不同目的蛋白质的最适培养、诱导条件各不相同。培养、诱导条件和使用的大肠杆菌宿主、提取方法等参考以下事项进行研讨。 1) 变更诱导时间（从对数期初期到末期之间） 2) 变更诱导剂IPTG的浓度（0.1～1.0 mM） 3) 研讨诱导后的培养温度和时间（通常是15℃、24小时最合适） 4) 研讨宿主大肠杆菌的种类和使用伴侣蛋白。可以利用Chaperone Plasmid Set进行伴侣蛋白共表达，也可以尝试利用能促进蛋白质可溶性表达的宿主大肠杆菌（Origami™等）。 5) 变更提取方法。使用商品化的大肠杆菌裂解用试剂，不能充分使其细胞裂解并释放蛋白质。超声波处理时加入0.1～1%的表面活性剂（Octyl Glucoside、NP-40、Triton X-100等）会比较有效。 6) 变更载体类型。使用带有可溶性标签如TF的载体，将目的蛋白质作为融合蛋白质进行可溶性表达，ProS2或GST标签载体也有效。 ② 菌体不新鲜。提取用菌体的OD600值超过对数生长期会造成提取蛋白质的量和质发生变化，一般建议在酵母菌的对数生长期时收集菌体，进行蛋白质提取，此时效果较佳。