RET-PTC4、FRMD4A-RET、SQSTM1-RET、AFAP1L2-RET、PPFIBP2-RET、EML4-RET、PARD3-RET、MYH10-RET、HTIF1/RET、AFAP1-RET、RASGEF1A-RET、TEL-RET、RUFY1-RET、UEVLD-RET、DLG5-RET、FOXP4-RET、TIF1G-RET、H4L-RET、OFLM4-RET和RRBP1-RET。

实施例96.根据实施例87到95中任一项所述的用途，其中所述RET相关性癌症选自由以下组成的组：肺癌、乳头状甲状腺癌、甲状腺髓样癌、分化型甲状腺癌、复发性甲状腺癌、难治性分化型甲状腺癌、2A或2B型多发性内分泌肿瘤(分别为MEN2A或MEN2B)、嗜铬细胞瘤、甲状旁腺增生、乳腺癌、结直肠癌、乳头状肾细胞癌、胃肠粘膜神经节神经瘤病和宫颈癌。

实施例97.根据实施例96所述的用途，其中所述癌症是RET融合性肺癌或甲状腺髓样癌。

实施例98.根据实施例96所述的用途，其中所述肺癌是小细胞肺癌、非小细胞肺癌、细支气管肺癌或肺腺癌。

实施例99.根据实施例87到98中任一项所述的用途，其中所述药物被配制用于口服施用。

实施例100.一种根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，其用于治疗被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的受试者。

实施例101.根据实施例100所述的化合物，其中所述RET相关性癌症是具有RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调的癌症。

实施例102.根据实施例101所述的化合物，其中RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调是所述RET基因中的一个或多个点突变。

实施例103.根据实施例102所述的化合物，其中RET基因中的所述一个或多个点突变导致在以下氨基酸位置中的一个或多个氨基酸位置处具有一个或多个氨基酸取代的RET蛋白的翻译：2、3、4、5、6、7、8、11、12、13、20、32、34、40、56、64、67、114、136、145、180、200、292、294、321、330、338、360、373、393、423、432、446、505、506、510、511、513、515、525、531、532、533、550、591、593、595、600、602、603、606、609、611、616、618、619、620、623、624、630、631、632、633、634、635、636、640、641、648、649、664、665、666、675、686、689、691、694、700、706、713、732、736、748、750、765、766、768、769、770、771、777、778、781、788、790、791、802、804、805、806、810、818、819、823、826、833、836、841、843、844、848、852、865、870、873、876、881、882、883、884、886、891、897、898、900、901、904、905、907、908、911、912、918、919、921、922、930、961、972、981、982、1009、1015、1017、1041、1062、1064和1096。

实施例104.根据实施例103所述的化合物，其中RET基因中的所述一个或多个点突变导致在以下氨基酸位置中的一个或多个氨基酸位置处具有一个或多个氨基酸取代的RET蛋白的翻译：32、34、40、56、64、67、114、145、292、321、330、338、360、393、423、446、510、511、513、515、525、531、532、533、550、591、593、595、600、602、603、606、609、611、616、618、619、620、623、624、630、631、632、634、635、636、640、641、648、649、664、665、666、675、686、689、691、694、700、706、713、732、736、748、750、765、766、768、769、770、771、777、778、781、788、790、791、804、805、806、810、818、819、823、826、833、836、841、843、844、848、852、865、870、873、876、881、883、884、886、891、897、898、900、901、904、905、907、908、911、912、918、919、921、922、930、961、972、981、982、1009、1015、1017、1041、1064和1096。

