即便亲和力已提升，在某些状况下，Strep-Tactin®使用仍有所限制，尤其是在需要极高亲和力的应用之中，例如检测蛋白质间的交互作用、或是从目标蛋白浓度低的样本中进行纯化。因此科学家利用总结合力(Avidity)的原理，将两个Strep-tag II以Linker连接在一起 :  Twin-Strep-tag 7。这一新标签的出现再度提升了目标蛋白与Strep-Tactin®的链接强度，改善了低浓度样本纯化效果8，还能用于抓取蛋白复合体、检测蛋白间的交互作用7, 9。

美中不足的是，Strep-Tactin®在变性条件下并不稳定(例如:使用尿素时)，无法进行纯化，且进行批量纯化时，即使搭配Twin-Strep-tag，效果仍有改善的空间。为此，科学家再次改造了Strep-Tactin®，得到与Twin-Strep-tag亲和力更上一层楼的Strep-Tactin®XT (XT意指extreme tight) 10。经过这次的优化，科学家首次创造出一个纯化系统，其中标签与配体的键结力几近共价，但链结仍保持可逆 (注:Strep-tag II也能与Strep-Tactin®XT结合)。因亲和力的增加，即使经过多次清洗步骤，蛋白也不会从Strep-Tactin®XT上解离，提高了目标蛋白的得率。需注意的是，洗脱步骤必须使用生物素，但是整个纯化流程与前几代一样温合，纯度超过95%，这就是 新一代Strep-tag系统。用Strep-Tactin®XT来纯化时，得率及纯度都提高；且Twin-Strep-tag搭配后还能用在Biacore芯片11, 12、微量滴定板或ELISA中来固定蛋白，进行后续检测，是一个多用途的亲和标签系统。