关于crontab：Pandoc搭配cron命令使用R markdown时

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关于crontab：Pandoc搭配cron命令使用R markdown时

2023-01-07 09:46| 来源: 网络整理| 查看: 265

我正在尝试创建一个cron命令，该命令将使用R markdown在指定的时间间隔创建一个新的html页面。我发现这是一个pandoc问题。

登录cron命令时收到以下错误消息

Error: pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found (see the help page ?rmarkdown::pandoc_available). Execution halted

执行cron命令时，是否可以在.Rmd文件中添加一些简单的代码以将其指向pandoc？

保留原始帖子。那是在本款之下。

我要做的只是一个名为test_doc.Rmd的文件。

当我在命令行上运行以下命令时，它可以成功运行：

1RScript -e"library(rmarkdown); render(\"/path/test_doc.Rmd\")"

但是，当我在crontab中运行它时，我没有成功。我正在运行一个这样的版本：

125 10 * * * RScript -e"library(rmarkdown); render(\"/path/test_doc.Rmd\")"

我很困惑。我不认为这是文件路径问题，因为我还有其他R脚本(不是rmarkdown)在crontab中运行并正常工作。我在Mac OS X 10.10.5上

相关讨论想知道您是否曾经设法解决这个问题

将路径添加到cron的开头，并重定向输出以进行调试：

123PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin */5 * * * * cd /path/to/script/ && Rscript -e 'library(rmarkdown); rmarkdown::render("your_script.Rmd")' >/path/to/script/cron.log 2>/path/to/script/cronerr.log

尝试

125 10 * * * cd /path && Rscript -e 'rmarkdown::render("test_doc.Rmd")'

避免

完整路径并为rmarkdown和knitr提供更好的工作目录需要通过在外部加上撇号并在内部使用标准双引号来"引用引号"。相关讨论我仍然不能在crontab中使用它(在终端中可以使用)。可能是权限问题？还是包裹有问题？您使用etccrontab还是每个用户的crontab？我总是从touch tmpBeenHereNowDeleteMe.txt或类似的东西开始，然后从那里开始。我已经在每个用户的crontab上。

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