实施例105.根据实施例104所述的化合物，其中RET基因中的所述一个或多个点突变导致具有以下氨基酸取代中的一个或多个氨基酸取代的RET蛋白的翻译：S32L、D34S、L40P、L56M、P64L、R67H、R114H、V145G、V292M、G321R、R330Q、T338I、R360W、F393L、G423R、G446R、A510V、E511K、G513D、C515S、C515W、R525W、C531R、G533C、G533S、G550E、V591I、G593E、E595D、E595A、R600Q、I602V、K603Q、K603E、Y606C、C609C、C609Y、C609S、C609G、C609R、C609F、C609W、C611R、C611S、C611G、C611Y、C611F、C611W、E616Q、C618S、C618Y、C618R、C618G、C618F、C618W、F619F、C620S、C620W、C620R、C620G、C620L、C620Y、C620F、E623K、D624N、C630A、C630R、C630S、C630Y、C630F、C630W、D631N、D631Y、D631A、D631G、D631V、D631E、E632K、E632G、C634W、C634Y、C634S、C634R、C634F、C634G、C634L、C634A、C634T、R635G、T636P、T636M、A640G、A641S、A641T、V648I、S649L、A664D、H665Q、K666E、K666M、K666N、K666R、T675T、S686N、S689T、G691S、R694Q、M700L、V706M、V706A、E713K、E732K、G736R、G748C、A750P、S765P、P766S、P766M、E768Q、E768D、L769L、R770Q、D771N、N777S、V778I、Q781R、I788I、L790F、Y791F、Y791N、V804L、V804M、V804E、E805K、Y806E、Y806F、Y806S、Y806G、Y806C、Y806H、Y806N、Y806Y、G810R、G810S、G810A、E818K、S819I、G823E、Y826M、Y826S、R833C、S836S、P841L、P841P、E843D、R844W、R844Q、R844L、M848T、I852M、L865V、L870F、R873W、A876V、L881V、A883F、A883S、A883T、E884K、R886W、S891A、S891S、R897Q、D898V、Y900F、E901K、S904F、S904S、S904C、Y905F、K907E、K907M、R908K、G911D、R912P、R912Q、M918T、M918V、M918L、A919V、E921K、S922P、S922Y、T930M、F961L、R972G、Y981F、R982C、M1009V、Y1015F、D1017N、V1041G、M1064T和Y1096F。

实施例106.根据实施例102所述的化合物，其中RET基因中的所述一个或多个所述点突变发生在人RET基因的外显子10、11、13、14、15和16中的一个或多个中。

实施例107.根据实施例101所述的化合物，其中RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调是RET基因融合。

实施例108.根据实施例107所述的化合物，其中所述RET基因融合选自由以下组成的组：BCR-RET、CLIP1-RET、KIF5B-RET、CCDC6-RET、NCOA4-RET、TRIM33-RET、ERC1-RET、FGFR1OP-RET、RET-MBD1、RET-RAB61P2、RET-PRKAR1A、RET-TRIM24、RET-GOLGA5、HOOK3-RET、KTN1-RET、TRIM27-RET、AKAP13-RET、FKBP15-RET、SPECC1L-RET、TBL1XR1/RET、CEP55-RET、CUX1-RET、KIAA1468-RET、RFG8/RET、ACBD5-RET、PTC1ex9-RET、MYH13-RET、PIBF1-RET、KIAA1217-RET、MPRIP-RET、HRH4-RET、Ria-RET、RET-PTC4、FRMD4A-RET、SQSTM1-RET、AFAP1L2-RET、PPFIBP2-RET、EML4-RET、PARD3-RET、MYH10-RET、HTIF1/RET、AFAP1-RET、RASGEF1A-RET、TEL-RET、RUFY1-RET、UEVLD-RET、DLG5-RET、FOXP4-RET、TIF1G-RET、H4L-RET、OFLM4-RET和RRBP1-RET。

实施例109.根据实施例100到108中任一项所述的化合物，其中所述RET相关性癌症选自由以下组成的组：肺癌、乳头状甲状腺癌、甲状腺髓样癌、分化型甲状腺癌、复发性甲状腺癌、难治性分化型甲状腺癌、2A或2B型多发性内分泌肿瘤(分别为MEN2A或MEN2B)、嗜铬细胞瘤、甲状旁腺增生、乳腺癌、结直肠癌、乳头状肾细胞癌、胃肠粘膜神经节神经瘤病和宫颈癌。

实施例110.根据实施例109所述的化合物，其中所述癌症是RET融合性肺癌或甲状腺髓样癌。

实施例111.根据实施例109所述的化合物，其中所述肺癌是小细胞肺癌、非小细胞肺癌、细支气管肺癌或肺腺癌。

实施例112.一种用于在哺乳动物细胞中抑制RET激酶活性的方法，所述方法包括使所述哺乳动物细胞与根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐接触。

