Python常用遥感模块Rasterio与Rioxarray的安装与使用

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Python常用遥感模块Rasterio与Rioxarray的安装与使用

2024-07-11 09:51| 来源: 网络整理| 查看: 265

1. Rasterio与Rioxarray安装

Rasterio 是一个很多模块是基于 GDAL 的 Python 包，可用于处理地理空间栅格数据，例如 GeoTIFF 文件。为此，可以使用许多模块和函数，例如，处理来自卫星的原始数据、读取栅格数据、检索地理元数据、转换坐标、裁剪图像、合并多个图像以及以其他格式保存数据。大量的功能和易于实施使 Rasterio 成为卫星数据分析的标准工具。

首先安装 Rasterio 模块，（本人使用 conda 安装时遇到过报错 ImportError: cannot import name 'CRS' from 'pyproj' (unknown location)，是由于 pyproj 模块安装不全，因此建议采用后面的离线安装方式或者之后遇到问题时删除 pyproj 模块后再离线安装该模块）：

conda install gdal conda install rasterio

如果安装失败可以采用离线安装的方式，Rasterio 依赖很多第三方库，所以比较麻烦，按下面的顺序依次安装即可，可以尝试使用 pip 安装或者下载 .whl 文件离线安装（注意对上 Python 版本）：

pyproj Shapely GDAL Fiona rasterio

在这里插入图片描述

各个模块的链接：Pyproj、Shapely、GDAL、Fiona、Rasterio。

离线安装指令：

pip install E:\GDAL-1.2.10-cp310-cp310-win_amd64.whl

在 Python 中使用 Anaconda 安装 rioxarray 包时，首先需要安装 GDAL 和 rasterio，然后再安装 rioxarray：

pip install rioxarray 2. 使用教程

（1）使用 Rioxarray 读取并展示图像：

import rasterio import rioxarray import matplotlib.pyplot as plt plt.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei'] plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False img_path = '../images/tiff_img.tif' img = rioxarray.open_rasterio(img_path) print(img.shape) # (22, 488, 480)，第一维为通道数 print(type(img)) # print(type(img.values)) # fig, axes = plt.subplots(1, 2, figsize=(10, 6)) for ax in axes.flat: ax_img = ax.imshow(img[0], cmap='viridis') for ax, title in zip(axes.flat, ['img1', 'img2']): ax.set_title(title) fig.colorbar(mappable=ax_img, label='FSC', orientation='horizontal', ax=axes, fraction=0.04) # 图例，fraction可调整大小 plt.show()

在这里插入图片描述

也可以用另一种形式展示（注意如果使用 Rasterio 读取图像则无法使用该方式展示图像）：

plt.figure(dpi=300, figsize=(15, 5)) plt.subplots_adjust(hspace=0.2, wspace=0.5) plt.subplot(1, 2, 1) img[0].plot(cmap='terrain') # getting the first band plt.subplot(1, 2, 2) img[1].plot(cmap='terrain') # plt.savefig('1.png', dpi=300, bbox_inches='tight', pad_inches=0) plt.show()

在这里插入图片描述

（2）使用 Rasterio 读取图像：

img = rasterio.open(img_path).read() print(img.shape) # (22, 488, 480) print(type(img)) #

（3）转换为 Tensor 类型：

import torch import numpy as np img_torch = torch.tensor(np.array(img.values), dtype=torch.float32) # Rioxarray转Tensor print(img_torch.shape) # torch.Size([22, 488, 480]) img_torch = torch.tensor(img, dtype=torch.float32) # Rasterio转Tensor print(img_torch.shape) # torch.Size([22, 488, 480])

