在很长一段时间里，开源软件都被贴上了"自由软件"的标签。1983 年，Richard Stallman 通过 GNU 计划正式发起自由软件运动。自由软件运动强调用户的自由权利：自由查看源代码、自由修改、自由再分发，让用户能够自由获取源代码，并且自由地使用。

自由软件旗帜鲜明地反对专有软件或"闭源"软件。闭源软件的源代码则有着重重防护。只有源代码所有者才拥有该代码的合法访问权。更改和复制闭源代码是违法行为，用户只能付费按既定方式使用软件，无法修改另作他用，也无法与社区共享。

但是，"自由软件（free software）"的名称造成了大量困惑。自由软件只表示您可以按照自己的方式自由使用，但不一定意味着您就能免费拥有它。社区曾经对此的解释是："它指的是言论自由的自由，而不是免费啤酒的免费"。Christine Peterson 是"开源"一词的发明者，为了解决这一问题，她曾试图用‘开源’来取代‘自由软件’："早期称呼‘自由软件’不适用，并不是因为含有政治意义，而是会误导新手去过多关注于价格。所以我们需要一个关注于关键的源代码，而且不会让新用户混淆概念的术语。"

Peterson 向一个工作组提出用"开源"一词来取代"自由软件"，该工作组的任务，是将开源软件实践引入更广阔的市场。工作组希望全世界了解，如果软件共享，如果软件具有协作性、开放性且可修改，软件就会更加完善。这样，软件可以发挥更多、更好的用途，可以更灵活，成本可以更低，寿命可以更长，也没有供应商锁定。

Eric Raymond 是该工作组的成员之一，1997 年，他在影响广泛的《大教堂与市集》一文中发表了大致相同的观点。1998 年，部分出于对该文章的回应，Netscape Communications Corporation 开源了 Mozilla 项目，将源代码作为自由软件发布。该代码的开源形式后来成为了 Mozilla Firefox 和 Thunderbird 的基础。

Netscape 对开源软件的支持，也为社区增加了更多压力，不得不思考如何重点关注自由软件运动的实际业务应用。而这也加深了开源和自由软件之间的分歧："开源"成了一个描述自由软件的方法、生产和业务层面的词。而"自由软件"则仍是一个话语符号，根植于用户自由的概念，强调着这些问题的哲学意涵。

1998 年初，开放源代码促进会（OSI）成立， 规范了开源一词，并为其赋予行业范围内的常见定义。从 20 世纪 90 年代末到 21 世纪初期，企业仍对开源运动持谨慎和怀疑态度，但如今，该运动已从软件生产的边缘逐渐转而成为今天的行业标准。