Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体， Biopython(http://www.biopython.org)为使用和研究生物信息学的开发者提供了一个在线的 资源库，包括模块、脚本以及一些基于Python的软件的网站链接。一般来讲，Biopython致力于通过创造高质量的和可重复利用的模块及 类，从而使得Python在生物信息学中的应用变得更加容易。Biopython的特点包括解析各种生物信息学格式的文件(BLAST， Clustalw， FASTA， Genbank...)，访问在线的服务器(NCBI，Expasy...)，常见和不那么常见程序的接口(Clustalw， DSSP，MSMS...)，标准的序列类，各 种收集的模块，KD树数据结构等等。今天，我们先来介绍一下biopython的Entrez模块中的esearch, efetch和elink，我们可以使用这几个函数自动下载指定领域的论文、GEO数据集、基因和蛋白序列等等，还可以将不同数据库的记录匹配起来，从一个数据库mapping到另外一个数据库。下面来看代码吧：

用esearch搜索关键词，获取到PMID之后，可以通过efetch去下载论文摘要（详细例子，请看efetch部分），或者通过pmd数据库下载全文。 同理，也可以通过esearch搜索表1.1中的其它数据库，通过esearch搜索，得到的结果都是每个数据库中记录的ID，比如pubmed论文的PMID，sra数据库的ID， GEO dataset数据库的ID等，拿到ID后，再根据这个ID，用下面的efetch去获取详细的信息。

在这个例子中，我们在SRA数据库中搜索了编号为SRP056585的数据项目，并得到了所有样本的ID，后面就可以用这些ID，从sra数据库链接到GEO Dataset数据库

将一个数据库的ID，转换为其他数据库的ID，详细的elink对应表格请见：https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/entrezlinks.html

在这个例子中，我们先找到论文35873672向GEO数据库提交的公共数据的gds_id，再通过这个gds_id用下面的efetch去获取数据的详细信息，包括介绍、下载地址、GSE编号等。

将sra ID转换为gds ID之后，可以用efetch去获取GEO Dataset数据库中该ID的详细记录

总结一下，Entrez中的每个数据库（比如Pubmed, PMC, Gene, SRA, gds等）都有自己的ID，elink就是将不同数据库中的ID对应起来，比如一篇论文发表时，将自己产生的数据，发布到GEO Datasets，也就是gds数据库中，那么一个PMID就可以对应到gds数据库中的ID，就是elink只能将不同数据库的ID对应起来，拿到ID后，再用efetch去获取详细的记录。