由于软件的功能限制，一些比对软件生成的比对文件，如Clustalx的*.aln文件，可读性差，无法满足高质量期刊的要求。因此，在实际操作过程中，需要对一些多重序列比对的文件进行着色美化。

GeneDoc简介

GeneDoc是蛋白质和DNA序列同源比较的辅助软件，它不能对多个序列以某种算法进行自动比较，但是能对其他软件的比较结果进一步处理。如编辑和修改，用亮丽的色彩来区分相互间序列的同源性，并输出各种漂亮的图形格式。

GeneDoc下载地址：https://github.com/karlnicholas/GeneDoc。

GeneDoc使用

1.导入多重序列比对结果

GeneDoc可接收多种格式的比对结果文件，如 . fas .msf .aln等格式。这里以 .fas格式(Clustalw比对后导出的fasta格式)为例，具体操作如下图所示：

导入文件后点击 Done ，导入后的界面如下图所示：