限制性片段长度多态性 (RFLP)（英文发音为 "rif lip"）是最早为基因作图开发的分子标记物之一，也是在法医科学和其他几个领域中最早用于分析的技术之一。RFLP 体现了一种多态现象，此现象由限制性内切酶识别的 DNA 序列的变化引起。RFLP 探针是一个标记的 DNA 序列，经凝胶电泳分离后与酶切的 DNA 样本的一个或多个片段杂交，可显示特异性基因座上特异性基因型的独特印迹模式特征。

尽管 RFLP 目前尚未广泛使用，但它在绘制人类基因组图谱和研究遗传疾病方面仍具有重要作用。RFLP 分析可用于查找疾病的特异性基因在染色体上的位置，并且是最早用于遗传分型的方法之一。RFLP 分析在帮助和理解各种动物不同繁殖模式的遗传问题方面也发挥相应作用。RFLP 的研究应用包括：

与一些较新的 DNA 分析技术（如片段分析）相比，RFLP 速度较慢且更为繁琐，因此需要的样本量大得多且过程漫长，需要长达一个月才能完成此项工作。聚合酶链反应 (PCR) 已成为许多之前应用 RFLP 的领域中使用的替代方法。

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如今，RFLP 出现了各种版本，如末端限制性片段长度多态性 (T-RFLP)，后者结合了 PCR 和 RFLP 分析，可用于细菌和相关群落的表征。

 应用资料：在 Applied Biosystems 毛细管电泳系统上进行末端片段长度多态性 (T-RFLP) 分析：在 3130/3730 上进行 T-RFLP

数据来自 T-RFLP 检测，此检测针对高氯酸盐呼吸细菌 (PRB) 富集培养物中存在的微生物群落进行。

片段分析比 RFLP 更快速且更简单。片段分析包括一系列技术，其中 DNA 片段可进行荧光标记、通过毛细管电泳 (CE) 分离并通过与内标物比较来确定大小。虽然 CE 法 DNA 测序可用于测定特定片段或基因片段上的特异性碱基序列，但对于使用针对特异性 DNA 靶标设计的引物通过 PCR 生成的荧光标记 DNA 片段，片段分析可为其提供大小分析、相对定量测定和基因分型分析。

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