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gmx_MMPBSA教程
gmx_MMPBSA需要GROMACS（系列4.x.x或5.x.x或20xx.x）和AmberTools20 或 21与Python3安装在您的机器中。gmx_MMPBSA已经使用 GROMACS 4.6.7、5.1.2、2018.3和2021.3PATH进行了测试，尽管它应该可以与 中存在的任何 GROMACS 顺利运行2020.4并且与您正在使用的文件兼容。
安装
# Update conda
conda update conda
# Create a new environment and activate it
conda create -n gmxMMPBSA python=3.9 -y -q
conda activate gmxMMPBSA
# Install mpi4py and AmberTools
conda install -c conda-forge mpi4py=3.1.3 ambertools=21.12 compilers=1.2.0 -y -q
# Install updated version of ParmEd
python -m pip install git+https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/[email protected]
## Install PyQt5 required to use the GUI analyzer tool (gmx_MMPBSA_ana). Not needed for HPC
python -m pip install pyqt5
## (Optional) Install GROMACS
conda install -c bioconda gromacs==2021.3 -y -q
##
python -m pip install gmx_MMPBSA
额外的依赖
sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev openssh-client
## 如果您收到与 Qt 插件相关的错误
sudo apt install --reinstall libxcb-xinerama0
命令行
gmx_MMPBSA -h
usage: gmx_MMPBSA [-h] [-v] [--input-file-help]
[--create_input [{gb,pb,rism,ala,decomp,nmode,all}]
[-O] [-prefix ] [-i FILE] [-xvvfile XVVFILE] [-o FILE]
[-do FILE] [-eo FILE] [-deo FILE] [-nogui] [-s] [-cs ]
[-ci ] [-cg index index]
[-ct [TRJ [TRJ ...]]] [-cp ] [-cr ]
[-rs ] [-ri ] [-rg index]
[-rt [TRJ [TRJ ...]]] [-rp ] [-lm ]
[-ls ] [-li ] [-lg index]
[-lt [TRJ [TRJ ...]]] [-lp ] [--rewrite-output] [--clean]
optional arguments:
-h, --help # 显示帮助界面
-v, --version # 打印版本
--input-file-help # 打印输入文件内的所有选项 (default: False)
--create_input # 创建选定计算类型的输入文件 (default: None)
# [{gb,pb,rism,ala,decomp,nmode,all}]
Miscellaneous Options:
-O, --overwrite # 输出文件覆盖输出(default: False)
-prefix # 中间文件的命名格式 (default: _GMXMMPBSA_)
Input and Output Files:
-i FILE # MM/PBSA input file. (default: None)
-xvvfile XVVFILE XVV file for 3D-RISM.
-o FILE # 输出数据文件 (default: FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat)
-do FILE # 能量解构输出文件 (default: FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat)
-eo FILE # 每帧的不同能量项输出到csv文件 (default: None)
-deo FILE # 输出每个残基的解构能量项到csv文件 (default: None)
-nogui # 在所有计算结束后不打开 gmx_MMPBSA_ana (default: True)
-s, --stability # Perform stability calculation.(default: False)
-cs # 复合物的结构文件(default: None)
-ci # 复合物的index文件 (default: None)
-cg index index # 蛋白 配体的index (default: None)
-ct [TRJ [TRJ ...]] # 复合物轨迹 确保轨迹已经fitted 和 消除周期性 (default: None)
-cp # 复合物topol (default: None)
-cr # 参考结构(default: None)
-rs # 受体结构 (default: None)
-ri # Index file of the unbound receptor. (default: None)
-rg index # 受体index (default: None)
-rt [TRJ [TRJ ...]] # 受体轨迹 (default: None)
-rp # 受体轨迹 (default: None)
-lm # 配体mol2文件(default: None)
-ls # 配体结构文件 (default: None)
-li # 配体index文件 (default: None)
-lg index # 配体index (default: None)
-lt [TRJ [TRJ ...]] # 配体轨迹 (default: None)
-lp # 配体topol (default: None)
-rewrite-output # Do not re-run any calculations, just parse the output
# files from the previous calculation and rewrite the
# output files. (default: False)
--clean # 清除缓存文件 (default: False)
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