重新整理了一篇在 Linux 环境中安装 R/RStudio Server 及 R 包，使用 R 连接数据库的笔记。

上个月在服务器上跑模型的时候一不小心把内存占满了，还好没产生什么别的影响。但因祸得福，这件事使好领导想起来有台配置更好的服务器可以给我用。本来好领导打算自己动手帮忙装 R 的，不过我坚持要练练手，于是好领导给我配了一个没有 root 权限的账号让我自己折腾去。因为之前在其他服务器上装 R/RStudio Server 及 R 包都有记笔记，这次想顺便整理一个完整版。不过由于缺乏一些基础常识，断断续续折腾了两三天把 R/RStudio Server 和一些 R 包都装到了 home 目录下……由于装 xgboost 和 glmnet 包都需要升级 gcc，这一步我没成功，后来还是好领导替我换了个目录重新装了 R、升级 gcc 以及装了那两个包。

正式开始前，先了解下环境信息，登录服务器，执行uname -a、cat /proc/version等查看 Linux 版本。

基本环境：Linux version 3.10.0-1062.el7.x86_64(gcc version 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-36) (GCC) )

安装条件：离线安装。服务器有防火墙，不能联外网，也需要申请具体端口访问权限，所以这篇笔记里没有任何与设置防火墙相关的内容。

默认规则：服务器上的 home 目录相当于 windows 系统的 c 盘，一般不要把软件装在 home 目录下。

本次安装时，由于缺乏经验，下文中各种文件目录被弄得不够统一、较复杂，于是正文中每次涉及文件目录时都会不厌其烦地详细叨一遍。

在 CRAN 上下载最新的 R 源码文件压缩包（R-4.2.2.tar.gz），传到服务器上。

以下仅仅只是编译安装 R 的基本步骤，一般都会在编译那一步报很多错，踩不少坑。若是想要一次编译成功，且对后续装 R 包没影响，需要把后两个小节中显性坑、隐性坑里提到的 Linux 包都在编译之前装好。但是不同环境会导致报的错不同，离线安装还是需要做好趟坑的心理准备。

需要说明的是：

--enable-R-shlib=yes表示生成 libR.so 库，不加这段的话后面装 Rstudio-server 会缺少 libR.so，会报错“R shared library (…/R-4.0.3/lib64/R/lib/libR.so) not found. If this is a custom build of R, was it built with the –enable-R-shlib option?”。

编译代码后面跟的一长串，是笔者装了好几次 R 和 RStudio Server 后，试错试出来的。换个新的服务器重新再装一次的话，还是会因为环境变了而出现新的问题。这里有一篇文章列举了在编译步骤之前应先安装的必备包，以后再有机会的话倒是可以试试看，看看是不是可以一口气跳过所有坑。

若编译时报错，大多是因为服务器系统环境中没有安装某些 Linux 包，需要根据报错信息一一安装。

configure: error: –with-readline=yes (default) and headers/libs are not available

sudo yum install readline-devel

configure: error: –with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available

sudo yum install libXt-devel

configure: error: zlib library and headers are required

sudo yum install zlib-devel

configure: error: bzip2 library and headers are required

sudo yum install bzip2-devel

configure: error: “liblzma library and headers are required”

sudo yum install lzma xz-devel

configure: error: PCRE2 library and headers are required, or use –with-pcre1 and PCRE >= 8.32 with UTF-8 support

上次在别的服务器上装 R 时，缺少 PCRE2 只需要执行sudo yum install pcre2-devel libcurl-devel即可。但是刚好新服务器上没有 pcre2-devel，于是摸索着做了以下尝试。

1.参考网上搜的文章，下载 pcre2-10.39.tar.bz2，安装以后编译 R 报一样的错，失败。这是因为需要的是 pcre2-devel 而不是 pcre2。

2.找到官网，下载 pcre2-devel-10.23-2.el7.x86_64.rpm，安装pcre2-devel 时报错说缺少pcre2-utf32(x86-64) = 10.23-2.el7和libpcre2-32.so.0()(64bit)。

3.下载pcre2-utf32-10.23-2.el7.x86_64.rpm，安装完成，没报错。继续安装 pcre2-devel，也没报错。

继续执行之前的编译代码，没有报错，于是继续安装直至完成。安装好以后，执行cd /home/model/R/R-4.2.2/bin/到对应目录下，再执行./R运行 R，验证 R 是否正常安装成功。

在之前编译完成后会出现下面这段，可能会提示出一些隐藏的坑。

打开 R，在 R 中输入capabilities()可以得到下面这段，也是说明缺少一些支持。

由于是系统环境问题，需要重新编译 R ，在此之前先安装一些相关的包，如下。

如果Linux 环境中没有安装 libicu-devel，后面在 R 中安装 stringi 包时会报错，依赖 stringi 的包都会安装失败。

如果 Linux 环境中没有安装 cairo，后面在 R 中可能会无法安装 Cairo 包，依赖 ggplot2 的 scorecard 包绘图时会报错。

如果需要支持 C++14编译器或更高版本，此时需要升级 gcc。

重新编译的步骤和第1.1小节中的基本步骤是一样的。为了避免混淆，在别的目录下再次解压 R-4.2.2.tar.gz，但是编译代码可以不用改，因为重新编译可以覆盖之前的，继续把 R 安装到之前的目录下面即可。编译完成后会看到“ Additional capabilities: PNG, JPEG, TIFF, NLS, cairo, ICU”，接着继续执行 make && make install 即可。

上官网下载 Rstudio Server的 rpm 文件，上传到服务器。

启动服务后，在浏览器地址中输入IP:8888就会看到 RStudio Server 的登录界面，账户密码就是登录服务器的账户密码。

在检查配置是否完整时，报了下面的错，可能是因为没有配置 rsession.conf 文件，但是并不影响使用，可以忽略。

TTY detected. Printing informational message about logging configuration. Logging configuration loaded from ‘/etc/rstudio/logging.conf’. Logging to ‘/var/log/rstudio/rstudio-server/rserver.log’.

/usr/lib/rstudio-server/bin/rsession: error while loading shared libraries: libR.so: cannot open shared object file: No such file or directory

本次仅安装以下 R 包：

在安装以上 R 包时，也会顺带装好一系列依赖包，比如 stringi、stringr、dplyr、ggplot2、shiny 等。

由于服务器上不能联外网，所以和安装 R、RStudio Server 一样，也需要先在能联外网的本地下载好需要安装的 R 源码包，并把下载的一系列文件都传到服务器上。在本地下载各种包和依赖包的代码如下。