蛋白质谱进展简报

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蛋白质谱进展简报

2023-04-05 18:20| 来源: 网络整理| 查看: 265

免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors)例如程序性细胞死亡蛋白-1(PD-1)和程序性死亡配体- 1(PD-L1)作为非小细胞肺癌的治疗方案。作为体外活检,液体活检分析外周血中游离的DNA,蛋白质含量水平等,用于潜在的生物标志物。

2022年6月,以色列 Yuval Shaked 团队在 journal of immunotherapy of cancer 发表了一篇研究论文(题目如上),使用血浆样本预测非小细胞肺癌患者在经历免疫检查点抑制剂治疗后反应的潜在标志物。来自于1号和2号队列的143位经历单一疗法或与联合疗法的IIIB-IV期非小细胞肺癌患者,作为研究对象。

内容主要包括5个部分:

临床信息和治疗反应之间的相关性分析。非小型细胞癌患者在经历免疫检查点抑制剂治疗后,通过3个月实体瘤的疗效为标准,将病人分成响应型患者(病情稳定,实体瘤部分或全部缓解)和非响应型患者(病情持续发展)。作者比较了以下几种临床数据和两种反应型患者的关系,年龄;PD-L1的肿瘤比例评分;患者治疗效果;KRAS和TP53突变情况等。

基于血浆样本对治疗反应的预测。作者将来自两个队列的数据分成训练集(n=72),验证集(n=36)和测试集(n=35),基于XGBoost算法结合蛋白质组学信息,临床信息进行分析,以开始治疗后的2-6周的时间点,判断患者属于治疗响应型或治疗非响应型。模型在测试集的AUC数值为0.79。作者在这个基础上又研究了不同临床因素对预测模型的潜在影响。

治疗后非小细胞肺癌患者的血浆蛋白质表达图谱。作者选择包含更多临床信息的2号队列作为研究对象,基于蛋白质组学的数据进行一致性聚类分析产生不同的3种分组。研究了不同分组下蛋白表达情况和信号通路。

响应型患者和非响应型患者之间的差异表达蛋白。并结合前人文献报道查看差异表达中的蛋白在人类蛋白图谱数据库的表达情况和功能分析。

响应型患者和非响应型患者之间的中性粒细胞的相关蛋白的通路富集。作者对照两组病人的每个时间点的变化趋势找到对应的差异蛋白。作者发现中性粒细胞高信号,然后提取中性粒细胞相关的蛋白进行功能分析,作者表示治疗过程中不良反应和治疗过程中的亚群富集和中性粒细胞的功能变化有关。https://jitc.bmj.com/content/10/6/e004582评述:高欢欢


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