不同批次制备的RNA肯定会得到不同的结果。大多数时候，mRNA是被显著降解的。酶促法掺入氨基酰dUTP（AA-dUTP）的效率在不同实验之间应该是相同的。如果有不同，则引起不同的原因应该是RNA或是方法本身。AA-dUTP的掺入和染料-核苷酸的偶联没什么不同，并且应该更高效和均一。

这里有几个建议：

1) cDNA可能在标记之前丢失了。在使用乙醇沉淀cDNA之前，可以向其中加入1 µL，内含10–20 µg的糖原（分子生物学级别）。

2) 确保加入的盐是醋酸钠而非醋酸铵。在cDNA沉淀之后，将其重悬在5 µL水中。

3) 如果生成的是长链cDNA，那么将样本加热变性将会有帮助。将样本在95°C 加热5分钟然后在冰上放置数分钟。然后在标记前将其离心数分钟。

4) 在进行标记反应时试管应当处于室温。向试管内加入3 µL缓冲液。然后加入染料并剧烈震荡混匀至少15秒。