首先基因下游是什么？

我们知道上游很重要啊，因为可能会调控转录，但注释的时候，没有上游这个东西，为什么呢？因为转录起始位点TSS的上下游被定义为promoter，所以啊上游被包括在promoter中，也就没有上游这个category了。

那么转录终止位点TTS的上下游呢？上游还在基因主体里，它可以是外显子、内含子、3’UTR这些，优先拿这些来注释，而下游呢？基因间区！基因间区就是各种不编码蛋白的区域，当然也可能编码一些非编码RNA之类的，这一块从基因的角度来看，是比较‘没用’的。但对于TTS后面紧接着的基因间区，它可能对基因的转录还是有些影响的，所以单独拿出来，就是这里要说的downstream了。

所以一个基因主体的immediate upstream，包含在promter里，而immediate downstream，我们也单独拿出来注释为downstream，这两块其实都在基因间区，但被我们拿出来了，因为和基因直接连接，很近的区域，可以说这是近端基因间区。而其它的基因间区，我们称之为远端基因间区，distal intergenic.

Does anyone know how to set the downstream range for the peak annotation? It seems the default setting of downstream is 3kb. I would like to set the downstream range from 3kb to 500bp. Thanks

这是Bioconductor上的问题，https://support.bioconductor.org/p/103135/，事实上在早期的版本，这是hard coded的，写死在里面，现在的版本是可以由用户自己定义的，但我在写这个的时候呢，我觉得annotatePeak已经有很多参数了，我不想把参数列表搞得又臭又长，所以呢，就变成了黑魔法，使用options来设置。比如说上面提问者想要的500bp，就可以通过下面的指令来设置：