大家好，我是邓飞，这里总结一下多个plink文件合并的问题。

合并有两种应用场景：

1，样本一样，位点不一样，不如同样的样本，第一号染色体的数据，第二号染色体的数据合并。

2，位点一样，样本不一样，比如同样的芯片数据（map数据一样），第一批的数据，第二批的数据。

所以，这里也分为两种方法总结一下。

典型的情况：现在有4条染色体的数据，每个染色体一套plink文件，如何合并在一起。

比如数据：

这里使用--merge-list，对多个文件进行合并。

首先，我们先生成一个txt文件，把需要合并的ped和map数据的名称放进去，ped在前面，map在后面。

下面的文件名为：p12.txt，分为两列内容，第一列为ped的名称，第二列为map的名称，每一行都是一对plink文件。

代码如下：

日志如下行：

结果文件：

map数据之和，是合并后的map数据。

ped数据不变：

同样使用上面的方法。用--merge-list，然后定义名称的文件去进行合并。

这里用两个plink文件，sample1和sample2，多个文件操作方法是一样的。

生成p12.txt文件：

运行命令合并：

日志如下：

「结果如下：」

map数据完全一样，ped数据相加。

「注意1：如果位点不一样，会计算两个map的并集」

「注意2：合并时，不是根据染色体+物理位置，而是根据第二列map的名称，要确保有交集，否则合并的结果是错误的」

「注意3：样本合并时，如果样本ID有重复，会报错。建议提取检验」

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