一文读懂R语言corrplot相关热图分析及美化!!!(附图详解,建议收藏)

您所在的位置:网站首页 r语言corrgram 一文读懂R语言corrplot相关热图分析及美化!!!(附图详解,建议收藏)

一文读懂R语言corrplot相关热图分析及美化!!!(附图详解,建议收藏)

2023-04-13 12:22| 来源: 网络整理| 查看: 265

gzh原文点我,欢迎同时关注 介绍

R corrplot包 提供了一个在相关矩阵上的可视化探索工具,该工具支持自动变量重新排序,以帮助检测变量之间的隐藏模式。

corrplot 非常易于使用,并在可视化方法、图形布局、颜色、图例、文本标签等方面提供了丰富的绘图选项。它还提供 p 值和置信区间,以帮助用户确定相关性的统计显著性。

corrplot()有大约50个参数,但最常见的参数只有几个。在大多数场景中,我们可以得到一个只有一行代码的相关矩阵图。

1.加载包 library(corrplot) 2.加载数据 mtcars 3.绘图 corrplot(M, method = 'number') 图片 #order排序方法original(默认),特征向量角度排序AOE,第一个主成分顺序FPC,分层聚类排序hclust,按照字母排序alphabet corrplot(M, method = 'color', order = 'hclust') 图片 #形状默认circle,除此之外还有square,ellipse,number,pie,shade,color corrplot(M,method="circle") 图片 corrplot(M,method="square") 图片 corrplot(M,method="ellipse") 图片 corrplot(M,method="pie") 图片 #diag = FALSE,不显示中间为1的格子 corrplot(M,method="square",diag = FALSE) 图片 #type仅仅显示下部分相关性,除此之外还有参数full,upper corrplot(M, method = 'square', order = 'FPC', type = 'lower', diag = FALSE) 图片 corrplot(M, method = 'ellipse', order = 'FPC', type = 'upper', diag = FALSE) 图片 #数字和图混合 corrplot.mixed(M, order = 'AOE') 图片 #混合上部饼图,下部阴影 corrplot.mixed(M, lower = 'shade', upper = 'pie', order = 'hclust') 图片 #分层聚类,标出2个cluster corrplot(M, order = 'hclust', addrect = 2) 图片 #定义圈出的cluster,以及圈出线的颜色和线条 corrplot(M, method = 'square', diag = FALSE, order = 'hclust', addrect = 3, rect.col = 'blue', rect.lwd = 3, tl.pos = 'd') 图片 4.个性化设置聚类方法 install.packages("seriation") library(seriation) list_seriation_methods('matrix') list_seriation_methods('dist') data(Zoo) Z = cor(Zoo[, -c(15, 17)]) dist2order = function(corr, method, ...) { d_corr = as.dist(1 - corr) s = seriate(d_corr, method = method, ...) i = get_order(s) return(i) } # Fast Optimal Leaf Ordering for Hierarchical Clustering i = dist2order(Z, 'OLO') corrplot(Z[i, i], cl.pos = 'n') 图片 # Quadratic Assignment Problem i = dist2order(Z, 'QAP_2SUM') corrplot(Z[i, i], cl.pos = 'n') 图片 # Multidimensional Scaling i = dist2order(Z, 'MDS_nonmetric') corrplot(Z[i, i], cl.pos = 'n') 图片 5.个性化添加矩阵 library(magrittr) #方法1 i = dist2order(Z, 'R2E') corrplot(Z[i, i], cl.pos = 'n') %>% corrRect(c(1, 9, 15)) 图片 #方法2 corrplot(Z, order = 'AOE') %>% corrRect(name = c('tail', 'airborne', 'venomous', 'predator')) 图片 #方法3直接指定 r = rbind(c('eggs', 'catsize', 'airborne', 'milk'), c('catsize', 'eggs', 'milk', 'airborne')) corrplot(Z, order = 'hclust') %>% corrRect(namesMat = r) 图片 6.颜色设置 COL1(sequential = c("Oranges", "Purples", "Reds", "Blues", "Greens", "Greys", "OrRd", "YlOrRd", "YlOrBr", "YlGn"), n = 200) COL2(diverging = c("RdBu", "BrBG", "PiYG", "PRGn", "PuOr", "RdYlBu"), n = 200) #cl.*参数常用于颜色图例:cl.pos颜色标签的位置('r'type='upper''full''b'type='lower''n'),cl.ratio颜色图例的宽度建议0.1~0.2 #tl.*参数常用于文本图例:tl.pos用于文本标签的位置,tl.cex文本大小,tl.srt文本的旋转 corrplot(M, order = 'AOE', col = COL2('RdBu', 10)) 图片 corrplot(M, order = 'AOE', addCoef.col = 'black', tl.pos = 'd', cl.pos = 'r', col = COL2('PiYG')) 图片 corrplot(M, method = 'square', order = 'AOE', addCoef.col = 'black', tl.pos = 'd', cl.pos = 'r', col = COL2('BrBG')) 图片 corrplot(M, order = 'AOE', cl.pos = 'b', tl.pos = 'd',col = COL2('PRGn'), diag = FALSE) 图片 corrplot(M, type = 'lower', order = 'hclust', tl.col = 'black', cl.ratio = 0.2, tl.srt = 45, col = COL2('PuOr', 10)) 图片 corrplot(M, order = 'AOE', cl.pos = 'n', tl.pos = 'n', col = c('white', 'black'), bg = 'gold2') 图片


【本文地址】


今日新闻


推荐新闻


CopyRight 2018-2019 办公设备维修网 版权所有 豫ICP备15022753号-3