实施例113.根据实施例112所述的方法，其中所述接触在体内发生。

实施例114.根据实施例112所述的方法，其中所述接触在体外发生。

实施例115.根据实施例112到114中任一项所述的方法，其中所述哺乳动物细胞是哺乳动物癌细胞。

实施例116.根据实施例115所述的方法，其中所述哺乳动物癌细胞是与哺乳动物RET相关性癌细胞。

实施例117.根据实施例112到116中任一项所述的方法，其中所述细胞具有RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调。

实施例118.根据实施例117所述的方法，其中RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调是所述RET基因中的一个或多个点突变。

实施例119.根据实施例118所述的方法，其中RET基因中的所述一个或多个点突变导致在以下氨基酸位置中的一个或多个氨基酸位置处具有一个或多个氨基酸取代的RET蛋白的翻译：2、3、4、5、6、7、8、11、12、13、20、32、34、40、56、64、67、114、136、145、180、200、292、294、321、330、338、360、373、393、423、432、446、505、506、510、511、513、515、525、531、532、533、550、591、593、595、600、602、603、606、609、611、616、618、619、620、623、624、630、631、632、633、634、635、636、640、641、648、649、664、665、666、675、686、689、691、694、700、706、713、732、736、748、750、765、766、768、769、770、771、777、778、781、788、790、791、802、804、805、806、810、818、819、823、826、833、836、841、843、844、848、852、865、870、873、876、881、882、883、884、886、891、897、898、900、901、904、905、907、908、911、912、918、919、921、922、930、961、972、981、982、1009、1015、1017、1041、1062、1064和1096。

实施例120.根据实施例119所述的方法，其中RET基因中的所述一个或多个点突变导致在以下氨基酸位置中的一个或多个氨基酸位置处具有一个或多个氨基酸取代的RET蛋白的翻译：32、34、40、56、64、67、114、145、292、321、330、338、360、393、423、446、510、511、513、515、525、531、532、533、550、591、593、595、600、602、603、606、609、611、616、618、619、620、623、624、630、631、632、634、635、636、640、641、648、649、664、665、666、675、686、689、691、694、700、706、713、732、736、748、750、765、766、768、769、770、771、777、778、781、788、790、791、804、805、806、810、818、819、823、826、833、836、841、843、844、848、852、865、870、873、876、881、883、884、886、891、897、898、900、901、904、905、907、908、911、912、918、919、921、922、930、961、972、981、982、1009、1015、1017、1041、1064和1096。

实施例121.根据实施例120所述的方法，其中RET基因中的所述一个或多个点突变导致具有以下氨基酸取代中的一个或多个氨基酸取代的RET蛋白的翻译：S32L、D34S、L40P、L56M、P64L、R67H、R114H、V145G、V292M、G321R、R330Q、T338I、R360W、F393L、G423R、G446R、A510V、E511K、G513D、C515S、C515W、R525W、C531R、G533C、G533S、G550E、V591I、G593E、E595D、E595A、R600Q、I602V、K603Q、K603E、Y606C、C609C、C609Y、C609S、C609G、C609R、C609F、C609W、C611R、C611S、C611G、C611Y、C611F、C611W、E616Q、C618S、C618Y、C618R、C618G、C618F、C618W、F619F、C620S、C620W、C620R、C620G、C620L、C620Y、C620F、E623K、D624N、C630A、C630R、C630S、C630Y、C630F、C630W、D631N、D631Y、D631A、D631G、D631V、D631E、E632K、E632G、C634W、C634Y、C634S、C634R、C634F、C634G、C634L、C634A、C634T、R635G、T636P、T636M、A640G、A641S、A641T、V648I、S649L、A664D、H665Q、K666E、K666M、K666N、K666R、T675T、S686N、S689T、G691S、R694Q、M700L、V706M、V706A、E713K、E732K、G736R、G748C、A750P、S765P、P766S、P766M、E768Q、E768D、L769L、R770Q、D771N、N777S、V778I、Q781R、I788I、L790F、Y791F、Y791N、V804L、V804M、V804E、E805K、Y806E、Y806F、Y806S、Y806G、Y806C、Y806H、Y806N、Y806Y、G810R、G810S、G810A、E818K、S819I、G823E、Y826M、Y826S、R833C、S836S、P841L、P841P、E843D、R844W、R844Q、R844L、M848T、I852M、L865V、L870F、R873W、A876V、L881V、A883F、A883S、A883T、E884K、R886W、S891A、S891S、R897Q、D898V、Y900F、E901K、S904F、S904S、S904C、Y905F、K907E、K907M、R908K、G911D、R912P、R912Q、M918T、M918V、M918L、A919V、E921K、S922P、S922Y、T930M、F961L、R972G、Y981F、R982C、M1009V、Y1015F、D1017N、V1041G、M1064T和Y1096F。

