R

2024-06-12 13:08| 来源: 网络整理| 查看: 265

简单总结clusterProfiler包进行GO、KEGG的富集分析方法，结果输出及内置的图形展示。

一 bioconductor包安装

#PS：安装是否顺利，看缘分了

代码语言：javascript复制#source("https://bioconductor.org/biocLite.R") #biocLite("DOSE") #biocLite("topGO") #biocLite("clusterProfiler") #biocLite("pathview")

##加载需要的R包

代码语言：javascript复制library(DOSE) library(org.Hs.eg.db) library(topGO) library(clusterProfiler) library(pathview)

二、数据载入及转化

需要将输入的基因格式转为clusterProfiler可分析的格式，通过功能函数bitr实现各种ID之间的转化。通过keytypes函数可查看所有支持及可转化类型

代码语言：javascript复制keytypes(org.Hs.eg.db)

1.向量方式读入#适合少量基因

代码语言：javascript复制x

【本文地址】

R

R

今日新闻

推荐新闻