gprmax 3.0 安装、GPU配置与cmd、pycharm（或jupyter）运行gprmax详细教程 |
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gprmax 3.0 安装、GPU配置与cmd、pycharm（或jupyter）运行gprmax详细教程
0、引言1. 下载gprmax包2. 安装2.1 安装anaconda（添加至环境变量）2.2 更新conda2.3 安装git2.3 安装gprmax所需包2.5 安装microsoft visual c++20152.6 安装gprmax2.7 安装完成验证
3. 注意3.1 注意3.2 说明
4. GPU配置4.1 安装NVIDIA CUDA。4.2 添加用户环境变量4.3 安装pycuda包。4.4 可能出现的错误4.5 GPU运行
5. cmd命令运行gprmax6、pycharm运行gprmax6.1 模型仿真6.2、 A扫描绘图6.3、 B扫描及保存回波数据
7、jupyter运行gprmax
0、引言
本人最近也正学习gprmax仿真，在安装和使用过程中也遇到了许多问题，例如系统问题，cmd操作不便等等，希望我的一些经验能对你有一定的帮助，相关问题请随时关注gpramx官网。 在安装或使用过程中有什么问题可通过邮箱[email protected]联系我，希望能多相互交流学习，共同进步。 特别说明：由于本人最近闲暇时间太少，不再提供免费安装等服务，望理解！ 新版本win10安装大同小异，可看新发教程 2021-11-7 更新了结果画图闪退问题的解决方法 1. 下载gprmax包点击此处进入下载 2. 安装 2.1 安装anaconda（添加至环境变量）2.2.1 anaconda安装最后一步可选添加至环境变量和默认python解释器 2.2.2 若安装anaconda时没选择添加至环境变量，可选择右键“我的电脑”>选择“属性”>高级系统设置>环境变量 在系统变量中找到path，点击编辑，将光标移到最后面，输入一个分号 ( ; )，将anaconda安装目录下scips文件夹的路径复制到分号后（注意使用英文输入法），确定，保存关闭，重启anaconda 注：考虑内存等问题可安装miniconda，但后续过程可能出现较多问题。软件下载地址：官网；清华镜像源*嫌占空间可以安装Miniconda，下载地址 2.2 更新conda conda update conda 2.3 安装gitgit 用来clone gprmax的安装包，直接从github下载安装包的跳过此步 conda install git git clone https://github.com/gprmax/gprMax 2.3 安装gprmax所需包 #导航至gprmax顶级目录，这里我是直接将gprmax文件夹放在桌面了，其他盘使用cmd命令导航至其所在目录即可 cd desktop cd gprmax conda env create -f conda_env.yml 2.5 安装microsoft visual c++2015利用microsoft visual c++2015 tool进行安装，自定义安装，只选择安装与你Windows版本一致的SDK（Windows版本一般有两个SDK可选择，选与windows版本相符的即可，当然怕选错也可以直接安装完全版） 官网现在给的是microsoft visual c++2019 tool，需要自定义安装：‘MSVC v142’和 ‘Windows 10 SDK’ 。 2.6 安装gprmax #激活目录 conda activate gprMax #安装 python setup.py build python setup.py install 2.7 安装完成验证 python -m gprMax user_models/cylinder_Ascan_2D.in python -m tools.plot_Ascan user_models/cylinder_Ascan_2D.out 3. 注意 3.1 注意以上安装步骤均在cmd命令窗口进行 安装完成后后续仿真过程中需激活gprmax目录 3.2 说明 conda 有base环境，我们的gprMax安装在新创建的虚拟环境gprMax环境中，针对gprmax的安装卸载包都得在gprMax环境下进行最近的版本创建gprMax环境时conda安装的matplotlib包版本有问题，可能出现得到能仿真但是结果图出现闪退的现象，解决方法是先用conda卸载，再用pip重装就行 conda activate gprMax conda uninstall matplotlib pip install matplotlib关于快照功能参考：https://tieba.baidu.com/p/6129017590 4. GPU配置gprMax的计算量主要集中在FDTD循环求解，可使用GPU加速，gprmax只支持NVIDIA CUDA的GPU。 4.1 安装NVIDIA CUDA。通过NVIDIA CUDA Toolkit进行安装，安装教程参考NVIDIA CUDA Toolkit文档。必须确保所安装的CUDA版本与所使用的编译器版本兼容。可以在CUDA安装指南中“系统要求”下找到不同系统对应的cuda版本。 4.2 添加用户环境变量 将 CUDA编译器（nvcc）的位置添加到用户路径环境变量中，对于Windows 系统nvcc位置为： C:\Program Files\NVIDIA GPU Computing Toolkit\CUDA\v10.0\bin 4.3 安装pycuda包。