实施例122.根据实施例118所述的方法，其中RET基因中的所述一个或多个所述点突变发生在人RET基因的外显子10、11、13、14、15和16中的一个或多个中。

实施例123.根据实施例117所述的方法，其中RET基因、RET激酶蛋白或二者中任一个的表达或活性或水平的失调是RET基因融合。

实施例124.根据实施例107所述的方法，其中所述RET基因融合选自由以下组成的组：BCR-RET、CLIP1-RET、KIF5B-RET、CCDC6-RET、NCOA4-RET、TRIM33-RET、ERC1-RET、FGFR1OP-RET、RET-MBD1、RET-RAB61P2、RET-PRKAR1A、RET-TRIM24、RET-GOLGA5、HOOK3-RET、KTN1-RET、TRIM27-RET、AKAP13-RET、FKBP15-RET、SPECC1L-RET、TBL1XR1/RET、CEP55-RET、CUX1-RET、KIAA1468-RET、RFG8/RET、ACBD5-RET、PTC1ex9-RET、MYH13-RET、PIBF1-RET、KIAA1217-RET、MPRIP-RET、HRH4-RET、Ria-RET、RET-PTC4、FRMD4A-RET、SQSTM1-RET、AFAP1L2-RET、PPFIBP2-RET、EML4-RET、PARD3-RET、MYH10-RET、HTIF1/RET、AFAP1-RET、RASGEF1A-RET、TEL-RET、RUFY1-RET、UEVLD-RET、DLG5-RET、FOXP4-RET、TIF1G-RET、H4L-RET、OFLM4-RET和RRBP1-RET。

实施例125.一种在受试者中治疗肠易激综合征的方法，所述方法包括向被鉴定或诊断为患有肠易激综合征的受试者施用治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或根据实施例54所述的药物组合物。

实施例126.一种用于在有需要的受试者中减轻与肠易激综合征相关的疼痛的方法，所述方法包括向被鉴定或诊断为患有肠易激综合征的受试者施用治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或根据实施例54所述的药物组合物。

实施例127.一种用于在有需要的受试者中抑制癌症转移的方法，所述方法包括向所述受试者施用治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或根据实施例54所述的药物组合物。

实施例128.根据实施例127所述的方法，其中根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐与另一种化疗剂组合使用。

实施例129.一种治疗患有癌症的受试者的方法，其中所述方法包括：

(a)在一段时间内向所述受试者施用一个或多个剂量的第一RET抑制剂；

(b)在(a)之后，确定从所述受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用步骤(a)的第一RET抑制剂进行的治疗的增加的耐药性；以及

(c)如果所述受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用步骤(a)的第一RET抑制剂进行的治疗的增加的耐药性，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向所述受试者施用根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐；或

(d)如果所述受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用步骤(a)的第一RET抑制剂进行的治疗的增加的耐药性，则向所述受试者施用额外剂量的步骤(a)的所述第一RET抑制剂。

实施例130.根据实施例129所述的方法，其中步骤(c)中的所述抗癌剂是第二RET抑制剂、免疫疗法或其组合。

实施例131.根据实施例129所述的方法，其中步骤(c)中的所述抗癌剂是在步骤(a)中施用的所述第一RET抑制剂。

实施例132.根据实施例129所述的方法，其中向所述受试者施用额外剂量的步骤(a)的所述第一RET抑制剂，并且所述方法进一步包括(e)向所述受试者施用另一种抗癌剂。

实施例133.根据实施例132所述的方法，其中步骤(e)的所述抗癌剂是第二RET抑制剂、免疫疗法或其组合。

实施例134.根据实施例132所述的方法，其中步骤(e)的所述抗癌剂是根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐。

