史上最全高质量SCI图片处理软件及操作流程

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史上最全高质量SCI图片处理软件及操作流程

2023-04-23 23:51| 来源: 网络整理| 查看: 265

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相信有投稿经验的朋友都知道期刊对图片质量的要求很高,只要图片做得稍微不清晰,期刊编辑部马上退稿重做。有些审稿专家还习惯了先看标题和图表,再看正文。一幅图等于1000字,可见SCI论文的图片质量非常重要,处理一张图片可能要花很多时间,图片质量好坏一定程度上决定了论文能不能被录用。

在座的科研大牛,你们千辛万苦地做出来了实验结果,该怎样展现给别人看呢?高颜值的SCI图片怎么弄呢?有秘诀吗?下面小编将介绍一些组合SCI图片所用的软件及其操作流程。

什么是图像呢?

图像是一个数组或矩阵,由方形像素按列和行排列起来。我们常见的图像有黑白图像和彩色图像。黑白图像(灰度图像)矩阵元素的取值范围通常为【0, 255】。“0”表示纯黑色,“255”表示纯白色,中间的数字从小到大表示由黑到白的过渡色。而彩色图像有24位色深=16 million种颜色。

数字化图像数据有两种存储方式:矢量图和位图

常见的图像格式有三种:

GIF,256色,压缩后不易损坏图像质量,多数用在网页上。

JPEG,经过压缩后容易损坏图像质量,多数也是用在网页上。

TIFF,标准的24位的格式,用LZW压缩,不容易损坏图像质量。所以大多期刊都接收TIFF格式的图片。

颜色模式通常分为两种:

RGB模式,它分别用红(R)、绿(G)、蓝(B)三原色的组合来表示每个像素的颜色。

CMYK模式: CMYK代表印刷上用的四种颜色,C代表青色(Cyan),M代表洋红色(Magenta),Y代表黄色(Yellow),K代表黑色(Black)。CMYK模式是最佳的打印模式。用CMYK模式编辑虽然能够避免色彩的损失,但运算速度很慢。主要因为:1、即使在CMYK模式下工作,Photoshop也必须将CMYK模式转变为显示器所使用的RGB模式。2、对于同样的图像,RGB模式只需要处理三个通道即可,而CMYK模式则需要处理四个。

权威期刊对SCI论文绘图的原则要求

原则1、分辨率

这里所讲的分辨率不是用相机拍照的总像素数,它的单位dpi(dot per inch),dpi代表了1英寸中的点数,通常不同期刊对论文配图的要求都不一样,一般情况期刊会有几个方面的要求:

line art(指黑白的矢量图),要求最高,分辨率为1200 dpi。

halftone art(半色调图像,颜色深浅有差别的灰度图,如照片、图画等),要求最低,分辨率至少为300 dpi。大家在实验阶段时就要当心保存高分辨率的图片,尤其是Western blot之类的照片。

combination art(halftone和line art的组合图),要求的分辨率是600 dpi或以上。为避免上传图片时出现困难,请不要一味地追求高分辨率,分辨率太高导致图片太大。

原则2、图片格式

科技论文中常用的图片格式有bmp、tif、wmf、emf、jpg等。对于矢量图而已,一般建议用EPS格式保存图片;halftone图片的格式通常用TIFF、TIF或PNG格式即可。投稿时一般要求图片要以独立文件形式上传。

BMP是位图,保存方法原始,体积大,质量高。

TIF兼容性好,提供预览图,缺点是体积大,但它是论文支持最广的图形文件格式,印刷后清晰度特别好。

WMF和EMF是以一种矢量图形格式,无论放大或缩小,图形的清晰度不变,所需的存储空间非常小。

JPG是一种常用的有损压缩方案,用来压缩存储批量图片,对于科技论文达到600 dpi即可。

原则3、图片大小

虽然投稿阶段没有做出严格的要求,但是一旦文章接收后,印刷排版时就要引起注意了。一般情况下只对宽度做出调整就行,单幅(单栏)在8 cm左右,全幅(双栏)在16 cm左右,不同期刊的要求略有差异。如SPRINGER出版社对图片宽度的要求,双栏在8.4 cm,单栏在17.4 cm,同时要求图片高度Line,或2D Graphs工具栏的Line.

