R语言安装包时遇到的坑 |
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安装R包报错的问题从一开始学生信就一直存在着，但是没有专门整理一下，前两天安装 CHIPseeker 的时候实在受不了了，因为碰见了好多坑，于是在这里专门整理一下，方便自己和他人查看 安装的时候要注意R版本问题（比如 R3.6 以后就无法用 biocLite 了）以及包版本问题，不懂为啥的时候就多尝试几种方法，总有一个适合你~ 用的 R3.5.0问题 1 不存在叫‘gplots’这个名字的程辑包 Error: package or namespace load failed for ‘ChIPseeker’ in loadNamespace(j install.packages("gplots") #继续报错 Warning in install.packages : dependency ‘caTools’ is not available #安装他的依赖包 caTools >install.packages("caTools") Warning in install.packages : package ‘caTools’ is not available (for R version 3.5.0)到这里已经没太有耐心了，然后开始查原因，后面应该加一个 type = "binary" 再试一下 >install.packages("caTools", type = "binary") trying URL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.5/caTools_1.17.1.4.zip' Content type 'application/zip' length 329947 bytes (322 KB) downloaded 322 KB package ‘caTools’ successfully unpacked and MD5 sums checked成功解决，安装 XML 时同样也是这个问题 ，跟上面是一种解决方式 问题 2 用 BiocManager 下载TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGen报错 主要问题是包比较老，尝试用 biocLite 解决 >source("https://bioconductor.org/biocLite.R") >biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGen") BioC_mirror: https://bioconductor.org Using Bioconductor 3.8 (BiocInstaller 1.32.1), R 3.5.0 (2018-04-23). Installing package(s) ‘TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene’ installing the source package ‘TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene’安装 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 就不能用 biocLite 了 >BiocManager::install("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene")问题 3 #Error in list2(...) : object '%>%' not found Error : unable to load R code in package ‘dbplyr’ 解决办法 #去清华镜像下载源码 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/dbplyr_1.4.4.tar.gz #修改NAMESPACE，重新打包 tar xf dbplyr_1.4.3.tar.gz echo 'importFrom(magrittr,"%>%")' >> dbplyr/NAMESPACE tar cf dbplyr_1.4.3.tar.gz dbplyr/ #重新安装 install.packages('下载路径/dbplyr_1.4.3.tar.gz')问题4 #Error：failed to lock directory 应该是之前安装包的时候中途停止了，再重新安装的时候就会出现这个报错 解决：去 lib_PATH下把lock文件删掉 问题 5 as ‘lib’ is unspecified 'lib = "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"' is not writable 路径问题，首先 .libPaths() 看一下，然后指定一个路径 > .libPaths() >.libPaths("/PATH/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6")这里是问题 5的参考 老版本R，在这里MARK以下 最后虽然讨论了一些R包安装问题，但这应（jue）该（dui）不会是我最后一次安装报错，以后再遇到会更新的 tidyverse安装问题这个包安装起来太容易报错了，近期重新安装了R，将安装中遇到错误的包使用conda安装上，终于成功了 conda install -c conda-forge r-ragg ######进入R BiocManager::install("tidyverse") |
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