利用Cytoscape进行生物相互作用网络可视化及拓扑分析 |
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前言
本人的科研工作主要是基于基因相互作用网络开展的,所以对于网络可视化与网络的拓扑分析是十分必要的,这里主要介绍Cytoscape软件的使用,在这方面功能很全面和方便。 一、Cytoscape软件下载和安装1.进入下载官网(https://cytoscape.org/download.html)直接下载即可; 2.下载后直接双击安装,该软件需要JAVA运行环境,如果需要会提示下载,直接点击Download,等待下载完毕即可; 3.按以下步骤依次点next,一直到finish安装完成 1.双击打开Cytoscape软件; 2.导入网络的数据文件。依次选择File–>Import–>Network from File…。(这里以一个简单的网络为例)文件格式如下图: 3.选择每一列的属性,如下图: 4.点击OK,完成导入,可以看到网络的可视化图和基本信息,如图: 进入Style模块,这里可以对图中的节点,边或者整个网络进行颜色,形状等方面的调整,让图更加的美观。 选择Tools–>NetworkAnalyzer–>Network Analysis–>Analyze Network… 选择Tools–>Merge–>Nerworks… 1.选择导出子图的节点,点击右边第一个图标,完成导出 2.导出网络的所有连通子图 选择Tools–>NetworkAnalyzer–>Subnetwork Creation–>Extracted Connected Component… 选择Tools–>NetworkAnalyzer–>Network Analysis–>Analyze Network…后选择有向图/无向图
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