实施例135.一种治疗患有癌症的受试者的方法，其中所述方法包括：

(a)在一段时间内向所述受试者施用一个或多个剂量的第一RET抑制剂；

(b)在(a)之后，确定从所述受试者获得的样品中的癌细胞是否具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用步骤(a)的第一RET抑制剂进行的治疗的增加的耐药性；

(c)如果所述受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用步骤(a)的第一RET抑制剂进行的治疗的增加的耐药性，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向所述受试者施用第二RET抑制剂；或

(d)如果所述受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用步骤(a)的第一RET抑制剂进行的治疗的增加的耐药性，则向所述受试者施用额外剂量的步骤(a)的所述第一RET抑制剂；其中所述突变是氨基酸位置804处的取代，例如，V804M、V804L或V804E。

实施例136.根据实施例135所述的方法，其中步骤(c)的所述抗癌剂是在步骤(a)中施用的所述第一RET抑制剂。

实施例137.根据实施例135所述的方法，其中向所述受试者施用额外剂量的步骤(a)的所述第一RET抑制剂，并且所述方法进一步包括(e)施用另一种抗癌剂。

实施例138.根据实施例137所述的方法，其中步骤(e)的所述抗癌剂是第二RET抑制剂、免疫疗法或其组合。

实施例139.根据实施例137所述的方法，其中步骤(e)的所述抗癌剂是根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐。

实施例140.一种治疗患有癌症的受试者的方法，其中所述方法包括：

(a)确定从患有癌症且先前施用了一个或多个剂量的第一RET抑制剂的受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用先前施用给所述受试者的第一RET抑制剂进行的治疗的增加的耐药性；以及

(b)如果所述受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用先前施用给所述受试者的第一RET抑制剂进行的治疗的增加的耐药性，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向所述受试者施用根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐；或

(c)如果所述受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用先前施用给所述受试者的第一RET抑制剂进行的治疗的增加的耐药性，则向所述受试者施用额外剂量的所述第一RET抑制剂。

实施例141.根据实施例140所述的方法，其中步骤(b)的所述抗癌剂是第二RET抑制剂、免疫疗法或其组合。

实施例142.根据实施例140所述的方法，其中步骤(b)的所述抗癌剂是先前施用给所述受试者的所述第一RET抑制剂。

实施例143.根据实施例142所述的方法，其中向所述受试者施用额外剂量的先前施用给所述受试者的所述第一RET抑制剂，并且所述方法进一步包括(d)向所述受试者施用另一种抗癌剂。

实施例144.根据实施例143所述的方法，其中步骤(d)的所述抗癌剂是第二RET抑制剂、免疫疗法或其组合。

实施例145.根据实施例143所述的方法，其中步骤(d)的所述抗癌剂是根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐。

实施例146.一种治疗患有癌症的受试者的方法，其中所述方法包括：

(a)确定从患有癌症且先前施用了一个或多个剂量的第一RET抑制剂的受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用先前施用给所述受试者的第一RET抑制剂进行的治疗的增加的耐药性；以及

(b)如果所述受试者的癌细胞具有至少一种RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用先前施用给所述受试者的第一RET抑制剂进行的治疗的增加的耐药性，则以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向所述受试者施用第二RET抑制剂；或

(c)如果所述受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用先前施用给所述受试者的第一RET抑制剂进行的治疗的增加的耐药性，则向所述受试者施用额外剂量的先前施用过的所述第一RET抑制剂。

实施例147.根据实施例146所述的方法，其中步骤(b)的所述抗癌剂是先前施用给所述受试者的所述第一RET抑制剂。

实施例148.根据实施例146所述的方法，其中向所述受试者施用额外剂量的先前施用给所述受试者的所述第一RET抑制剂，并且所述方法进一步包括(d)向所述受试者施用另一种抗癌剂。

实施例149.根据实施例148所述的方法，其中步骤(d)的所述抗癌剂是第二RET抑制剂、免疫疗法或其组合。

实施例150.根据实施例148所述的方法，其中步骤(d)的所述抗癌剂是根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐。

实施例151.一种治疗患有癌症的受试者的方法，其中所述方法包括：

(a)在一段时间内施用一个或多个剂量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐；

(b)在(a)之后，确定从所述受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用步骤(a)的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐进行的治疗的增加的耐药性；以及