打开命令提示符（Windows），导航到顶级gprMax目录，运行 conda activate gprMax pip install pycuda 4.4 可能出现的错误 PyCUDA ERROR: the context stack was not empty upon module cleanup解决方法：将VC下bin文件夹添加到环境变量(非常感谢罗大哥的帮助)，对于Windows 系统 若还是不行可能是CUDA版本、VS版本、pycuda版本的问题、gprmax没安装完整。用户环境变量添加完成后需要确保点了确定（有两次）设置好后需要关掉之前的cmd或pycharm重新打开。有可能出现gprmax在cmd能运行gpu版本，但通过python代码方式却报错，感谢网友炎黄给出的解决方法是：安装特定版本号的spyder-kernels，版本不能太新。 C:\Program Files(x86)\Microsoft Visual Studio 14.0\VC\bin 4.5 GPU运行 #cmd python -m gprMax user_models/cylinder_Ascan_2D.in -gpu # pycharm (具体见第6节) api(filename, n=1, geometry_only=False，gpu={0}) #geometry_only：仅几何图形,花括号为GPU ID 5. cmd命令运行gprmax #cmd命令窗口运行gprmax cd desktop\gprmax #导航至gprmax顶级目录 conda activate gprmax #激活gprmax目录 python -m gprMax user_models/inputfilename.in #A扫描模拟生成.out文件 python -m gprMax user_models/inputfilename.in -n 50 #B扫描模拟生成n个.out文件 python -m tools.plot_Ascan/outputfilename.out #A扫描绘图 python -m tools.plot_Ascan/my_outputfilename.out --outputs Ez -fft #绘制Ez分量及其fft图 python -m tools.plot_Bscan/outputfile_merged.out rx-component #B扫描绘图 #多个A扫描.out文件合并成一个.out文件 python -m tools.outputfiles_merge user_models/outputfilebase #多个A扫描.out文件合并成一个.out文件并删除单独A扫描的文件 python -m tools.outputfiles_merge user_models/outputfilebase --remove-files 6、pycharm运行gprmax 6.1 模型仿真新建项目，解释器选择为gprmax对应的python解释器即可通过pycharm运行gprmax，项目下新建名为“iofiles”的文件夹 # python运行gprmax # 读取.in文件 # 运行api函数模拟 import os from gprMax.gprMax import api #文件路径+文件名 dmax=r".\" # pycharm项目当前目录 filename = os.path.join(dmax, 'concrete.in') #正演 n：仿真次数（A扫描次数）->B扫描 api(filename, n=1, geometry_only=False) #geometry_only：仅几何图形 merge_files(r".\iofiles\concrete", removefiles=True) 6.2、 A扫描绘图 """A扫描""" import os from gprMax.receivers import Rx from tools.plot_Ascan import mpl_plot dmax=r".\" # pycharm项目当前目录 filename = os.path.join(dmax,'iofiles', 'concrete.out') outputs = Rx.defaultoutputs outputs = ['Ez'] # Ez分量 plt = mpl_plot(filename,outputs, fft=True) #波形图，fft：频谱图 6.3、 B扫描及保存回波数据 """B扫描绘图""" import os import numpy from tools.plot_Bscan import get_output_data, mpl_plot dmax=r".\" # pycharm项目当前目录 filename = os.path.join(dmax, 'iofiles', 'concrete_merged.out') rxnumber = 1 rxcomponent = 'Ez' #获取回波数据 outputdata, dt = get_output_data(filename, rxnumber, rxcomponent) #保存回波数据 numpy.savetxt('wavedata.txt',outputdata,delimiter=' ') #绘图 plt = mpl_plot(filename,outputdata, dt, rxnumber, rxcomponent) 7、jupyter运行gprmaxjupyter运行gprmax代码与pycharm一样，安装gprmax时会自带安装jupyter |
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