如图所示,

绘制Y误差图

导入Curve Fitting文件的Gaussian.dat文件数据。选中一列将其设置为Y Error列,如图。

单击菜单命令【Plot】→【Symbol】一【Y Error】或2D Graphs工具栏的【Y Error】按钮。

绘制垂线图

导入Graphing文件夹中的 AXES .DAT文件数据,选中一列,单击菜单命令【Plot】→【Symbol】→【Vertical Drop Line】或2D Graphs工具栏【Vertical Drop Line】按钮。

绘制柱形图

导入 Graphing文件夹中的AXES.DAT文件数据。选中一列,单击菜单命令【Plot】→【Column/Bar/Pie】→【Column】或2D Graphs工具栏的【Column】按钮。

绘制对垒柱形图

导入 Graphing文件夹中的 Group.dat文件数据。选中一列,单击菜单命令【Plot】→【Column/Bar/Pie】→【Stack Column】或2D Graphs工具栏的【Stack Column】按钮。

绘制三角图

三角图主要用于描述X、Y、Z列所代表的量之间的比例关系,因此,理论上应满足X+Y+Z=1。如果数据表中的数据没有归一化,Origin在绘图时会自动归一化。

导入 Graphing文件夹中的 Ternary 1.dat文件数据。选中一列将其类型设置为Z,单击菜单命令【Plot】→【Specialized】→【Ternary】或2D Graphs工具栏上的【Ternary】按钮。

绘制矢量XYAM图

创建一个包含3个Y列的工作表。

选中A列,然后单击菜单命令【Column】→【Set Column Values...】, 打开【Set Values】对话框,设置A列公式“cos(i-1)*2*pv50)”,范围Row(i):“1To50”,然后单击【Apply】。

单击【>>】按钮将B列设为要设置值的列,输入公式“sin(i-1)*2*pi/50)",范围默认,然后单击【Apply】按钮。

依次将C列公式设置为“(i-1)*2*pi/50”,D列设置为”1”,然后单击【OK】按钮完成设置值。

选中B、C和D三列。

单击菜单命令【Plot】→【Specialized】→【Vector XYAM】或2D Graphs工具栏上的【Vector XYAM】按钮。

绘制矢量XYXY图

1、创建一个包含两对XY列的工作表。

2、选中A列,然后单击菜单命令【 Column】→【 Set column Values...】,打开【 Set values】对话框,设置A列公式为“cos(i-1)*2*pi/50)”,范围Row(i):“1To50”,然后单击【Apply】按钮。

3、单击【>>】按钮将B列设为要设置值的列,输入公式“sin(i-1)*2*pi/50)”,范围默认,然后单击【 Apply】。

4、依次将C列公式设置为“1.2*cos((i-1)*2*pi/50)”,D列设置为“1.2*sin((i-1)*2*pi/50)”,然后单击【OK】按钮完成设置值。

5、选中A、B、C和D三列。

6、单击菜单命令【Plot】→【Specialized】→【Vector XYXY】或2D Graphs工具栏上的【Vector XYXY】按钮。

绘制含数据标签的图

1、导入Graphing文件夹中的3D Pie Chart.dat文件数据。

2、添加一个列,然后将B列数据复制到C列。

3、选中C列将其设置为标签列。

4、选中B、C两列,然后单击菜单命令【Plot】→【Column/Bar/Pie】→【Bar】或2D Graphs工具栏上的【Bar】按钮。

六、ImageJ

ImageJ是一个基于JAVA的图像处理软件,由NIH开发。可运行于Windows 10、Mac OS、Linux。ImageJ能够显示、编辑、分析、处理、保存8位~32位图片,支持TIFF/PNG/GIF/JPEG/BMP等多种格式。ImageJ可以在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像。ImageJ可打开任意多的图像进行处理。ImageJ支持用户自定义插件和宏。所以通常我们还可以同时安装一个图像处理包FIJI。

软件下载链接 https://imagej.nih.gov/ij/download.html

在安装ImageJ之前,留意下你电脑是否安装了JAVA程序语言,因为ImageJ需要在JAVA环境下运行。

FIJI安装包链接 https://fiji.sc/

批量处理图片的操作过程如下

1、打开Fiji软件,Process>Batch>Macro进入批处理设置Batch Process窗口

2、Input:选择原始图片存放位置。

3、Output:选择存放处理后图片的文件夹。

4、Outputformat:选择处理后图片的保存格式。

5、Add macro code:选择需要执行的操作。可输入包含多种操作的macro,即对成百上千张图片进行同样的处理。

应用实例

科研论文图片中免疫荧光和免疫组化等图片的基本要求必须有标尺,用以显示物体的实际大小。所以接下来我们用ImageJ演示一下加标尺的步骤。

1、打开一张有标尺的图片,使用MagnifyingGlass(放大镜)工具放大标尺,使用直线工具Shift沿着标尺画一条直线。

2、Analyze>Set Scale进入标尺设置界面。

直线的距离为77.3333pixels,已知距离是25μm,Unit of length为μm,Global对所有后续打开图片有效,否则只对当前图片有效,Scale为3.0933 pixels/μm,点击OK可见图片右上角显示图片的长宽单位为μm:

