非Root权限 |
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导语 GUIDE ╲ 你是否有过这样的困扰：想使用一个R包，但由于没有root权限而感到束手束脚？ 别慌……你只需要用自己的账户重新安装一款R软件，进入到自己目录下的R就可以自由安装R包啦！ 背景介绍 非Root权限的账户在linux上安装R时，会遇到各种各样的问题，小编作为资深“踩坑”专家，今天就好好为大家“排排坑”！ 配置环境所需文件 在配置环境时，你可能用到的文件及下载地址有（可以直接用wget+下载地址获取）： 环境配置 01 安装R语言（以3.6.2 version为例） 首先将R-3.6.2.tar.gz下载到目录/your/path下，执行： 代码语言：javascript复制cd /your/path/ wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.6.2.tar.gz tar -xzvf R-3.6.2.tar.gz cd /your/path/R-3.6.2 ./configure --prefix=/your/path/R --enable-R-shlib --with-readline=yes --with-libpng=yes --with-blas make -j3 make install若这步运行成功，恭喜你！可以去庆祝了！ 但往往实施起来不那么顺利，可能会遇到各种各样的问题，请带着你遇到的问题，在下面找解决方案吧…… 02 问题盘点 1）.若出现这样的报错： 代码语言：javascript复制configure: error: "liblzma library and headers are required"解决方式： 代码语言：javascript复制wget http://tukaani.org/xz/xz-5.2.3.tar.gz tar -xzvf xz-5.2.3.tar.gz ./configure --prefix=/your/path/xz-5.2.3 make -j3 make install解决完毕后，请执行01过程。 2）.若出现这样的报错： 代码语言：javascript复制checking whether PCRE support suffices... configure: error: pcre >= 8.20 library and headers are required解决方式： 代码语言：javascript复制wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/pcre/pcre/8.42/pcre-8.42.tar.gz tar -zxvf pcre-8.42.tar.gz cd pcre-8.42 ./configure --enable-utf8 --prefix=/your/path/pcre-8.42 # 一定要设置enable-utf8; make -j3 make install解决完毕后，请执行01过程。 3）.若出现这样的报错： 代码语言：javascript复制configure: error: libcurl >= 7.22.0 library and headers are required with support for https解决方式： 代码语言：javascript复制wget https://curl.haxx.se/download/curl-7.61.0.tar.gz tar -zxvf curl-7.61.0.tar.gz cd curl-7.61.0/ ./configure --prefix=/your/path/curl-7.61.0 make make install解决完毕后，请执行01过程。 4）.若出现这样的报错： 代码语言：javascript复制checking whether bzip2 support suffices... configure: error: bzip2 library and headers are required解决方式： 代码语言：javascript复制tar -xvzf bzip2-1.0.6.tar.gz cd bzip2-1.0.6 make -f Makefile-libbz2_so #此时，需要修改Makefile文件 #将CC=gcc 改为 CC=gcc -fPIC make clean make install PREFIX=/your/path/bzip2-1.0.6解决完毕后，请执行01过程。 5）.若出现这样的报错： 代码语言：javascript复制C++11 standard requested but CXX11 is not defined解决方式： 代码语言：javascript复制cd /your/path/R-3.6.0/lib64/R/etc/ #修改Makeconf文件参数，如下： #CXX11 = g++ #CXX11FLAGS = -O2 -g $(LTO) #CXX11PICFLAGS = -fPIC #CXX11STD =解决完毕后，请执行01过程。 03 按照02遇到的问题 配置好环境后，需要再次执行01过程 当然，再次执行01步骤时可不是照搬，需要做一些修改： 代码语言：javascript复制cd /your/path/R-3.6.2 #切记要将刚刚改动的软件lib和include路径给出来，用参数LDFLAGS传递，以bzip2,xz为例 ./configure --prefix=/your/path/R --enable-R-shlib --with-readline=yes --with-libpng=yes --with-blas LDFLAGS="-L /your/path/bzip2-1.0.6/lib -L /your/path/xz-5.2.2/lib -L /your/path/bzip2-1.0.6/include -L /your/path/xz-5.2.2/include" make -j3 #此时手动修改Makeconf文件，在LDFLAGS这里加上-Wl,-rpath后面跟这两个库的路径， #仍然以bzip2,xz为例 #LDFLAGS = -L /your/path/bzip2-1.0.6/lib -L /your/path/xz-5.2.2/lib -Wl,-rpath=/your/path/bzip2-1.0.6/lib -Wl,-rpath=/your/path/xz-5.2.2/lib make instalR语言安装成功后，就可以进入到自己路径下的R，去尽情安装你喜欢的R包啦。 安装R包命令1： 代码语言：javascript复制if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("要安装的包")安装R包命令2： 代码语言：javascript复制R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz --library=/your/lib/path小编总结 很多时候，我们会对一些精美的R包动心，但受限于没有root权限，无法安装使用。 但get了防坑指南的你 就不同了，尽情在你喜欢的R包中自由飞翔吧！ |
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