siRNA是最早用于RNA干扰的工具，能在细胞内产生快速、短暂的基因沉默，适合便于转染或电穿孔转化的细胞。因此对于想快速获得结果的体外实验首选siRNA。

shRNA克服了siRNA作用时间短的局限性，能够在体外建立较稳定的基因干扰，借助病毒转染媒介使其更适合难转染的细胞系和动物模型构建，同时基于miRNA结构的shRNA干扰载体可由RNA聚合酶II型启动子转录，实现时空特异性基因沉默。因此对于较长期基因沉默、特异性基因沉默和诱导性基因沉默的体内外实验首选shRNA，同时基于RNAi的生物性状研究、植物的基因沉默同样推荐选择shRNA。

miRNA是生物体内广泛存在的一种基因调控机制，能介导基因沉默或mRNA翻译抑制，通常一个miRNA可调控多个基因的表达。因此多用于研究特定miRNA的功能和作用机制，或用于研究miRNA sponge的吸附功能。