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作者：南蒂亚·莱奥尼杜 概述。pymCADRE工具是Python中由确定性反应评估 ( mCADRE ) 算法评估的代谢上下文特异性的高级重新实现。它通过利用基因表达数据和基于文献的证据以及网络拓扑信息来构建组织特异性代谢模型。 对通用全局模型中的反应进行排名，对感兴趣组织的支持证据最低的反应被给予最高优先级的移除： GM, C, NC, P, Z, model_C = rank_reactions(model, G, U, confidence_scores, C_H_genes, method)如果通用功能测试通过，则模型会进行修剪，从而导致特定于上下文的重建： PM, cRes = prune_model(GM, P, C, Z, eta, precursorMets, salvage_check, C_H_genes, method) 先决条件该工具具有以下依赖项： 蟒蛇3.8 套餐： 熊猫 麻木的 眼镜蛇 要求 操作系统 输入数据 model：感兴趣的代谢模型的 COBRA 模型结构 precursorMets: .txt 文件形式的前体、关键、代谢物列表 confidence_scores：分配给反应的文献/基于实验的信心model组织特异性表达证据： G：所有基因的Entrez ID列表model U：为所有基因计算的普遍性分数列表model 可选输入 salvageCheck: 标记是否对核苷酸补救途径进行功能检查 (1) 或不 (0) C_H_genes: 列出在感兴趣组织中具有特别强活性证据的基因的 Entrez ID method：使用内部优化的方法，（1）通量可变性分析或（2）fastcc 输出 PM：修剪过的 COBRA 组织特异性模型 GM：从输入全局模型中移除阻塞反应后的 COBRA 模型 C: 核心反应GM NC: 非核心反应GM Z：二值化后所有样本中的零表达反应 model_C：通用模型中的核心反应（包括阻塞反应） pruneTime：总反应修剪时间 cRes：修剪期间模型检查的结果（一致性/功能） 用法要运行 pymCADRE，请执行名为 main_pymcadre.ipynb 的笔记本或名为 pymcadre.py 的 python 脚本。可以将脚本修改为首选参数和输入文件。还提供了带有测试运行和测试脚本的 Jupyter 笔记本作为参考点。 |
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