3、Analyze>Tools>Scale Bar给无标尺的图片添加标尺。

依次设置标尺大小、外观、字体、颜色、位置等。点击OK就能方便的添加标尺了,如上图添加了一个红色的25μm的标尺。

如果你在实验过程中忘记添加标尺了,也可用ImageJ添加。

1、本次使用软件为ImageJ/Fiji。现有一系列无标尺的同尺寸图片,打开相同条件下获得的有标尺的图片,根据基本方法校正标尺,得到该标尺为4.65 pixels/μm:

2、Plugins-> Macros -> Record…录制宏,Analyze -> Tools-> Scale Bar添加标尺,点击Create创建宏:

3、将一系列无标尺的图片放至无标尺文件夹,新建一个空的命名为有标尺的文件夹。Process -> Batch -> Macro进入Batch Process窗口。选择输入文件夹为无标尺文件夹,选择输出文件夹为有标尺文件夹。输出图片格式为TIFF,将录制好的宏复制粘贴至下方文本框中,点击Process进行批量添加操作:

打开有标尺文件夹,可见每张图片均已添加了一个50 μm的标尺:

七、SPSS

SPSS是由Standford大学的3位研究生于20世纪60年代末开发。1984年他们推出了世界上第一个统计分析软件微机版本SPSS/PC+,开创了SPSS微机系列产品的发展方向,并广泛应用于自然科学、技术科学和社会科学各领域。

SPSS也是世界上最早采用图形菜单驱动界面展现出来,操作界面友好,输出结果美观。它将大部分功能以统一、规范的界面展现出来,只要用户具备初步的统计学知识,就可方便使用该软件。

SPSS的基本功能包括数据管理、统计分析、图表分析、输出管理等。其统计分析过程包括描述性统计、均值比较、一般线性模型、相关分析、回归分析、对数线性模型、聚类分析、数据简化、生存分析、时间序列分析、多重响应等几大类。每个大类分为多个统计过程,比如将回归分析分为线性回归分析、曲线估计、Logistic回归、加权估计、两阶段最小二乘法、非线性回归等多个统计过程,每个过程允许用户选择不同方法和参数。为了方便结果的演示和输出,SPSS也集成了专门的绘图系统,可以根据数据绘制各种图形。SPSS与SAS、BMDP并称为国际上最有影响力的三大统计软件,也是生物信息学研究中应用最广泛的统计学软件之一。

https://www.ibm.com/analytics/spss-statistics-software

我们用SPSS软件可做出各式各样的数据图,包括条形图、箱线图、散点图等。下面小编就为大家演示一下绘画一个简单箱线图。简单箱线图常用来辅助研究者了解分类变量下连续变量的数据分布或检测异常值,其中分类变量为无序或有序分类变量。简单箱线图常用来结合独立样本t检验,配对样本t检验,单因素重复测量方差分析等检验使用。

在作图前,假如我们已得到了一批数据。

1、在主界面点击Graphs→Chart Builder,选择左下角的Choose from框中的Boxplot。

2、选择boxplot后,其右侧显示3个选项,将第1个图拖拽至上方预览窗格中(如果鼠标悬停在该图上方会提示Simple boxplot,即简单箱线图)。

3、将变量index从variable框中拖到“Y-Axis?”框,变量Education拖到“X-Axis?”框。

4、如需改变Y轴属性,可在Edit properties of.框中选择“Y-Axis1(Box)"。

5、如果需改变连续变量的刻度属性,以避免Y轴的起始值过大,不能准确反映数据特征。故可取消Scale Range区域minimum选项的勾选,随后自定义数值custom,默认值为0. 本例将最小值设为50.

