【孟德尔随机化药靶分析】SMR分析 |
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数据准备 首先要明确SMR分析需要准备哪些文件?为了方便大家去SMR官方网站查找资料时有所参照,我尽量使用官网原文,附上相应的解说: “We store eQTL summary data in three separate files .esi (SNP information, similar as a PLINK .bim file), .epi (probe information) and .besd (a binary file to store the summary statistics). Make a BESD file from SMR query output注意myquery.txt的行名和行名顺序哦, smr --qfile myquery.txt --make-besd --out mybesd有了besd文件后,我们继续来制备另外两种格式的文件: Update the .esi or .epi filesps:这里的my_beqtl文件就是上一步生成的mybesd文件,不加后缀名 smr --beqtl-summary my_beqtl --update-esi mybigpool.esi--update-esi reads a .esi file for updating and backup the original .esi file. smr --beqtl-summary my_beqtl --update-epi mybigpool.epi--update-epi reads a .epi file for updating and backup the original .epi file. 要强调的是,这三个格式的文件名要求保持一致,便于后续SMR分析! 然而问题来了,myquery.txt文件又是从何而来的呢? 靶基因的eqtl文件获取“eQTLGen - cis-eQTLs “输入感兴趣的基因,然后记住基因在哪条染色体上,还有Gene ID 比如, “然后, “这个文件1G多,下载以后解压缩,一直到文件名的尾巴分别是besd/epi/esi结尾的时候,修改文件名为: 假设你已经下载好了SMR软件,我这里就直接运行: PS E:\09-MY_try\MR_Practice\SMR\smr-1.3.1-win-x86_64> .\smr-1.3.1-win.exe smr --beqtl-summary ..\cis-eQTL-SMR_20191212\myeqtl --query 5.0e-8 --snp-chr 1这个时候就拿到了对应染色体上p值 .\smr-1.3.1-win.exe smr --beqtl-summary ..\cis-eQTL-SMR_20191212\myeqtl --query 5.0e-8 --snp-chr 1 --gene ENSG00000119535 --out myquery 这里要注意,gene对应的是ENSG00000开头的哦 打开myquery文件: 这回总算和第一步衔接上了! SMR分析前准备PS E:\09-MY_try\MR_Practice\SMR\smr-1.3.1-win-x86_64> .\smr-1.3.1-win.exe smr --qfile .\myquery.txt --make-besd --out myCSF3R这个时候到对应文件夹下查看就会发现, 哇哦,齐活了! 接下来就可以开始SMR正式分析了—— SMR & HEIDI analysis这里的结局是primary outcome,别搞错喽!另外,参考基因组记得对应到靶基因对应的染色体上哦~ 准备mygwas.ma这里有几个细节需要关注:The headers are not keywords and will be omitted by the program. “"A1 "应为效应等位基因,"A2 "应为其他等位基因,"freq "应为 "A1 "的频率。 "n "列不会用于 SMR 或 HEIDI 分析,因此如果没有,可以用 "NA "代替。也就是把列名为n的内容赋值为NA,但不能没有n这一列! 有的GWAS数据是从别人的文献中获取的,这个时候就要手动加freq这一列,之前已经介绍过➡ SMR分析PS E:\09-MY_try\MR_Practice\SMR\smr-1.3.1-win-x86_64> .\smr-1.3.1-win.exe smr --bfile ..\1000G.EUR.QC\1000G.EUR.QC.1 --gwas-summary ..\my_gwas.ma --beqtl-summary .\myCSF3R --out mysmr --thread-num 10 |
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