早期，DNA的大小标准主要来源于病毒基因组片段(例如,λφX174)和细菌质粒(如pUC19)的限制内切。 该标准物在内切、样品纯度和电泳中带型的重现性方面存在问题。 而后，从连接反应和/或PCR中获取的含有片段的分子量标准，因具有再现性且可产生预期大小的片段，而备受青睐。 如今，因为色谱纯化片段实现了质量、带型、强度和数量等方面的更高控制，被视为分子量标准黄金标准(图6)。

此外，还设计出 室温下稳定、适合运输和储存，以及方便和少环境影响的分子量标准。 而预混合，即用型分子量标准也 可供选择—添加了最佳浓度、可直接上样到凝胶的上样染料的分子量标准。

注意，由不同制造商生产、描述相同(例如，1kb或100 bp)的分子量标准，包含DNA片段的数量、大小和密度可能会有所 不同(图7)。 使用前，请参考制造商提供的指南和协议，获取分子量标准组成及其使用用途准确而详细的说明。

与DNA 分子量标准不同， RNA 分子量标准 通常与含有变性剂的上样缓冲液一同提供。 变性剂可维持RNA的单链形式，确保样品 可预测的迁移 和分离结果。 当运行RNA凝胶电泳时，应避免使用DNA分子量标准，因为双链分离，在变性条件下使用会导致非规则方式分离。