如何批量分析蛋⽩序列

domian-SMART

数据库

SMART

（

http://smart.embl.de/

）是我们常⽤来进⾏

domain

搜索和蛋⽩质注释的数据库，它集成

了很多蛋⽩结构预测和功能分析的⼯具，⽐如可以预测蛋⽩的⼀些⼆级结构：跨膜区

（

Transmembrane segments

）、复合螺旋区（

coiled coil regions

）、信号肽（

Signal

peptides

）、蛋⽩结构域（

PFAM domains

）等

。

进⼊

SMART

主页，就会看到

SMART

有两种不同的模式：

normal 

和

genomic

，两种模式主要是

⽤的数据库不⼀样：

1. Normal SMART 

⽤的数据库

 Swiss-Prot

、

 SP-TrEMBL 

和

Stable

Ensembl proteomes

；

2. Genomic SMART 

⽤的是全基因组序列

，两种模式可以点击下图红⾊

剪头所指

normal /genomic

进⾏切换。

下⾯具体介绍下通过

Uniprot/Ensembl ID 

或者序列在

SMART

数据库中单序列

/

批量序列检索操作

⽅法。

单序列

domian

搜索

直接通过⽹站链接进⼊主页（如下图），输⼊需要鉴定的序列

ID

，包括

Uniprot/Ensembl ID

等

（下图

1

处），或者直接输⼊序列（下图

2

处），并进⾏参数设置（下图

3

处）。

譬如⼩编直接利⽤拟南芥

AT1G66550.1

蛋⽩序列提交之后，获得如下图的分析结果。

批量搜索

SMART

批量搜索的设置隐藏的有点深，⽽这是科研⼯作的我们最需要的！批量搜索可以通过主

页帮助（

help

）的位置进⼊（见下图），或者直接利⽤链接：

http://smart.embl.de/smart/batch.pl

。

选择

batch access

进⼊批量分析页⾯（如下图），可以通过复制粘贴相关

ID/

序列

或者直接上传

对应的⽂件，之后设置参数提交进⾏分析即可（参数可以选择仅输出分析结果⽂本格式）。

譬如⼩编把拟南芥的⼀部分蛋⽩序列提交之后结果如下图，移动滚动条可以对所有分析结果进

⾏浏览。