(c)以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向患有癌细胞的受试者施用第二RET抑制剂或第二种根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，所述受试者的癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用步骤(a)的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐进行的治疗的增加的耐药性；或

(d)向患有癌细胞的受试者施用额外剂量的步骤(a)的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，所述受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用步骤(a)的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐进行的治疗的增加的耐药性。

实施例152.根据实施例151所述的方法，其中在步骤(c)中施用所述第二RET抑制剂。

实施例153.根据实施例151所述的方法，其中在步骤(c)中施用根据实施例1到53中任一项所述的化合物的第二化合物或其药学上可接受的盐。

实施例154.根据实施例151所述的方法，其中步骤(c)的所述抗癌剂是第一RET抑制剂、免疫疗法或其组合。

实施例155.根据实施例151所述的方法，其中步骤(c)的所述抗癌剂是根据实施例1到53中任一项所述的化合物的第二化合物或其药学上可接受的盐，其不同于在步骤(a)中施用的化合物。

实施例156.根据实施例151所述的方法，其中步骤(c)的所述抗癌剂是在步骤(a)中施用的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐。

实施例157.根据实施例151所述的方法，其中向所述受试者施用额外剂量的步骤(a)的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，并且所述方法进一步包括(e)向所述受试者施用另一种抗癌剂。

实施例158.根据实施例157所述的方法，其中步骤(e)的所述抗癌剂是第二RET抑制剂、免疫疗法或其组合。

实施例159.根据实施例157所述的方法，其中步骤(e)的所述抗癌剂是第二种根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，其不同于步骤(a)的化合物。

实施例160.一种治疗患有癌症的受试者的方法，其中所述方法包括：

(a)确定从患有癌症且先前施用了一个或多个剂量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐的受试者获得的样品中的癌细胞是否具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用先前施用给所述受试者的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐进行的治疗的增加的耐药性；

(b)以单一疗法形式或与另一种抗癌剂联合向患有癌细胞的受试者施用第二RET抑制剂或第二种根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物，所述受试者的癌细胞具有一种或多种RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用先前施用给所述受试者的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐进行的治疗的增加的耐药性；或

(c)向患有癌细胞的受试者施用额外剂量的先前施用过的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，所述受试者的癌细胞不具有RET抑制剂耐药性突变，所述突变赋予细胞或肿瘤对使用先前施用给所述受试者的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐进行的治疗的增加的耐药性。

实施例161.根据实施例160所述的方法，其中在步骤(b)中施用所述第二RET抑制剂。

实施例162.根据实施例160所述的方法，其中在步骤(b)中施用第二种根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。

实施例163.根据实施例160所述的方法，其中步骤(b)的所述抗癌剂是第二RET抑制剂、免疫疗法或其组合。

实施例164.根据实施例160所述的方法，其中步骤(b)的所述抗癌剂是第二种根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐。

实施例165.根据实施例160所述的方法，其中步骤(b)的所述抗癌剂是先前施用给所述受试者的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐。

实施例166.根据实施例160所述的方法，其中向所述受试者施用额外剂量的先前施用给所述受试者的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，并且所述方法进一步包括(d)向所述受试者施用另一种抗癌剂。

实施例167.根据实施例166所述的方法，其中步骤(d)的所述抗癌剂是第二RET抑制剂、免疫疗法或其组合。

实施例168.根据实施例166所述的方法，其中步骤(d)的所述抗癌剂是第二种根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐。

实施例169.一种在受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：

(a)以单一疗法形式向被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的受试者施用一个或多个剂量的式I化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；

(b)在步骤(a)之后，确定从所述受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的水平；

(c)向被鉴定为与循环性肿瘤DNA的参考水平相比，具有大约相同或升高的循环性肿瘤DNA水平的受试者施用治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物，以及另外的治疗剂或治疗。

实施例170.根据实施例169所述的方法，其中所述另外的治疗剂是第二RET激酶抑制剂。

实施例171.根据实施例169所述的方法，其中所述另外的治疗剂或治疗包括以下一项或多项：放射疗法、化学治疗剂、检查点抑制剂、手术和一种或多种第二激酶抑制剂。

实施例172.根据实施例168所述的方法，其中循环性肿瘤DNA的所述参考水平是在步骤(a)之前从所述受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的水平。