（4）将 TIFF 图像逐像素提取出数据构建 CSV 文件：

import os import tqdm import pandas as pd from sklearn.model_selection import train_test_split def read_image(img_path): img = rasterio.open(img_path).read() band, height, width = np.shape(img) img_data_list = [] for x in tqdm.trange(height): for y in range(width): temp = img[::, x, y] if np.array(np.isnan(temp), dtype=np.int8).sum() > 0: # 过滤nan值 continue else: img_data_list.append(temp.tolist()) img_arr = np.array(img_data_list) img_arr = np.around(img_arr, 6) # 将数据四舍五入保留6位小数 labels = img_arr[:, 0] # 第一个特征为标签 dataset = img_arr[:, 1:] # 之后的特征为训练数据 print(os.path.basename(img_path), '读取成功!') # return dataset, labels return img_arr total_dataset = np.zeros((1, 22), dtype=np.float32) img_data = read_image(img_path) total_dataset = np.append(total_dataset, img_data, axis=0) total_dataset = np.delete(total_dataset, obj=0, axis=0) # 按行(axis=0)删除第一行(obj=0)元素 print(total_dataset, '\n', np.shape(total_dataset)) # [[0.570768 0.14354 0.159068 ... 0.458602 1. 0.4 ] # [0.307365 0.14354 0.159068 ... 0.458602 1. 0.4 ] # [0.005285 0.14354 0.159068 ... 0.428406 1. 0.4 ] # ... # [0.993229 0.393478 0.370807 ... 0.243081 1. 0.8 ] # [0.967867 0.370807 0.356894 ... 0.243081 1. 0.8 ] # [0.945627 0.321429 0.305714 ... 0.243081 1. 0.8 ]] # (116082, 22) # 一张影像22个波段，每一波段为一种特征，特征名如下，其中FSC既是模型训练时的标签数据也是模型输出数据 feature_name = ['FSC', 'SR1', 'SR2', 'SR3', 'SR4', 'SR5', 'SR6', 'SR7', 'NDVI', 'NDSI', 'NDFSI', 'SensorZenith', 'SensorAzimuth', 'SolarZenith', 'SolarAzimuth', 'Dem', 'Slope', 'Aspect', 'LST', 'A2T', 'SC', 'LCT'] df = pd.DataFrame(total_dataset, columns=feature_name) df.to_csv('../data/MODIS_total_data.csv', index=False) print(df) # FSC SR1 SR2 SR3 ... LST A2T SC LCT # 0 0.570768 0.143540 0.159068 0.165776 ... 0.447205 0.458602 1.0 0.4 # 1 0.307365 0.143540 0.159068 0.165776 ... 0.447205 0.458602 1.0 0.4 # ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... # 116080 0.967867 0.370807 0.356894 0.384162 ... 0.252946 0.243081 1.0 0.8 # 116081 0.945627 0.321429 0.305714 0.327329 ... 0.252946 0.243081 1.0 0.8 # [116082 rows x 22 columns] train_data, valid_data = train_test_split(df, test_size=0.3, random_state=1) # 按7:3的比例划分train_data与valid_data train_data.to_csv('../data/MODIS_train_data.csv', index=False) valid_data.to_csv('../data/MODIS_valid_data.csv', index=False) print(train_data) print(valid_data) # FSC SR1 SR2 ... A2T SC LCT # 65463 1.000000 0.868261 0.860124 ... 0.306415 0.954102 0.4 # 71636 0.000000 0.074969 0.090683 ... 0.492837 0.021780 0.4 # ... ... ... ... ... ... ... ... # 77708 0.836359 0.252298 0.268199 ... 0.400243 1.000000 0.4 # 98539 0.004958 0.048758 0.073168 ... 0.547051 0.000000 0.4 # [81257 rows x 22 columns] # FSC SR1 SR2 ... A2T SC LCT # 24035 0.907556 0.579814 0.588075 ... 0.332088 1.000000 0.8 # 26625 0.988592 0.708696 0.702981 ... 0.334435 0.999297 0.4 # ... ... ... ... ... ... ... ... # 22745 0.000000 0.054348 0.127143 ... 0.494257 0.532436 0.4 # 31068 0.994422 0.562795 0.532174 ... 0.384267 1.000000 0.4 # [34825 rows x 22 columns]

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