这几天忙着写一个前列腺癌蛋白标记相关的小报告，恶补前列腺癌相关的知识和这个蛋白特性，学找分析这个蛋白质的特性（包括分子量、等电点、氨基酸组成、跨膜域、信号肽、疏水性和结构功能域等方面）。

学习了一些常用的蛋白质分析网站:

蛋白的分子量和等电点分析既可以通过本地软件（例如DNAMAN，BioEdit等），也可以通过在线工具来实现。这边给大家介绍常用的在线工具ExPASy的ProtParam tool（https://web.expasy.org/protparam/ ）。

ProtParam这个工具可以计算分子量、理论等电点、氨基酸的组成、消光系数、原子组成、估计半衰期、稳定指数等等。需要注意的是，如果序列有修饰过的氨基酸残基，则不计算在内。

信号肽一般由有20-40个氨基酸组成，并且具有一些特点：N端有1-3正电荷氨基酸；中间是一段中性按就算组成的疏水区；而C端则有一个信号肽酶识别的位点。常用的在线软件有SignalP（http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/）。 SignalP预测氨基酸序列中是否存在信号肽剪切位点，并标记出来（如上图中1-20就是信号肽）。原核生物和真核生物都可以进行预测，预测的是分泌型信号肽。

含有跨膜域的蛋白质可能是定位于膜的蛋白或者离子通道蛋白，也可能是作为膜受体而起作用。常用的在线软件是TMHMM（http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/）。 TMHMM会将测到跨膜区以红色标出，并且预测出具体的位置，比如上图出现的跨膜区就是 243-265。

ExPASy的ProtScale工具（https://web.expasy.org/protscale/ ）可以预测给定氨基酸序列的疏水性，可以允许用户计算蛋白质的50余种不同属性，并为每一种氨基酸输出相应的分值。当然疏水性也可以通过本地软件（例如DNAMAN，BioEdit等）进行分析，只是基于算法的不同，可能会有微小的差别。

利用SubLoc v1.0 进行亚细胞定位分析

TargetP1.1Server预测氨基酸前导肽的细胞定位

NetPhos 3.1 Server 预测磷酸化作用位点

利用SOPMA工具预测蛋白质的二级结构，主要有两种模式： 一种是包括4种结构helix,sheet,turn,coil； 一种是包括3种结构helix,sheet,coil。 α螺旋，β折叠，sheet片层和卷曲等

利用GlobPlot 软件球蛋区预测

当然还有很多非常优秀的网站没有总结，后边有机会了去学习一下。