实施例173.一种在受试者中治疗RET相关性癌症的方法，所述方法包括：

将治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及另外的治疗剂或治疗施用给受试者，所述受试者(i)被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症；(ii)先前已经被施用了单一疗法形式的一或多个剂量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；并且(ii)在以单一疗法形式施用一个或多个剂量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物后，被鉴定为与循环性肿瘤DNA的参考水平相比，具有大约相同或升高的循环性肿瘤DNA水平。

实施例174.根据实施例173所述的方法，其中循环性肿瘤DNA的所述参考水平是在以单一疗法形式施用一个或多个剂量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物之前从所述受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的水平。

实施例175.根据实施例173所述的方法，其中所述另外的治疗剂是第二RET激酶抑制剂。

实施例176.根据实施例173所述的方法，其中所述另外的治疗剂或治疗包括以下一项或多项：放射疗法、化学治疗剂、检查点抑制剂、手术和一种或多种第二激酶抑制剂。

实施例177.一种为受试者选择治疗的方法，所述方法包括：

为受试者选择治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物，所述受试者(i)被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症；(ii)先前已经被施用了一或多个剂量的第二RET激酶抑制剂；并且(ii)在施用一个或多个剂量的所述第二RET激酶抑制剂后，被鉴定为与循环性肿瘤DNA的参考水平相比，具有大约相同或升高的循环性肿瘤DNA水平。

实施例178.根据实施例177所述的方法，其中循环性肿瘤DNA的所述参考水平是在施用一个或多个剂量的所述第二RET激酶抑制剂之前从所述受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的水平。

实施例179.一种为受试者选择治疗的方法，所述方法包括：

为受试者选择治疗有效量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及另外的治疗方式，所述受试者(i)被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症；(ii)先前已经被施用了单一疗法形式的一或多个剂量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物；并且(ii)在施用一个或多个剂量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物后，被鉴定为与循环性肿瘤DNA的参考水平相比，具有大约相同或升高的循环性肿瘤DNA水平。

实施例180.根据实施例179所述的方法，其中循环性肿瘤DNA的所述参考水平是在以单一疗法形式施用一个或多个剂量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物之前从所述受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的水平。

实施例181.根据实施例179所述的方法，其中所述另外的治疗方式是第二RET激酶抑制剂。

实施例182.根据实施例179所述的方法，其中所述另外的治疗方式包括以下一项或多项：放射疗法、化学治疗剂、检查点抑制剂和一种或多种第二激酶抑制剂。

实施例183.一种确定受试者中的治疗功效的方法，所述方法包括：

(a)在第一个时间点确定从被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的第一水平；

(b)在所述第一个时间点之后和第二个时间点之前，向所述受试者施用包括一个或多个剂量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的治疗；

(c)在所述第二个时间点确定从所述受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的第二水平；以及

(d)鉴定所述治疗在被确定为相对于循环性肿瘤DNA的所述第一水平具有降低的循环性肿瘤DNA第二水平的受试者中是有效的；或

鉴定所述治疗在被确定为相对于循环性肿瘤DNA的所述第一水平具有大约相同或升高的循环性肿瘤DNA第二水平的受试者中是无效的。

实施例184.根据实施例183所述的方法，其中所述第一个时间点和所述第二个时间点相隔约1周到约1年。

实施例185.一种确定受试者是否对治疗产生耐药性的方法，所述方法包括：

(a)在第一个时间点确定从被鉴定或诊断为患有RET相关性癌症的受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的第一水平；

(b)在所述第一个时间点之后和第二个时间点之前，向所述受试者施用包括一个或多个剂量的根据实施例1到53中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的治疗；

(c)在所述第二个时间点确定从所述受试者获得的生物样品中循环性肿瘤DNA的第二水平；以及

(d)确定相对于循环性肿瘤DNA的所述第一水平具有降低的循环性肿瘤DNA第二水平的受试者未对所述治疗产生耐药性；或

确定相对于循环性肿瘤DNA的所述第一水平具有大约相同或升高的循环性肿瘤DNA第二水平的受试者已对所述治疗产生耐药性。

实施例186.根据实施例185所述的方法，其中所述第一个时间点和所述第二个时间点相隔约1周到约1年。