go和pathway的富集分析

1.Fisher的精确检验和累计超几何分布等方法，其中超几何，每个通路（功能）上都会有一个（1-0.05）[一般都是取0.05]，在10^3甚至是10^4下，会产生很大的假阳性率，因而需要进行多重校正，一般是FDR或是本杰明校正；而Fisher则不一定需要进行校正；

2.在做富集分析的时候突然把Fisher和列联表卡方分布搞混了，之后查了些资料，整理如下：

四格表统计中该用Fisher确切概率法还是卡方检验？虽然书上说如果总样本量大于40，最小理论频数大于5，就应该用卡方检验，但部分教科书会遗漏一句很关键的话，即“如果采用卡方检验得到的P值在0.05附近时，应该用Fisher确切概率法”。

@1卡方检验最大的优势在于计算比较简便，不需要任何计算器，徒手都能算出卡方值，然后到卡方界值表中查找相应的结果即可。相比之下，Fisher确切概率法的计算要相对复杂些，尤其是样本量很大时。

@2如果差异很大，采用卡方检验和Fisher确切概率法得到的结果是相差甚小。比如卡方检验得到P=0.00025，而Fisher确切概率法可能会得到P=0.00026。即不管采用何种方法，不会改变研究结论

@3在发明统计软件以前，人们无法用Fisher确切概率法分析数据（操作十分繁琐，大数据时候除非机器否则难以完成），且已经习惯于用卡方检验，久而久之，认为卡方检验才是正确的检验的方法。熟不知，在统计软件发明后，Fisher确切概率法的计算已经是十分简单的事情了

(ps:) 一般的平台，DAVID平台是通过Fisher精确检验对gene富集分析，步骤的截图以后再补吧，要去睡觉了.