6、如需改变X轴属性,在Edit Properties框中选择“X-Axis(Box1),可以改变标签(Legend Label框),改变分类的排序(Categories框中:Sort by、Direction或Order框中上下箭头进行调整)。

7、所有设定完成后点击OK,最终生成简单的箱线图。

八、STATA

STATA是一套提供其使用者数据分析、数据管理以及绘制专业图表的完整及整合性统计软件。它提供许许多多功能,包含线性混合模型、均衡重复反复及多项式普罗比模式。用Stata绘制的统计图形相当精美。

Stata的作图模块,主要提供如下八种基本图形的制作 : 直方图(histogram),条形图(bar),百分条图 (oneway),百分圆图(pie),散点图(two way),散点图矩阵(matrix),星形图(star),分位数图。这些图形的巧妙应用,可以满足绝大多数用户的统计作图要求。在有些非绘图命令中,也提供了专门绘制某种图形的功能,如在生存分析中,提供了绘制生存曲线图,回归分析中提供了残差图等。

STATA也具有很强的程序语言功能,用户可充分发挥自己的聪明才智,熟练应用各种技巧。事实上,STATA的ado文件都是用STATA本身的语言编写。

STATA的统计分析能力远超过SPSS,由于Stata在分析时是将数据全部读入内存,在计算全部完成后才和磁盘交换数据,因此计算速度极快(一般来说, SAS的运算速度要比SPSS至少快一个数量级,而Stata的某些模块和执行同样功能的SAS模块比,其速度又比SAS快将近一个数量级!)Stata也是采用命令行方式来操作,但使用上远比SAS简单。其生存数据分析、纵向数据(重复测量数据)分析等模块的功能甚至超过了SAS。用Stata绘制的统计图形相当精美,很有特色。

https://www.stata.com/

用STATA可绘画函数图、散点图、直方图、条形图、箱线图等。

假如我们要画函数图,它的命令格式是

twoway function [[y]=] f(x) [if] [in] [, options]

其中twoway可简写成tw;中括号内的部分函数可省略,即可省略“y=”;f(x)是这个命令的主题,可以是一般数学函数式,也可是STATA内已有的函数。[options]是可选参数。

下表显示的是STATA可应用的函数类别

函数类别 帮助关键词 举例 数学函数 Math functions 三角函数、取整、对/指数 概率分布及密度函数 Density functions 卡方、正态、几何分布 随机数函数 Random-number functions 符合某一概率分布的随机数组 字符串函数 String functions 字符串拼接、提取、长度、ASCII码 编程函数 Programming functions e/r/s型返回值及其他编程方面的函数 日期及时间间隔 Datetime_functions 日期/时间数据的转化、提取 选择时间间隔 Time-series functions tin(d1,d2), twithin(d1, d2) 矩阵函数 Matrix functions 求矩阵行列式、逆、相关系数、分解

范例

//函数图:twoway functiontwoway function y=x^2+2*x+1, range(-2 2) //Twoway Function Graph (1)twoway function y=normalen(x), range(-4 4) //Twoway Function Graph (2)twoway function exp(-x/6)*sin(x), range(0 12.57) //Twoway Function Graph (3)tw function logit(x) //Twoway Function Graph (4)

另外,我们用STATA输出的图形一般带有浅蓝色底纹,但是部分国际权威期刊要求提交的论文图片上不能有任何底纹颜色。那我们可以通过设定绘图模板scheme来改变图形的整体风格。

画散点图

. sysuse "auto.dta", clear. twoway scatter mpg weight

. sysuse "auto.dta", clear. twoway scatter mpg weight, scheme(qleanmono)

画折线图

. sysuse uslifeexp,clear. twoway line le_male year || line le_female year

. sysuse uslifeexp,clear. twoway line le_male year || line le_female year, scheme(qleanmono)

画矩阵图

sysuse lifeexp, cleargen lgnppc = ln(gnppc)gr matrix popgr lexp lgnp safe

sysuse lifeexp, cleargen lgnppc = ln(gnppc)gr matrix popgr lexp lgnp safe, scheme(qleanmono)

画条形图

. sysuse nlsw88, clear. graph hbar (mean) wage, over(smsa) over(married) over(collgrad). graph hbar (mean) wage, over(smsa) over(married) over(collgrad) scheme(qlean)

下面给大家介绍几个纯色图的模板。主要涉及的风格模板有tufte、burd、lean1和lean2

另,还可通过mcolor()选项去选择qlean模板的色彩搭配风格。

安装方法:

. ssc install scheme_tufte, replace. ssc install scheme-burd, replace. net install gr0002_3.pkg

应用示例:

. sysuse auto, clear. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight

. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight, scheme(qlean) mc(ply3)

. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight, scheme(tufte)

. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight, scheme(burd)

. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight, scheme(lean1)

每种软件都有它的独特功能,我们要清楚了解到每种软件的功能,针对软件的一些功能去处理相应的数据。比如组合数据图时,小编习以为常地运用PPT、GraphPad、Photoshop。如要测量光密度,那用IPP软件是最好不过了。

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