跟着Nature Communications学作图：R语言箱线图和拟合曲线展示泛基因组中的基因家族数量 |
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跟着Nature Communications学作图：R语言箱线图和拟合曲线展示泛基因组中的基因家族数量
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论文 Chromosome-level assemblies of multiple Arabidopsis genomes reveal hotspots of rearrangements with altered evolutionary dynamics https://www.nature.com/articles/s41467-020-14779-y 拟南芥NC_panGenome.pdf 分析代码的github主页 https://github.com/schneebergerlab/AMPRIL-genomes 论文中组装了7个拟南芥的基因组，做了一些泛基因组相关的分析，数据和大部分代码都公开了，我们试着复现一下其中的图和一些分析过程，今天的推文复现一下论文中的figure2d 下侧的小图，泛基因组分析的论文里通常都有这个图  image.png这个展示的也是基因家族，先用orthorfinder做聚类，然后利用orthorfinder的结果进行统计，作图数据整理成了如下格式，数据有两个，一个是泛基因组的基因家族数量，一个是核心基因家族的数量，如何根据orthorfinder结果统计得到这个表格，论文对应的github主页也提供了相应的脚本，今天主要介绍画图 论文中提供的代码是用R语言的基础绘图函数做的，这里我们用ggplot2来作图 首先是核心基因家族可以用连续的点或者我也看到有用箱线图做的 这里我用箱线图，看起来可能会好看一点 library(tidyverse) library(ggplot2) dat01image.png拟合模型并添加拟合曲线 xvalue_core% pull(V1) yvalue_core% pull(V2) model_coreimage.png泛基因组 dat02image.png这里有个问题是nls()函数拟合的时候会有一个start参数，这个参数里的值怎么确定，暂时没有想明白 示例数据和代码可以给推文点赞，然后点击在看，最后留言获取欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！微信公众号好像又有改动，如果没有将这个公众号设为星标的话，会经常错过公众号的推文，个人建议将 小明的数据分析笔记本 公众号添加星标，添加方法是 点开公众号的页面，右上角有三个点 image.png点击三个点，会跳出界面  image.png直接点击 设为星标 就可以了
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