它想强迫我升级一系列seurat相关的单细胞R包 |
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它想强迫我升级一系列seurat相关的单细胞R包
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之前写的很多单细胞笔记都是基于V4版本的Seurat系列包，其中SeuratData 是 R 语言中 Seurat 包提供的一个数据包，旨在为使用 Seurat 进行单细胞RNA测序分析的用户提供方便的测试数据。Seurat 是一款用于单细胞转录组学分析的强大工具，而 SeuratData 数据包则包含了一些用于练习和演示的标准数据集，帮助用户学习和熟悉 Seurat 的使用。 SeuratData 可以用于教学和演示目的。在学习 Seurat 的时候，用户可以使用这些数据集来尝试不同的分析步骤，了解 Seurat 包的各种功能。比如我们经常使用的是pbmc3k这个数据集： 代码语言：javascript复制 # install.packages('devtools') # devtools::install_github('satijalab/seurat-data') library(SeuratData) #加载seurat数据集 getOption('timeout') options(timeout=10000) # InstallData("pbmc3k") data("pbmc3k")但是最近发现自己的一个电脑里面是没有SeuratData ，就需要安装它，如下所示，就发现了它想强迫我升级一系列seurat相关的单细胞R包： 代码语言：javascript复制> devtools::install_github('satijalab/seurat-data') Downloading GitHub repo satijalab/seurat-data@HEAD These packages have more recent versions available. It is recommended to update all of them. Which would you like to update? 1: All 2: CRAN packages only 3: None 4: rlang (1.1.1 -> 1.1.2 ) [CRAN] 5: dotCall64 (1.0-2 -> 1.1-1 ) [CRAN] 6: RcppEigen (0.3.3.9.3 -> 0.3.3.9.4) [CRAN] 7: lifecycle (1.0.3 -> 1.0.4 ) [CRAN] 8: spam (2.9-1 -> 2.10-0 ) [CRAN] 9: sp (2.0-0 -> 2.1-2 ) [CRAN] 10: SeuratObject (4.1.3 -> 5.0.1 ) [CRAN]虽然说我这个时候选择了3，默认不要升级如何东西！但是很明显它也不会让我得逞： 代码语言：javascript复制 Omitted ‘LazyData’ from DESCRIPTION ─ building ‘SeuratData_0.2.2.9001.tar.gz’ * installing *source* package ‘SeuratData’ ... ** using staged installation ** R ** exec ** inst ** byte-compile and prepare package for lazy loading Error in loadNamespace(j = 5.0.0 is required Calls: ... namespaceImportFrom -> asNamespace -> loadNamespace Execution halted ERROR: lazy loading failed for package ‘SeuratData’我机智地放弃了，我现在电脑里面的SeuratObject_4和Seurat_4搭配的非常，并不想被破坏！哪怕是没办法使用他们的SeuratData ，该放弃就放弃！  代码语言：javascript复制[1] uwot_0.1.16 Matrix_1.6-1.1 biomaRt_2.56.1
[4] igraph_1.5.1 umap_0.2.10.0 tibble_3.2.1
[7] dplyr_1.1.3 RColorBrewer_1.1-3 pheatmap_1.0.12
[10] ggpubr_0.6.0 ggplot2_3.4.3 SeuratObject_4.1.3
[13] Seurat_4.3.0.1 viper_1.34.0 Biobase_2.60.0
[16] BiocGenerics_0.46.0
再说了，这个SeuratData ，本来就是外网链接很难下载成功，详见：听说你无法下载SeuratData的单细胞示例数据。如果是下载成功会得到接近 4G的文件 ： 代码语言：javascript复制ls -lh |cut -d" " -f7- 100M Aug 24 12:09 bmcite.SeuratData_0.3.0.tar.gz 411M Aug 24 12:15 bonemarrowref.SeuratData_1.0.0.tar.gz 72M Aug 24 12:16 cbmc.SeuratData_3.1.4.tar.gz 9.5M Aug 24 12:17 celegans.embryo.SeuratData_0.1.0.tar.gz 725M Aug 24 12:29 fetusref.SeuratData_1.0.0.tar.gz 80M Aug 24 12:30 hcabm40k.SeuratData_3.0.0.tar.gz 37M Aug 24 12:33 humancortexref.SeuratData_1.0.0.tar.gz 394M Aug 24 12:36 ifnb.SeuratData_3.1.0.tar.gz 126M Aug 24 12:39 kidneyref.SeuratData_1.0.1.tar.gz 833M Aug 24 12:48 lungref.SeuratData_2.0.0.tar.gz 54M Aug 24 12:49 mousecortexref.SeuratData_1.0.0.tar.gz 117M Aug 24 12:50 panc8.SeuratData_3.0.2.tar.gz 47M Aug 24 12:53 pancreasref.SeuratData_1.0.0.tar.gz 267M Aug 24 12:56 pbmcMultiome.SeuratData_0.1.3.tar.gz 73M Aug 24 13:37 pbmcref.SeuratData_1.0.0.tar.gz 56M Aug 24 13:38 pbmcsca.SeuratData_3.0.0.tar.gz 43M Aug 24 13:40 ssHippo.SeuratData_3.1.4.tar.gz 105M Aug 24 13:43 stxBrain.SeuratData_0.1.1.tar.gz 15M Aug 24 13:48 stxKidney.SeuratData_0.1.0.tar.gz 122M Aug 24 13:50 thp1.eccite.SeuratData_3.1.5.tar.gz因为文件比较大， 面给大家百度云网盘链接哈， 链接: https://pan.baidu.com/s/10Oy1q998Ou5V34lEn5bCcA?pwd=pjq7 提取码: pjq7 当然了，你也可以自己根据上面的网页链接地址去进行下载，务必保证下载是完整的哦。有了这些压缩包文件，使用 前面的 install.packages 函数指定各个包文件路径，然后加上 type = "source", 就可以本地安装了，无需重新在线下载啦 ： 代码语言：javascript复制install.packages(pkgs = pkgs, repos = getOption(x = "SeuratData.repo.use"), type = "source", ...)
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