linux下miniconda环境的配置以及软件的安装 |
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我们需要在自己的目录下安装conda环境,所以需要自定义安装位置 mkdir /share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O /share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda/miniconda.sh注意下载下来是sh结尾的文件。 bash /share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda/miniconda.sh -b -u -p /share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda/通过-p参数去实现自定义路径 init bash 会自动的绑定bash,每次启动自动执行conda环境。
然后就可以看到(base)的conda基础环境了。 这个时候我们退出到主要的环境。 补充:其实conda会写入profile里面,所以有的时候即使修改了有关conda的内容, source ~/.bashrc也不会起作用,除非能覆盖。 所以有关conda本身的操作通常最好重启ssh链接。 conda deactivate之后要用到的时候 conda activate但是我们一般是退出的,服务器一般多个人使用,所以有很多的基础环境变量,比如很可能source引用了一个基础的模板系统。 base其实自带了一些版本的软件可能和原始基础环境不一样了,所以需要格外小心。 修改init个人而言我不是很建议在团队工作的场景下用hook,每次都直接调到base很麻烦。 所以我们要修改一下。
全部注释掉,然后在~/.bashrc eval "$__conda_setup" # 退出base环境 eval "conda deactivate" source ~/.bashrc conda activate好了我们就可以正常的使用了。 最好重启ssh链接。 安装软件最好根据项目内容建立conda环境名称!!!不要根据某一个用到的软件版本 除非是像python这样比较全局的解释器。。。 conda create -n python38 python=3.8比如我们安装如下的几个软件。 fastqc multiqc samtools sambamba conda create -n sgcellenvironment location: /share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda/envs/sgcell 我们创建过的都会在envs文件夹下。 #删除某个环境 conda remove -n 环境名 --all #删除某个环境下的某个包 conda remove -n 环境名 包名 conda activate sgcell conda install fastqc multiqc samtools sambamba然后我们会悲剧的发现一个都安不上。。。 怎么回事呢?conda的仓库是分为很多的频道的,尤其是专业软件很多都不是在主要的频道里。 添加频道 conda config --append channels conda-forge有兴趣的可以多试几个频道。频道在报错信息里面有。。。 不过看脸。。。 官网手动找包https://anaconda.org
Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。定义Conda 是为 Python 程序创建的,适用于 Linux,OS X 和Windows,也可以打包和分发其他软件。最流行的 Python 环境管理工具。 [wangyq@cluster ~]$ conda activate sgcell (sgcell) [wangyq@cluster ~]$ which python /share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda/envs/sgcell/bin/python (sgcell) [wangyq@cluster ~]$ conda deactivate [wangyq@cluster ~]$ which python /share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda/bin/python我们会发现python的解释器是不一样的。 sgcell这个环境中的python就和外面的不一样。 conda现在就是环境管理工具,尤其是python和R的 注意有些场合不该用conda环境。 最好做到只在具体的业务上使用conda环境,并且注意备份。 补充: conda的安装是会产生环境变量的污染的,聪明的人已经猜到了。 上面python为/share/nas6/wangyq/biosoft/miniconda/bin/python,但是我们原来安装conda之前如果就有 python呢?比如所有的用户共用的原始默认解释器是python2.0版本的? 这个时候就需要在eval后面重新声明path了。 |
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