COVID-19在全球范围内迅速传播，导致1亿多人感染，200多万人死亡。然而，作为诊断COVID-19的黄金标准，逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）核酸检测因假阴性率至少为20%而受到质疑。因此，迫切需要寻找一种新的诊断方法。ACE2是SARS-CoV-24的靶点，在肺、肝、肾、脑和小肠上皮中表达。SARS-CoV-2激活肠道ACE2受体，引起炎症、胃肠道症状和微生物群失调。本研究的目的是：描述活性COVID-19患者和康复患者的口腔微生物群、肠道微生物群和血脂谱；评估微生物组作为COVID-19非侵入性生物标志物的潜力；并探讨微生物组与脂质谱之间的相关性。本研究的设计思路是：对我国中部和东部地区392份舌苔标本、172份粪便标本和155份血清标本进行测序。作者对华东地区74例确诊患者（confirmed patients ，CPs）和37例IgG阳性的疑似患者（suspected patients，SPs）进行了微生物组和脂质分子的特征分析，构建了发现队列中的微生物分类器，并验证了它们的诊断潜力。研究结果发现，与健康对照组（HCs）相比，CPs组口腔和粪便微生物多样性显著降低。与HCs相比，口腔CPs中丁酸产生菌减少，脂多糖产生菌增多。基于8种最佳口腔微生物标志物（7种粪便微生物标志物）的分类器在不同人群中取得了良好的诊断效果。重要的是，在跨地区队列中，诊断有效率达到87.24%。同时，成功地将IgG抗体阳性的SPs诊断为CPs，诊断有效率达92.11%（占粪便菌群的98.01%）。与CPs相比，47个脂质分子，包括鞘磷脂（SM）（d40:4）、SM（d38:5）和单甘油酯（33:5），以及122个脂质分子，包括磷脂酰胆碱（36:4p）、磷脂酰乙醇胺（PE）（16:0p/20:5）和甘油二酯（20:1/18:2），在确诊的患者恢复中富集。总而言之，本研究首次描述了COVID-19患者的口腔微生物群以及康复患者的口腔微生物群和脂质变化，探讨了它们之间的相关性，并报道了COVID-19诊断模型的成功建立和验证。