R语言快速画出ROC曲线和算出可信区间和p值

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R语言快速画出ROC曲线和算出可信区间和p值

2024-07-15 13:55| 来源: 网络整理| 查看: 265

一、背景介绍

在临床医学中,医生的一项重要任务就是判断就诊者是否患病,以便采取适当的进一步行动。临床检测结果常被用于指导临床决策,因此对临床诊断实验的质量评价由于重要。常用的描述检测质量的统计指标有:灵敏度、特异度、预测值、正确率和似然比等。

二、数据集

下面将以pROC包的数据集aSAH为例进行下面讲述:

1. 查看pROC下数据集 install.packages('pROC') library(pROC) data(aSAH) str(aSAH) 2. 结果展示 # 未引入pROC前是无法查看到aSAH数据集 > data(aSAH) Warning message: In data(aSAH) : 没有‘aSAH’这个数据集 > library(pROC) Type 'citation("pROC")' for a citation. 载入程辑包:‘pROC’ The following objects are masked from ‘package:stats’: cov, smooth, var Warning message: 程辑包‘pROC’是用R版本4.0.5 来建造的 > data(aSAH) > str(aSAH) 'data.frame': 113 obs. of 7 variables: $ gos6 : Ord.factor w/ 5 levels "1" aSAH$result[aSAH$outcome == "Good"] aSAH$result[aSAH$outcome == "Poor"] aSAH$result [1] 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 1 0 1 1 0 0 1 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 [37] 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 1 1 0 1 1 [73] 1 1 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 [109] 0 1 0 0 0 > roc.area(aSAH$result,roc1$predictor) $A [1] 0.6150068 $n.total [1] 113 $n.events [1] 41 $n.noevents [1] 72 $p.value [1] 0.02143495


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